기업에서 가장 많이 접하는 세금신고 중 하나가 부가가치세 신고일 것입니다.
특히 부가가치세 신고 시 사업자가 자기의 사업을 위해 비용을 지출하고 그에 대한 세금계산서를 수취한 경우 매입세액공제 대상에 해당하는 것이나, 부가가치세법 제39조 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

3. 삭 제(2014.1.1.) 부칙

4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

5.「개별소비세법」제1조 제2항 제3호에 따른 자동차(운수업, 자동차판매업 등 대통령령으로 정하는 업종에 직접 영업으로 사용되는 것은 제외한다)의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액

6. 접대비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령으로 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일(제5조 제1항에 따른 과세기간의 기산일을 말한다)까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다. 에서 규정하고 있는 매입세액은 사업에 사용되었음에도 불구하고 불공제 대상입니다.

하지만 실무에서는 매입세액불공제 대상을 제대로 파악하지 못해 매입세액을 공제받기에 추후 세액과 가산세 등을 추징당하기도 하며, 경우에 따라서는 공제받을 수 있는 매입세액을 불공제하여 환급을 덜 받거나 납부를 더하는 경우도 있습니다.

매입세액불공제 대상으로 세금계산서 미수취ㆍ미제출ㆍ부실기재, 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액, 비영업용소형승용자동차의 구입과 유지에 관한 매입세액, 접대비 및 이와 유사한 비용에 대한 매입세액, 면세사업과 관련된 매입세액, 토지관련 매입세액, 사업자등록 전의 매입세액이 있으나 이들 중에서 이번에는 실무에서 가장 많이 혼동하는 토지에 관련한 매입세액에 대하여 알아보도록 하겠습니다.

토지에 관련한 매입세액은 불공제하는데 그 이유는 토지의 공급만으로는 부가가치세를 창출했다고 보기 어렵기 때문에 부가가치세를 면세하는 것입니다. 다만 토지의 임대는 면세항목에 열거되어 있지 않기 때문에 부가가치세가 과세대상인 것입니다.

매입세액 불공제 대상인 토지에 관련된 매입세액이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액과 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용 등과 토지의 매입 또는 공급과 관련된 매입세액을 말하는 것입니다.

▢ 토목설계 비용은 매입세액공제가 될까요?

어느 한 기업이 토지와 건물을 매입하여 건물을 철거 한 뒤 새롭게 공장을 설립하고자 하는데 있어서 이때 토지의 취득원가에 등록세, 취득세 등을 포함하였고 토지 정리를 위한 토목공사비도 토지의 취득원가에 포함하는 것은 잘 알고 있을 것입니다.

여기서 공장을 설립하기 위해서는 토목설계비용(공장설립허가ㆍ개발행위허가ㆍ산지전용허가ㆍ농지전용허가ㆍ도시계획심의현황 및 레벨측량ㆍ산림복구설계ㆍ임목조사대행ㆍ소규모환경성검토ㆍ사전환경성영향검토ㆍ구조물안전검사 등)을 지출 될 것인데 이 경우 토목설계비용은 건물 취득원가로 보아 그 매입세액은 공제할 수 있을까요?

사업자가 자기 토지의 조성 등을 위해 지출한 매입세액은 공제받을 수 없는 것으로 토목설계용역을 제공받고 부담한 >