⇒ 법인(주식을 한국증권거래소에 상장한 법인은 제외)의 주식 또는 지분을 50%초과하여 취득함으로써 과점주주가 된 때, 그 과점주주는 해당 법인이 소유하고 있는 부동산 등 취득세 과세대상을 해당 지분 비율만큼 취득한 것으로 봅니다. 다만, 법인 설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우는 그러하지 않습니다.

사례 1) 법인의 주식을 취득하여 과점주주가 되는 경우 당해 법인이 소유하고 있는 취득세 과세대상에 대하여 주식보유비율에 따라 취득세를 납부하여야 한다고 하는데 코스닥에 등록된 법인도 이에 해당하는지 여부?

⇒ 지방세기본법 제46조의 규정에서 과점주주가 적용되는 법인에는 “주식을 한국증권거래소에 상장한 법인을 제외”하도록 하고 있는바, 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제9조제15항제1호에서 “상장법인”은 유가증권시장에 상장된 유가증권의 발행인으로, “유가증권시장”은 유가증권의 매매거래를 위하여 한국증권거래소가 개설하는 시장으로 정의하고 있으므로 장외등록시장에 등록한 법인의 경우에는 상장법인으로 볼 수 없으므로 비상장법인에 해당함

사례 2) 법인의 자기 주식 취득으로 주식소유 비율 변화가 과점주주 판단에 영향을 미치는지 여부?

⇒ 주주가 주식발행 법인의 주식을 취득하여 과점주주의 주식소유 비율이 증가되는 것이 아니라 주식발행 법인이 자기주식을 취득함으로써 기존의 과점주주에 대한 주식소유비율이 증가하는 경우에는 과점 주주에 대한 취득세 납세의무가 없음

사례 3) 의결권 없는 주식을 취득하여 주식보유비율이 50%가 넘게 된 경우 과점주주에 해당하는지 여부?

⇒ 지방세기본법 제46조에서 제2호의 규정에 의한 과점주주의 경우 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식을 제외한다.) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 과점주주의 소유주식수(의결권이 없는 주식을 제외한다.) 또는 출자액(당해 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식수 또는 출자액)을 곱하여 산출한 금액으로 규정하고, 그 과점주주는 주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자들의 소유 주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50 초과인 자들이라고 규정하고 있으므로, 이 경우 과점주주의 주식소유 비율산정 시 의결권이 없는 주식은 제외하는 것임

사례 4) 비상장법인의 과점주주(특수관계자)간의 주식거래가 지방세법 제7조 제5항에 의한 과점주주의 간주취득세에 해당하는지 여부?

⇒ 지방세법 제7조 제5항 및 같은법 시행령 제11조의 규정에 의한 과점주주에 대한 취득세 납세의무 성립여부와 관련하여 기존 과점주주와 특수관계에 있는 자가 기존 과점주주로부터 주식 또는 지분의 일부를 취득한 것은 특수관계인간의 거래로 과점주주로 인한 취득세 납세의무가 없는 것이며, 특수관계인간 내부거래라 하더라도 과점주주비율 전체를 취득하여 새로운 과점주주가 되는 경우에는 취득세 납세의무가 있는 것으로 보았으나, 대법원 판결(대법원2007두10297, 2007.8.23)에서 “기존 과점주주와 특수관계에 있으나 당해 주식발행 법인의 주주가 아니었던 자가 기존의 과점주주로부터 그 주식 또는 지분 전부를 이전받은 경우라 하더라도 일단의 과점주주 전체가 보유한 총 주식 또는 지분의 비율에 변동이 없는 한 간주취득세의 과세대상이 될 수 없다”고 판시함에 따라 이와 같은 경우 취득세 납세의무가 없는 것으로 유권해석을 변경함

사례 5) 비상장법인이 부동산 취득시 취득세를 면제받은 경우에도 과점주주의 취득세 납세의무가 있는지 여부?

