원심은, ‘제휴포인트 사용액의 에누리액 해당 여부가 쟁점이되, 사전 예치금 구조를 취한 이 사건과 달리 제휴사업자들이 포인트 사용액을 사후 정산한 사안’에 대한 (대법원 2015두58959, 2016.8.26. 선고) 전원합의체 판결(이하 ‘L포인트 판결’)의 법리를 인용한 뒤, “제휴사업자 사이에서의 정산의 시기와 방법은 사업상 필요에 의하여 사후 정산 또는 사전 예치금 구조 중 어느 것을 채택하느냐에 따라 달라지는 것일 뿐이므로, 위와 같은 법리는 사전 예치금 구조에 의한 이 사건 제휴포인트 적립 및 사용에 있어서도 동일하게 적용되어야 한다.”고 보았다. 그리고 원심은 위 법리를 토대로 제휴사포인트 사용액은 공급가액에 포함되지 않는 에누리액에 해당하나, 복지포인트 사용액은 이에 해당하지 않는다고 판단하였다.
이하, 먼저 원심이 인용한 L포인트 판결의 법리인 ‘포인트 사용액이 부가가치세법상 에누리액에 해당하는지 여부’에 관한 법리를 살펴본 후, 원심이 제휴사포인트 사용액과 복지포인트 사용액을 달리 판단한 구체적인 이유를 살펴본다.

사업자가 고객에게 재화나 용역을 공급하는 1차 거래를 하면서 매출액의 일정비율에 해당하는 점수를 적립해 주고, 향후 그 고객에게 다시 재화나 용역을 공급하는 2차 거래를 하면서 그 적립된 점수 상당의 가액을 공제하고 나머지 금액만 현금 등으로 결제할 수 있도록 한 경우에, 2차 거래에서 그 적립된 점수 상당만큼 감액된 가액은 결국 사업자와 고객 사이에서 미리 정해진 공급대가의 결제 조건에 따라 공급가액을 직접 공제ㆍ차감한 것으로서 에누리액에 해당한다.
즉 1차 거래에서 적립된 점수는 사업자가 1차 거래 때 고객에게 약속한 할인 약정의 내용을 수치화하여 표시한 것에 불과하며 그 할인 약정에 따라 2차 거래 때 그 점수 상당만큼 공제된 가액은 2차 거래의 공급가액에 포함할 수 없다. 또한 사업자가 위와 같은 점수 적립에 의한 대금공제 제도를 다른 사업자들과 함께 운영하면서 각자의 1차 거래에서 고객에게 점수를 적립해주고 그 후 고객이 사업자들과 2차 거래를 할 때에 그 적립된 점수 상당의 가액을 대금에서 공제하고 나머지 금액만 현금 등으로 결제할 수 있도록 한 경우에, 이 역시 여러 사업자들과 고객 사이에 미리 정해진 공급가액 결제 조건에 따라 공급가액을 직접 공제ㆍ차감한 것으로서 에누리액에 해당하며, 그 점수 상당의 공제된 가액을 2차 거래의 공급가액에 포함할 수 없음은 마찬가지이다.
한편 사업자들 사이에 2차 거래에서 대금 공제에 사용된 점수와 관련하여 내부적으로 일정한 기간 등을 정하여 상호간에 사용된 점수를 정산하고 그 차액 상당액을 정산금으로 지급하도록 하였더라도, 이는 특정한 2차 거래뿐만 아니라 사업자들 사이의 사전에 약정된 점수 적립 및 그 사용에 따른 계속적인 정산관계를 전제로 하여 각자 적립한 점수를 넘는 공급가액 공제와 관련한 손실을 서로 전보해 주는 것으로서, 다수 사업자들이 점수 적립에 의한 대금 공제 제도를 통합 운영함에 따른 위험을 분담하는 한편 대금 공제가 가능한 대상 거래를 확대하여 고객들의 활발한 구매를 유도함으로써 관련 사업자들 전체의 이익을 도모하려는 것이다. 즉 이 경우에도 적립된 점수는 여러 사업자들이 공통적으로 고객과 사전에 마친 할인 약정에 따른 할인 가능 금액을 수치화하여 표시한 것에 불과하고, 2차 거래의 공급자 자신이 1차 거래에서 적립한 점수에 관하여는 2차 거래에서 사용하더라도 다른 사업자들로부터 정산금을 받을 수 없으며, 또한 사업자들 사이의 정산금은 2차 거래와 별도로 이루어진 통합 정산약정 및 계속적인 거래의 결과에 의하여 산정된다. 따라서 여러 사업자들 사이의 정산약정에 따라 사업자가 고객이 아닌 다른 사업자들로부터 정산금을 지급받더라도 이는 2차 거래의 공급과 대가관계에 있다고 볼 수 없고, 적립된 점수의 교차사용 및 정산이 예정되어 있다는 사정만을 가지고 적립된 점수에 의하여 할인된 가격이 에누리액이 아니고 2차 거래의 공급가액에 포함되어야 한다고 보기도 어렵다.
