원심은 원고가 B주식회사 문화예술 사업부문의 주주로서 분여받은 이익은 그 실질이 증여이익인데 영리법인이 증여받은 재산은 자산수증이익으로서 법인의 각 사업연도 소득(익금)을 구성하기 때문에 법인세로 과세할 뿐이고, 원고가 A주식회사 주주로서 B주식회사 문화예술 사업부문의 주주에게 분여한 이익은 부당행위계산 부인의 결과 익금에 산입되는 것일 뿐이며, 위 각 익금산입은 그 성립요건과 이로 인한 납세의무자를 서로 달리할 뿐만 아니라 중복적용을 배제하는 특별한 규정도 없으므로 함께 부과되었다고 하여 이중과세에 해당한다고 볼 수 없다고 판단하면서 이중과세에 해당한다는 원고의 주장을 배척하였다.

그러나 대상판결은 달리 판단하였다. 대법원은 법인세법 규정의 내용과 체계 및 입법취지, 불공정합병에 따른 합병당사법인들 주주 사이의 이익분여 구조 등에 비추어 보면, 불공정합병이 이루어진 경우 합병당사법인들의 주식을 함께 보유하고 있는 법인에 대해서는 주가가 과소평가된 합병당사법인의 주주로서 입은 손실과 주가가 과대평가된 합병당사법인의 주주로서 얻은 이익을 통산하여 실질적으로 분여하거나 분여받은 이익이 있는지 밝힌 다음 그 결과에 따라 이 사건 부당행위계산부인 규정과 이 사건 익금 규정 중 어느 하나를 적용하여야 한다고 판단하였다. 이와 달리 주가가 과소평가된 합병당사법인의 주주로서 분여한 이익에 대해서는 이 사건 부당행위계산부인 규정을, 주가가 과대평가된 합병당사법인의 주주로서 분여받은 이익에 대해서는 이 사건 익금 규정을 각각 적용하여 각 이익 상당액을 모두 익금에 산입하는 것은 허용될 수 없다고 판단하였다. 구체적인 이유는 다음과 같다.
첫째, 이 사건 부당행위계산부인 규정에 따른 부당행위계산에 해당하기 위해서는 특수관계인인 법인 간의 불공정합병으로 인하여 주주인 법인이 특수관계인인 ‘다른 주주’에게 이익을 분여하였음이 인정되어야 한다. 그리고 이 사건 익금 규정에 따른 익금에 해당하기 위해서는 특수관계인인 법인 간의 불공정합병으로 인하여 주주인 법인이 특수관계인인 ‘다른 주주’로부터 분여받은 이익이어야 한다.
둘째, 주식을 시가보다 높거나 낮게 평가하여 불공정한 비율로 합병을 하면 주가가 과소평가된 합병당사법인의 주주로부터 주가가 과대평가된 합병당사법인의 주주로 주식가치 변동에 따른 부의 이전 효과가 발생하게 된다. 그런데 어느 법인이 합병당사법인들의 주식을 함께 보유하고 있는 상태에서 불공정합병이 이루어지면 주가가 과소평가된 합병당사법인의 주주로서의 재산가치는 감소하지만 동시에 주가가 과대평가된 합병당사법인의 주주로서의 재산가치는 증가한다. 따라서 이러한 경우 주가가 과소평가된 합병당사법인의 주주로서 입은 손실과 주가가 과대평가된 합병당사법인의 주주로서 얻은 이익의 크기가 같은 범위에서는 해당 법인에게 불공정합병에 따른 부의 이전 효과가 발생하지 않는다.
셋째, 불공정합병으로 인하여 주가가 과소평가된 합병당사법인의 주주가 입은 손실과 주가가 과대평가된 합병당사법인의 주주가 얻는 이익은 불공정합병이라는 하나의 자본거래에서 발생하는 것이다. 불공정합병 당시 어느 법인이 합병당사법인들의 주식을 함께 보유하고 있었다면 해당 법인에게는 불공정합병에 따른 실과 이익이 함께 귀속되므로 해당 법인이 불공정합병으로 인하여 이익을 분여하였는지는 그 손실과 이익을 통산하여 실질적으로 판단하여야 한다.
넷째, 이 사건 익금 규정에 따른 익금에 해당하기 위해서는 불공정합병으로 인하여 합병당사법인의 주주인 법인의 순자산이 증가하여야 한다. 어느 법인이 합병당사법인들의 주식을 함께 보유하고 있는 상태에서 불공정합병이라는 하나의 자본거래가 이루어지는 경우 해당 법인의 순자산이 증가하였는지 여부는 순자산의 개념상 주가가 과대평가된 합병당사법인의 주주로서 얻은 이익과 주가가 과소평가된 합병당사법인의 주주로서 입은 손실을 통산하여 판단할 수밖에 없다.

