법인과 개인사업자는 다른 사업자로부터 사업과 관련하여 재화 및 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 때에 건당 3만원을 초과하는 때에는 반드시 그 지출증명서류로 세금계산서 또는 계산서, 신용카드매출전표, 현금영수증을 수취하도록 하고 있다.
사업자가 경비를 지출하는 경우 정상적인 법인업무의 일환이라고 보는 것이 타당하지만 그 금액이 3만원을 초과하는 것은 세금계산서나 신용카드매출전표 등 법적증빙을 받아서 거래사실을 입증하는 것뿐만 아니라, 거래 상대방의 과세소득으로 확실하게 신고가 될 수 있을 정도의 거래수단을 사용해달라는 세법의 요구인 것이다. 이러한 사업자에 대한 경비지출내역의 투명성을 확보하고 거래 상대방 사업자의 과세표준양성화를 유도하여 세제 및 세정의 정상화를 도모하고자 도입된 「법인세법」 제116조의 “지출증명서류 수취 및 보관” 규정은 비영리법인의 경우 적격증빙을 수취하지 않아도 되는 사업자로 구분하고 있으나 수익사업부분은 해당됨을 알 수 있다. 하지만 비영리법인의 경우는 고유의 목적사업 이외의 임대사업 등 별도의 수익사업도 병행하고 있는 것이 현실이므로 거래 건당 3만원을 초과하는 비용을 지출하는 경우 세법에서 요구하는 지출증명서류를 수취해야 가산세 등 불이익이 없다. 결국, 비영리법인은 국가의 정책과 사회의 공공기관으로서의 의무와 그 성립목적에 맞게 건전하게 운영되어야 하므로 투명한 재정적 관리를 위하여 경비를 지출하는 경우에는 내부통제서류에 사용목적ㆍ일자ㆍ금액ㆍ용도를 구체적으로 명시하고 실비정산의 원칙에 입각하여 반드시 세법에서 요구하는 지출증빙을 수취해야 할 것이다.

비영리법인이 학술대회를 주최하는 데 있어서 홍보 브로슈어 등에 후원 기업의 광고를 게재하고 받는 후원금 또는 협찬품에 대해서 「법인세법」상 ‘수익사업’인지 여부와, 수익사업인 경우 ‘부가가치세가 과세 혹은 면세’인지 여부에 대한 판단이 중요하다.
비영리법인이라 하더라도 수익사업의 경우 법인세를 과세하는 것이며, 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 「법인세법 시행령」 제3조의 수익사업에서 제외되는 것으로 열거된 것이 아닌 한국표준산업분류표상 소득의 경우에는 수익사업에 해당하는 것이며, 「법인세법」상 수익사업은 그 사업활동이 각 사업연도의 전 기간에 걸쳐 계속하여 행하여지는 사업 외에 상당기간에 걸쳐 계속적으로 행하여지거나 정기적 또는 부정기적으로 상당회수에 걸쳐 행하여지는 사업을 포함하고 있다. 비영리법인이 회원으로부터 받은 회비 또는 대가성 없는 추천수수료의 경우에는 수익사업에 해당하지 않는 것이나, 학술대회를 개최하면서 홍보 브로슈어 등에 후원 기업의 광고를 계속ㆍ반복적으로 게재하고 후원금 또는 협찬품을 받는 경우라면 해당 사업활동은 법인세 과세 대상인 ‘수익사업’에 속하는 것으로 보아야 할 것이다. 「부가가치세법」에 따르면 사업목적이 영리목적이든, 비영리목적이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자는 부가가치세 납세의무가 있다. 즉, 부가가치세는 재화 또는 용역의 공급을 그 과세대상으로 하는 것이므로 사업자가 재화 또는 용역의 공급이 없이 후원금(금전)이나 협찬금품을 지급받는 경우에는 부가가치세가 과세되지 아니하는 것이나, 부가가치세 과세되는 용역을 제공하고 협찬금 또는 후원금 명목으로 대가를 받는 경우에는 부가가치세가 과세되는 것이다.
이처럼 비영리법인이 협찬광고 대가로 광고수입이 발생하는 경우 ‘수익사업’에 해당하는 것이며 광고용역은 부가가치세가 과세되어 세금계산서를 발급해야 하는 것이나, 만약 비영리법인이 개최하는 학술대회가 영리를 목적으로 하지 아니하는 문화ㆍ예술행사에 해당된다면 부가가치세가 면제되는 것으로 ‘계산서’를 발급해야 한다. 즉, 비영리법인이 학술대회 등의 행사를 개최하면서 여러 기업체나 유관단체의 협찬을 일부 받아 개최한 행사가 ‘영리를 목적으로 개최했는지 아니하였는지’ 여부에 대하여는 아래의 요건을 충족한다면 부가가치세가 면제되는 것으로 볼 수 있다.

