종전에는 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 하되 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 적용하기 때문에 보충적 과세기준으로 향상 시가표준액이 되었다. 그런데 2023년부터는 취득의 유형에 따라 과세표준 적용기준이 달리 적용된다. 첫째, 유상승계취득의 경우 실제 거래 상대방에게 지급하거나 지급할 비용이 나타나게 되므로 ‘사실상 취득가액’을 과세표준으로 적용한다. 이때 사실상 취득가액은 취득시기 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방이나 제3자에게 지급했거나 지급해야 할 일체의 비용을 말한다. 둘째, 무상승계취득의 경우 실거래가격이 없으므로 과세표준은 당해 취득물건의 내재가액인 시가를 기준으로 하게 된다. 이 경우 취득가액은 취득시기 당시 불특정다수인 사이에서 자유롭게 거래가 이루어지는 경우 통상적으로 성립된다고 인정되는 시가인정액(매매사례가액, 감정가액 등)으로 한다. 따라서 무상취득 시 원칙적으로 시가인정액으로 하되, 시가인정액을 산정하기 어려운 경우에는 시가표준액을 취득당시가액 으로 적용하게 된다.

I 취득세 과세표준 관련 조문별 개정사항 I

유상취득 시 취득세의 과세표준은 원칙상 사실상 취득가액을 적용하나 이를 알 수 없는 경우에는 보충적 가액인 시가표준액을 적용한다. 그런데 유상취득 시라도 특수관계자와의 거래 등으로 부당행위 계산부인이 적용될 때에는 시가인정액을 적용하게 된다. 무상취득하는 경우 취득일 현재 불특정다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액인 매매사례가액, 감정가액, 공매가액으로 시가로 인정되는 ‘시가인정액’으로 적용한다. 따라서 무상취득 시 취득가액은 지금까지는 「지방세법」상 시가표준액을 적용해 왔으나 매매사례가액 등 시가인정액을 바로 과세기준으로 적용하게 된다. 따라서 시가인정액은 시가표준액보다 우선하여 적용하게 되는 것이고 나아가 시가표준액이 보충적 과세기준이 된다. 이 부분이 종전과 큰 차이점이다. 시가인정액은 시가를 대체하는 대체가격일 뿐 아니라 취득세 과세표준에 그대로 적용되기 때문에 시가인정액은 사실상 취득세 세부담을 결정하는 중요한 과세기준에 해당하게 된다.

종전에는 사실상 취득가격으로 입증되는 것으로 보는 취득의 경우는 ① 국가, 지방자치단체 등으로부터의 취득, ② 외국으로부터의 수입에 의한 취득, ③ 판결문ㆍ법인장부에 따라 취득가격이 증명되는 취득, ④ 공매방법에 의한 취득, ⑤ 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제3조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제5조에 따라 검증이 이루어진 취득으로 한정적으로 열거하고 있다(구 지법 §10 ⑤). 그러나 2023년부터는 이와 같은 사실상 취득가격을 의제하는 취득 관련 규정이 삭제되어 납세자의 입장에서는 사실상 취득가격을 입증하기 위하여 어떤 증빙서류에 의거 입증하여야 하는 것인지 여부가 쟁점이된다. 특히, 개인 간 거래에 있어서 취득가격을 입증하는 서류로 검인계약서상의 취득가액을 검증받은 경우에는 이를 사실상 취득가액으로 의제하였으나 이와 같은 사실상 취득으로 간주하는 규정이 삭제된 상황에서는 이를 개인 간 거래 시 매수자 개인이 검인계약서상 검증가액으로 신고하는 경우 사실상 취득가격으로 볼 것인지가 명확하지 아니하여 납세자가 어떤 증빙서류를 제시하여야 할 것인지 어려움이 예상된다.

