소득면제방식은 거주지국이 자국 거주자의 국내원천소득에 대해서만 과세하고 그 거주자의 국외원천소득에 대해서는 처음부터 과세대상에서 제외하는 방법이다. 이렇게 되면, 동일한 소득에 대해 원천지국에서만 과세함으로써 원천지국 과세원칙과 거주지국 과세원칙이 경합해서 발생하는 국제적 이중과세문제를 완전히 제거할 수 있게 된다. 그렇지만 이 방식은 국제적인 이중과세문제를 완전히 해결할 수 있는 장점이 있는 반면, 공평성과 경제적 효율성이라는 조세정책의 목적에 반하는 결과를 초래할 수 있다. 즉, 소득의 원천지국의 세율이 거주지국의 세율보다 낮은 경우에는 국외원천소득에 대해 소득면제를 받는 거주자가 다른 거주자에 비해 우대받는 결과가 된다. 더구나 소득면제방식은 거주자인 납세자가 조세피난처 등 세율이 보다 낮은 국외에 투자하도록 유도하는 결과를 초래할 수 있어서, 국내원천소득을 그런 낮은 세율의 국가로 이동시키는 것을 조장할 수 있게 된다. 이러한 문제점 때문에 완전소득면제방식을 채택하고 있는 국가는 많지 않은 실정이다. 완전소득면제방식의 이러한 문제점을 해결하기 위해 비록 국외원천소득은 거주지국에서 과세대상에서는 제외하지만 누진세율 하에서 거주자의 소득에 대한 산출세액을 계산할 때 그 국외원천소득을 반영해서 누진세율을 계산하는 누진부 면제방식(exemption with progression)이 사용되기도 한다.

소득공제방식은 거주지국이 자국 거주자가 국외원천소득에 대해 원천지국에서 이미 납부한 소득세를 그 거주자의 과세대상 소득금액을 계산할 때 소득에서 공제하는 방법이다. 외국에서 납부한 세액을 당기의 비용처럼 처리하는 소득공제방식은 국제적 이중과세를 조정하는 방법 중에 그 효과가 가장 낮다고 할 수 있는데, 그 이유는 거주자의 소득세를 계산할 때 전체 국외원천소득 중에서 외국에서 납부한 세액만큼만 비용처리 되고 나머지는 과세대상이 되기 때문이다.

① 직접외국납부세액공제 내국법인의 각 사업연도의 과세표준 또는 거주자의 종합소득금액에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우, 그 국외원천소득에 대하여 외국에서 외국법인세액 또는 외국소득세액을 납부하였거나 납부할 것이 있는 경우에는 납세자의 선택에 따라 해당 사업연도의 법인세 산출세액 또는 해당 과세기간의 종합소득 산출세액에 국외원천소득이 해당 사업연도의 과세표준 또는 그 과세기간의 종합소득금액에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 한도로 외국법인세액 또는 외국소득세액을 해당 사업연도의 법인세액 또는 해당 과세기간의 종합소득 산출세액에서 공제할 수 있다(「법인세법」 제57조 제1항 제1호, 「소득세법」 제57조 제1항 제1호). 즉 현행 세법에서는 거주자나 내국법인의 소득세나 법인세를 계산할 때 국외원천소득에 대해 국외에서 납부한 소득 관련 세액을 납부할 세액에서 공제할 수 있는 세액공제방식도 채택하고 있다.

그런데 공제할 수 있는 외국납부세액은 실제로 외국에서 납부한 세액을 무조건 전액 공제하는 것이 아니라 국외원천소득이 전체 과세표준이나 소득금액에서 차지하는 비율에 해당하는 금액을 한도로 한다. 이에 따라 외국정부에 납부하였거나 납부할 외국법인세액 또는 외국소득세액(외국소득세액을 종합소득 산출세액에서 공제하는 경우만 해당함)이 공제한도를 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 해당 사업연도(과세기간)의 다음 사업연도(과세기간) 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 사업연도(과세기간)에 이월하여 그 이월된 사업연도의 공제한도 범위에서 공제받을 수 있다(「법인세법」 제57조 제2항, 「소득세법」 제57조 제2항). 이렇게 세액공제한도액을 계산함에 있어서 국외사업장이 둘 이상의 국가에 있는 경우에는 국가별로 구분하여 이를 계산하여야 한다(「법인세법 시행령」 제94조 제7항, 「소득세법 시행령」 제117조 제7항).