1. 사전 행사계획서에 의해 이익금을 이익배당 또는 잔여재산의 분배 등의 형식을 통해 주체자에게 귀속시키는 것이 아닐 것 2. 정부 또는 지방자치단체 등 공공단체가 공식 후원하거나 협찬하는 행사 3. 사전 행사계획서에 의해 입장료 수입이 실비변상적이거나 부족한 경비를 협찬에 의존하는 행사 4. 자선목적의 예술행사로서 사전계획서에 의해 이익금의 전액을 공익단체에 기부하는 행사 5. 비영리단체가 공익목적으로 개최하는 행사 6. 그 밖의 이와 유사한 행사로서 영리성이 없는 행사
결론은, 비영리법인이 상당한 기간에 걸쳐 상당횟수로 학술대회 등 각종 대회를 개최하는 데 있어 홍보 브로슈어 등에 후원 기업 광고를 게재하고 그 대가로 받는 후원금 또는 협찬금은 그 고유의 목적사업에 필수적으로 부수되어 일시적으로 공급되는 용역의 범위에 포함되지 않을 것이므로 「법인세법」상의 수익사업이 될 것이다. 이 경우 영리목적이라면 부가가치세가 과세되어 ‘세금계산서’를 발급하여야 하며 만약 영리목적이 아니라면 부가가치세가 면제되므로 ‘계산서’를 발급하여야 한다.
기업의 입장에서도 불특정다수인을 상대로 광고효과 및 구매의욕을 자극할 목적으로 지출하는 비용은 ‘광고선전비’에 해당하는 것으로서 비영리법인의 학술대회 개최 시 지출한 협찬물품 등은 기부금이 아닌 ‘광고선전비’로 보는 것이 타당할 것이다.