시가인정액제도가 시행됨에 따라 무상취득 시 취득세 과세표준은 시가를 원칙으로 하면서 시가인정액을 우선순위로 적용되고 시가인정액이 없는 경우만 시가표준액이 적용된다는 점에서 종전과 다르다.
시가인정액이란 불특정다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액(매매사례가액, 감정가액, 공매가액, 그 밖에 시가로 인정되는 가액)을 말한다. ‘시가인정액’의 범위는 취득일 전 6개월부터 취득일 후 3개월 이내의 기간(= “평가기간”) 중 매매ㆍ감정ㆍ경매(「민사집행법」에 따른 경매를 말함) 또는 공매(= “매매등”)가 있는 경우에 확인되는 가액을 말한다. 이때 감정가액은 감정평가액의 평균액으로 하고 유사 매매사례가액의 경우 지방세심의위원회의 심의 절차를 거쳐 인정된다. 이 경우 ① 평가기간에 해당하지 않는 기간으로서 평가기준일 전 2년 이내의 기간 중 매매 등이 있거나 ② 평가기간이 경과한 후부터 취득세를 부과하기 전까지의 기간 중 매매 등이 있는 경우에도 취득일부터 아래에 해당하는 날까지의 기간 중 시간 경과 및 주위 환경의 변화 등을 고려하여 가격 변동에 특별한 사정이 없다고 보아 취득세 납세자 또는 지방자치단체의 장이 신청하는 때에는 지방세심의위원회의 심의를 거쳐 해당 매매등의 가액을 시가인정액에 포함시킬 수 있다. 또한 해당 재산과 면적ㆍ위치ㆍ용도 및 시가표준액이 동일하거나 유사한 다른 재산에 대한 매매 등에 해당하는 가액(취득세를 신고한 경우에는 평가기간 이내의 가액을 말함)이 있는 경우에는 해당 가액을 시가인정액으로 본다. 거래를 통한교환가격이 없는 경우라도 공신력이 있는 감정평가기관의 감정가격도 ‘시가’로 볼 수있고, 그 가액이 소급감정에 의한 것이라 하여도 달라지지 아니하며 시가인정액으로 적용될 수 있다(대법원2004두2356, 2005.09.30., 판결 참조).


시가인정액의 전제가 되는 시가에 대한 입증책임과 관련하여 취득 당시의 시가를 산정하기 어려운 경우에 한해서는 비로소 택할 수 있는 보충적인 평가방법이고, 시가를 산정하기 어려워서 보충적인 평가방법을 택할 수밖에 없었다는 점에 관한 입증 책임은 과세관청에 있는 것이다(대법원2000두406, 2001.9.14., 판결 참조). 이에 반하여 시가가 그 취득재산의 가액이 되나, 당해 재산의 감정평가액이 시가보다 크게 평가되었다는 점에 대한 주장ㆍ입증책임은 납세자에게 있다(대법원99두4860, 2001.10.3., 판결 참조).

‘평가기간’의 인정은 ① 매매계약일, ② 가격산정기준일과 감정가액평가서 작성일 및 ③ 경매가액 또는 공매가액이 결정된 날을 기준으로 하며 납세의무성립일 전 6월 ~ 후 3월까지(추가인정 평가기간의 경우에는 납세의무성립일 전 2년 ~ 후 부과고지일 이전까지)로 판단하며, 시가로 보는 가액이 둘 이상이면 취득일을 전후로 가장 가까운 날에 해당하는 가액을 적용하되 그 가액이 둘 이상이면 그 평균액으로 한다. 다만, 해당 재산의 매매 등 가액이 있는 경우에는 유사한 다른 재산의 매매 등에 따른 가액을 적용하지 않는다. 아래와 같이 세부적으로 보면 평가기간은 ‘① 가격산정기준일과 ② 감정평가서 작성일’이 평가기간 내 포함되어야 시가인정액의 심의대상에 해당하며 ‘① + ②’ 중 하나라도 평가기간을 벗어나는 경우에는 시가인정액 적용대상에서 제외되는 것이다.

원칙적 평가기간

추가 인정 평가기간

자본적 지출액의 추가 인정
시가인정액을 적용할 때 매매계약일, 감정평가서 작성일, 공매(경매)결정일에 해당하는 날이 취득일 전에 해당하는 경우로서 그날부터 취득일까지 해당 재산에 대한 자본적 지출액이 확인되는 경우에는 그 자본적 지출액을 시가인정액에 합산할 수 있다.

