[질의]2012.5.4. 甲은 「상법」 제360조의2에 따른 주식의 포괄적 교환을 통하여 보유하던 완전자회사 주식을 완전모회사에게 양도하고  완전모회사로부터 신주를 교부받음
甲은 「조세특례제한법」 제38조에 따른 주식의 포괄적 교환 등에 대한 과세특례요건을 모두 충족하여 납부할 세액이 없다고 판단하여 양도소득과세표준 예정신고를 하지 않고 확정신고시에 과세특례신청서를 제출하여 과세이연을 받음
주식의 포괄적 교환・이전에 대한 과세특례(조특법 §38①)를 적용  받음에 있어서, 양도소득과세표준 예정신고를 하지 않고 확정신고시 과세특례  신청서를 제출하여 과세이연을 받은 경우 예정신고와 관련된 가산세를 적용하여야 하는지 알려 주십시오.

[답변]「조세특례제한법」제38조 제1항에 따라 주식의 포괄적 교환・이전에 대한 과세 특례를 적용받으려는 주주가「소득세법」제110조에 따른 과세표준확정신고시 “주식의 포괄적 교환 등 과세특례신청서”를 제출하여 과세이연을 받은 경우에는「국세기본법」제47조의2 제1항의 무신고가산세를 적용하지 않는 것.

[관련교육]M&A 세무조사 대응전략 및 절세전략
 
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☞상속증여세과-169, 2013.05.30
「조세특례제한법」제32조에 따른 사업양도・양수의 방법에 따라 법인전환한 후예정신고기한을 경과하였더라도 확정신고기한까지 같은 법 시행령 제29조제4항에 따라 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하는 경우에는 양도소득세의 이월과세를 적용받을 수 있는 것이며, 이는「국세기본법」제47조의2의 규정이 개정(2010.1.1. 법률 제9911호로 개정된 것을 말함)된 이후 사업양도・양수의 방법에 따라 법인전환하는 경우에도 동일하게 적용되는 것입니다

☞법규과-1130, 2012.09.28
「조세특례제한법」제32조에 따라 현물출자한 자가 양도소득세 이월과세적용을 신청하지 아니하고 예정신고한 경우로서 확정신고기한까지 같은 법 시행령 제29조제4항에 따라 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출한 경우에는 양도소득세의 이월과세를 적용받을 수 있는 것이며, 이는 2010.1.1. 이후 현물출자하여 법인전환하는 경우에도 동일하게 적용되는 것입니다.

☞기획재정부 조세정책과-1171, 2010.12.20
2011.1.1. 이후 최초로 양도소득세와 상속세 및 증여세를 신고・결정 또는 경정하는 경우로서 추가로 납부할 세액(가산세액은 제외)이 없는 경우에는 무신고가산세와 과소신고가산세를 적용하지 않는 것입니다.

☞서면법규과-1061, 2013.09.29.
「조세특례제한법」제38조 제1항을 적용받으려는 주주가「소득세법」제105조 제1항에 따른 양도소득세 과세표준 예정신고를 할 때 주식의 포괄적 교환 등 과세특례신청서를 납세지관할세무서장에게 제출하지 못한 경우, 주식의 포괄적 교환・이전일이 속하는 과세연도에 대한 「소득세법」 제110조에 따른 과세표준확정신고를 할 때 완전모회사와 함께 주식의 포괄적 교환 등 과세특례신청서를 제출하여야 하는 것입니다.