국외원천소득에 대한 외국납부세액을 세액공제 또는 손금(필요경비)산입 적용을 할 때의 국외원천소득이란, 국외에서 발생한 소득으로서 내국법인의 각 사업연도 소득의 계산에 관한 규정 또는 거주자의 종합소득금액의 계산에 관한 규정을 준용하여 산출된 금액으로 한다. 그리고 외국납부세액공제가 적용되는 경우의 국외원천소득은 내국법인의 해당 사업연도의 과세표준 또는 개인 거주자의 해당 과세기간의 종합소득금액을 계산할 때 손금 또는 필요경비에 산입된 금액(국외원천소득이 발생한 국가에서 과세할 때 손금에 산입된 금액은 제외)으로서 국외원천소득에 직접 또는 간접으로 대응하는 다음의 금액이 있는 경우에는 이를 뺀 금액으로 한다(법인세법 시행령 94조 ②항, 소득세법 시행령 117조 ②). 즉 외국납부세액공제를 적용하는 경우의 국외원천소득은 국외에서 발생된 소득에서 관련되는 직ㆍ간접비를 뺀 후의 금액으로 한다는 것이다.

• ① 직접비용 : 아래 간접비용에 해당하지 않는 비용으로서 해당 국외원천소득에 직접적으로 관련된 비용
• ② 간접비용 : 해당 국외원천소득과 그 밖의 소득에 공통적으로 관련된 비용 중 다음에 정하는 방법에 따라 계산한 국외원천소득 관련 비용(법인세법 시행규칙 47조, 소득세법 시행규칙 60조 ③항) ⓐ 국외원천소득과 그 밖의 소득의 업종이 동일한 경우의 공통손금(공통필요경비)은 국외원천소득과 그 밖의 소득별로 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산 ⓑ 국외원천소득과 그 밖의 소득의 업종이 다른 경우의 공통손금(공통필요경비)은 국외원천소득과 그 밖의 소득별로 개별 손금액(필요경비)에 비례하여 안분계산

국외원천소득이 있는 내국법인이나 거주자의 산출세액에서 공제할 수 있는 외국납부세액은 실제로 외국에서 납부한 세액을 무조건 전액 공제하는 것이 아니라 국외원천소득이 전체 과세표준이나 소득금액에서 차지하는 비율에 해당하는 금액을 한도로 한다.
이에 따라 외국정부에 납부하였거나 납부할 외국납부세액이 해당 사업연도(과세기간)의 공제한도금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 해당 사업연도(과세기간)의 다음 사업연도(과세기간) 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 사업연도(과세기간)에 이월하여 그 이월된 사업연도의 공제한도금액 내에서 공제받을 수 있다(법인세법 57조 ②항, 소득세법 57조 ②항). 그런데, 외국납부세액공제 한도금액을 초과하는 외국납부세액 중 직ㆍ간접비용과 관련된 외국납부세액에 대해서는 이월공제를 적용하지 않는다(법인세법 시행령 94조 ⑮항, 소득세법 시행령 117조 ⑩항). 즉 외국납부세액공제 한도액 계산 시 분자에 계상되는 국외원천소득의 범위를 계산하면서 국외원천소득에 직접 또는 간접으로 대응하는 비용에 해당되어 국외원천소득에서 뺀 금액에 해당하는 외국납부세액은 한도초과 되더라도 이월하여 공제할 수 없다는 것이다.
참고로 외국납부세액공제의 이월공제가 배제되는 직ㆍ간접비용의 범위와 관련된 기획재정부의 유권해석(기재부 국제조세-794, 2018.08.22.)을 보면, 외국납부세액공제 한도초과금액에 대한 이월과세를 규정하고 있는 법인세법 제57조 제2항이 적용되지 않는 직ㆍ간접비용과 관련된 외국납부세액은 외국납부세액공제 한도액 계산 시 해당 직ㆍ간접비용을 국외원천소득에서 차감함에 따라 외국납부세액공제 한도액이 감소하는 금액과 외국납부세액공제 한도초과액 중 적은 금액을 의미하는 것으로 해석하고 있다. 한편, 국외원천소득이 있는 거주자나 내국법인이 외국납부세액공제를 적용하면서 한도초과액이 발생해서 그 한도초과액을 이월시키더라도 다음 사업연도에 손금(필요경비)산입하는 방법을 선택하는 경우에 해당 사업연도에는 이월공제가 되지 않는다고 해석하고 있는데(국제세원-189, 2010.04.15), 이것은 외국납부세액에 대해서는 한 사업연도에 세액공제방식이나 손금방식 중 한 가지만 선택하여 적용할 수 있다는 의미인 것이다.