취득세 과세표준은 취득의 유형에 따라 적용상 차이가 있다. 이는 취득형태에 따라 취득에 소요되는 비용을 확인할 수 있는 유상취득의 경우 실제 사실상 취득가격을 취득세 과세표준으로 하지만 거래가격을 수반하지 아니하는 무상취득 시에는 취득가격이 없으므로 지방세법상 시가표준액을 적용하는 방식에서 벗어나 시가인정액을 원칙적으로 과세표준으로 적용하고 이를 알 수 없는 경우 시가표준액을 적용한다.
첫째, 무상취득에는 민법상 원시취득(시효취득 등)과 승계취득(증여 등)이 있는데, 모두 취득에 따른 대가가 없는 것이므로 원칙적으로는 취득물건의 객관적 가치인 시가를 기준으로 하여 ‘시가인정액’으로 적용하게 된다(헌재99헌가2, 1999.12.23., 결정 참조). 보충적 과세표준인 시가표준액은 아래와 같이 예외적으로 적용하는 것이다. 그리고 부담부증여의 경우 유상과 무상취득이 혼재되어 있어 유상분과 무상분의 공제법으로 안분하므로 전체 시가인정액에서 채무인수액을 공제하여 산출한다(지법 §10의 2 ⑥). 채무인수액이 시가인정액보다 큰 경우에는 0으로 보아 유상취득으로 보게 된다.


둘째, 유상승계취득 시에는 부동산 등 매매 등 취득에 대한 대가를 지급하는 경우 취득당시가액은 취득시기 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방이나 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용으로서 사실상의 취득가격으로 한다(지법 §10의 3 ①). 특수관계인 간의 거래로 조세 부담을 부당하게 감소시키는 행위 또는 계산을 한 것으로 인정되는 경우에는 사실상 취득가액을 적용하는 것이 아니라 시가인정액을 취득당시가액으로 적용한다(대법원2018두60694, 2019.2.14., 판결 참조).

셋째, 원시취득 시에는 부동산 등의 취득당시가액은 사실상 취득가격으로 한다. 법인이 아닌 자가 건축물을 건축하여 취득하는 경우로서 사실상 취득가격을 확인할 수 없는 경우의 취득당시가액은 시가표준액으로 한다.

넷째, 간주취득 시에 취득세 과세표준은 원칙적으로 사실상 취득가격이 입증되는 경우 사실상의 취득가격으로 적용하고 있다. 개인의 경우 사실상 취득가격을 입증하기 어려워 시가표준액을 적용한다. 여기서 「지방세법」상 간주취득의 범위는 토지의 지목변경, 건축물의 개수, 차량 등 종류변경과 과점주주의 의제취득으로 구분한다. 다만, 과점주주의 의제취득의 경우에는 예외적으로 과점주주의 취득세 납세의무 성립 당시의 장부가액을 과세표준으로 적용한다.

다섯째, 차량 또는 기계장비를 무상취득하는 경우에는 시가표준액, 유상승계 취득하는 경우에는 사실상 취득가격으로 하되 사실상 취득가격에 대한 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 시가표준액보다 적은 경우의 취득당시가액은 시가표준액으로 한다. 그리고 차량 제조회사가 생산한 차량을 직접 사용하는 경우에는 사실상 취득가격으로 한다.