⇒ 지방세법 제7조 제5항의 규정에 의거 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비, 입목, 항공기, 선박, 광업권, 어업권, 골프회원권, 콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 보나 법인 설립시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우 또는 과점주주에 대한 취득세 납세의무성립일 현재 이 법 및 기타 법령에 의하여 취득세가 비과세, 감면되는 부분에 대하여는 그러하지 아니하도록 규정하고 있으므로, 이 경우 비상장법인의 과점주주가 당해 비상장법인에 부동산을 현물출자하고 현물출자의 대가로 지분을 받아 과점주주비율이 증가된 경우로서, 당해 비상장법인은 부동산을 취득 시에 취득세를 면제받은 경우라도 비상장법인의 취득세 납세의무와 과점주주 취득세 납세의무는 별개의 것이므로 당해 과점주주 비율증가분에 대하여는 과점주주 취득세를 납부하여야 함

사례 6) 비상장법인의 특수 관계자가 아니었던 자가 혼인으로 과점주주가 된 경우?

⇒ 비상장법인의 주식을 특수 관계자가 아니었던 甲개인과 乙개인이 각각 30%를 가지고 있다가 甲개인과 乙개인이 결혼을 하여 당해 법인의 주식소유비율의 합계가 60%(30%+30%)를 소유하게 되어 과점주주가 된 경우에는 甲개인과 乙개인은 당해 법인의 주식 또는 지분을 주주 또는 사원으로부터 취득하여 과점주주가 된 것이 아니므로 취득세 납세의무가 성립하지 아니함

사례 7) 과점주주가 된 경우 장부상 미분양주택의 신고납부 여부?

⇒ 당해 법인의 주식을 취득하여 과점주주가 된 경우 과점주주일 현재 법인장부상 재고자산(미분양주택)이 계상되어 있다면 미분양주택도 지방세법 상 과세대상이 되는 부동산에 해당되므로 미분양 주택을 포함한 총가액에 과점주주가 취득한 주식비율을 곱한 금액으로 신고납부 하여야 함

⇒ 법인이 과밀억제권역 안에서 본점 또는 주사무소의 사업용부동산(본점 또는 주사무소용건축물을 신축 또는 증축하는 경우와 그 부속토지에 한한다)을 취득하는 경우와 과밀억제권역(산업단지ㆍ유치지역 및 공업지역 제외) 안에서 공장을 신설 또는 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우 중과하도록 규정하고 있습니다.

사례 1) 본사의 조직이나 중추관리기능과는 하등의 관계가 없는 사무소용 건물로 사용하고 있는 경우 이 사무소용 건물이 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산을 취득한 것에 해당되는지 여부?

⇒ 지방세법시행령 제25조에서 “대통령령이 정하는 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산”이라 함은 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 예비군 병기고 및 탄약고를 제외한다)을 말한다고 규정되어 있으므로, 이 경우 사무소용건물의 주요업무, 기능 등이 자세히 적시되지 아니 하였으나, 본사의 조직이나 중추관리기능이 없이 단순히 방송프로그램제작 등의 용도로 사용되고 있다면 주사무소에 해당되지 않는다고 할 것임.

사례 2) 과밀억제권역 안에서 취득하는 법인 또는 주사무소에 영업장소가 함께 설치되는 경우, 그 영업장소 및 부대시설 부분도 취득세 중과세 대상에 해당하는지 여부?

