국가ㆍ지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화ㆍ용역은 원칙적으로 부가가치세를 면제하되, 다음의 재화 또는 용역은 민간과 경쟁관계에 있으므로 부가가치세를 과세한다(부법 §26 ①19호, 부령 §46). 국가ㆍ지방자치단체 등이 공급하는 재화ㆍ용역은 대가의 유상 또는 무상에 관계없이 면세한다.

• ① 「우정사업 운영에 관한 특례법」에 따른 우정사업조직이 제공하는 다음의 용역
  ㉮ 「우편법」제1조의 2 제3호의 소포우편물을 방문접수하여 배달하는 용역
  ㉯ 「우편법」제15조 제1항에 따른 선택적 우편역무 중 「우편법 시행규칙」제25조 제1항 제10호에 따른 우편주문판매
• ②「철도의 건설 및 철도시설 유지관리에 관한 법률」에 따른 고속철도에 의한 여객운송용역
• ③ 부동산임대업, 도매 및 소매업, 음식점업ㆍ숙박업, 골프장 및 스키장 운영업, 기타 스포츠시설 운영업. 다만, 다음 중 어느 하나에 해당하는 경우에는 부가가치세를 면제한다.
  ㉮ 국방부 또는 「국군조직법」에 따른 국군이 군인, 일반군무원 및 그들과 생계를 같이하는 배우자 또는 직계존속ㆍ비속에게 제공하는 소매업, 음식점업ㆍ숙박업, 기타 스포츠시설 운영업(골프 연습장 운영업 제외) 관련 재화 또는 용역. 종전에는 군인, 군무원 및 이들의 배우자 및 직계존비속에게 공급하는 재화ㆍ용역은 모두 면세하였으나, 과세형평을 제고하기 위하여 부동산임대업, 도매업, 골프장 및 스키장운영업, 골프연습장 운영업에 대해서는 2018.7.1. 이후 공급분부터 부가가치세 과세대상으로 전환하였다.
  ㉯ 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 그 소속 직원의 복리후생을 위하여 구내에서 식당을 직접 경영하여 음식을 공급하는 용역
  ㉰ 국가 또는 지방자치단체가 「사회기반시설에 대한 민간투자법」에 따른 사업시행자(공공부문 외의 자로서 「사회기반시설에 대한 민간투자법」에 따라 사업시행자의 지정을 받아 민간투자사업을 시행하는 법인)로부터 같은 법 제4조 제1호(BTO) 및 제2호(BTL)의 방식에 따라 사회기반시설 또는 사회기반시설의 건설용역을 기부채납받고 그 대가로 부여하는 시설관리운영권(2018.2.13. 이후 공급분부터 부가가치세 면제)
• ④ 다음에 해당하는 의료보건 용역
  ㉮ 성형수술 등 진료용역
  ㉯ 질병예방 목적에 해당하지 아니하는 동물의 진료용역

자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 국가ㆍ지방자치단체 등에 무상으로 공급하는 경우 해당 재화의 매입세액은 매출세액에서 공제하나, 자기의 사업과 관련 없이 취득한 재화를 국가ㆍ지방자치단체 등에 무상으로 공급하는 경우에는 해당 재화의 매입세액은 공제하지 아니한다(부집 38-0-4, 서면3팀-3078, 2006.12.8.). 예를 들어, 전자회사가 자신이 생산한 텔레비전을 국가에 기부한 경우에는 텔레비전 제조와 관련된 매입세액은 공제하나, 음식료품 제조업체가 텔레비전을 구입하여 국가에 기부한 경우에는 텔레비전의 매입세액은 사업과 무관한 매입세액이므로 공제하지 아니한다(부가22601-972, 1986.5.22.).

I 국가 등에 공급하는 재화ㆍ용역의 면세 및 과세 사례 I

정부업무를 대행하는 단체로 승인된 업체는 「별정우체국법」에 의한 별정우체국 등 총 39개의 단체가 있으며 그중에서 지방공단과 지방공사에 대한 관련 규정은 다음과 같다(조특령 §106 ⑦).