국외원천소득에 대한 근거규정을 법인세법 시행령이나 소득세법 시행령에 두기 전에는 법인세법이나 소득세법에서 외국납부세액공제액의 한도를 계산할 때 분자에 계상될 국외원천소득의 범위를 따로 규정하지 않고, 법인세법 기본통칙(57-0…1)과 소득세법 기본통칙(57-0…1)에서 막연히 “우리나라 세법에 의하여 계산한 과세소득으로서 국외에서 발생한 소득”이라고만 하고 있었다. 그러다 보니 외국납부세액공제의 한도액을 계산할 때 가장 중요하면서도 필수적인 국외원천소득의 범위가 법문의 표현만으로는 수입금액을 의미하는지 아니면 손금이나 필요경비를 공제한 후의 소득금액을 의미하는지가 명확하지 않았는데, 과세관청에서는 유권해석을 통해 국외원천소득을 “국외 총수입금액에서 관련 직ㆍ간접 경비를 차감하여 계산하는 것(국제세원-414, 2012.09.05. 외 다수)”으로 해석-적용함으로써 조세분쟁이 발생할 소지가 있었다.

정부는 그동안의 유권해석의 내용을 반영하여 2013년 2월 15일자로 법인세법 시행령 제94조 제15항과 소득세법의 시행령 제117조 제10항을 신설해서, 국외원천소득을 “국외에서 발생한 소득으로서 내국법인의 각 사업연도소득 또는 거주자의 종합소득금액의 계산에 관한 규정을 준용하여 산출한 금액”으로 규정하면서, 이 경우 국외원천소득은 “해당 사업연도(과세기간)의 과세표준(종합소득금액)을 계산할 때 필요경비에 산입된 금액으로서 국외원천소득에 직접 또는 간접으로 대응하는 금액이 있는 경우에는 이를 차감한 금액”으로 하는 것으로 규정했다.
그리고 2019년 2월 12일자로 법인세법 시행령 제94조 제2항에서 국외원천소득 계산 시에 차감해야 하는 직접비용과 간접비용에 대해 구체적으로 규정하면서, 2019년 3월 20일자로 법인세법 시행규칙 제47조에서는 구체적인 간접비용의 계산방법도 신설했다.

외국납부세액 공제한도액을 계산할 때 적용되는 국외원천소득의 범위를 법인세법과 소득세법의 시행령에 반영한 최근의 세법개정은 조세법령의 해석을 일의적이고 명확하게 한다는 측면에서는 바람직하다고 할 수 있지만, 국외원천소득의 범위를 지나치게 좁게 규정함으로써 국제적 이중과세를 조정하려는 외국납부세액공제제도의 취지를 약화시킬 수 있는 문제점이 있다.
해외지점의 소득처럼 내국법인이나 거주자가 국외원천소득에 대해 익금(수입금액)에서 손금(필요경비)을 뺀 소득금액(과세표준)으로 해서 그 소득원천지국에서 조세를 납부한 경우에는 우리나라에서 외국납부세액공제의 한도액을 계산할 때 당연히 그 국외원천소득금액(과세표준)을 분자에 계상하는 것이 타당할 것이다. 그러나 이자소득이나 배당소득, 사용료소득처럼 일반적으로 그 지급금액 전체를 과세표준으로 해서 원천징수를 하는 국외원천소득의 경우에는 원천지국에서 과세될 때 세율이 적용된 그 국외소득금액을 외국납부세액공제한도를 계산할 때 분자에 계상되는 국외원천소득으로 보는 것이 타당할 것이다.
특히 현행 세법이나 대부분의 조세조약에 따르면 공제할 수 있는 외국납부세액이 공제한도액을 초과하더라도 거주지국에서 환급을 해주지 않고 일정기간 동안 이월해서 공제받을 수 있도록 하고 있기 때문에 내국법인이나 거주자가 그 거주지국에서 외국납부세액공제를 부당하게 이용하기는 쉽지 않기 때문에 충분한 이중과세조정이 되는 방향으로 규정을 만들고 적용하는 것이 타당할 것이다.