비영리법인이나 금융기관 등 면세사업자가 국내 사업장이 없는 외국 로펌에게 법률자문용역을 받기로 한 바, 외국 로펌이 용역을 제공함에 있어서 리서치, 문서작성 및 검토, 회의 등의 모든 업무를 국외 현지에서 수행하고 단지 용역 결과만을 이메일로 송부한 경우에 해당 법률자문용역을 제공받은 국내사업자가 법률자문수수료를 외국 로펌에 지급한 경우 부가가치세를 대리납부할 의무가 있는지 알아보겠다.
비거주자가 공급하는 재화의 경우에는 소비지국 과세원칙에 따라 국내에서 부가가치세가 과세되며, 또한 세관장이 공급자를 대신하여 부가가치세를 거래징수하여 납부하지만 수입하는 용역에 대해서는 세관을 통관하지 않기 때문에 「부가가치세법」에서는 비거주자로부터 용역을 제공받는 자가 공급자를 대신하여 부가가치세를 거래징수하여 납부하도록 규정하고 있는데, 이를 바로 ‘부가가치세 대리납부’라고 한다.
국내 사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인으로부터 국내에서 부가가치세가 과세되는 용역을 공급받는 국내사업자가 동 공급받은 그 용역을 과세사업 외(면세사업 등)에 사용 또는 소비되는 경우 그 대가를 지급하는 때에 비거주자나 외국법인을 대신하여 그 대가를 지급하는 사업자는 부가가치세를 징수하여 대리납부해야 한다. 즉, ‘대리납부의 적용 요건’은 거래장소가 우리나라의 과세권이 미치는 지역 안에 있을 때에만 용역의 공급에 대하여 부가가치세를 과세하며 또한 대리납부의 대상이 되는 것인바, 거래장소가 국외인 경우에는 대리납부의무가 없기 때문에 ‘반드시 그 거래장소가 국내’이어야 하고, 국내 사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인으로부터 공급받는 용역이 ‘부가가치세가 과세되는 용역’이어야 하며, 공급받는 자가 제공받은 용역을 ‘과세사업 외’에 사용하여야 하는 요건을 모두 충족시킨 경우에 한 한다.
국내사업장이 없는 외국 로펌이 제공한 법률자문용역이 ‘국외에서 제공된 경우’에는 대리납부의무가 없는 것으로 판단할 수 있으나, 부가가치세 대리납부대상자를 비거주자로부터 용역의 공급을 받는 자로 규정하고 있고 ‘용역이 제공된 장소’는 용역이 현실적으로 수행된 장소뿐만 아니라 ‘용역의 결과가 사용된 장소’까지를 포함하는 것으로서 법률자문용역이 외국에서 수행되고 그 결과물이 국내에 반입되지 않았다고 하더라도 외국 로펌에게 지급한 법률자문용역대가는 대리납부대상인 것이다.
결국 법률자문용역 결과만을 이메일 또는 우편으로 국내사업자에게 송부하고, 동 결과물을 국내에서 사용하였다는 것은, 그 결과물이 국내에서 소비되는 것과 다름이 없을 것이므로 외국 로펌에 지급하는 경우에는 부가가치세를 대리납부해야 한다.

기부금단체로서 기부금영수증을 발급하는 비영리법인은 해당 사업연도의 ‘기부금영수증 총 발급 건수 및 금액’ 등이 적힌 ‘기부금영수증 발급명세서’를 해당 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 ‘6개월 이내’에 작성하여 제출하여야 하는 것이므로 당초 기부금영수증을 발급하지 않은 기부금에 대해서는 작성하지 않는 것이다. ‘무기명’ 혹은 ‘익명’으로 기부금을 받고 기부자의 개인정보가 확인되지 아니하여 기부금영수증을 발급하지 아니하였으나 추후 기부한 자가 기부금영수증 발급을 요청하는 경우에는 당초 기부받은 일자를 기준으로 ‘기부금영수증’을 발급할 수 있다. 따라서 익명으로 기부받아 기부금영수증을 발급하지 아니한 건에 대해서 세무서에 제출한 기부금영수증 발급명세서에 포함되지 아니한 금액에 대하여도 실지 기부금을 받은 경우라면 기부금영수증을 발급하였다 하더라도 가산세 등 불이익은 없다.
제출한 기부금영수증 발급명세서의 수정사항이 발생한 경우 그 사유가 발생한 때에 수정사항을 반영하여 재작성한 기부금영수증 발급명세서를 수정제출해야 할 것이다.

「법인세법 시행령」 제39조 제4항에서는 기부금을 손금산입하고자 하는 경우에는 기부금영수증을 받아서 보관하도록 규정하고 있으며, 이는 법인의 각 사업연도소득금액에 대한 법인세 계산 시 기부금의 손금산입한도를 계산하기 위한 과정 및 증빙에 해당하는 것이므로 기부금영수증을 발행 여부를 세법에서 규정한 사항은 아닌 것이다.「법인세법」 제112조의 2에서는 기부금 수령 시 의무적으로 ‘기부금영수증’을 발급하는 것으로 명시하고 있지 않으며 기부금영수증을 발급한 경우에는 기부자별 발급명세를 작성하여 5년간 보관하도록 규정하고 있다. 또한 기부금영수증 미발급과 관련한 가산세는 없으며 발행한 기부금영수증의 기부금액 및 인적사항의 기재불성실 및 기부자별 발급명세 작성ㆍ보관의무 미이행에 대해서만 가산세를 부과하는 것이다.
따라서 외국인 또는 외국기관에 기부금영수증을 발행하는 것은 선택할 사항이며 기부금영수증 발급 요청이 없는 경우에는 기부금영수증을 발급하지 않아도 될 것이다.