⇒ 구 지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되어 1998.12.31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것) 제112조 제3항, 같은법시행령(1994. 12.31. 대통령령 제14481호로 개정된 것) 제84조의2 제3항에 의하면, 수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역 안에서 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산을 취득한 경우에는 취득세를 중과세하고 있는 바, 그 취지는 이러한 지역 내에서 인구유입과 산업집중을 현저하게 유발시키는 본점 또는 주사무소의 신설 및 증설을 억제하려는 것이므로, 백화점 등 유통업체의 매장이나 은행본점의 영업장 등과 같이 본점 또는 주사무소의 사무소에 영업장소가 함께 설치되는 경우에 그 영업장소 및 부대시설 부분은 취득세 중과세 대상에 해당하지 않는다. 이에 따라 은행 본점의 영업장 및 그 부대시설로 사용되고 있는 이 사건 건물의 제1,2층 중 영업장과 탕비실, 창고 등의 그 부대시설 부분이 중과세대상에 해당하지 아니한다고 판시한 것은 정당하다.

⇒ 대도시 안에서 법인의 설립(대통령령으로 정하는 휴면법인을 인수하는 경우를 포함한다)하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점ㆍ분사무소를 대도시내로 전입함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다) 하는 경우 취득세는 지방세법 제11조 제1항의 일반세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율을 적용합니다. 다만, 과밀억제권역 내에서 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하거나, 법인이 사원에 대한 분양 또는 임대용으로 직접 사용할 목적으로 대통령령으로 정하는 주거용 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 지방세법 제11조에 따른 해당세율을 적용합니다.

사례 1) 법인설립 후 5년이 경과한 법인으로서 임대사업을 목적으로 건물을 신축하였고, 부가가치세법상의 지점 사업자등록은 하였지만 임대업무는 본점에서 수행하는 경우 취득세 중과대상에 해당하는지 여부?

⇒ 지방세법 제28조 제2항 및 지방세법시행령 제45조의 규정에 의하여 대도시내 법인의 지점설치 및 그 지점설치 이후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산에 대한 등기에 대하여 등록면허세를 중과세 하는바, 대도시 내에서 법인설립 후 5년이 경과된 법인이 부동산 임대업을 영위하기 위하여 부동산을 취득등기한 후 당해 임대용 부동산에 별도의 인적ㆍ물적설비를 갖춘 지점을 설치하지 아니하고 본점에서 임대업무를 수행하는 경우에는 취득세 중과세대상에 해당하지 않는 것임.

사례 2) 법인설립 후 7년이 경과한 법인이 다른 법인으로부터 계약, 승계 한 해당 개발사업의 부동산계약(계약금만 지급한 상태에서의 승계)과 관련하여 추후 중도금, 잔금을 지급하고 소유권을 취득하게 될 경우 법인의 과밀억제권역 내 부동산 신규취득에 대한 취득세 중과 여부?

⇒ 지방세법 제13조 제1항 규정에 의거 법인이 과밀억제권역 안에서 부동산을 신축 또는 증축하여 그 신축ㆍ증축(취득)일로부터 5년 이내에 본점 또는 주사무소로 사용하는 경우 취득세가 중과세되는 것이므로 부동산을 승계취득하는 경우에는 취득세 중과세 대상이 아니라 하겠으며, 지방세법 제13조 제2항 및 지방세법 시행령 제26조의 규정에 의거 대도시 내에서 법인 또는 지점 등을 설립ㆍ설치ㆍ전입한 이후 5년 이내에 취득하는 부동산에 대하여는 취득세가 중과세되는 것이므로 법인설립 후 7년이 경과한 법인이 취득ㆍ등기하는 부동산의 경우 취득세가 중과세 되지 않는 것임.

사례 3) 취득세 중과세 제외대상인 채권보전용으로 부동산을 취득하여 5년 내에 지점을 설치ㆍ사용하는 경우 중과세 해당 여부?

⇒ ‘채권을 보전하거나 행사할 목적’의 부동산 취득이라 함은 불량채권 등의 회수를 위한 방편으로서 일시적으로 부동산으로 취득하는 것으로 동 부동산을 취득한 후 당해 법인의 사업용이나 수익사업에 사용하는 경우에는 채권을 보전하기 위하여 일시적으로 취득한 부동산으로 볼 수 없는 것이므로 채권보전용으로 취득한 경우라도 5년 내에 당해 부동산에 지점을 설치ㆍ사용하는 경우라면, 취득세 중과세대상에 해당되는 것이라고 할 것임.