여섯째, 특수거래의 경우 대물변제, 교환, 양도담보, 합병ㆍ분할로 구분한다.
㉠ 대물변제는 등기가 필요한 요물계약에 따른 유상취득이므로 사실상의 취득가액으로 하는 것이 원칙이나(대법원98두17067, 1999.11.12., 판결 참조), 특례 적용 시 과세표준은 대물변제액과 추가로 지급한 금액의 합계액을 과세표준으로 한다. 그러나 대물변제액이 시가인정액을 초과하는 경우에는 그 시가인 정액을 취득당시가액으로 적용하게 된다. ㉡ 교환의 경우 유상승계 취득으로 교환대상 목적물에 대한 시가 감정을 하여 그 감정가액의 차액에 대한 정산절차를 수반하는 등으로 목적물의 객관적인 금전가치를 표준으로 하는 가치적 교환을 한 경우에는 사실상의 취득가격을 확인할 수 있다(대법원2013두11680, 2013.10.24., 판결 참조). 따라서 특례 적용 시에는 취득하는 부동산 등의 시가인정액과 제공하는 부동산 등의 시가인정액 중 높은 가액을 취득당시가액으로 취득세 과세표준으로 적용하게 된다. 교환을 원인으로 이전받는 부동산 등의 시가인 정액과 이전하는 부동산 등의 시가인정액 중 높은 가액을 적용한다. 이 경우 상대방에게 추가로 지급하는 금액 및 상대방으로부터 승계받는 채무액이 있는 경우 그 금액을 합산하고 상대방으로부터 추가로 지급받는 금액 및 상대방에게 승계하는 채무액이 있는 경우 그 금액을 차감한다. ㉢ 양도담보의 경우 유상취득의 일종으로 채무자가 채권자에게 부동산을 양도담보로 제공하여 채권자 명의로 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 경료하였다가 그 후 양도담보계약을 합의해제하고 소유권이전등기를 말소한 경우에서 양도담보를 원인으로 하는 소유권이전등기 시 채권자 명의의 부동산 취득은 「지방세법」상 취득에 해당한다(대법원98두11496, 1999.10.8., 판결 참조). 이에 따라 과표특례 2023.02 월간 조세 23 적용 시에는 양도담보에 따른 채무액(채무액 외에 추가로 지급한 금액이 있는 경우 그 금액을 포함)으로 하나, 그 채무액이 시가인정액을 초과하는 경우에는 그 시가인정액을 취득당시가액으로 한다. ㉣ 법인 합병의 경우 무상승계 취득으로 보는 것이므로 시가인정액을 적용하게 된다(대법원98두19193, 2000.10.13., 판결 참조). 그리고 법인분할의 경우 유상으로 보는 견해와 무상으로 보는 견해가 혼선된 상태이나 적격, 비적격 여부에도 불구하고 법인의 분할 시에는 부동산 등에 대하여 감정평가를 하고 그에 상응하는 주식을 교부하기 때문에 객관적인 시가가 확인되므로 시가인정액(감정가액)으로 적용한다. 인적분할과 물적분할 전부 유상취득으로 보나(조심2018지446, 2019.9.5., 조심2019지2033, 2019.9.5., 참조) 인적분할의 경우 무상승계 취득으로 보는 종전 사례와 서로 차이가 있다(조심2013지210, 2013.10.22.; 행자부 세정과-1892, 2007.05.23., 등). 이처럼, 법인 합병ㆍ분할의 경우 유ㆍ무상 승계취득 문제가 있으나, 취득세 세율 적용 시에는 유상 세율을 적용하도록 2023년 지방세법 개정 시 변경된다(법안 §11 ⑤ 참조). 법인의 명의변경이나 조직변경의 경우 별도 취득이 아니므로(조심2011지803, 2013.4.24., 참조) 별도 규정을 둘 필요가 없을 것으로 보인다. 그러나 특례 적용 시에는 시가인정액으로 하되 시가인정액을 산정하기 어려운 경우에는 시가표준액을 적용하게 된다.

여기서 ‘시가’는 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가격을 의미하는 것이지만 이는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 포함하는 개념으로서 ‘공신력 있는 감정기관의 감정가격’도 보충적 방법에 의한 시가로 대체할 수 있다(대법원99두1731, 2001.6.15., 판결 참조). 이에 반하여 시가인정액은 지방세법 제10조의 2 제1항에서 취득일 현재 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액(매매사례가액, 감정가액, 공매가액 등)을 말한다. 특히, 시가인정액 중 매매사례가액의 경우 취득한 부동산 등의 면적, 위치 및 용도와 법 시가표준액이 동일하거나 유사하다고 인정되는 다른 부동산 등에 대한 시가인정액(평가기간 이내의 가액 중 신고일까지의 시가인정액으로 한정)이 있는 경우에는 해당 가액을 시가인정액으로 보며 이 경우 동일하거나 유사하다고 인정되는 다른 부동산 등에 대한 판단기준은 세부적으로 아래와 같다(지칙안 §4의 5 ② 참조).

시가인정액은 무상취득 시 과세표준으로 적용하는 것이므로 시가인정액의 적격성을 구비하기 위해서는 당해 부동산 가액이 시가로서의 요건을 구비하여야 한다. 이 경우 시가로서의 적격성은 ① 거래의 통상성, 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우 통상적으로 성립되는 가액일 것을 요소로한다. 나아가 비교아파트는 공동주택가격 변동추이로 볼 때 시가인정액 적용대상 아파트보다 항상 비교우위에 있는 것이라고 합리적으로 추정할 필요는 없다. ② 대상 부동산과의 유사성을 구비할 것, 즉 무상취득한 부동산 등의 면적, 위치 및 용도와 시가표준액이 동일하거나 유사하다고 인정될 것을 요소로 한다. ③ 비교부동산의 대표성을 반영할 것, 이는 비교대상 부동산의 시가인정액으로 신고한 대상 부동산의 시가로서 대체할 수 있는 대표성을 구비하여야 하는 것이다. ④ 시가 반영하는 객관적 가치의 부합성, 시가인정액은 단순히 거래가액을 넘어서 당해 물건의 객관적 시가를 반영하여야 하는 것이므로 이를 반영하지 아니한 거래가액은 시가인정액으로서도 타당하지 아니하다.