법인세법은 납세자가 특수관계인에게 정상적인 거래형식에 의하지 않고 경제적인 이익을 분여함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 경감 내지 배제시키는 행위계산을 부당행위계산부인 규정을 통해 부인하고 있다. 그중 특수관계인인 법인 간에 불공정한 비율로 합병하여 주주인 법인이 특수관계인인 다른 주주에게 이익을 분여한 경우를 부당행위계산부인 유형의 하나로 규정하고 있다.
법인 간 합병에서 합병비율을 합병당사법인 주식의 시가에 의하지 않고 불공정하게 정하는 경우 주식가치가 과소평가된 합병당사법인 주주로부터 주식가치가 과대평가된 합병당사법인 주주로 주식가치 변동에 따른 부의 이전효과가 발생한다. 예를 들어, 아버지가 소유한 합병법인과 아들이 소유한 피합병법인이 합병한다고 가정해 보자. 그리고 합병법인 주식의 시가는 10,000원이고 피합병법인 주식의 시가는 10원인데, 1:1의 비율로 합병한다고 가정해보자. 합병 후 법인의 가치는 10,010원이고, 1:1의 비율로 합병하였으므로 아들은 그 1/2인 5,005원의 가치가 있는 주식을 취득하게 된다. 반면 아버지가 소유한 주식의 가치는 10,000원에서 5,005원으로 하락하게 된다. 이러한 부의 이전이 양자 간에 특수관계가 있고 이익을 분여한 주주가 법인인 경우 이를 법인주주에 대한 부당 자본거래로 규제하는 것이다.

익금이란 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입의 금액을 말한다.
익금에 관한 구체적인 내용을 법인세법시행령 제11조에서 정하고 있다. 그런데 법인세는 소득세의 일종으로서 순소득과세의 원칙에 따라 순소득(net income)에 대하여 과세하므로, 익금의 범위에 관한 위 규정들은 예시적 규정에 지나지 않는다. 따라서 법인의 순자산을 증가시키는 거래로부터 발생하는 한 영업상의 수익이거나 영업 외의 수익이거나를 묻지 않고 모두 익금에 해당한다.
그 중 특수관계인인 법인 간의 합병(분할합병을 포함)에 있어서 주식등을 시가보다 높거나 낮게 평가하여 불공정한 비율로 합병하는 경우 등 주주등인 법인이 자본거래로 인하여 특수관계인인 다른 주주로부터 이익을 분여받은 경우에는 그 분여받은 이익을 익금으로 한다( 법인세법시행령 제11조 제9호).
이러한 불공정합병ㆍ신주인수권의 포기ㆍ신주의 고가인수 등과 같은 자본거래로 인하여 다른 주주로부터 분여받은 이익이 법인세법 제15조 제1항에서 정의하고 있는 익금에 해당하는지 해석상 다툼이 있으나, 대법원은 법인세법시행령 제11조 제9호에 불공정합병 등의 자본거래에 의하여 분여받은 이익을 익금의 유형으로 추가하기 전의 사안에서 신주인수권의 포기로 인하여 다른 주주로부터 분여받은 이익은 자산수증이익에 해당하여 익금을 구성한다고 판단하였다(대법원 94누3629, 1995.7.28., 판결).

원심은 원고가 불공정합병의 합병당사법인들 모두의 주주라는 점은 법인세법상 이에 대한 규정이 없는 이상 이를 특별히 고려할 수 없다고 판단했다. 원고가 합병당사법인들 모두의 주주라는 점에서 이익을 분여받는 측면이 있는 동시에 이익을 분여하는 측면도 존재하는데 원심은 이러한 점을 고려하지 않은 것이다.
소득과세의 정당성은 담세력에 따른 과세에 있다. 불공정합병으로 인한 부당행위계산부인 규정의 취지는 주식 가치 변동에 따른 부의 이전 효과에 있다. 그런데 동일법인이 불공정합병의 합병당사법인들 모두의 주주라면 부의 이전 효과가 발생하지 않은 경우도 발생할 수 있다. 이러한 불공정합병에 따른 합병당사법인들의 주주 사이의 이익분여 구조 등에 비추어 보면 실질적으로 이익이 발생하였는지 여부에 따라 과세하는 것이 소득과세의 정당성을 담보하는 것이라 생각한다. 이러한 관점에서 대상판결은 불공정합병 당사법인들의 주주가 동일인인 경우 법인세법 규정의 적용방법을 합리적으로 제시하였다는 데 의의가 있다고 본다.