비록 법인세법이나 소득세법에 구체적인 국외원천소득의 범위에 대한 규정을 두기 전의 판례이기는 하지만 외국납부세액공제와 관련된 대법원 판례를 보면, “구 법인세법(1996. 12. 30. 법률 제5192호로 개정되기 전의 것)은 제24조의 3 제1항 제1호에서 외국납부 법인세액은 내국법인의 당해 사업연도 법인세 산출세액에 국외원천소득이 당해 사업연도의 과세표준금액에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 한도로 당해 사업연도의 법인세액에서 공제할 수 있도록 규정하면서 국외원천소득의 결정방법에 관해서는 아무런 규정을 두고 있지 않으므로 국외원천소득금액은 구 법인세법 제9조 제1항이 정하는 소득개념에 따라 외국지점의 당해 사업연도 익금 총액에서 그 손금 총액을 공제하는 방법으로 계산하여야 할 것이고, 내국법인이 당해 사업연도의 과세표준금액 계산상 손금에 산입한 비용 중 외국지점의 영업에 관련된 부분은 그것이 외국지점에서 직접 지출되지 아니하였다고 하더라도 그 발생원인에 따라 적정하게 안분하여 당해 외국지점의 손금으로 계산하여야 한다”고 판시(대법원2007두21587, 2011.02.24.)하고 있다.
그 후 서울행정법원은 대법원의 위 판례를 근거로 들면서 “내국법인이 외국지점(국외사업장)을 두고 있는 경우 외국지점에서 직접 지출된 비용뿐만 아니라 국내에서 지출된 비용도 외국지점의 영업에 관련된 부분은 적정하게 안분하여 당해 외국지점의 손금으로 계산하여야 하는바(대법원 2011. 2. 24. 선고 2007두21587 판결 참조), 내국법인이 국외사업장을 두고 있지 않은 경우에도 국내에서 지출된 국외사업부의 영업에 관련된 비용은 국외사업부의 손금으로 계산하지 아니할 합리적인 이유는 없어 보인다”고 하면서 (서울행법2012구합13528, 2014.04.25.), 내국법인이 국외에 사업장을 보유하고 있지 않아서 그 국외원천소득의 총액에 대해 원천지국에서 과세된 경우라고 하더라도 국내에서 합산과세할 때 국내외의 직ㆍ간접비를 모두 계산해서 그 국외원천소득의 금액을 줄여야 한다고 판시했다.

위 대법원 판례는 내국법인의 국외원천소득 중 해외지점에서 발생한 소득의 경우에 익금 총액에서 손금 총액을 공제하는 방법으로 계산해야 하고, 또한 내국법인이 해당 사업연도의 과세표준금액 계산상 손금에 산입한 비용 중 외국지점의 영업에 관련된 부분은 그것이 외국지점에서 직접 지출되지 아니하였다고 하더라도 그 발생원인에 따라 적정하게 안분하여 그 외국지점의 손금으로 계산해야 한다는 것이다. 즉, 대법원의 입장은 원천지국에 지점형태의 사업장을 보유하고 있는 경우에 그 지점과 관련해서 본점에서 발생하는 공통경비 등은 그 경비를 가장 합리적으로 배분할 수 있는 배분기준에 따라 그 해외지점에 안분해서 소득금액을 계산하고, 그렇게 계산된 이익(소득금액)에 대해 외국에서 법인세를 납부했을 것을 전제로 한 것이기 때문에 지극히 타당한 판단으로 보인다. 따라서 이런 경우라면 당연히 그 국외원천소득에 대한 외국납부세액공제를 적용함에 있어서 그 사업연도 과세표준 계산상 손금에 산입한 판매비와 관리비 및 본점의 이자비용 등은 그 해외지점의 국외원천소득의 발생과 합리적으로 관련이 있는 경우 해당 경비를 가장 합리적으로 배분할 수 있는 배분기준에 따라 해외지점에 안분하여 국외원천소득을 계산해야 할 것이다(서면2팀-792, 2007.04.30., 외 다수). 그러나 서울행정법원의 판례에서 국외원천소득의 총액에 대해 원천지국에서 과세된 경우조차 국내외에서 발생된 직ㆍ간접비를 모두 반영하여 국외원천소득금액을 계산해야 하는 것으로 판단한 것은 다소 문제가 있어 보인다.
이러한 문제점을 해결하기 위해 영국이나 일본 등 다른 나라에서 시행하고 있는 것처럼 거주자나 내국법인의 국외원천 이자소득이나 배당소득 등 이른바 수동소득에 대하여는 국내에서 세금계산을 할 때 소득에서 면제해주는 소득면제방식을 도입하는 것도 한 방법이 될 것이다. 그러나 우리나라의 현행 세법에서는 국외원천소득에 대한 이중과세를 조정하는 방법 중에 소득면제방식은 도입하고 있지 않기 때문에 손금(필요경비)산입방식이나 외국납부세액공제방식 중 하나를 선택하여 적용할 수밖에 없는 상황이다. 그리고 외국납부세액공제방식을 선택하여 적용하는 경우에는 개정된 세법의 규정이나 판례 등에 따라 국외원천소득을 계산할 때 관련 직ㆍ간접비를 반영하여 계산하여야만 추후에 국외원천소득의 과다계상으로 인한 세금추징을 피할 수 있으므로 주의해야 할 것이다.