사업자인 공급자가 재화 또는 용역을 공급하고 세금계산서를 발행하지 않는 경우가 있다. 이럴 경우 매입자 입장에서는 세금계산서를 발급받지 못하여 매입세액공제를 받을 수 없는 상황에 이르게 된다.
이에 2007년 7월부터 매입자발행세금계산서 제도가 도입되어 현재에 이르고 있다.

• 정찰대 “지난 시간까지 세금계산서 발급의무의 면제와 영수증발급대상에 대해 살펴보았습니다. 이번 시간에는 재화 또는 용역의 공급자가 발행하는 세금계산서가 아닌 2가지의 세금계산서를 살펴보도록 하겠습니다.”
• 수강생 “세금계산서는 재화 또는 용역을 공급하는 사업자 입장에서의 매출세액에 대한 거래징수를 위해 발행한다고 하셨는데 그게 아닌 경우도 있나 보네요.”
• 정찰대 “첫 번째로 매입자발행세금계산서 제도가 있습니다. 세금계산서 발급의무가 있는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그에 대한 세금계산서를 발급하지 않는 경우, 재화 또는 용역을 공급받은 사업자(매입자)가 관할세무서장의 확인을 받아 세금계산서를 발급할 수 있는 제도입니다.”

• 유대리 “매입자발행세금계산서는 공급자가 아닌 재화 또는 용역을 공급받는 자가 발행하는 특별한 경우네요.”
• 정찰대 “맞습니다. 이 제도는 경제적으로 우월한 지위에 있는 재화 또는 용역의 공급자가 과세표준이 노출되지 않도록 하기 위하여 세금계산서를 발급하지 않는 사례를 방지하기 위한 것입니다(세금절약가이드-국세청). 다만 매입자가 세금계산서를 발급하기 위해서는 세무서장에게 거래사실 확인신청을 해야 하는데 거래건당 공급대가가 10만원 이상인 경우로 한정합니다.”
• 나실무 “공급가액 기준인가요?”
• 정찰대 “아닙니다. 부가가치세를 포함한 공급대가 기준입니다.”
• 유대리 “매입자발행세금계산서에 대해 거래사실 확인신청을 해야 한다고 하는데 절차가 어떻게 되나요?”
• 정찰대 “그럼 한번 살펴봅시다. 거래가 있었던 과세기간 종료일부터 6개월 이내에 건당 공급대가 10만원 이상인 경우로서 공급자가 세금계산서를 미발급하면 다음과 같은절차에 의해 매입자가 세금계산서를 발급할 수 있습니다(세금절약가이드-국세청).”

• 수강생 “그림을 보니까 신청인 관할세무서에다가 알려서, 공급자 관할세무서가 확인한 후에 그 결과에 따라서 매입자가 세금계산서를 발급하는군요.”
• 정찰대 “그렇죠! 세무서 앞에서는 갑질을 못할 테니까요.”
• 나실무 “그렇지만 을 입장에서 갑질하는 회사라고 어떻게 드러내나요?”
• 정찰대 “제도가 그러하다는 것입니다. 둘째로 재화 또는 용역의공급자가 아닌 세관장이 발행하는 수입세금계산서가있습니다.”
• 유대리 “소비지국 과세원칙에 따라 재화를 수입하는 경우 부가가치세를 과세해야 한다고 말씀하셨는데 부가가치세를거래징수하는 주체가 세관이 되는 것이군요.”