대상 물건의 동질성
해당 재산과 면적ㆍ위치ㆍ용도ㆍ종목 및 기준시가가 동일하거나 유사한 다른 재산에 대한 거래 가액 등이 있는 경우에는 해당 가액을 시가로 간주하는 것이므로 공동주택가격이 있는 공동주택의 경우 ① 동일 공동주택단지, ② 전용면적 차이 5% 내 ③ 공동주택가격 5% 내 기준을 동질성 요건으로 판단한다. 이에 따라 유사매매사례가액은 당해재산과 면적, 위치, 용도 및 종목이 동일 또는 유사한 다른 재산에 한정된다.

부동산의 경우 토지, 아파트 및 오피스텔 등에 국한되어 적용될 수 있고, 아파트 등의 유사매매사례가액은 부동산 중개업소, 부동산 관련 잡지 및 인터넷 사이트 등을 통해서 상당 정도 확인할 수 있어 납세자 조세채 무에 대한 예측가능성과 법적 안정성을 침해한다고 볼 수 없지만 정보의 비대칭성 문제가 제기된다.

가격의 유사성 범위기준
평가기간에 해당하지 아니하는 기간으로서 평가기준일 전 2년 이내의 기간 중 매매 등 가액을 시가에 포함시키기 위해서는 대상 아파트와 비교아파트는 단지, 면적, 내부구조, 방향이 동일하더라도 가격차이가 5% 발생하는 경우에는 시가 인정액으로서 채택하기 어렵다. 왜냐하면 평가기준일 현재 비교대상아파트가 쟁점아파트의 매매사례가액이 되려면 두 아파트의 면적ㆍ위치ㆍ용도ㆍ종목 및 시가표준액이 동일하거나 유사하여야 할 것이다(조심2019인3621, 2020.12.7., 참조).

평가기간 내 거래기준
지방세법 시행령 제14조 제1항의 규정에 의거 시가인정가액이 되기 위해서는 취득일 전 6개월부터 취득일 후 3개월 이내의 기간(“평가기간”)에 취득 대상이 된 부동산이어야 한다. 이 경우 평가대상기간 내 여부에 따라 시가인정액으로서의 외관상 요건을 구비하게 된다(조심2020서2817, 2021.3.15., 참조).

유사매매사례의 종결성 : 계약 후 해제 시 시가인정액 적격성
유사매매사례가액을 인정하는 사례가액은 매매계약이 체결되고 잔금을 완납하여 종결된 거래에 한정하여 판단하는 것인지, 아니면 잔금을 완납하지 아니하고 계약이 해제된 경우 당초 체결된 거래가액을 유사매매가액으로 인정할 것인지 여부이다. 이에 대하여 ‘당해 재산에 대한 매매사실이 있는 경우에는 그 거래가액에 해당하므로 부동산 증여 당시의 시가로 볼 수 있고, 그 매매계약이 해제되었다고 하여 달리 볼 것이 아니다(대법원2010두27936, 2012.7.12., 판결; 조심2021서1081, 2021.6.30., 참조).

「감정평가법」에 따른 감정평가법인 2곳의 감정평가액을 평균하여 그 가액을 상호 간에 거래가액으로 정한 것이므로 시가에 부합하지만(조심2021지654, 2022.05.30., 참조) 만약 원형대로 감정평가를 하지 아니하고 각 평가법인들의 감정가액이 개별공시지가의 85%도 안되는 경우에는 이를 근거로 한 감정가액을 토지의 시가인정액으로 보는 데는 한계가 있다(국심2006중486, 2006.12.15., 참조).

