비영리법인이 받는 회비, 기부금, 목적사업과 관련된 국고보조금 등을 제외하고 재화 또는 용역을 제공하고 그에 따른 대가를 받는 사업은 일반적으로 수익사업에 해당될 여지가 많습니다. 비영리법인이 회원들에게 회비 이외에 학술대회 등 세미나를 개최하면서 받는 참가비, 증명서 등을 발급하고 받는 발급수수료, 학술연구용역을 제공하고 받는 용역수입, 간행물에 실리는 광고수입 등의 경우 법인세법상 수익사업에 해당하며, 비영리법인이 이러한 수익사업을 영위하는 경우에는 세금이 발생하게 됩니다.

그리고 수익사업을 영위하지 않는 경우에도 비영리법인이 보유하고 있는 고정자산을 처분하면서 이익이 발생할 수 있습니다. 이러한 처분이익에 대해서 세금이 발생할까요?

먼저 비영리법인에게 부과되는 법인세 과세소득과 법인세 납세의무자에 대해 알아보도록 하겠습니다.

1. 법인세 과세소득

법인세는 법인이 얻은 소득에 대하여 그 법인에게 부과되는 조세입니다. 이러한 법인세 과세소득에는 각 사업연도 소득, 토지 등 양도소득, 청산소득이 있으며, 비영리법인의 경우 각 사업연도의 소득과 토지 등 양도소득에 대하여만 법인세를 부과합니다.

1) 각 사업연도의 소득

비영리법인은 법인세법 제4조와 같은 법 시행령 제3조에서 열거한 수익사업에서 발생된 소득에 대하여만 법인세 납세의무를 지며, 당해 소득에 대한 과세표준 및 세액의 산정방법, 신고납부절차는 일반 영리법인과 일반적으로 동일합니다.

2) 토지 등 양도소득

비영리법인이 토지 등을 양도하는 경우 고정자산처분이익에 대해 각사업연도소득에 대한 법인세(처분일 현재 3년 이상 계속하여 당해 고유목적사업에 직접 사용한 경우 제외. 다만, 비영리법인이 수익사업에 속하는 고정자산을 2018년 2월 13일 이후 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 고정자산의 취득가액으로 하여 전입 이후 처분으로 인하여 생기는 수입만 비과세)가 과세되며, 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함) 및 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양·피서·위락 등의 용도로 사용하는 건축물, 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지 등 양도소득에 대한 법인세가 추가 과세됩니다. 다만, 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 토지 등을 양도함으로써 발생한 소득에 대해서는 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 과세하지 아니합니다.

ㆍ 토지 등 양도소득의 법인세 계산

토지 등 양도소득에 대한 법인세의 계산구조는 다음과 같습니다.
　　　　　o 토지 등 양도소득 ＝ 양도가액 － 양도당시의 세법상 장부가액 　　　　　o 토지 등 양도소득에 대한 법인세 ＝ 토지 등 양도소득 × 세율 ㆍ 세율

토지 등 양도소득에 대한 법인세율은 다음과 같습니다. 이 경우 하나의 자산이 다음의 규정 중 둘 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용합니다.