• 정찰대 “소 비지국 과세원칙이 여러 장르에서 나오지요~”

소비지국 과세원칙이란 소비지국이 간접세의 과세권을갖는 제도로서 물품의 수출과 수입 시 국경세의 조정이 필요하다. 왜냐하면 생산지국에서 이미 과세한 간접세는 환급해야 하고, 소비지국으로 수입한 물품에는 과세하여야하기 때문이다.
국경세 조정이란 생산지국과 소비지국의 부가가치세나개별소비세와 같이 물품에 과세하는 간접세에 대한 국가간 과세권의 경합을 조정해 주는 제도를 말한다.
소비지국 과세원칙에 대응되는 생산지국 과세원칙에 있어서는 생산지국이 간접세의 과세권을 갖는바 물품의 수출시 국경세 조정이 필요하지 않으며(아무런 조치가 없다는 의미),물품의 수입 시에도 별도로 소비지에서는 과세하지 않는다.
부가가치세제를 채택하고 있는 유럽 각국과 우리나라에서는 소비지국 과세원칙을 채택하고 있으며 우리나라는 소비지국 과세원칙에 따라 다음과 같은 제도를 운영하고 있다.

• 정찰대 “보면 아시겠지만 재화가 수입되는 경우에 수입한 소비지국에서 부가가치세 과세권이 있고, 이 과세권을세관장이 관세업무와 더불어 수행하는데 실무적으로는 수입세금계산서를 세관장이 발행해서 물품의수입한 자에게 부가가치세를 거둬들입니다. 이렇게수입물품의 부가가치세를 실질적으로 부담한 이 수입자를 납세의무자로 보는 것이라, 그 수입자가 사업자이든, 비사업자이든 부가가치세 납세의무가 있다고 보는 거거든요.”
• 나실무 “그렇게 따지면 사업자가 재화와 용역을 공급하면서 거래상대방이 사업자이든, 비사업자이든 세금계산서를 발행하고 부가가치세를 거래징수하는데 이때 부가가치세를 실질적으로 부담한 소비자는 왜 부가가치세납세의무자가 아닌가요?”
• 정찰대 “실질적으로는 소비자가 부가가치세를 부담하는 거죠. 그러나 부가가치세 신고 및 납부의무는 재화와용역을 공급한 사업자에게 있다는 의미에서 사업자가 부가가치세 납세의무가 있다고 표현하는 것이고,재화의 수입을 그쪽으로 연결해서 판단하시는 것은무리가 있습니다.”
• 유대리 “그러니까 재화의 수입 시 수입하는 자가 부가가치세 납세의무가 있다는 뜻은 부가가치세 신고 및 납부의무가 있다는 의미가 아니라, 수입 시 부가가치세를 부담한다는 의미로 해석하면 된다는 건가요?”
• 정찰대 “네, 그렇게 이해하시면 됩니다. 다만 「부가가치세법」제50조에서는 재화의 수입에 따른 납세의무자가 재화의 수입에 대하여 관세법에 따라 관세를 세관장에게 신고하고 납부하는 경우에는 재화의 수입에 대한부가가치세를 함께 신고하고 납부하여야 한다고 규정하여 법과 실무를 연결하고 있습니다. 다만, 재화의 수입 시에는 세관장이 재화의 수입자로부터 부가가치세를 거래징수하여야 하기 때문에 수입세금계산서의 발행 주체는 세관장이 되는 것입니다.”

• 정찰대 “우리나라 부가가치세제의 근간이 되는 세금계산서제도에 대한 설명은 이것으로 마치고, 숫자로 검증하는 부가가치세 납부세액 등에 대해 살펴보도록 하겠습니다.”
• 나실무 “이제 숫자가 좀 나오겠네요!”
• 정찰대 “하 하, 그러게요. 「부가가치세법」 제37조의 납부세액등의 계산에서 ‘매출세액은 과세표준에 부가가치세율을적용하여 계산한 금액으로 하고, 납부세액은 매출세액(대손세액을 뺀 금액으로 한다)에서 공제하는 매입세액,그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따라 공제되는 매입세액을 뺀 금액으로 한다. 이 경우 매출세액을 초과하는 부분의 매입세액은 환급세액으로 한다’고 규정하면서, 사업자가 최종 납부하거나 환급받을 세액은 다음 계산식에따라 계산한다고 규정하고 있습니다. 이것을 서식 위주의 세액 계산으로 정리해 보면 다음과 같습니다.”