주요내용

□ 총괄납부승인을 받은 사업자가 본점과 지점간의 거래에 대하여 세금계산서를 수수
하여 부가가치세를 신고한 경우에도 가산세를 부과하지 아니함

ㅇ 본점에서 지점의 부가가치세까지 총괄하여 납부하도록 관할세무서장의 승인을 받
은 사업자가 본점과 지점간의 내부거래에 대하여 세금계산서를 수수하고 부가가치
세를 신고한 경우에도 본점에 대한 매출세금계산서 불성실가산세와 지점에 대한
매입세금계산서 불성실가산세 및 신고불성실가산세를 부과하지 아니함

ㅇ 국세청에서는 총괄납부승인을 받은 사업자의 경우 본점과 지점간 거래에 대하여
는 재화의 공급으로 보지 아니하므로 세금계산서를 교부할수 없고 따라서 세금계
산서를 교부하고 부가가치세를 신고한 경우에는 세금계산서를 교부한 본점은 매출
세금계산서 불성실가산세를, 교부받은 지점은 매입세금계산서 불성실가산세와 신
고불성실가산세를 부과하도록 하였으나 이 심판결정에 따라 1999년 이전 거래분
에 대하여도 가산세를 부과하지 않게됨

※ 2000년 이후 거래분은 부가가치세법 시행령 개정으로 가산세가 부과되지 아니함


TEL : 503-9307
자료생산과 : 국세심판원 행정실 500-5467
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재 정 경 제 부 공 보 관 실



Ⅰ. 심판청구사건 개요

ㅇ 청구인(주류제조업)은 1998.7.1 총괄납부승인을 받았으며, 1998.7월∼12월 본점
에서 지점에 반출한 분(5,498백만원)에 대하여 세금계산서를 교부하고 신고·납
부

┌──────┐ ┌───────┐ ┌──────┐
│본 점 │반출 │지 점 │매출 │매출처 │
│(화성군소재)│------------> │(서울소재) │-------->│ │
│ │(내부거래) │ │ │ │
└──────┘ └───────┘ └──────┘
| |
| <----┌────────┐---> |
| │세금계산서 수수 │ |
└────────┘
매출로 신고 매입으로 신고
(매출세액납부) (매입세액공제)

ㅇ 국세청은 총괄납부사업자의 본·지점간 내부거래는 재화의 공급이 아니라하여 본
점에 대하여는 매출처별세금계산서합계표 불성실가산세 109백만원, 지점에 대하
여는 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세 109백만원과 신고불성실가산세 54
백만원 부과

※ 본 사건 이외에도 가산세가 부과된 다수의 사례가 있음


Ⅱ. 심판결정 내용 및 효과

ㅇ 지금까지의 판례와 국세심판결정례는 부가가치세법시행령 제15조 제2항
(1999.12.31 개정전)에서 총괄납부승인을 받은 사업자의 경우 본점과 지점간의
거래에 대하여는 재화의 공급으로 보지 아니하도록 규정되어 있으므로 내부거래
에 대하여 세금계산서를 수수하여 부가가치세를 신고한 경우에는 가산세를 부과
하도록 하였음

ㅇ 그러나 이번에 국세심판원에서는 다음과 같은 이유로 총괄납부승인을 받은 사업
자가 본점과 지점간의 거래에 대하여 세금계산서를 수수하여 부가가치세를 신고
한 경우에도 가산세를 부과하지 않도록 결정하였음

- 가산세를 부과하는 것은 부가가치세를 각 사업장마다 납부하지 아니하고 본점
에서 총괄하여 납부하도록 하여 사업자의 자금부담을 완화하고 납세 편의를 도
모하기 위한 총괄납부제도의 취지에 부합하지 아니함

- 본점과 지점간의 거래에 대하여 세금계산서를 교부하더라도 납부세액의 감소
를 가져오지 아니하므로 이는 조세회피의도가 없는 세법적용의 착오에 기인한
것임