• ①「 지방공기업법」에 의하여 농수산물도매시장사업을 수행하기 위하여 지방자치단체가 설립한 지방공사
• ② 「지방공기업법」제76조의 규정에 의하여 설립된 지방공단
• ③ 다음 요건을 모두 갖춘 「지방공기업법」제49조에 따라 설립된 지방공사
  ㉮ 시ㆍ군 또는 자치구인 지방자치단체가 설립하였을 것
  ㉯ “①”의 지방공사를 제외할 경우 해당 지방자치단체가 설립한 유일한 지방공사일 것
  ㉰ “②”의 해당 지방자치단체에 지방공단이 없을 것

정부업무대행단체가 그 고유의 목적사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역은 일반적으로 부가가치세를 면세한다. 다만, 다음에 해당하는 사업은 부가가치세를 과세한다(조특령 §106 ⑧).

• ① 소매업ㆍ음식점업ㆍ숙박업ㆍ욕탕업 및 예식장업
• ② 부동산 매매업(주거용ㆍ비거주용 건축물 신축 분양ㆍ판매 포함), 부동산 중개업
• ③ 부동산임대업
• ④ 골프장ㆍ스키장 및 기타 운동시설 운영업
• ⑤ 수상오락서비스업
• ⑥ 유원지ㆍ테마파크운영업
• ⑦ 주차장운영업 및 자동차견인업

부가가치세 과세대상 재화 또는 용역을 국가ㆍ지방자치단체 공급하거나 정부업무대행단체가 정부업무를 대행하는 경우 일반적으로 부가가치세를 면제한다. 다만, 민간기업과 경쟁관계에 있는 업종의 경우에는 부가가치세가 과세된다.
지방공단이 국가 또는 지방자치단체로부터 그 시설의 관리 및 운영에 관하여 위탁을 받아 국가 또는 지방자치단체의 명의와 계산으로 사업을 하는 경우 그 사업은 국가 또는 지방자치단체가 공급하는 것에 해당하여 부가가치세법의 면세 규정이 적용되는 것이며, 조세특례제한법상 정부업무대행단체의 면세사업에 해당하고 지방공단이 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우에 한하여 부가가치세를 면제한다(서면3팀-988, 2006.5.30.).
이에 따른 납세의무자는 지자체로부터 그 시설의 관리 및 운영에 관하여 위탁을 받은 수탁자가 수탁자의 책임과 계산으로 용역을 공급하는 경우 당해 용역의 공급에 대하여는 수탁자가 납세의무자가 되는 것이며, 지자체의 책임과 계산으로 용역을 공급하는 경우에는 당해 용역의 공급에 대하여는 위탁자인 지자체가 납세의무자가 된다(부가가치세과-129, 2014.2.17.).

I 국가 등과 정부업무대행단체가 공급하는 재화ㆍ용역의 부가가치세 과세대상 비교 I

지방공사의 테마파크 운영
「지방공기업법」에 따라 설립된 지방공사가 지방자치단체로부터 동굴 운영사업 등을 수탁받아 지방자치단체의 책임과 계산하에 해당 동굴 이용자들로부터 동굴관람 입장료, 코끼리차 이용료, 전시관 입장료, 광산 문화체험료, 동굴 내 예술의 전당 일시 대관료, 투어버스 이용료 등을 받는 경우(이하 “동굴 운영사업 등”) 해당 동굴 운영사업 등은 지방자치단체가 공급하는 용역에 해당하여 부가가치세가 면제된다. 다만, 해당 동굴 운영사업 등을 지방자치단체의 책임과 계산 하에 수행하는 것인지 여부는 위수탁계약내용, 실제 운영현황 등을 종합적으로 고려하여 사실판단하여야 한다(사전법령부가-776, 2018.1.25.).
지방공단의 주차장운영
「조세특례제한법」상 정부업무대행단체의 규정에 의한 부가가치세 면제는 「지방공기업법」에 의하여 설립된 지방공단이 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우에 한하는 것이며, 지방공단이 주차장운영에 따른 수입금액을 동 공단의 수입금액으로 계상하고 매월 임차료 성격의 도료점용료 상당액을 국가 또는 지방자치단체에 지급하는 경우에는 부가가치세가 면제되는 정부업무대행사업에 해당하지 아니한다(소비세제과-1488, 2004.12.31.).
지방공사가 지방자치단체와의 위탁계약에 따라 공영주차장을 운영하는 경우에는 부가가치세 과세대상인지에 대하여 실무적으로 많은 어려움을 겪고 있다.

