사업장가입자의 경우 보험료율인 소득의 9%에 해당하는 금액을 본인과 사업장의 사용자가 각각 절반, 즉 4.5%씩 부담하며, 매월 사용자가 납부하여야 한다. 사업장가입자의 연금보험료는 가입자가 개별적으로 납부할 수 없고, 사용자가 일괄적으로 납부한다.
* 단, 사용자가 연금보험료를 체납한 경우 근로자가 건강보험공단에 개별납부 신청 및 납부할 수 있음
* 기준소득월액은 1년에 한번 산정하므로 실제 보수의 4.5%와는 맞지 않을 수 있음

연금보험료의 납부기한은 해당 월의 다음 달 10일이며, 10일이 토ㆍ일요일, 공휴일인 경우 그 다음 영업일까지 납부하면 된다. 납부기한은 법정기한이므로 기한 내 연금보험료를 납부하지 아니한 때에는 연체금이 가산된다.

납부의무자의 책임이 없는 사유로 고지서를 수령할 수 없었거나 자동이체자(예금주)의 책임이 없는 사유로 보험료가 이체되지 못한 경우에는 해당월의 다음달 연금보험료 납부기한까지 국민건강보험공단 관할지사에 신청하고 납부하여야 한다.

< 납부의무자의 책임이 없는 사유 > - 고지서가 지사로 반송된 후 주소불명 등으로 송달되지 못하거나 납부기한이 경과한 후 송달된 경우
- 주소, 성명이 달라 고지서 발송이 누락되는 등 납부의무자의 책임이 없는 사유로 고지서가 지연송달 또는 미송달되어 연체금 부과가 부당하다고 인정된 경우
- 자동이체 납부자의 경우 납부의무자(예금주)의 책임 없는 사유로 출금이 안 되거나 과오출금된 경우

2011년 1월1일부터 실시된 사회보험 징수통합 제도에 따라 3개의 사회보험공단(국민건강보험공단, 국민연금공단, 근로복지공단)에서 따로 수행하던 건강보험, 국민연금, 고용보험, 산재보험 업무 중 유사, 중복성이 높은 보험료 징수업무를 국민건강보험공단이 통합하여 담당하고 있다.

이에 따라 건강보험공단이 보험료 고지시 4개의 사회보험료 각각의 고지서를 하나의 봉투에 담아 한 번에 발송하고 있으며 사업장은 각각의 해당 고지서에 따라 납부하면 된다. 기타 보험료 납부 관련 민원, 체납관련 민원 등 의 업무도 모두 건강보험공단이 통합처리하고 있다.