국세청은 납세자의 권익을 존중하기 위한 방안으로 납세자보호관을 본청 국장급 직위로 외부인사를 임명하고, 2010년 1월 국세기본법에 법제화하여 독립성을 보장하고 있다. 2009년 10월 권리보호요청제도를 도입하여 세무조사 등 국세행정 집행과정에서 납세자의 권익이 침해되지 않도록 최선을 다하고 있다.(참고1) 2013년 3월 현재까지 권리보호요청 총 3,175건 중 2,905건을 시정조치하여 91.4%의 높은 성과를 거두고 있다.