납세자가 시가인정액으로 사용하기 위하여 유사매매사례가액을 과세표준으로 신고납부하는 경우 우선 어느 매매사례가 적합한지에 대한 가격정보가 과세관청보다 부족한 경우가 대부분이다. 이는 과소신고의 요인이 될 수밖에 없는 구조가 되고 납세자에 있어서는 정보의 일방성으로 인한 불이익을 받게 되는 것이다. 비록 국토교통부의 실거래가 공개시스템에 등록되었을 것으로 추정하지만 납세자의 입장에서는 매매사례가액을 확인하는 데 한계가 있어 결국 납세자가 조금만 주의를 기울였다면 매매사례가액을 확인할 수 있었던 것이고 매매사례가액을 찾을 수 없어 주택공시가격을 시가로 보아 신고납부하였다면 과소신고가산세의 불이익을 부담하는 결과가 된다(조심2018중4279, 2019.2.26., 참조).

시가인정액으로 유사매매사례가액을 적용하는 경우 납세자와 과세관청과의 가격 정보에 대한 비대칭성 문제가 불가피하게 발생될 수밖에 없다. 이 경우 납세자는 가급적 고액사례 정보를 회피할수가 있고 반면에 과세관청은 방대한 가격정보를 활용하여 과세자료로 적용하는 경우 부득이 과소신고가산세 문제가 발생되게 된다. 이와 같은 문제를 해결하도록 단계적으로 가래정보를 납세자에게 공개하여 알리고 안내를 하여야 하는 기반이 선행 구축되어야 한다. 나아가 증여 등으로 신고납부 시 시가인정액으로 신고납부하는 것은 개인 납세자에게는 어려움 등이 발생되는 점을 고려할 때 사전신고 후 부과결정고지하는 체계로 전환하는 방안도 고려하여야 할 것이다. 주택, 오피스텔 등 빈번한 경우로 사례가격이 풍부한 물건을 위주로 개인 간 거래인 상속이나 증여에 한정하여 유사매매사례가액을 시가인정액으로 한정하여 적용할 필요가 있다.

국세와는 달리 취득형태가 앞으로는 중요한 과세요소가 된다. 취득 시 유상과 무상취득의 형태에 따라 취득세 과세표준이 달리 적용되는 만큼 어떠한 취득인지 여부를 명확히 구분하여 취득세를 신고납부하여야 한다.

따라서 우선적으로 어떤 취득인지 여부를 판단하여야 한다. 특히 취득형태에 대하여 과세운영상 혼선을 초래하고 있는 부분에 대하여는 과세표준과 세율을 어떻게 적용하여야 하는지 여부가 남아 있다. 특히 실제 매매 등 거래에 의한 위탁자 지위이전 시 무상취득으로 보고 무상세율(3.5%)을 적용하도록 하고 있다(조심2021지3323, 2022.9.2., 참조).

I 그간의 사례를 중심으로 특수한 취득의 유형구분(예시) I

과세물건을 취득한 자는 취득한 날부터 60일[상속으로 인한 경우는 상속개시일이 속하는 달의 말일부터, 실종으로 인한 경우는 실종선고일이 속하는 달의 말일부터 각각 6개월(외국에 주소를 둔 상속인이 있는 경우에는 각각 9개월)] 이내에 취득세를 신고납부해야 하나 상속 외 무상취득으로 인한 경우는 취득일이 속하는 달의 말일부터 3개월까지 신고납부하여야 한다. 다만, 납세의무자가 취득 후 신고기한까지 취득세를 시가인정액으로 신고한 후 지방자치단체의 장이 세액을 경정하기 전에 그 시가인정액을 수정신고한 경우에는 지방세기본법(§53, §54)상 무신고가산세나 과소신고가산세를 부과하지 않는다. 즉, 취득세 납세의무자가 취득세 신고기한 내에 취득세를 시가인정액으로 신고납부 후 당초 신고한 시가인정액과 다른 시가인정액으로 수정신고하거나, 지방자치단체장이 다른 시가인정액으로 부과하는 경우에도 과소신고가산세 등을 징수하지 않는다. 그러나 무상취득 시 신고를 하지 아니하거나 시가표준액으로 신고납부한 경우에는 가산세 적용배제 규정이 적용되지 않기 때문에 추후 지방자치단체에서 시가인정액으로 추징하는 경우에는 무신고 및 과소신고가산세 등을 부과하게 된다.