⇒ 아파트형공장에 입주하여 사업을 영위하고자 하는 중소기업자에 대하여 취득세를 감면하는 것이며, 부동산을 취득한 후 정당한 사유 없이 취득한 날로부터 1년 이내에 지정한 공장 또는 사업에 직접 사용하지 아니하거나 타인에게 양도하는 경우 기 면제된 취득세를 추징하는 것이므로, 이 경우 개인사업자가 포괄적 사업양수도에 의하여 법인으로 전환된 경우에는 추징대상에 해당하지 않음.

⇒ 창업에 해당하지 아니한 업종으로 창업하여 사업용재산을 취득한 경우에는 업종의 영위 여부를 떠나 취득세 감면대상 창업중소기업에 해당되지 아니한다 할 것이고, 이후에 창업에 해당하는 업종을 추가한 경우라고 하더라도 이는 다른 업종을 추가한 경우로서 새로운 창업으로 볼 수 없다고 판단됨.

⇒ 지방세특례제한법 제22조에 따른 주민세(재산분) 감면 여부를 판단하기 위해서는 첫째, 사회복지법인에 해당하는지, 둘째, “사회복지사업을 목적으로 하는 단체”에 해당하는지를 살펴보아야 하는바, 해당법인은 의료법인으로써 사회복지사업법에 따른 사회복지법인에 해당되지 않으며, 쟁점 사업장인 노인요양시설은 사회복지사업법에 따른 복지시설에 해당하나, 이는 해당 의료법인이 의료법 제49조에 따라 부수적인 부대사업으로 설립한 시설로써 독립적인 “사회복지사업을 목적으로 하는 단체”가 아님을 알 수 있는 바, 지방세특례제한법 제22조 제1항 및 제3항에 따른 “사회복지법인등”에 해당하지 않으므로 주민세(재산분) 면제대상이 아니라고 판단됨.

ㆍ중소기업기본법에 따른 중소기업이 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 60을, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2025년 12월 31일까지 경감도록 규정하고 있습니다. ㆍ다만, 토지 또는 건축물을 취득한 후 1년(건축법에 따른 신축ㆍ증축 또는 대수선을 하는 경우에는 2년) 이내에 기업부설연구소로 인정받지 못한 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징합니다. ㆍ위 추징 규정은 지특법 46조 제 1항부터 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 ①부동산에 대하여 취득세를 감면하되, 그 취득일로부터 1년 이내에 기업부설연구소로 인정을 받지 못한 경우에는 경감된 취득세를 추징하는 것을 원칙으로 하면서 ㆍ그 ①부동산에 더하여 ②건축물(기업부설연구소에 직접 사용 목적, 이하 같음)을 신축ㆍ증축 또는 대수선을 하는 경우 그 공사소요기간 등을 감안하여 그 추징 유예기간을 2년으로 연장한 것입니다. ㆍ기업부설연구소용으로 하여 취득한 ①부동산에 대한 취득세를 감면받기 위해서는 취득일로부터 1년 이내에 기업부설연구소로 인정받아야 하고, ㆍ①부동산 중 증축분 ②건축물의 부속토지(감면대상 안분면적이 증가 될 경우)에 대한 취득세를 감면받기 위해서는 ①부동산 취득일로부터 2년이내에 증축분 ②건축물도 기업부설연구소로 인정을 받아야 할 것이며, ㆍ①부동산에 대한 취득세를 추징한다고 하더라도 증축분 ②건축물 취득일로부터 1년이내에 기업부설연구소로 인정을 받은 경우 증축분 ②건축물에 대한 취득세는 감면대상이 되는 것입니다.