- 2000.1.1 이후 거래분에 대하여는 총괄납부사업자가 본점과 지점간의 거래에
대하여 세금계산서를 교부하고 신고한 경우 재화의 공급으로 보아 가산세를 부
과하지 않도록 1999.12.31 부가가치세법 시행령이 개정됨

ㅇ 이 심판결정에 따라 세법지식이 부족한 중소기업들이 착오로 본·지점간 내부거
래에 대하여 세금계산서를 교부하여 신고한 경우에 가산세를 부담하지 않게되어
기업의 자금난이 완화되게 됨

Ⅲ. 관련법령

※ 부가가치세법

제4조【납세지】
① 부가가치세는 사업장마다 납부하여야 한다.
② 사업자에게 2이상의 사업장이 있는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여
주된 사업장에서 총괄하여 납부할 수 있다.
③ 제2항의 규정에 의하여 주된 사업장에서 총괄하여 납부하고자 하는 자는 대통
령령이 정하는 바에 의하여 주된 사업장 관할세무서장에게 신청하여 그 승인
을 얻어야 한다.

제22조(가산세) ③ 사업자가 제1호 및 제2호에 해당하는 경우에는 제출하지 아니
하였거나 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 기재되지 아니하거나
사실과 다르게 기재된 분의 공급가액에 대하여 개인에 있어서 100분의 1, 법인
에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서
공제한다.
1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매출처별세금계산서합계표를 제출하
지 아니한 때
2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매출처별세금계산서합계표의
기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아
니하거나 사실과 다르게 기재된 때
3. 제20조 제2항의 규정에 의하여 매출처별세금계산서합계표를 제출하는 경우로
서 제2호에 해당하지 아니한 경우
④ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 매입처별세금계산서합계표에 의
하지 아니하고 세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액
또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 사실과 다르게 과다하
게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에
있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서
공제한다
1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표를 제출하
지 아니한 경우 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거
래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나
사실과 다르게 기재된 경우. 다만, 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.
2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매입처별세금계산서합계표
의 기재사항중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 때
⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납
부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.
1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정 에 의하여 신고
를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하
거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신
고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액)
및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액

※ 부가가치세법 시행령

제5조【주사업장 총괄납부】
② 법 제4조 제2항의 규정에 의하여 주된 사업장에서 총괄하여 납부하고자 하
는자는 그 납부하고자 하는 과세기간 개시 20일전에 다음 각호의 사항을
기재한 주사업장총괄납부승인신청서를 주된 사업장의 관할세무서장에게 제
출하여야 한다.
1. 사업자의 인적사항
2. 총괄납부 신청사유
3. 기타 참고사항

③ 제2항의 신청을 받은 세무서장은 생산과정 또는 유통과정에 비추어 국세청
장이 정하는 바에 따라 각 사업장에서 납부하는 것이 적당하지 아니하다고
인정되는 경우(주된 사업장과 일부 종된 사업장간에도 생산과정 또는 유통
과정에 비추어 각 사업장에서 납부하는 것이 적당하지 아니하다고 인정되
는 경우를 포함한다)에는 이를 승인하고 신청일부터 20일내에 그 내용을 신
청자의 주된 사업장 이외의 사업장 관할세무서장에게 통지하여야 한다.(단
서, 생략)


제15조【자가 공급의 범위】
② 2이상의 사업장이 있는 사업자가 자기사업과 관련하여 생산 또는 취득한
재화를 타인에게 직접 판매할 목적으로 다른 사업장에 반출하는 것은 재화의
공급으로 본다. 다만,
제5조 제3항의 규정에 의하여 총괄납부승인을 얻은 사업자가 총괄납부를 하
는 과세기간에 반출하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.
(83.12.29 단서 신설 → 99.12.31 단서 삭제)

③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 제5조 제3항의 규정에 의하여 총괄납부 승
인을 얻은 사업자가 총괄납부를 하는 과세기간에 반출하는 것은 이를 재화의
공급으로 보지 아니한다. 다만, 사업자가 법 제16조의 규정에 의한 세금계산서
를 교부하여 법 제18조 또는 법 19조의 규정에 의하여 관할세무서장에게 신고
한 경우에는 그러하지 아니하다(99.12.31 단서신설)