원고는 건강보조식품 수입 및 도, 소매업 등을 목적으로 설립된 법인으로서, 부산지방국세청장은 2014.10.8.부터 2014.11.21.까지 원고에 대하여 2011년부터 2013년까지의 사업연도에 대한 법인통합조사를 실시하였고, 2018.1.3.부터 2018.2.21.까지 2014년 내지 2016년 사업연도에 대한 법인통합조사를 실시하다가 2010년부터 2016년까지로 조사대상 기간을 확대하여 세무조사를 하였다(이하 ‘이 사건 세무조사’). 이후 피고는 2010년 내지 2016년까지 법인세 약 10억원, 2010년 1기부터 2016년 1기까지 부가가치세 약 11억 5천만원을 각 경정ㆍ고지하고, 소득금액 합계 약 43억 5천만원에 대한 소득금액변동통지를 하였다. 이때 피고는 이사건 세무조사 진행 과정에서 세무조사결과통지 이후 이사건 각 처분에 앞서 원고에게 과세전적부심사 청구의 기회를 제공하지 않았다. 원고는 이 중 2010년 내지 2013년도에 관련한 각 부과처분에 대한 심판청구를 하였으며, 2011년 내지 2013년도의 법인세와 부가가치세 및 관련 소득금액변동통지를 조세심판원에서 중복세무조사라는 사유로 취소를 청구하여 이를 인정받았다. 이에 원고는 나머지 2010년의 법인세, 부가가치세 및 관련 소득금액변동통지 부과처분에 관하여 이 사건 소를 제기하였다.

이후 1심에서는 원고의 청구가 전부 기각되었으나, 2심에서는 과세전적부심사 기회 미부여를 사유로 부과처분 전부가 무효라고 판단되었다. 대법원에서는 원심판결이 타당하다고 보아 당해 부과처분이 무효에 해당한다고 보았다.

구 국세기본법 제81조의 15 제2항 제1호에서는 ‘「국세징수법」 제14조에 규정된 납기전징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우’를 과세전적부심사 기회를 제공하지 않는 예외 사유의 하나로 규정하고 있다. 구 국세징수법 제14조에서는 ‘국세를 포탈(逋脫)하려는 행위가 있다고 인정될 때’를 납기전 징수 사유의 하나로 규정하고 있다(구 국세징수법 제14조 제1항 제7호).²⁾ 대상판결에서는 과세당국이 특정 사업연도에 대하여 ‘고발 또는 통고처분’을 하지 않았던 경우에도, 실제 조세포탈이 성립할 수 있는 사안이면 과세전적부심사의 기회를 부여하지 않을 수 있는 것이라고 주장한 사안이었다.

이에 대하여 대상판결에서는 “… ‘국세를 포탈하려는 행위가 있다고 인정될 때’라 함은 ‘조세의 부과징수를 불가능 또는 현저히 곤란하게 할 만한 객관적인 상황이 드러나는 납세자의 적극적인 행위가 있고, 그로 인하여 납세의무를 조기에 확정시키지 않으면 해당 조세를 징수할 수 없다고 인정되는 등 긴급한 과세처분의 필요가 있는 경우’를 의미한다고 봄이 상당하다 …”고 설시하였다.

즉, 이는 과세대상 사업연도를 기준으로 보는 것이 아니라, 세무조사 시점을 기준으로 보아 ‘납기전 징수’의 사유를 판단하여야 함을 확인한 것으로 볼 수 있다. 이와 같은 대상판결의 취지는 국세기본법상 과세전적부심사에 납기전 징수에 관한 규정을 삽입한 취지, 국세징수법상 납기전 징수의 취지 및 전반적 체계에 부합하는 합리적인 해석으로 보인다.

기존 대법원 판결에서는 “과세관청의 익금산입 등에 따른 법인세 부과처분과 그 익금 등의 소득처분에 따른 소득금액변동통지는 각각 별개의 처분이므로 …(중략)… 소득처분에 따른 소득금액변동통지와 관련된 조세포탈에 대해서까지 과세전적부심사의 예외사유인 ‘고발 또는 통고처분’을 한 것으로 볼 수는 없다”고 설시하였다. 위 판단은 ‘각각 별개의 처분’에 대해서는 과세전적부심사 기회의 제공도 별개로 판단하여야 한다는 기준을 제시하였다는 점에서 의미가 있었다.

다만, 대법원은 다른 사업연도에 대해서는 직접적으로 무효에 해당하는지 여부에 대해 판단내리지 않았기에 그와 관련하여서는 학계에서 이견이 있었다.

그렇지만 대법원은 조세의 종목과 과세기간에 의하여 구분되는 각 과세단위에 관한 개개의 부과처분이 조세소송의 소송물이 되는 것이라는 것이 그 확립된 입장에 해당한다(대법원84누216, 1986.3.25., 판결). 또한, 이러한 법리에 근거하여 대법원은 부과처분의 취소를 구하는 항고소송은 국세기본법 소정의 전심절차를 거쳐야 할 것이기에 당해 사안에서의 각 부과처분은 각기 그 과세시기, 과세종류, 요건과 효과를 달리하는 독립적 처분이므로 비록 원고가 위의 각 부과처분의 요건 중 과점주주가 아니라는 동일한 사유를 내세워 그 취소를 구하였다 하여도 그 중 일부의 처분에 대한 전심절차를 거쳤다는 사유만으로는 그 밖의 과세처분에 대하여는 취소소송을 제기함에 있어 전심절차를 거칠 필요가 없다고는 할 수 없다고 판시한 바가 있다(대법원83누31, 1984.5.29., 판결). 즉, 이는 각 사업연도별 소송물의 구분에 따라 명백히 전심절차의 경유 여부가 구분된다는 취지에 해당한다(서울행법2016구합63293, 2017.8.24., 판결 참조). 따라서 기존 대법원 판결의 설시에 따라 ‘각각 별개의 처분’에 해당하는지에 따라 과세전적부심사 기회를 제공해야 하는지를 따져야 한다면, 이는 개별적인 과세단위에 따라 판단해야 하는 것으로 해석되어야 할 것이다.

대상판결에서는 이와 같은 입장에 서서 비단 동일 사업연도의 소득금액변동통지 외에 조세포탈로 고발 또는 통고처분하지 않은 다른 사업연도에 대한 부과고지에 있어서도 과세전적부심사의 기회를 부여하여야 한다고 명확하게 판단하였다는 점에서 의미가 있다.