취득세 납세의무자가 납세의무를 이행하지 않는 경우 추징 시 추징할 기준가액을 무엇으로 할 것 인지에 대한 명확한 규정을 두고 있지 않다. 유상취득이라 하더라도 납세의무자가 신고하지 않는 경우 사실상 취득가액을 확인할 수 없어 신고하지 아니하거나 과소신고 시 지방자치단체에서 추징할 때 추징 기준가액을 무엇으로 할지가 쟁점이다. 유상승계 취득 등의 경우에는 사실상 취득가액을 기준으로 하나, 미신고 시에는 사실상 취득가액을 알 수 없기 때문에 과세관청에서는 보충적 과세표준인 시가표준액(부당행위계산부인 시 시가인정액)을 기준으로 추징해야 하는 문제가 있다.
또한 무상취득에 따른 미신고 시에는 시가인정액을 기준으로 추징하여야 하나 시가인정액이 없는 경우 에는 시가표준액으로 적용하여야 할 것이다.
이는 미신고납부 시 처분청에서 추징할 경우 시가에 대한 입증 책임과 관련하여 취득 당시의 시가를 산정하기 어려운 경우에 한정하여 비로소 택할 수 있는 보충적인 평가방법이고, 시가를 산정하기 어려워서 보충적인 평가방법을 택할 수밖에 없었다는 점에 관한 입증 책임은 과세관청에게 부여되고 있다(대법원2000두406, 2001.9.14., 판결 참조). 그러나 대부분의 미신고납부로 인한 추징 시에는 보충적 평가방법을 택할 수밖에 없을 것이다. 그리고 사실상 취득가액이 그 취득재산 가액이 되나, 당해 재산의 감정평가액이 사실상 취득가액보다 크게 평가되었다는 점에 대한 주장ㆍ입증 책임은 납세의무자에게 있다(대법원 99두4860, 2001.10.30., 판결 참조).

유상거래 시 취득세 과세표준은 사실상 취득가격이므로 그동안 검인계약서상 검증가액을 사실상 취득가격으로 입증한 것으로 하였으나 사실상 취득가액의 입증범위와 관련된 규정(구 지법 §10 ⑤ 각 호)이 삭제되었다. 이에 따라 개인 간 거래 시 검인계약서상의 검증가액을 사실상 취득가격으로 보아 신고하더라도 이를 적정 신고가액인지에 대한 정합성 여부가 문제된다. 종전에는 취득당시가액이 없는 경우, 취득세미신고나 과소신고납부 시 추징하는 기준가액을 시가표준액으로 하였다(구 지법 §10 ②). 그러나 사실상 취득가액이 아니라고 볼 경우 추징 기준가격을 시가로 하는지 여부에 대하여 명확히 규정되어 있지 아니하다. 이에 추징 기준가액을 시가표준액으로 적용할 경우 오히려 미신고자나 불성실신고자를 세제상 우대하는 결과를 초래할 수 있다.
그리고 부동산거래신고법(§3, §5)에 따른 신고서를 제출하고 검증된 검증가액은 법리상 사실상 취득가액이 될 수가 없다. 따라서 검증가액은 단지 부동산거래신고법에 의거하여 공시가격 수준 정도로 신고하여 검증절차를 거친 것에 불과한 가액이지 검증가액 자체가 진정한 사실상의 취득가액임을 입증하는 것은 아니다. 그럼에도 불구하고 지금까지 이를 사실상 취득가액으로 의제하였으나 어느 가액이 더 진정한 사실상 취득가액인지 여부를 우선하여 판단해야 할 것이다. 또한 개인의 취득가액 입증과 관련하여 국세청 통보가격도 사실상 취득가격이 아닌 것이다(대법원2008두17783, 2011.6.10., 판결; 조심2019지2315, 2019.12.24., 참조).

부당행위계산부인은 특수관계에 있는 자로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계 있는 자에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때에 해당한다. 「지방세법」상 취득하는 물건을 ‘저가매입’하는 경우 역시 취득세 등 지방세의 부담이 감소된다는 점에서 부당행위계산부인에 포함된다(대법원2018두60694, 2019.2.14., 판결 참조). 따라서 시가(時價)의 범위와 평가 기준이 부당행위계산부인의 판정 기준요소가 되는 것이다. 그러므로 시가는 거래자가 당해 거래와 유사한 상황에서 특수관계자외의 불특정다수인과의 계속하여 거래한 가격이나 제3자 간 일반적으로 거래된 가격에 의해야 할 것이고, 시가가 불분명한 경우에는 감정가액 등 시가인정액을 추징 기준가액으로 적용하여야 하는 문제가 있다(조심2019서3584, 2020.5.15., 참조).