사업소득은 컨설팅 등을 전문으로 하는 자가 “독립적인 지위에서 인적용역을 계속적, 반복적으로 제공하고 얻는 소득”을 말하며, 기타소득은 “위의 소득 외의 소득으로서 고용관계 없이 일시적, 우발적으로 인적용역을 제공하고 얻는 소득”을 말한다.
여기서, 어느 정도를 계속적ㆍ반복적으로 보고 어느 정도를 일시적ㆍ우발적으로 보아야 하는지 세법에 명확히 정해진 것은 없는 바 사업소득인지, 기타소득에 해당하는지 여부는 당사자 사이에 맺은 거래의 형식ㆍ명칭 및 외관에 구애될 것이 아니라 그 용역제공이 수익을 목적으로 하고 있는지 여부와 사업활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성이 있는지 여부 등을 고려하여 소득을 올린 당해 활동뿐만 아니라 그 전후를 통한 모든 사정을 참조하여 실질내용에 따라 판단해야 하는 것이다.
실례로 대학교수가 주업과는 별개로 교육기관 등에 전속하여 강의 등을 한 것이 아니라 기업의 요구가 있는 경우에 그때마다 전문적인 지식을 강의를 한 것은 사업의 일환으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성이 있다고 보기는 어려울 것이다. 다만, 대학교수가 교육기관이나 기업체 등의 요청에 의하여 강의용역을 간헐적으로 제공하더라도 상당기간 동안 상당횟수에 걸쳐 강의용역을 제공하는 경우나, 강의계약에 따라 일정기간 동안 지속적으로 제공하고 모집인원에 따라 다시 추가강좌 개설이 이루어지는 등 계속적ㆍ반복적으로 강의용역이 제공되는 경우라면 일시적인 강의용역이라고 볼만한 특단의 사정이 없는 사업소득에 해당하는 것으로 보인다. 결국 사업소득, 기타소득에 해당하는지 여부는 용역제공자의 사업성ㆍ전문성ㆍ영리성을 고려하여 원천징수의무자가 판단해야 할 것인 바, 예를 들어 강사료를 지급하는 경우라면 ‘강의 의뢰서’에 ‘직업이 무엇인가요? 주업이 강사인가요? 타 교육기관에서도 강의를 하시나요?’ 등을 체크할 수 있는 ‘사업소득, 기타소득 판정기준표’를 인적용역을 제공하는 자에게 별도로 제시하여 소득구분을 명확히 해야 할 것이다.
최근 과세관청이 공평과세실현을 위하여 인적용역사업자들이 그동안 종합소득세 신고 시 용역료수입을 기타소득으로 신고한 것을 사업소득으로 합산 과세하여 최고 5년치에 상당하는 소득세를 추징하는 사례가 발생하고 있으며, 관련기관 등에 통보하여 용역료에 대하여 사업소득으로 원천징수할 것을 권고하고 있는 것이 현실이다.
비영리법인의 경우 정부보조금으로 사업비를 지원받아 사업을 영위할 수 있으므로 정부보조금으로 인적용역료를 지급하는 경우 사업소득을 기타소득으로 잘못 원천징수하는 등 소득구분을 잘못 판단하여 인적용역료를 지급하는 경우는 세금을 탈루하도록 조장했다는 지탄을 받을 수 있으므로 소득구분을 명확히 해야 할 것이다.
한편, 원천징수의무자가 인적용역소득에 대해 사업소득을 기타소득으로 소득구분을 잘못 판단하여 원천징수한 경우에는 ‘지급명세서 보고불성실가산세(1%)’가 적용된다.