참고로, 세액공제를 적용하면서 한도초과액이 발생해서 그 한도초과액을 이월시키더라도 다음 사업연도에 손금산입 하는 방법을 선택한 경우에 해당 사업연도에는 이월공제가 되지 않는다고 해석하는데(국제세원-189, 2010.4.15.), 이것은 결국 외국납부세액에 대해서는 한 사업연도에 세액공제방식이나 손금방식 중 한 가지만 적용할 수 있다는 의미인 것이다.

② 간주외국납부세액공제 국외원천소득이 있는 내국법인 또는 거주자가 조세조약의 상대국에서 해당 국외원천소득에 대하여 법인세 또는 소득세를 감면받은 세액 상당액에 대해서는 실제로 납부한 국외납부세액이 없지만 그 조세조약으로 정하는 범위에서 납세자의 선택에 따라 외국납부세액공제를 받거나 손금(필요경비)산입의 대상이 되는 외국법인세액으로 본다(「법인세법」 제57조 제3항, 「소득세법」 제57조 제3항). 즉, 현행 세법에서는 거주자나 내국법인의 국외원천소득에 대해 그 소득원천지국에서 세액감면을 받은 경우에 그 감면세액 상당액을 국내에서 그 거주자나 내국법인의 소득세나 법인세를 계산할 때 세액공제나 손금(필요경비)산입 가능한 세액으로 인정하고 있지만, 국외에서 발생한 모든 소득을 공제대상으로 하는 것이 아니라 조세조약에서 간주외국납부세액공제를 규정하고 있는 국가에서 발생한 소득만 해당된다. 간주외국납부세액공제를 조세조약에서 규정하고 있는 국가의 예를 보면 다음 표와 같다.

참고로 각국과의 조세조약상의 간주외국납부세액공제는 그 적용대상을 내국법인에 한하므로 외국법인의 경우에는 국내사업장이 있더라도 간주외국납부세액공제규정이 적용되지 않는다.

③ 간접외국납부세액공제 내국법인의 각 사업연도의 소득금액에 일정요건을 갖춘 외국자회사로부터 받는 이익의 배당이나 잉여금의 분배액(“수입배당금액”)이 포함되어 있는 경우 그 외국자회사의 소득에 대하여 부과된 외국법인세액 중 그 수입배당금액에 대응하는 것으로서 법인세법 시행령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액은 외국납부세액공제를 하거나 손금산입할 수 있는 외국법인세액으로 본다(「법인세법」 제57조 제4항). 또한 거주자의 종합소득금액에 외국법인으로부터 받는 수입배당금액이 포함되어 있는 경우로서 그 외국법인의 소득에 대하여 해당 외국법인이 아니라 출자자인 거주자가 직접 납세의무를 부담하는 등 소득세법 시행령으로 정하는 요건을 갖춘 경우에는, 그 외국법인의 소득에 대하여 출자자인 거주자에게 부과된 외국소득세액 중 해당 수입배당금액에 대응하는 것으로서 소득세법 시행령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액은 외국납부세액공제 또는 필요경비산입의 대상이 되는 외국소득세액으로 본다(「소득세법」 제57조 제4항).

국외원천소득에 대한 외국납부세액을 세액공제 또는 손금(필요경비)산입 적용을 할 때의 국외원천소득이란, 국외에서 발생한 소득으로서 내국법인의 각 사업연도 소득의 계산에 관한 규정 또는 거주자의 종합소득금액의 계산에 관한 규정을 준용하여 산출된 금액으로 한다. 이 경우 외국납부세액공제가 적용되는 경우의 국외원천소득은 내국법인의 해당 사업연도의 과세표준 또는 개인 거주자의 해당 과세기간의 종합소득금액을 계산할 때 손금 또는 필요경비에 산입된 금액으로서 국외원천소득에 직접 또는 간접으로 대응하는 금액이 있는 경우에는 이를 차감한 금액으로 하며, 그 차감된 금액에 대해서는 이월공제를 적용하지 않는다(「법인세법 시행령」 제94조 제15항, 「소득세법 시행령」 제117조 제10항).

국외원천소득이 있는 내국법인의 세액공제 또는 손금산입 대상이 되는 외국법인세액이란 외국정부(지방자치단체 포함)에 납부하였거나 납부할 다음의 세액(가산세 및 가산금 제외)을 말한다(「법인세법」 제57조 제1항, 「법인세법 시행령」 제94조 제1항).