ㆍ지방세법에 따르면 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우 취득으로 보며, 토지의 지목변경에 따른 취득은 토지의 지목이 사실상 변경된 날과 공부상 변경된 날 중 빠른 날을 취득일로 본다고 규정하고 있습니다. ㆍ지목변경 취득으로 보기 위하여는 우선 그 토지의 주된 사용 목적 또는 용도에 따라 구분되는 지목이 사실상 변경되었을 뿐만 아니라 그로 인하여 가액이 증가되어야 하므로(대법원97누15807, 1997.12.12., 참조), 공부상의 변경을 수반하지 않는 경우라도 취득세 과세대상이 될 수 있다 할 것인 바, ㆍ일반적으로 동일 건축주(토지소유자)로서 직접 건축허가에서 토지조성, 건축물의 준공까지의 일련의 과정을 거쳐 건축에 이른 경우라면 건축물 준공일을 지목변경일로 보는 것이 합리적이나, 위와 같은 취지로 토지조성공사부터 건축과정까지 다양한 사정을 고려한다면 반드시 건축물 준공일을 지목변경일로 한정 된다고 볼 수는 없다 할 것입니다. ㆍ해당 법인은 2015년 건축허가를 받았고, 건축허가를 받으면 건축물의 건축, 토지의 형질변경, 토지분할 등에 해당하는 행위인 개발행위허가를 받은 것으로 의제되며, 그 당시부터 2016년까지 쟁점 토지에 대하여 토지조성 공사가 시행된 점, ㆍ2017년 1월 ~ 8월까지 해당 법인이 쟁점 토지를 시세 등을 반영하여 개별공시지가에 비해 고가로 제3자에게 매각한 점, 해당 법인이 건축하고자 하는 단독주택의 호수에 맞게 13개의 필지로 분할 후 매각함으로써 쟁점 토지를 취득한 제3자가 그 토지에 건축물을 준공한 점을 고려해보면, ㆍ해당 법인은 비록 건축허가를 받았지만, 건축을 위한 토지를 조성하여 제3자에게 제공하는 역할에 그친다고 보는 것이 합리적이라 할 것입니다. ㆍ따라서 건축물 준공일이 아닌 쟁점 토지를 택지로서 사실상 사용이 가능한 시점에 사실상 지목변경이 이루어진 것으로 보는 것이 타당하다고 판단됩니다.

ㆍ사업시행자, 주택조합, 주택건설사업자 등이 멸실시킬 목적으로 주택을 취득하는 경우에는 중과세 대상으로 보지 않으나, 정당한 사유 없이 3년이 경과할 때까지 해당 주택을 멸실시키지 않은 경우는 제외합니다. ㆍ다주택자에 대한 취득세 중과제도는 주택 실수요자를 보호하고 투기수요를 억제하기 위해 시행되었으며, 주택건설사업자가 새로운 주택을 짓기 위해 멸실목적의 주택을 취득하는 것은 주택 실수요자 보호 취지에 반하지도 않고, 투기 목적의 주택 취득으로도 볼 수 없어 중과세에서 제외하고 있습니다. ㆍ따라서 멸실만 하고 준공 이전에 해당 부동산을 처분한다면 이러한 취지에 부합하지 않는다 할 것입니다. ㆍ지방세법 시행령에 따르면 정비사업 시행자, 주택건설사업자 등 사업주체별로 주택건설 여부에 따라 멸실목적으로 취득하는 주택에 대한 중과비율을 달리 정하고 있는데, 이는 멸실 이후 주택 신축을 전제로 한 것입니다. ㆍ기존 주택의 멸실만으로 중과제외 요건이 이미 충족되었다고 본다면 해당 규정에 따른 중과세 요건은 사실상 유명무실한 규정이 될 수 있다 할 것입니다. ㆍ따라서 주택건설사업자가 멸실시킬 목적으로 취득한 주택을 멸실 후 처분하거나 주택이 아닌 다른 용도로 사용한 경우라면 중과세 대상에 해당합니다.