사업자가 사업자등록번호가 있음에도 주민등록번호 또는 고유번호로 세금계산서를 발급받은 경우에는 사업과 관련 없이 구입한 것으로 간주하고 이를 근거로 부가가치세 매입세액 공제를 받은 경우에는 매입세액이 불공제되고 세금계산서 관련 가산세와 과소신고․초과환급신고가산세, 납부지연가산세가 부과된다.

특히 차량을 구입하면서 주민등록번호로 기재하여 매입세액을 공제받는 사례가 많은데 이 경우 매입세액이 공제되지 않을 수 있으므로 매입세액 공제를 받기 위해서는 반드시 사업자번호로 받아야 하며 주민등록번호로 받은 경우에는 과세관청에서 세무조사 결과통지, 과세자료 해명안내문 통지, 확인업무 착수 등이 이루어지기 전에 사업자번호로 수정세금계산서 발급받아야 한다.

다만, 공급받는 자가 사업자등록을 하기 전에 공급받는 자의 주민등록번호를 기재하여 발급한 세금계산서에 대하여는 사업자등록번호로 수정세금계산서 발급할 수 없고(서면3팀-1784, 2007.06.20.), 주민등록번호로 발급받은 세금계산서는 매입세액 공제가능하다.

① 수정세금계산서 발급에 따른 가산세 적용 안 됨
사업자가 주민등록번호로 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 수정세금계산서를 발급할 수 있는 것이며, 수정․발급한 세금계산서에 의하여 매출처별 세금계산서합계표를 작성하여 수정신고하는 경우에는 당초 작성․제출한 매출처별 세금계산서합계표에 대하여 가산세를 적용하지 아니한다(서삼46015-10295, 2003.02.18.).

② 수정세금계산 발급시기
사업자가 세금계산서를 발급한 후 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 기재된 경우에는 세무서장이 경정하여 통지하기 전까지 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다. 다만, 이 경우 공급받는 자가 사업자등록을 하기 전에 공급받는 자의 주민등록번호를 기재하여 발급한 세금계산서에 대하여는 사업자등록번호로 수정세금계산서를 발급할 수 없다(서면3팀-1784, 2007.06.20.).

① 주민등록번호로 세금계산서 발급받은 후 사업자등록번호로 수정발급
사업자로 등록을 한 자가 세금계산서상 공급받는 자의 등록번호를 착오로 대표자 주민등록번호로 발급받은 사실을 확인한 후 과세표준 및 세액이 경정될 것을 미리 알지 못한 상태에서 사업자등록번호로 수정하여 발급받은 경우에는 매입세액 공제가 가능하다(사전법령부가-22453, 2015.02.27.).

② 주민등록번호로 발급받은 세금계산서는 매입세액 공제불가
사업자가 부가가치세가 과세되는 재화를 구입하면서 주민등록번호를 기재한 세금계산서를 발급받은 경우 관련 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없는 것이나, 주민등록번호를 사업자등록번호로 수정한 세금계산서를 발급받아 매입처별 세금계산서를 예정신고 또는 확정신고 시 제출하거나 경정청구한 경우에는 동 매입세액을 공제받을 수 있다[(부가46015-2135, 1999.07.26.); (부가22601-2193, 1987.10.22.)].

수의사가 제공하는 동물진료용역 중 법에 따른 진료용역만 면세하고 일반적인 애견용품, 애견미용, 애견 진료용역 등은 과세되고 있다(2011.7.1. 이후부터 적용).

전자세금계산서를 발급시기에서 하루라도 경과하면 가산세 또는 매입세액 불공제하는 것이 최근의 예규나 판례이므로 전자세금계산서 발급에 주의를 요한다. 이를 보완하기 위해 매입세액 공제기간을 늘리고 가산세율을 축소하였다.

전자세금계산서 발급의무자는 법인과 직전연도 사업장별 재화 또는 용역 공급가액(2018년부터 면세공급가액 포함)의 합계액이 3억원 이상인 개인사업자이다. 개인사업자의 전자세금계산서 의무발급대상자는 과세관청으로부터 의무발급기간 1개월 전까지 통지를 하여야 한다. 개인사업자가 전자세금계산서를 발급하여야 하는 기간이 시작되기 1개월 전까지 통지를 받지 못한 경우에는 통지서를 수령한 날이 속하는 달의 다음다음 달 1일부터 전자세금계산서를 발급하여야 한다.

전자세금계산서를 공급시기가 속하는 다음 달 10일(그날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일을 말한다)까지 발급하면 적법한 발급으로 본다. 발급시기가 지난 후 공급시기가 속하는 확정신고기한까지 발급하면 지연발급이나, 확정신고기한까지 발급하지 아니하면 미발급이다. 전자세금계산서는 발급일의 다음 날까지 전송하여야 한다. 2019.2.12. 이후 공급분부터는 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한 다음 날부터 6개월 이내에 발급받은 세금계산서에 대하여 매입세액 공제를 받을 수 있음에 유의하여야 한다.

전문직사업자 등 현금수입 업종에 대해 지속적으로 관리되고 있으며 수입금액 신고가 누락되지 않도록 다양한 제도적 마련을 하고 있다. 특히, 현금수입금액이 누락되는 경우에는 거래금액의 20%가 가산세로 부과되므로 각별히 유의해야 한다.