「지방세특례제한법 시행령」 제34조 제2항 제1호 및 구 「지방세법 시행령」 제79조의3 제2항 제1호에서 사업인정고시일 현재를 기준으로 부재부동산 소유자 여부를 판단함을 볼 때 그 관련 규정은 토지가 수용된 후 대체 토지를 취득할 때의 지방세법령 또는 지방세관계법령에 따를 것이 아니라 수용되는 토지의 사업인정고시일 당시 또는 토지 수용 당시의 지방세법령 또는 지방세관계법령의 규정을 따라야 한다고 보아야 하는 점, 「지방세법 시행령」 제79조의3 제2항에 부재부동산 소유자에 대한 규정을 신설한 취지는 토지 등이 수용된 후 그 보상금으로 다른 곳에서 토지 등을 대체취득하는 경우에 취득세가 비과세되는 점을 이용한 부동산 투기를 방지하기 위한 것인 점, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는 점 등을 종합하여 볼 때, 비록 쟁점토지의 공부상 지목이 염전에 해당되고, 현행 「지방세법」 제21조 및 쟁점토지가 수용될 당시 등록세 세율에 대한 규정인 구 「지방세법 시행령」 제89조 제2항에서 “농지”라 함은 공부상 지목이 농지여야 할 뿐 아니라 그 사실상 현황도 농지인 것을 말한다고 규정하고 있다고 하더라도 한국토지주택공사가 쟁점토지를 수용할 당시, 처분청이 “농지”에 대한 규정을 인용한 「지방세특례제한법」 제6조 및 같은 법 시행령 제3조와 동일한 내용을 규정한 구 「지방세법」 제261조 및 같은 법 시행령 제219조 제1항에서 “농지”라 함은 그 현황이 사실상 “농지”인 경우 공부상 지목에 관계없이 “농지”에 해당된다고 볼 수 있고(구 행정자치부 지방세정팀-1141, 2006.3.21., 같은 뜻), 쟁점토지 소재지로부터 20㎞ 이내에 거주하면서 10년 이상 쟁점토지를 자경하였으며 토지도 토지수용권자인 한국토지주택공사가 토지를 수용당한 자들에게 특별 공급한 토지 중 일부인 것을 보면, 쟁점토지를 취득한 것이나 토지를 취득한 것이 부동산 투기행위에 해당된다고 볼 수도 없는 이상, 부재부동산 소유자로 보아 토지에 대한 취득세의 면제를 거부한 것은 잘못이 있다(조심2012지598, 2012.11.28.).

[ 지방세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11138호로 개정되기 전의 것)]

제6조 【자경농민의 농지 등에 대한 감면】 ① 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업을 주업으로 하는 사람으로서 2년 이상 영농에 종사한 사람, 후계농업경영인, 농업계열 학교 또는 학과의 이수자 및 재학생(이하 이 조에서 “자경농민”이라 한다)이 대통령령으로 정하는 기준에 따라 직접 경작할 목적으로 취득하는 농지(논, 밭, 과수원 및 목장용지를 말한다. 이하 이 절에서 같다) 및 관계 법령에 따라 농지를 조성하기 위하여 취득하는 임야에 대하여는 취득세의 100분의 50을 경감한다. (이하 생략)

제73조 【토지수용 등으로 인한 대체취득에 대한 감면】 ① 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」, 「도시개발법」 등 관계 법령에 따라 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자(「관광진흥법」 제55조 제1항에 따른 조성계획의 승인을 받은 자 및 「농어촌정비법」 제56조에 따른 농어촌정비사업 시행자를 포함한다)에게 부동산(선박ㆍ어업권 및 광업권을 포함한다. 이하 이 조에서 “부동산 등”이라 한다)이 매수, 수용 또는 철거된 자(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공공사업에 필요한 부동산등을 해당 공공사업의 시행자에게 매도한 자 및 같은 법 제78조 제1항부터 제4항까지 및 제81조에 따른 이주대책의 대상이 되는 자를 포함한다)가 계약일 또는 해당 사업인정 고시일(「관광진흥법」에 따른 조성계획 고시일 및 「농어촌정비법」에 따른 개발계획 고시일을 포함한다) 이후에 대체취득할 부동산등에 관한 계약을 체결하거나 건축허가를 받고, 그 보상금을 마지막으로 받은 날(사업인정을 받은 자의 사정으로 대체취득이 불가능한 경우에는 취득이 가능한 날을 말하고, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제63조 제1항에 따라 토지로 보상을 받는 경우에는 해당 토지에 대한 취득이 가능한 날을 말하며, 같은 법 제63조 제6항 및 제7항에 따라 보상금을 채권으로 받는 경우에는 채권상환기간 만료일을 말한다)부터 1년 이내(제6조 제1항에 따른 농지의 경우는 2년 이내)에 다음 각 호의 구분에 따른 지역에서 종전의 부동산 등을 대체할 부동산 등을 취득하였을 때(건축 중인 주택을 분양받는 경우에는 분양계약을 체결한 때를 말한다)에는 그 취득에 대한 취득세를 면제한다. 다만, 새로 취득한 부동산 등의 가액 합계액이 종전의 부동산 등의 가액 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 대하여는 취득세를 부과하며, 초과액의 산정 기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다.