비영리협회에서 「약사법 시행규칙」에 의해 심의위원회를 구성하여, 심의위원회에서 위촉한 위원들은 주요 정책에 대한 심의의결 등을 위해 매주 1회 회의를 개최하고 위촉된 위원에게 매월 회의 참석 시 실비변상규정에 의해 회의 참석수당인 거마비를 지급하고 있는 경우 실비변상적 급여로 보아 비과세소득에 해당하는지 알아보겠다.
법령ㆍ조례에 의한 위원회 등의 보수를 받지 아니하는 위원 등이 받는 수당은 비과세소득에 해당되며, 소득세가 과세되지 아니하는 “법령ㆍ조례에 의한 위원회 등의 보수를 받지 아니하는 위원 등이 받는 수당”이라 함은 위원회의 설립 및 수당의 지급 근거가 법령ㆍ조례에 명시되어 있고 이에 따라 지급하는 수당을 말하는 것이다. 비영리협회에서 심의위원회 심의위원에게 지급하는 수당의 경우 위원회의 설립 및 수당의 지급 근거가 「약사법 시행규칙」에 명시되어 있기 때문에 비과세소득에 해당한다. 외부유관기관의 인사를 고용관계 없이 일시 위촉하여 관련업무의 평가를 수행케 하고 위원들에게 지급하는 평가수당과 교통비는 기타소득(사례금)에 해당하는 것이다.

선택적 복지제도란 임직원에 대하여 주어진 예산 범위 내에서 복지 점수를 부여한 후 자율적으로 자신에게 맞는 복지혜택을 선택할 수 있는 제도로서 선택적 복지제도 운영지침에 따라 복지후생제도를 시행함에 있어 각 종업원에게 개인별로 포인트를 부여하여 이를 사용하게 하는 경우 포인트 사용액은 근로소득으로 과세되는 것이다. 복지포인트의 손금 귀속시기는 포인트를 사용하는 날이 속하는 사업연도가 되는 것이며 복지포인트를 근로소득으로 과세하는 시점은 복지포인트를 부여한 시점이 아닌 종업원이 복지포인트를 사용하는 날이 속하는 연도의 근로소득으로 과세하므로 포인트 사용금액이 확정되는 연말에 총 사용분에 대하여 과세처리하면 될 것이다. 복지포인트는 사용처가 제한되어 있고 배정액에 매년 변동이 있으며, 근로를 제공하기만 하면 지급되는 성질의 것이 아니라면 임금에 해당하는 것으로 보기 어렵다고 사료된다.
한편 선택적 복지포인트의 임금성과 관련해 법원의 해석이 엇갈리며 논란의 대상이 되어 왔으나, 최근 대법원 전원합의체는 선택적 복지포인트의 임금성을 부정하는 취지의 판결을 내린 바 있다. 즉, 대법원은 “사용자가 근로자에게 지급하는 금품이 임금에 해당하려면 먼저 그 금품이 근로의 대상으로 지급되는 것이어야 하므로 비록 그 금품이 계속적ㆍ정기적으로 지급된 것이라 하더라도 그것이 근로의 대상으로 지급된 것으로 볼 수 없다면 임금에 해당한다고 할 수 없다. 여기서 어떤 금품이 근로의 대상으로 지급된 것이냐를 판단함에 있어서는 그 금품지급의무의 발생이 근로제공과 직접적으로 관련되거나 그것과 밀접하게 관련된 것으로 볼 수 있어야 한다. 사용자가 직원 전용 온라인 쇼핑사이트에서 물품을 구매하는 방식으로 사용할 수 있는 복지포인트를 단체협약, 취업규칙에 근거하여 근로자들에게 계속적ㆍ정기적으로 배정한 경우라고 하더라도 이러한 ‘복지포인트’는 「근로기준법」에서 말하는 임금에 해당하지 않고 그 결과 통상임금에도 해당하지 않는다.”고 판시하였다.

