1. 의의

지방소득세가 독립세로 전환되기 이전에는 부가세(surtax)방식으로 과세되었기 때문에 국세인 법인세 등 산출세액에 10%를 곱하여 지방소득세 신고납부세액을 계산했다. 그러나 2014년 이후 지방소득세가 독립세로 전환되면서 국세인 법인세 등의 과세표준을 동일하게 사용하되 독자적으로 지방소득세 세율을 적용하고 그에 따른 지방소득세 감면 등 특례를 적용하여 지방소득세를 산츌하는 방식으로 전환되었다. 지방소득세가 부과세방식으로 과세되는 경우에는 법인세 등 최종 산출세액에 10%를 적용하면 그에 따른 법인세 등 감면이나 이월공제 등 효과가 반영되면서 산출세액을 산정하게 되었다. 이에 반하여 독립세방식인 현행 지방소득세의 경우에는 지방소득세 감면이나 이월공제에 대하여는 지방세법이 아닌 지방세특례제한법령에서 별도로 규정하고 있어 이에 별도 규정이 없는 경우에는 감면 등을 적용할수 없는 문제가 발생하게 되는 것이다. 개인지방소득세의 경우 지방세특례제한법에서 조세특례제한법상의 특례규정을 그대로 규정하고 있기 때문에 소득세 산출세액의 10%를 적용하는 종전 부가세방식과 현행 개인지방소득세 산출세액이 거의 동일하나 법인지방소득세의 경우에는 상황이 달리지게 된다. 왜냐하면 법인지방소득세의 경우 세율은 법인세 세율의 1/10의 수준이나 지방세특례제한법상 별도의 법인지방소득세에 대한 감면, 이월공제 등 특례규정이 없기 때문이다. 따라서 법인지방소득세의 산출세액은 법인세의 10%에 해당되지 아니하고 공제 등의 여부에 따라 달라지게 되는 것이다.
이와 같은 법인지방소득세의 세액 산출구조상의 차이점에 따라 여러 가지 법인지방소득세 신고납부 등의 쟁점이 발생하게 된다. 대표적인 예로 이월공제 적용을 들 수 있다. 종전에는 법인세 산출세액의 10%를 법인지방소득세로 하기 때문에 이월공제를 적용받을 수 있었으나, 2014년 독립세로 전환되면서 법인지방소득세는 지방세특례제한법상 이월공제 규정이 없기 때문에 납세의무자는 지속적으로 이월공제 대상이라고 신뢰를 하였음에도 불구하고 지방세특례제한법의 개정으로 인한 불측의 불이익을 받게 되었다. 그러나 처분청에서 이와 같은 감면배제는 세제개편에 따른 반사적 이익에 불과하다고 봄에 따라 감면대상이라는 납세의무자들의 기대에 반하게 되고 나아가 이월공제 등 감면을 받지 못하는 문제가 발생되는 것이다. 이에 여기서는 최근 법인지방소득세 부담 등과 관련하여 제기된 여러 쟁점을 분석하고 이에 대한 향후 대응방안을 제시하고자 한다.

2. 주요쟁점 분석

(1) 법인지방소득세 이월공제의 적용과 신의칙

내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」 제13조에 따라 계산한 금액(「조세특례제한법」 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 하며(구 지법 §103의19), 부칙(§15) 규정에서는 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다라고 규정하고 있다. 이에 따라 개정전 지방세법령에 의거 법인지방소득세에서 아직 이월공제되지 않은 법인세 이월공제액을 2014년 이후 법인지방소득세 산정시 지방세법 부칙 규정을 적용하여 감면이월공제받는 것이 신의칙 측면에서 가능한지 여부가 쟁점이다. 이에 대하여 최근 조세심판원 결정(조심2020지643, 2020.12.21. 등 다수)에서는 개정전 지방소득세에서 경감되었다고 하더라도 개정후에는 이월공제대상이 아니라는 기각 결정을 한 바 있다.

[사례] 법인지방소득세의 이월세액 공제 적용(조심2020지643, 2020.12.21.) 2014.1.1. 개정 전 「지방세법」상 법인지방소득세의 산정방식이 법인세액을 법인지방소득세 과세표준으로 삼았던 결과 법인지방소득세 산출시 법인세 이월공제에 따른 세액감소 효과를 보았던 것으로 이는 일종의 반사이익에 불과한 점, 부칙 제15조의 일반적 경과조치는 지방세법령에 명시적으로 규정한 내용에 한하여 그 효력이 미치는 것인데, 2014.1.1. 개정 전 지방세법령에서 법인세 이월공제에 관하여 별도로 규정한 바가 없으므로 법인세 이월공제에 따라 지방소득세가 경감되었다 하더라도 이를 일반적 경과 조치의 적용대상이라고 볼 수는 없음
(가) 법인지방소득세의 감면적용 배제와 입법취지

법인지방소득세의 감면분을 배제한 입법취지는 주택분 취득세 감면을 영구세율로 전환함에 따른 세수보전분을 확충하기 위함^*인바, 2014.1.1. 법률 제12153호로 「지방세법」이 개정되기 전까지는 내국법인이 신고납부한 법인세가 법인지방소득세의 과세표준이 되므로 내국법인이 「조>