1. 농지 외의 부동산 등

가. 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산 등이 있는 특별시ㆍ광역시ㆍ도 내의 지역

나. 가목 외의 지역으로서 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산 등이 있는 시ㆍ군ㆍ구와 잇닿아 있는 시ㆍ군ㆍ구 내의 지역

다. 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산 등이 있는 특별시ㆍ광역시ㆍ도와 잇닿아 있는 특별시ㆍ광역시ㆍ도 내의 지역. 다만, 「소득세법」 제104조의2 제1항에 따른 지정지역은 제외한다.

2. 농지(제6조 제1항에 따른 자경농민이 농지 경작을 위하여 총 보상금액의 100분의 50 미만의 가액으로 취득하는 주거용 건축물 및 그 부속토지를 포함한다)

가. 제1호에 따른 지역

나. 가목 외의 지역으로서 「소득세법」 제104조의2 제1항에 따른 지정지역을 제외한 지역

② 제1항에도 불구하고 「지방세법」 제13조 제5항에 따른 과세대상을 취득하는 경우와 대통령령으로 정하는 부재부동산 소유자가 부동산을 대체취득하는 경우에는 취득세를 부과한다.

[지방세특례제한법 시행령]

제3조 【자경농민 및 직접 경작농지의 기준 등】 ① 법 제6조 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 농업을 주업으로 하는 사람으로서 2년 이상 영농에 종사한 사람”이란 농지(「지방세법 시행령」 제21조에 따른 농지를 말한다. 이하 같다)의 소재지인 구(자치구를 말한다. 이하 같다)ㆍ시ㆍ군 및 그와 잇닿아 있는 구ㆍ시ㆍ군 또는 농지의 소재지로부터 20킬로미터 이내의 지역에 거주하면서 농지를 소유하거나 임차하여 경작한 사람과 그 동거가족(배우자 또는 직계비속으로 한정한다) 중의 1명 이상이 취득일 현재 직접 2년 이상 농업에 종사한 사람을 말한다.

제34조 【수용 시의 초과액 산정기준】 ② 법 제73조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 부재부동산 소유자”란 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 등 관계 법령에 따른 사업고시지구 내에 매수ㆍ수용 또는 철거되는 부동산을 소유하는 자로서 다음 각 호에 따른 지역에 계약일 또는 사업인정고시일 현재 1년 전부터 계속하여 주민등록 또는 사업자등록을 하지 아니하거나 1년 전부터 계속하여 주민등록 또는 사업자등록을 한 경우라도 사실상 거주 또는 사업을 하고 있지 아니한 거주자 또는 사업자(법인을 포함한다)를 말한다. 이 경우 상속으로 부동산을 취득하였을 때에는 상속인과 피상속인의 거주기간을 합한 것을 상속인의 거주기간으로 본다.

1. 매수 또는 수용된 부동산이 농지인 경우 : 그 소재지 시ㆍ군ㆍ구 및 그와 잇닿아 있는 시ㆍ군ㆍ구 또는 농지의 소재지로부터 20킬로미터 이내의 지역

2. 매수ㆍ수용 또는 철거된 부동산이 농지가 아닌 경우 : 그 소재지 구[자치구가 아닌 구를 포함하며, 도농복합형태의 시의 경우에는 동(洞) 지역만 해당한다. 이하 이 호에서 같다]ㆍ시(자치구가 아닌 구를 두지 아니한 시를 말하며, 도농복합형태의 시의 경우에는 동 지역만 해당한다. 이하 이 호에서 같다)ㆍ읍ㆍ면 및 그와 잇닿아 있는 구ㆍ시ㆍ읍ㆍ면 지역

[지방세법 시행령]

제13조 【취득 당시의 현황에 따른 부과】 부동산, 차량, 기계장비 또는 항공기는 이 영에서 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 해당 물건을 취득하였을 때의 사실상의 현황에 따라 부과한다. 다만, 취득하였을 때의 사실상 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재 현황에 따라 부과한다.

