일반적으로 사업자를 대상으로 하는 세무조사는 세법에 따라 신고·납부의무가 있는 모든 세목을 조사하는 통합조사 형태로 이루어집니다. 그 중 부가가치세는, 특히 세금계산서 가 관련된 이슈에 있어서는 조사를 받는 본인뿐만 아니라 거래상대방에게까지 여파가 미치게 되므로 상당한 주의를 요합니다.

이하에서는 세무조사시 쟁점이 될 수 있는 부가가치세 이슈 중, 매수인이 기존 건물을 철거하고 부속토지만 이용할 목적으로 기존 건물과 부속토지를 일괄매수하는 경우의 공급가액 안분계산 문제에 대하여 설명드리겠습니다.¹⁾

가정

설명의 편의를 위하여 다음과 같은 상황을 가정해 보겠습니다. ㅇ 사업자 甲은 다른 사업자 乙에게 아래의 부동산을 일괄매각하기로 함. 乙은 매수 즉시 해당 건물을 철거하고 새 건물을 신축하여 본사 사옥으로 사용할 예정임. 甲과 乙은 협상을 거쳐 총 매매대금을 500억원으로 하되 乙에게 건물은 사용가치가 없으므로 전부를 토지의 대금으로 정함.

구분	甲의 취득가액	계약당시 현황		매매대금
		甲의 장부가액	감정평가가액
토지	300억원	300억원	515억원	500억원
건물	100억원	40억원	45억원	-
합계	400억원	340억원	560억원	500억원

공급자 입장에서의 이슈 : 건물분 매출세액 누락

부가가치세법 제29조 제9항 제2호는, 납세자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물의 가액이 감정평가액 등에 따라 안분계산한 금액과 30% 이상의 차이가 있는 경우에는 감정평가가액 또는 기준시가 등에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 하도록 규정하고 있습니다(이하 “30%룰”).

그렇다면, 甲의 토지, 건물 공급가액은 다음과 같이 계산될 것입니다.