교수나 연구기관의 소속 연구원에게 학술장려 목적의 논문게재비를 지급하는 것은 고용관계를 전제로 한 것이며, 고용관계 없이 학술연구용역을 위탁하여 제공하고 연구비를 지원받는 것과는 그 성격이 다르므로 근로소득에 해당하는지, 아니면 연구성과물에 대한 일시적ㆍ독립적인 창작활동으로 볼 수 있으며, 논문의 저작권을 갖고 있는 독립된 창작활동으로 볼 수 있으므로 기타소득에 해당하는지 알아보겠다.
대학의 교수나 정부출연연구재단이 소속 연구원의 연구활동을 장려하고 연구기관 발전의 핵심역량을 집중하기 위하여 세계적으로 저명한 학술지 등에 논문이 게재되는 등 우수 연구성과로 인해 기관의 명성을 높인 공로가 있는 교수나 연구원에게 포상하여 지급하는 학술장려금 형태의 논문게재비는 근로소득에 해당하는 것이다. 또한, 대학에서 교수들이 의무적으로 제출하는 논문 외에 학술지에 논문을 추가로 게재하는 경우에 심사비, 인쇄비 등의 지출에 대하여 당해 비용의 지출증빙에 의해 별도로 논문게재보조비를 지원하는 경우에, 이러한 학회발표보조비, 세미나발표보조비, 출판보조비등은 과세대상 근로소득에 해당하는 것이다. 한편, 직원들의 연구의욕 고취를 목적으로 직무와 관련된 내용을 주제로 하는 사내 현상논문을 모집하고, 제출된 논문을 대상으로 심사를 거쳐 선발된 우수논문에 대하여 포상금을 지급하는 경우는 기타소득에 해당하는 것이다.

기타소득에 해당하는 소득을 지급함에 있어서 「소득세법」 제84조 제3호에 규정하는 ‘기타소득의 과세최저한’은 계약내용과 지급하는 개별적인 사유별로 판단하는 것이다. 강사에게 특정과목 교육과정을 의뢰하면서 지급하는 원고료, 강사료 등을 각각 구분하여 지급하더라도 1건으로 보아 기타소득의 과세 최저한을 판단하는 것으로 강사료와 원고료를 합한 총액에 대하여 기타소득세를 원천징수를 해야 하는 것이다.

비영리의료재단이 과세사업에 사용하던 차량을 매각하는 경우에는 부가가치세가 과세되어 세금계산서를 발행하는 것이며 면세사업에 전용하던 차량 또는 비수익사업에 전용하던 차량을 매각하는 경우는 주된 사업과 관련하여 우연히 또는 일시적으로 공급되는 재화로 보아 부가가치세가 면제되어 계산서를 발행해야 하는 것이다. 과세 및 면세사업에 겸용으로 사용하던 차량인 경우라면, 과세 및 면세사업을 겸영하여 그 실지귀속을 확인할 수 없는 고정자산을 매각 시는 매각가액에 직전 과세기간의 총공급가액에서 과세공급가액이 차지하는 비율에 따라 계산한 금액을 과세표준으로 하여 세금계산서를 발급하고 나머지 금액에 대해서 계산서를 발급해야 한다. 과ㆍ면세에 공동으로 사용하던 재화라도 재화를 공급하는 날이 속하는 과세기간의 직전 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 5퍼센트 미만인 경우 또는 재화의 공급가액이 50만원 미만인 경우와 재화를 공급하는 날이 속하는 과세기간에 신규로 사업을 시작하여 직전 과세기간이 없는 경우라면 해당 재화의 공급가액 전체에 대해 세금계산서를 발행하여야 하는 것이다.