제21조 【농지의 범위】 법 제11조 제1항 제1호 각 목 및 같은 항 제7호 각 목에 따른 농지는 각각 다음 각 호의 토지로 한다.

1. 취득 당시 공부상 지목이 논, 밭 또는 과수원인 토지로서 실제 농작물의 경작이나 다년생식물의 재배지로 이용되는 토지. 이 경우 농지 경영에 직접 필요한 농막(農幕)ㆍ두엄간ㆍ양수장ㆍ못ㆍ늪ㆍ농도(農道)ㆍ수로 등이 차지하는 토지 부분을 포함한다.

2. 취득 당시 공부상 지목이 목장용지인 토지로서 실제 축산용으로 사용되는 축사와 그 부대시설로 사용되는 토지, 초지 및 사료밭

① 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자일 것

② 부동산 등(부동산, 선박ㆍ어업권 및 광업권)이 매수, 수용 또는 철거될 것

③ 계약일 또는 해당 사업인정 고시일 이후에 대체취득할 부동산 등에 관한 계약을 체결하거나 건축허가를 득할 것

④ 마지막 보상금을 받은 날부터 1년(2년) 이내 대체할 부동산 등을 취득할 것

⑤ 종전의 부동산 등의 가액 합계액을 초과하지 아니 할 것

⑥ 부재부동산 소유자가 아닐 것

「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」, 「도시개발법」 등 관계 법령에 따라 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자(「관광진흥법」 제55조 제1항에 따른 조성계획의 승인을 받은 자 및 「농어촌정비법」 제56조에 따른 농어촌정비사업 시행자를 포함한다)에게 부동산(선박ㆍ어업권 및 광업권을 포함한다. “부동산 등”이라 한다)이 매수, 수용 또는 철거된 자(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공공사업에 필요한 부동산 등을 해당 공공사업의 시행자에게 매도한 자 및 같은 법 제78조 제1항부터 제4항까지 및 제81조에 따른 이주대책의 대상이 되는 자를 포함한다)가 계약일 또는 해당 사업인정 고시일(「관광진흥법」에 따른 조성계획 고시일 및 「농어촌정비법」에 따른 개발계획 고시일을 포함한다) 이후에 대체취득할 부동산 등에 관한 계약을 체결하거나 건축허가를 받고, 그 보상금을 마지막으로 받은 날(사업인정을 받은 자의 사정으로 대체취득이 불가능한 경우에는 취득이 가능한 날을 말하고, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제63조 제1항에 따라 토지로 보상을 받는 경우에는 해당 토지에 대한 취득이 가능한 날을 말하며, 같은 법 제63조 제6항 및 제7항에 따라 보상금을 채권으로 받는 경우에는 채권상환기간 만료일을 말한다)부터 1년 이내(제6조 제1항에 따른 농지의 경우는 2년 이내)에 다음의 구분에 따른 지역에서 종전의 부동산 등을 대체할 부동산 등을 취득하였을 때(건축 중인 주택을 분양받는 경우에는 분양계약을 체결한 때를 말한다)에는 그 취득에 대한 취득세를 면제한다.

1. 농지 외의 부동산 등

가. 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산 등이 있는 특별시ㆍ광역시ㆍ도 내의 지역

나. 가목 외의 지역으로서 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산 등이 있는 시ㆍ군ㆍ구와 잇닿아 있는 시ㆍ군ㆍ구 내의 지역

다. 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산 등이 있는 특별시ㆍ광역시ㆍ도와 잇닿아 있는 특별시ㆍ광역시ㆍ도 내의 지역. 다만, 「소득세법」 제104조의2 제1항에 따른 지정지역은 제외한다.

2. 농지(제6조 제1항에 따른 자경농민이 농지 경작을 위하여 총 보상금액의 100분의 50 미만의 가액으로 취득하는 주거용 건축물 및 그 부속토지를 포함한다)

가. 제1호에 따른 지역

나. 가목 외의 지역으로서 「소득세법」 제104조의2 제1항에 따른 지정지역을 제외한 지역

다만, 사치성 재산 등 과세대상을 취득하는 경우와 부재부동산 소유자가 부동산을 대체취득하는 경우에는 취득세를 면제하지 아니한다.