지방자치단체에서는 지방자치단체의 재원을 확보하기 위하여 지방조례로 출자를 통하여 지방공사를 설립ㆍ운영하고 있으며 각 지자체별로 다수의 지방공사를 두고 있다. 따라서 정부업무대행단체로서 지방공사는 다음 요건을 모두 갖춘 「지방공기업법」제49조에 따라 설립된 지방공사가 공급하는 재화 또는 용역에 대하여는 일반적으로 부가가치세가 면세된다. 하지만, 요건을 갖추지 못한 지방공사가 많음에도 불구하고 면세로 신고하는 사례가 있어 주의를 요한다(조특령 §106 ⑦).

• ① 시ㆍ군 또는 자치구인 지방자치단체가 설립하였을 것
• ② 농수산물도매시장사업을 수행하기 위하여 지방자치단체가 설립한 지방공사를 제외할 경우 해당 지방자치단체가 설립한 유일한 지방공사일 것
• ③ 해당 지방자치단체에 지방공단이 없을 것

지방공사를 부가가치세 면제받는 정부업무대행단체에 추가
지방공사와 공단은 지방공기업법에 따라 지방자치단체로부터 공영주차장ㆍ도서관ㆍ체육센터ㆍ폐기물 처리 등 각종 주민편의시설 관리ㆍ운영사업을 위탁받아 운영해 왔으나, 대행사업에 대한 부가가치세 면제는 지방공단에만 국한되어 지방공사는 부가세를 납부해왔다. 이에 시ㆍ군ㆍ구가 설립한 지방공사 중 각 지방자치단체별로 다른 지방공사 또는 지방공단이 없는 경우에는 2017.2.7. 이후 공급분부터 부가가치세를 면제하는 것으로 개정하였다(조특령 §106 ⑦ 22, 22의 2). 이에 따라 지방공단뿐만 아니라 시군구가 설립한 지방공사에 대하여도 동일하게 부가세가 면제되어 지자체와 지방공사의 조세부담을 완화하였다. 특히, 지방공기업 중복설립 방지를 위해「지방공기업 선진화 계획」에 따라 동일 자치단체 내 유사ㆍ중복 업무 수행 기업 등 정비가 필요한 공사ㆍ공단에 대하여 경영실태 진단ㆍ분석을 통해 통폐합 명령으로 공단과 통합되었던 지방공사의 경우 2017.2.7. 이후 결정ㆍ경정하는 분부터 통합 이후 부과된 부가가치세를 면제하였다.

지방공기업이 제공하는 정부업무대행
지방공기업법의 규정에 의하여 설립된 지방공단이나 일정 요건을 갖춘 지방공사가 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우에는 부가가치세를 면제한다(조특령 §106 ⑦ 22, §22의 2).

I [별표 10] 정부업무대행단체의 면세사업(제48조 제1항 관련) I


지방공기업의 수탁 또는 재수탁에 따른 과세 여부
지방자치단체의 책임과 계산으로 사업을 하는 경우 그 사업은 국가 등이 재화 또는 용역을 공급하는 것으로 보아 면세사업에 해당하고 공단의 책임과 계산으로 사업을 하는 경우 정부업무를 대행하는 단체가 재화 또는 용역을 공급하는 것으로 보아 면세사업에 해당한다. 다만, 공단의 책임과 계산으로 욕탕업 및 예식장업, 부동산 매매업, 부동산 중개업, 유원지ㆍ테마파크운영업, 수상오락서비스업, 주차장운영업 및 자동차견인업을 경영하는 경우 부가가치세가 과세되므로 주의하여야 한다. 재수탁자의 책임과 계산으로 사업을 하는 경우 과세사업에 해당한다(서면법령부가-4537,2021.11.25.).
예를 들어, 대행사업비는 정부업무대행용역의 대가에 해당하므로 위탁자로부터 수탁자가 대행사업비를 지급받기로 한 때 수탁자는 계산서를 발급하는 것이고 수탁자로부터 재수탁자가 대행사업비를 지급받기로 한 때 재수탁자는 세금계산서를 발급한다.