I. 서론
II. 공익법인 범위
1. 상증세법상의 공익법인
2. 법인세법상 지정기부금단체 III. 공익법인의 사후관리 1. 상증세법상의 조세혜택을 받은 공익법인 등에 대한 사후관리체계
2. 직접사후관리
3. 간접사후관리
4. 과다 주식보유 제한 IV. 요약

I. 서론

공익법인은 국가 등을 대신하여 공익활동을 수행하고 이에 대한 반대급부로 여러 가지 세제 혜택을 부여받고 있으며, 과세관청은 세제 혜택에 대한 의무사항을 규정하고 있다. 과세관청은 공익법인 의무사항의 원활한 이행을 위하여, 2017년 12월 공익법인 회계기준을 발표하였고, 2018년 1월 1일부터 공익법인에 대해서 공익법인 회계기준이 적용하도록 하였다. 또한 2018년 12월 공익법인회계기준 실무지침서가 발표되어, 구체적인 회계처리 방법을 제시하였다. 이처럼 공익법인의 세무 업무환경이 변화되는 상황에, 공익법인 스스로가 과거와는 다르게 의무사항의 철저한 이행을 하여야 한다. 상속세 및 증여세법(이하, 상증세법)은 공익법인이 대가 관계없이 공익성을 목적으로 받는 출연재산 등은 특정 요건을 충족하는 경우에는 과세하지 않고 있다.
법인세법은 비영리법인의 수익사업에 대해서만 과세를 하되, 수익사업에 발생하는 소득에 대해서는 고유목적사업준비금을 설정하는 경우 손금산입하여 일정 부분을 비과세 되도록 하고 있다. 또한 공익법인에 기부하는 법인 또는 개인에게는 일정 범위 내에서 손금산입 또는 소득공제를 하고 있다.
과세관청은 비과세한 소득 등에 대한 사후관리 목적으로 실제로 공익활동을 하지 않거나 의무사항을 위반하는 경우에는 증여세나 가산세 등을 부과하는 제재 등을 하고 있다.

II. 공익법인의 범위

공익법인은 크게 상증세법상 열거된 공익법인과 법인세법상 지정기부금단체등으로 볼 수 있다.

1. 상증세법상의 공익법인

상증세법상 증여세 비과세라는 조세혜택이 부여되는 대상을 ‘공익법인 등’이라고 규정하면서 그 개념을 공익목적 등과 같은 공익성을 기준으로 정하는 것이 아니라 주로 열거하는 공익사업과 주무관청을 허가를 받는 경우를 기준으로 하고 있다.
상증세법은 출연재산의 가액을 과세가액에 미산입하는 공익법인 등을 종교, 자선, 학술 관련 사업 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 사업을 하는 자라고 정의한다.
상증세법의 위임을 받은 그 시행령 제12조는 공익성을 고려하여 공익법인 등을 제한적으로 열거하고 있는데, 크게 3가지 유형으로 나뉘어 열거되고 있다.

① 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업이다. 여기서는 유일하게 공익사업이 아니라 특정한 공익성을 기준으로 증여세 특혜를 부여받을 공익법인 등을 정하고 있다. 위와 같이 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 공익목적을 가진 비영리법인, 개인 등을 포섭하는 개념으로 이해한다. ② 설립근거법에 열거된 것들로서, 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교, 유아교육법에 따른 유치원을 설립·경영하는 사업, 사회복지사업법의 규정에 의한 사회복지법인이 운영하는 사업, 의료법에 따른 의료법인이 운영하는 사업이 열거되어 있다. 이는 설립근거법의 취지와 목적을 고려할 때 열거된 법인은 허가를 받아 공익목적사업을 수행을 목적으로 설립되었고 실제 공익목적사업을 실행하도록 하는 여러 제도적 장치들이 구비되어 있는 관계로 공익성이 당연히 충족되었다고 보아 그 사업을 곧바로 공익사업으로 정한 것이다. ③ 법인세법 제24조 제3항에 해당하는 법정기부금을 받는 자가 해당 기부금으로 운영하는 사업, 법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 각 목에 의한 지정기부금단체 등 및 소득세법 시행령 제80조 제1항 제5호에 따른 기부금대상 민간단체가 운영하는 고유목적사업(제9호), 법인세법 시행령 제39조 제1항 제2 다목에 해당하는 기부금을 받는자가 해당 기부금으로 운영하는 사업을 열거하고 있다.

2. 법인세법상 지정기부금단체

법인세법상 지정기부금 단체 등은 설립근거법이 있거나 특정한 공익 목적의 단체 외에는 아래의 요건을 모두 충족하여 주무관청의 추천으로 기획재정부장관이 지정한 단체이다.

① 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인 ② 수입을 회원의 이익이 아닌 공익을 위하여 사용하고 사업의 직접수혜자가 불특정 다수인 경우 ③ 해산하는 경우 잔여재산을 국가 또는 유사한 목적을 가진 다른 비영리법인에 귀속하는 내용이 정관에 포함된 경우 ④ 인터넷홈페이지가 개설되고 연간 기부금 모금액과 사용실적을 공개한다는 내용이 정관에 포함되어 경우
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