농지의 경우 대체취득 면제대상은 농지소재지 시ㆍ군ㆍ구 및 그와 잇닿아 있는 시ㆍ군ㆍ구 또는 농지의 소재지로부터 20킬로미터 이내의 지역이나 농지가 아닌 경우에는 농지 이외 부동산 소재지 구[자치구가 아닌 구를 포함하며, 도농복합형태의 시의 경우에는 동(洞) 지역만 해당한다]ㆍ시(자치구가 아닌 구를 두지 아니한 시를 말하며, 도농복합형태의 시의 경우에는 동 지역만 해당한다)ㆍ읍ㆍ면 및 그와 잇닿아 있는 구ㆍ시ㆍ읍ㆍ면 지역에 한정하여 판단하기 때문에 농지 여부가 부재부동산소유자 여부를 판단하는 기준과 동일하게 면제 대상 범위와도 함께 적용되는 것이다.

따라서 당해 수용되는 토지가 농지인지 여부를 판단함에 있어서 판단기준일은 부재부동산 소유자 판단기준일과 동일하게 판단되어야 하는 것이다. 그러므로 지방세특례제한법 제73조 제1항 및 동법시행령 제 제34조 제2항 규정에서 계약일 또는 사업인정고시일 현재 1년 전부터 계속하여 주민등록 또는 사업자등록을 하지 아니하거나 1년 전부터 계속하여 주민등록 또는 사업자등록을 한 경우라도 사실상 거주 또는 사업을 하고 있지 아니한 거주자 또는 사업자(법인을 포함한다)를 말한다라고 규정하고 있으므로 판단기준일은 계약일 또는 사업인정고시일을 기준으로 농지에 해당하는지 여부를 판단하여야 하는 것이다.

농지의 범위에 대하여는 지방세법 시행령 제21조의 규정에서 정하고 있으며 취득 당시 공부상 지목이 논, 밭 또는 과수원인 토지로서 실제 농작물의 경작이나 다년생식물의 재배지로 이용되는 토지( 농지 경영에 직접 필요한 농막(農幕)ㆍ두엄간ㆍ양수장ㆍ못ㆍ늪ㆍ농도(農道)ㆍ수로 등이 차지하는 토지 부분을 포함한다)와 취득 당시 공부상 지목이 목장용지인 토지로서 실제 축산용으로 사용되는 축사와 그 부대시설로 사용되는 토지, 초지 및 사료밭를 말하기 때문에 염전의 경우 농지의 범위에 포함되지 아니한다.

그러나 공부상 염전이고 사실상 농지인 경우에는 사실상 농지를 기준으로 농지 여부를 판단하여야 하는 것인가?

지방세법 시행령 제13조의 규정에서 부동산, 차량, 기계장비 또는 항공기는 이 영에서 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 해당 물건을 취득하였을 때의 사실상의 현황에 따라 부과한다라고 규정하고 있는 이상 공부상 현황과 사실상 현황이 차이가 있는 경우에는 사실상 현황에 따라 부과하는 것이므로 일시적으로 지적공부상 정리가 되지 아니한 채 실제 농작물을 경작하는 경우라면 지방세법 시행령 제21조의 규정에 불구하고 농지로 판단하는 것이 합리적이라 할 것이다.

• [판례] 대체취득감면 적용요건

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원97누20090, 1998.3.27. 판결 등 참조). 한편, 법인은 독립된 법인격을 가지고 권리의무의 주체가 되는 것이므로 그 대표자인 개인과 동일시할 수 없다. 이러한 법리에 따라 원고와 이 사건 회사는 별개의 독립된 법인격체이므로 이 사건 회사가 이 사건 토지들에서 사업자등록을 하고 폐지 등을 수집, 가공하는 사업을 한 것을 원고 개인이 사업한 것으로 볼 수는 없다고 할 것이고, 원고는 이 사건 토지들에서 개인사업자로서 사업자등록을 하고 사업을 영위하다가 이 사건 회사가 2008.7.15.경 법인 등기 및 사업자등록을 마치고 사업을 개시한 이후인 2008.12.31. 폐업하였고, 그 이후 2009.8.14. 이 사건 근린공원 조성사업인정고시가 있었으므로 원고는 위 사업인정고시일 현재 1년 전부터 사실상 사업을 하고 있지 아니하였다고 할 것이다. 따라서 원고의 이 사건 부동산 취득은 구 지방세법 및 그 시행령상의 ‘토지수용 등으로 인한 대체취득에 대한 취득세 등의 비과세대상’에 해당하지 아니한다고 할 것이다(대법원2011두14524, 2012.3.15.). 　
　