이를 요약하면, ▲ 1차 거래에서 적립된 포인트는 고객과의 할인 약정을 수치화한 것에 불과한 점, ▲ 2차 거래에서 사용된 포인트가 2차 거래의 공급자가 아닌 다른 사업자가 적립해준 것이고, 이와 같이 교차사용된 포인트에 대하여 사업자들 사이에 사후 정산이 이루어지더라도 이는 2차 거래의 공급과 대가관계에 있다고 볼 수 없다는 점에 비추어 볼 때, 포인트 사용액이 2차 거래의 공급가액에 포함된다고 볼 수 없다는 것이다.

원심은 원고가 공급처로부터 구매한 물품을 고객에게 직접 판매하는 거래(이하 ‘직판매 거래’)와 원고가 위탁판매수수료를 수취하기로 하고 위탁판매인의 지위에서 물품을 고객에게 판매하는 거래(이하 ‘위탁판매 거래’)를 나누어 판단하되, 아래와 같이 두 유형의 거래에 관한 제휴사포인트 사용액이 모두 공급가액에 포함되지 않는 에누리액에 해당한다고 판단하였다.
특히 그 구체적인 이유 중 하나로 원심은, 원고가 제휴사로부터 지급받는 제휴사포인트 사용액(정산금)은 결국 원고를 포함한 제휴관계에 있는 사업자들이 고객과의 1차 거래에서 공급대가로 받았던 금전의 일부여서, 이를 다시 2차 거래의 공급가액에 포함시키게 되면 사업자들 전체를 놓고 볼 때 실제로 받은 금전보다 공급가액 합계액이 더 커지게 되어 실질과세원칙상 부당한 결과가 발생한다고 판시하였다.
① 직판매 거래의 경우, 1차 거래에서 적립된 제휴사포인트는 1차 거래 때 고객에게 약속한 할인 약정의 내용을 수치화하여 표시한 것에 불과하고, 고객이 2차 거래 때 이 사건 쇼핑몰에서 재화나 용역을 구입하면서 제휴사포인트를 사용하여 그 상당의 결제대금을 할인받은 것은 결국 미리 정해진 사용 조건에 따라 공급가액을 직접 공제받은 것이다. ② 위탁판매 거래의 경우, 위탁판매인인 원고와 위탁자 사이에 이루어진 거래기본계약의 내용과 거래관행 등에 비추어 보면, 위탁자는 고객이 이 사건 쇼핑몰에서 재화나 용역을 구입할 때에 제휴사포인트 사용에 따른 결제대금 할인에 동의하고, 그로 인하여 할인된 결제대금만큼 원고에게 지급하여야 할 위탁판매수수료를 공제하기로 명시적 또는 묵시적으로 약정한 것으로 보이므로, 원고와 위탁자 사이에 위 할인액의 발생근거, 적용사유, 공제액수 등에 관한 사전합의가 있었다고 할 것이고, 이에 따라 위탁판매용역의 제공 대가인 위탁판매수수료가 직접 공제된 것이다.
한편, L포인트 판결 이후 2017.2.7. 대통령령 제27838호로 개정된 부가가치세 시행령은 마일리지(포인트 등 이와 유사한 형태 포함) 사용액 중 다른 사업자로부터 보전받았거나 보전받을 금액은 공급가액에 포함하도록 규정하였다.
이에 대하여 원심은, 위 개정 시행령 규정은 마일리지 등으로 결제받은 금액에 대한 부가가치세 과세방법을 보완하기 위하여 신설된 규정으로 그 개정 취지에 비추어 그 시행 이전의 포인트 사용액까지 공급가액에 포함된다고 볼 수 없다고 추가적으로 판단하여 위 개정 시행령 규정의 적용 범위의 한계를 명확히 하였다.