세무조사 과정에서 가장 난해한 것 중 하나는 바로 과세사실에 대한 판단이다. 실무상 어떠한 행위에 대해 무 자르듯 과세다 아니다를 판단하기 쉽지 않은 경우가 다수 발생하기 때문이다. 담당 공무원은 이러한 경우 상당히 고심할 수밖에 없다. 국세공무원이 납세자에게 과세해야 하는 상황에서 과세하지 않을 경우 조세정의가 실추되며, 반면 과세해서는 안되는 사안에 대해서 과세할 경우 납세자의 재산권이 부당하게 침해되기 때문이다.

이런 문제로 국세청에서는 국세공무원이 국세의 부과, 징수, 환급 등의 업무를 처리하는 과정에서 발생하는 “과세쟁점사실”의 판단에 도움을 주는 한편 과세품질 및 국세행정업무의 합리성과 효율성을 향상시키기 위해 과세사실판단자문위원회를 운영하고 있다.

여기서 "과세쟁점사실"이란 국세의 부과, 징수, 환급 등과 관련된 일정한 사실관계를 확정하거나 확정된 사실관계를 법령에 적용함에 있어서 국세공무원과 납세자 간에 다른 의견이 있거나 있을 소지가 있는 경우(본청·지방국세청 감사 또는 과세자료 통·수보와 관련하여 감사공무원과 피감사공무원 간에 또는 과세자료 통·수보 공무원 간에 다른 의견이 있는 경우를 포함한다) 그 사실관계 전부를 말한다.

┃과세사실판단자문위원회의 운영

과세사실판단자문위원회는 본청, 지방국세청, 세무서에서 각각 운영하고 있으며 원칙적으로 각각 소속 공무원의 업무처리와 관련하여 발생한 과세쟁점사실에 대한 자문신청사항에 대해 심리한다. 다만 과세쟁점사실과 관련된 세액의 합계가 3억원(서울지방국세청·중부지방국세청·부산지방국세청은 5억원) 이상인 경우에는 지방국세청 과세사실판단자문위원회에서, 100억원 이상인 경우에는 본청 과세사실판단자문위원회에서 심의한다.

본청과 지방청의 과세사실판단자문위원회는 위원장과 8명의 위원(총 9인)으로, 세무서의 과세사실판단자문위원회는 위원장과 6명의 위원(총 7인)으로 회의를 진행한다.

납세자보호위원회나 국세심사위원회 등의 경우 공무원의 신분이 아닌 변호사·회계사·세무사 등의 외부위원 비율이 높은 반면에 과세사실판단자문위원회의 경우 모두 내부위원(국세공무원)들로만 구성되며 그 구체적인 내용은 아래와 같다.

┃과세사실판단자문신청이 가능한 사유 및 불가능한 사유

국세공무원(업무담당자, 단 납세자보호담당관이 영세납세자 지원 등의 업무처리 과정에서 과세쟁점사실을 발견한 경우에는 납세자보호담당관)은 다음의 업무처리 중 상기에서 기술한 “과세쟁점사실”이 발생한 경우, 이에 대하여 과세사실판단자문신청을 할 수 있다.
가. 세무조사
나. 과세자료 처리(자료상 조사에 따른 파생자료를 포함한다)
다. 환급 등 현장확인
라. 압류, 제2차 납세의무자 지정 등 체납처분
마. 경정청구, 수정신고, 무신고 등에 따른 결정
바. 본청·지방국세>