다주택 중과세 제도가 도입되면서 조정지역의 주택 양도에 따른 양도소득세 신고 업무가 매우 어려워졌다. 특히 양도소득세 과세 대상주택을 비과세 대상으로 판단하는 경우 그 세액의 차이가 매우 크고 그에 따른 가산세의 부담까지 발생하여 전문가에게 있어서도 주택의 비과세 판정은 상당히 부담스러운 것이 사실이다.

특히 양도소득세 계산에 있어 과거 관행과 다른 해석이 발생하는 경우라면 이러한 부담은 배가 된다. 새로 생성되는 예규 등을 빠짐없이 확인한다는 것은 매우 어려운 일이기 때문이다. 그러나 새로 생성된 예규를 체크하지 않고 관행대로 양도소득세를 신고했다간 낭패를 볼 수 있다.

2019년 2월 14일 국세청에서 생성된 (서면부동산-3457, 2019.02.14.)(이하 ‘쟁점예규’) 예규가 상기에서 언급한 과거 관행과 다른 해석이 발생한 경우다.

국민의 주거생활의 안정과 거주이전의 자유를 보장하기 위하여 1세대 1주택의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 소득세를 부과하지 않는다.

또한 양도소득을 얻거나 투기를 할 목적으로 일시적으로 거주하거나 소유하다가 양도하는 것이 아니라고 볼 수 있는 일정한 경우 역시 1세대 1주택의 특례( 소득세법시행령 제155조)를 두어 양도소득세를 부과하지 않고 있다.

이러한 주택의 비과세 규정 중 소위 말하는 대체취득 비과세 규정과 장기임대주택 비과세 규정이 이슈가 되고 있어 아래에서 설명하고자 한다.

[표] 대체취득 비과세와 장기임대주택 비과세 비교
장기임대주택을 소유하고 있는 경우에도 대체취득 비과세 특례를 적용할 수 있는 것인데(부동산납세과-33, 2015.01.21.) 이는 결국 장기임대주택과 종전에 거주하던 주택 그리고 신규주택을 보유한 1세대 3주택자가 종전 주택을 양도하는 경우 양도소득세의 비과세 적용이 가능하다는 것이다(대체취득 비과세와 장기임대주택 비과세 동시 적용 가능).

과세관청은 2015년 이전부터 예규를 통해 대체취득 비과세와 장기임대주택 비과세의 동시 적용이 가능하다고 하였고 현재도 그 태도에 대해서는 변함이 없다.

그러나 2019년 과세관청은 쟁점예규를 생성함에 따라 그 계산방법에 변화를 주었다.

과거 대체취득 비과세와 장기임대주택 비과세가 동시에 적용되는 경우 양도가 9억 이하는 비과세, 9억 초과는 최대 80%의 장기보유특별공제 및 일반세율을 적용하여 양도소>