• [사례] 대체취득비과세 대상 판단

피상속인이 사망 이전에 수용 부동산에 대하여 보상금을 이미 수령한 경우라면, 상속일 현재 당해 수용 부동산의 소유자는 사업시행자라고 할 것이므로 상속자의 경우 사업시행자가 공급하는 전용면적 85제곱미터 이하의 주거용 부동산에 대한 특별분양대상자로서 지위(특별분양권)를 상속받은 경우에 해당될 뿐이고, 피상속인으로부터 부동산을 상속받은 것은 아니라고 할 것이므로 위 규정 취득세 면제대상인 ‘정비구역지정 고시일 현재 부동산을 소유하는 자’라고 보기는 어렵다고 할 것임(지방세운영과-2170, 2012.7.10.).
　

• [사례] 자경농지에 대한 감면 판단

쟁점토지를 ○○○로부터 취득하고 등기를 경료하였고, 같은 날 처분청에 농지취득자격증명신청을 하여 2010.10.25. 동 증명서를 발급받았다. 처분청은 쟁점토지에 대한 실제 이용현황을 확인하기 위하여 두 차례에 걸쳐 현지조사를 실시하였는 바, 제1차 조사시는 쟁점토지에는 주택 및 텃밭용지가 조성 중이었고, 제2차 조사시는 나대지인 상태로 되어 있었다. 처분청이 2011.11.1. 발급한 토지대장의 지목에는 “전”으로 표기되어 있다. 지방세법 제29조 제1항 제2호에는 등록세 납세의무 성립시기를 재산권, 기타 권리를 등기 또는 등록하는 때로, 같은 법 제131조 제1항 제3호 (1), (2)에는 농지는 부동산가액의 1,000분의 10, 기타는 부동산가액의 1,000분의 20의 세율을 적용하고, 같은 법 시행령 제89조 제2항 제1호에는 “농지”란 등기 당시 공부상 지목이 전, 답 또는 과수원인 토지로서 실제 농작물의 경작이나 다년생식물의 재배지로 이용되는 토지로 규정되어 있다. 쟁점토지의 등기 당시 토지대장의 지목란에는 “전”이라고 표기되어 있으나, 처분청이 두 차례 현지확인 조사당시 촬영한 현황사진에 의하면 쟁점토지의 주변은 산림으로 우거져 있고, 쟁점토지 또한 경사면에 대하여 터파기공사 등을 하여 평탄하게 하는 표면정지작업을 거쳐 나대지 상태로 되어 있는 모습이 나타난다. 또한 심판청구 접수 이후인 2011.10.31. 현지출장 조사시에도 농작물은 식재되지 아니한 채 나대지 상태로 되어 있는 것으로조사된 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점토지가 실제로 농작물의 경작 또는 다년생식물 재배를 위한 농지로 이용되었다는 주장은 신빙성이 낮아 보인다. 한편, 농지취득자격증명은 지목이 전인 쟁점토지를 청구인이 향후 농업경영을 목적으로 하고자 신청함에 따라 처분청이 이를 발급해 준 것이므로, 동 증명의 발급사실이 쟁점토지의 등기시점에서의 농지여부판단기준이 될 수는 없는 것으로 판단된다(조심2011지651, 2011.12.27.).
　

• [사례] 공부상 지목이 염전이나 사실상 답인 경우 감면대상판단

자경농민이 직접 경작할 목적으로 농지를 취득하는 경우에는 취득세 등의 100분의 50을 경감하도록 규정하고 있는 바, 자경농민이 공부상에는 염전으로 되어 있으나 10년 전부터 벼농사를 경작해온 사실상 농지(답)를 농지로 사용하기 위하여 취득하는 경우라면 실질과세의 원칙에 의하여 취득세와 등록세의 감면대상이 되는 것이 타당함(지방세정팀-1141, 2006.3.21.).

※ 이 당시 구 「지방세법」 제261조 제1항 및 같은 법 시행령 제219조 제1항은 농지를 등록세 규정을 인용하지 않고 “전ㆍ답ㆍ과수원 및 목장용지를 말한다”고 직접 규정하였으므로 자경농민 취득세 감면 대상 토지는 지목과 관계없이 사실상 농지인지 여부로 판단