지난 시간에는 법인세 과세대상과 납세의무자에 대해 알아보았습니다.
이번 시간에는 본격적으로 고정자산 처분에 대한 세금에 대해 알아보도록 하겠습니다.

1. 일반적인 경우

법인세법에서는 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 수익사업으로 보고 있으나 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(법인세법상 수익사업은 제외)에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 목적사업에 해당하여 과세소득에서 제외하고 있습니다. 이 경우 해당 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 고정자산을 2018년 2월 13일 이후 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 고정자산의 취득가액으로 하여 양도차액을 계산하여 전입 이후 발생한 처분 수입만 비과세합니다.

수익사업에 속하는 고정자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우
㉠ 2018.01.31. 시가 1,200 전입한 경우 ※ 비과세 처분수입 = 양도가액－최초 취득시 취득가액 = 1,500－1,000 = 500
　 그러므로 양도차액 500에 대해 전부 비과세 한다.

㉡ 2018.03.01. 시가 1,200 전입한 경우 ※ 비과세 처분수입 = 양도가액－고유목적사업 전출시 시가 = 1,500－1,200 = 300
　 그러므로 양도차액 500에 대해서 300은 비과세 하고 200에 대해서만 과세한다.
비영리법인이 고정자산의 처분일 현재 해당 고정자산을 고유목적 사업에 3년 이상 계속하여 사용하였는지 여부의 판단에 있어 고유목적사업에 사용한 기간은 그 고정자산을 취득한 날부터 기산하고, 증여로 인한 취득일 경우에는 소유권이전 등기일을 취득일로 합니다. 그리고 법인격 없는 단체가 법인으로 승인받기 전에 취득한 부동산을 처분하는 경우 법인으로 보는 단체로 승인받기 전부터 사실상 고유목적사업에 직접 사용한 때에는 고유목적사업에 사용한 날부터 기산합니다.

2. 수익사업과 목적사업에 공통으로 사용하는 경우

건물의 일부를 목적사업에 사용하면서 나머지를 임대하는 부동산을 처분하는 경우에는 어떻게 해야 할까요?

비영리법인이 수익사업과 3년 이상 고유목적사업에 공통으로 사용하던 부동산을 처분하는 경우 양도차익은 양도가액에서 세무상 장부가액을 차감하여 산정합니다. 이렇게 계산한 양도차익은 법인세법 시행규칙 제76조 제6항에 따라 수익사업과 고유목적사업에 해당하는 사용면적비율로 안분하여 수익사업 부문에 해당하는 양도차익에 대해 법인세를 납부하여야 합니다. 이때 고유목적사업에 사용여부는 고정자산 처분일 현재를 기준으로 판단하므로 오랜 기간 고유목적사업에 사용한 고정자산이라도 해당 고정자산 처분시점에 수익사업에 사용하고 있다면 과세대상에 해당하는 것입니다. 그리고 수익사업 부분에 대한 양도차익에 대해서는 법인세법 제29조 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 설정할 수 있습니다.

3. 토지 등 양도차익에 대한 법인세

비영리법인이 수익사업과 목적사업에 사용하는 지 여부>