[질의]2012.10.19. ○○보금자리 공동주택 입주자모집공고가 있었으며, * 2013.03.31.까지 분양계약 체결되지 아니한 미분양주택에 대해 선착순의 방법으로 2013.04.01.부터 2013.06.28.까지 계약을 추진하여 매매계약을 체결하였습니다.
2013.06.28. 사업시행자인 △△도시공사는 「조세특례제한법  시행령」제99조의 2제9항에 따라 신축주택 현황을 관할구청장에 제출하였으나 매매계약서에 구청장으로부터 신축주택임을 확인하는 날인을 받지 않았습니다.
미분양주택을 선착순으로 매매계약을 체결하고 양도소득세 감면을 위한 신축주택등 현황자료를 관할구청에 제출하고, 매매계약서에는 신축주택임을 확인하는 날인은 받지 않았으나 현재 해당 주택은 소유권보존 및 이전등기가 2015.6.15.이후에 실행되므로 관할구청장의 매매계약서에 신축주택확인 등 날인 여부에 관계없이 감면을 받을 수 있는 것 아닌지요?

[답변]1.「조세특례제한법」제99조의 2(신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)제1항의 규정은 같은 법 시행령 제99조의 2 제11항에 따라 같은 조 제1항에서 말하는 신축주택등(이하 “신축주택등”이라 함)의 매매계약을 체결한 즉시 매매계약서에 시장・군수・구청장으로부터 신축주택등임을 확인하는 날인을 받아 관할세무서장에게 제출한 경우에만 적용하는 것이나,
2. 매매계약을 체결한 즉시 신축주택등임을 확인하는 날인을 받지 않은 귀 질의의 경우 「조세특례제한법」제99조의 2제1항에서 규정한 양도소득세의 과세특례를 적용할 수 없는 것입니다.

[관련교육]법인 및 개인 계약 체결을 위한 종합소득세.퇴직소득세.양도소득세 초급 3단계
 
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☞부동산납세과-911(2014.11.28.)
[회신]귀 질의 1, 2)의 경우, 「조세특례제한법」제99조의 2 신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례를 적용할 때 같은 법 시행령 제99조의 2제6항제1호에 해당하는 사업자(이하 “사업주체 등”이라 함)가 공급하는 주택을 경매로 취득한 경우에도 같은 법 시행령 제99조의 2제11항에 따라 신축주택등임을 확인하는 날인을 받아 납세지 관할 세무서장에게 제출한 경우에만 적용하는 것입니다.

☞부동산납세과-322(2014.05.02.)
[회신]「조세특례제한법」제99조의 2제1항의 규정에 따른 신축주택 등취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용할 때 1세대 1주택자로부터 취득하는 주택(이하 “감면대상기존주택”이라 함)의 경우에는 같은 영 제99조의 2제12항의 방법에 따라 감면대상기존주택임을 확인받아 납세지 관할 세무서장에게 제출한 경우에만해당 과세특례를 적용받을 수 있는 것입니다.