사업자가 사업용 고정자산을 타인에게 매도하는 경우 이는 재화의 공급에 해당하므로 매도인은 원칙적으로 부가가치세를 별도로 징수하여 신고ㆍ납부하여야 한다.
그런데 부가가치세법 제10조 제9항 제2호는 “사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다”고 규정한다. 여기서 “대통령령으로 정하는 것”이란 사업장별(상법에 따라 분할하거나 분할합병하는 경우에는 같은 사업장 안에서 사업부문별로 구분하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(법인세법 제46조 제2항 또는 제47조 제1항의 요건을 갖춘 분할의 경우 및 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다(부가가치세법 시행령 제23조).
대법원은 “부가가치세법상 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도란 사업용 재산을 비롯한 물적ㆍ인적 시설 및 권리의무 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것을 뜻한다고 할 것이므로, 그 사업은 인적ㆍ물적 시설의 유기적 결합체로서 경영주체와 분리되어 사회적으로 독립성을 인정받을 수 있는 것이어야 한다”고 판시하였다(대법원 2007.11.29. 선고 2005두17294 판결).
‘사업의 동일성이 유지될 것’이라는 요건과 관련하여 사업양도 이후에 사업양수자가 사업의 종류를 추가하는 등 사업양수자의 일방적 행위에 따라 사업양도의 과세 여부가 결정되는 것은 거래의 법적 안정성을 저해한다는 지적이 있었다. 이에 구 부가가치세법 시행령(2006.2.9. 대통령령 제19330호로 개정된 것) 제17조 제2항은 “양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우”에도 부가가치세를 과세하지 않도록 변경하였고 현행 부가가치세법 시행령 제23조에도 같은 내용이 규정되어 있다(참고로 위 대법원 2007.11.29. 선고 2005두17294 판결은 2006.2.9. 대통령령 제19330호로 개정된 구 부가가치세법 시행령이 적용되기 전의 사안이었다).
‘사업양도’에 해당하는지 여부는 제반 요소를 종합하여 판단하여야 하는바 실무상으로는 ‘사업양도’에 해당하는지 여부가 불분명한 경우가 종종 있다. 이와 관련하여 2014.1.1. 법률 제12167호로 신설된 부가가치세법 제52조 제4항은 “사업을 양수받는 자가 그 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 사업장 관할 세무서장에게 대리납부한 경우”에는 이를 과세거래로 인정하여 사업양수자가 매입세액을 공제받는 데 있어 불이익이 없도록 하고 있다.

사업자가 재화의 공급계약을 체결하고 세금계산서를 발급한 후 계약이 해제되어 재화가 공급되지 아니한 경우 사업자는 수정세금계산서를 발급하여야 한다(부가가치세법 제32조 제7항, 같은 법 시행령 제70조 제1항 제2호).

기존 수분양자 B는 건설 중인 이 사건 부동산을 분양받아 부동산 임대업을 영위하기 위하여 사업개시 전 사업자등록을 하였고, 계약금 및 중도금을 불입하여 매입세액을 공제받아 왔다. B는 임대사업을 개시하지 아니한 상태에서 원고와 이 사건 계약을 체결하여 수분양자 지위를 양도하였고, 원고와 B는 이 사건 계약에서 ‘이 사건 부동산에 관하여 발생한 수익의 귀속과 조세공과금 등의 부담은 부동산 인도일을 기준으로 하여 그 이전까지는 매도인에게, 그 이후의 것은 매수인에게 각각 귀속한다’, ‘기 납부한 부가가치세는 매도자, 매수자가 포괄적 양도양수한다’고 약정하였다.
또한 이 사건 계약에 관여한 C의 직원은 제1심 변론 과정에서 증인으로 출석하여 포괄적 양도양수라는 문구를 넣은 이유에 대해 ‘나중에 계약이 해제되는 상황이 발생했을 때 매수인이 부가가치세 반납의무까지 진다는 의미에서 포괄적 양도양수계약서를 쓴 것이다’, ‘전매가 많다 보니 이 사건처럼 부가가치세 부분에 대한 다툼이 많아서 포괄적 양도양수로서 모든 권리 및 의무를 매수자에게 넘기는 쪽으로 계약서를 만든 것이다’라고 증언하였다.
이상의 사실에 더하여, 원고는 이 사건 부동산에 관한 대출금 채무를 포함하여 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양수하기로 약정하였을 뿐 아니라, 분양계약이 해제될 경우 발생되는 부가가치세도 부담하기로 약정한 점까지 고려하면, 원고는 단순히 이 사건 부동산의 수분양자 지위를 양수한 것이 아니라 B의 부동산 임대사업 자체를 포괄적으로 양수한 것으로 볼 수 있다는 판단은 타당하다고 보인다.