조세특례제한법상 인건비와 관련된 조세특례의 유형은 다음과 같습니다.
먼저 일정한 업무를 수행하는 등 특정 요건을 충족하는 직원의 인건비를 직접적 공제 대상으로 하는 세액공제 방법입니다. 연구소 등의 연구요원의 인건비에 한하여 세액공제를 인정하는 연구ㆍ인력개발비 세액공제가 대표적입니다.

인건비와 관련된 조세특례의 두 번째 유형으로는 고용지원을 위한 조세특례가 있습니다.
인건비를 직접적 세액공제의 대상으로 하지는 않지만, 고용 단계 별로 신규 고용, 재고용, 정규직 전환, 임금증가 및 고용 유지에 대해 특례를 부여합니다. 고용을 증가시킨 기업에 대해 조세특례를 허용함으로써 증가된 인원에게 지급하는 인건비를 간접적으로 보전해 주는 방법입니다.


월간조세 5월호에서는 인건비를 직접적 공제대상으로 하는 조세특례와 관련하여, 연구인력개발비 세액공제를 중심으로 인건비의 개념 및 범위를 실무 사례와 함께 살펴보겠습니다. 그리고, 고용지원 조세특례와 관련하여서는 적용 요건과 사후관리 등을 중심으로 실무상 사용 빈도가 높은 특례에 한정하여 적용시 유의사항을 검토해보겠습니다.

인건비(人件費)는 회계 강학상의 개념으로 물건비(物件費)와 대비됩니다.
광의의 인건비는 노무주비(主費)와 노무부비(副費)로 구성됩니다. 노무주비는 종업원 개인에게 지급되는 급여액으로 임금ㆍ급료ㆍ수당ㆍ상여ㆍ퇴직금 등이고, 노무부비는 종업원의 관리 및 복리후생을 목적으로 기업이 부담하는 비용으로 사회보험료(산재보험료ㆍ의료보험료 등)의 기업부담액ㆍ복리시설부담액ㆍ후생비ㆍ종업원 모집비 및 훈련비 등을 말합니다.
한편 인건비를 기본급, 제수당, 상여금 등을 합한 현금급여와 법정ㆍ법정외 복지후생비, 퇴직금 등의 모든 비현금 급여를 합한 개념으로 보기도 합니다. 인건비의 분류에 차이가 있을 뿐 그 범위가 광의라는 점에서는 유사합니다. 반면에 협의의 개념으로는 위에서 말한 현금급여를 의미하는데, 임금이라는 용어를 일반적으로 사용합니다. 조특법에서는 기본통칙에서 인건비에 대해 “명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용”이라고 정의하여(조특통 9－8…1 ① 1호) 광의의 인건비로 보고 있습니다. 다만 그 범위에 관한 일반적인 규정은 없으며 시행령 별표 6 또는 기본통칙에서 퇴직소득 등을 인건비에서 제외하도록 하는, 네거티브 방식으로 규정하고 있습니다.

조특법은 인건비를 광의로 보고 있음에도 불구하고, 특정 항목에 대해 법령의 규정 또는 해석을 통하여 제외하고 있습니다.
개념상 인건비에 포함되는 퇴직소득, 퇴직급여충당금 전입액 등은 조세정책적 목적으로 제외합니다. 또한 전담부서 등 직원의 복리후생비도 제외되며, 출장비, 여비교통비, 회의비 등도 제외합니다. 반면에 연차수당은 인건비에 포함합니다.


이하에서는 최근 논란이 되고 있는 퇴직금과 4대보험료의 세액공제 대하여 좀더 자세히 살펴보겠습니다.

장애인복지법의 적용을 받는 장애인과 「국가유공자 등 예우 및 지원에 관한 법률」에 따른 상이자, 5ㆍ18민주화운동부상자와 고엽제후유의증 환자로서 장애등급 판정을 받은 사람입니다.

투자가 없더라도 증가 인원 1인당 아래의 금액을 곱한 금액을 법인세 또는 사업소득에 대한 소득세에서 공제합니다.

첫 번째로, 중소기업은 조세특례제한법에 따른 중소기업이며, 중견기업의 정의는 조세특례제한법 제5조 중소기업 등 투자세액공제에서 정의된 중견기업을 준용합니다.두 번째로, 고용 중인 비정규직이란 2018년 11월 30일 당시 고용하고 있는 기간제근로자 및 단시간 근로자, 파견근로자, 수급사업자(하도급거래 공정화에 관한 법률)에게 고용된 기간제근로자 및 단시간근로자를 말합니다.
기간제 근로자 및 단기간 근로자 등은 3 고용증대세에서 본 바와 같습니다.
세 번째로, 2019년 12월 31일까지 i) 기간제근로자 또는 단시간근로자를 기간의 정함이 없는 근로계약을 체결한 근로자로 전환하거나, ii) 파견근로자를 사용사업주가 직접 고용하거나, iii) 원사업자가 기간의 정함이 없는 근로계약을 체결하여 직접 고용하여야 합니다.

중소기업은 정규직 전환 1인당 1,000만원(중견기업은 700만원)을 곱한 금액을 법인세 또는 사업소득에 대한 소득세에서 공제합니다.

첫 번째로, 과세특례의 주체는 조세특례제한법에 따른 중소기업입니다. 다만, 일정한 신성장 서비스업을 주된 사업으로 영위하는 중소기업의 경우에는 75%의 공제율을 적용합니다.
두 번째로, 해당 과세연도 상시근로자 수가 직전 과세연도 수보다 증가하여야 하는 고용증가 요건을 충족하여야 합니다.
상시근로자의 범위 및 그 수의 산정은 3 고용증대세제와 동일합니다.
다만, 고용증대세제에서는 장애인 근로자를 우대하여 적용하지만, 중소기업 고용증가인원 사회보험료 세액공제는 경력단절 여성인 상시근로자를 우대하여 세액공제를 적용합니다.
경력단절 여성이란 조세특례제한법에 의한 중소기업 등에 1년 이상 근무한 여성이 임신ㆍ출산ㆍ육아의 사유로 퇴직한 후, 그 퇴직으로부터 3년~10년 이내에 종전 중소기업과 1년 이상의 근로계약을 체결한 경우를 말합니다.

증가한 상시근로자 인원에 대해 사용자가 부담하는 사회보험료의 50%(단, 신성장 서비스업은 75%)를 세액공제합니다. 예외적으로 청년등 상시근로자의 경우에는 100%를 세액공제합니다.
사회보험은 국민연금, 고용보험, 산업재해보상보험, 국민건강보험 및 장기요양보험이며, 동 사회보험에 따라 사용자가 부담하는 사회보험료를 공제 대상금액으로 합니다. 공제세액은 청년등 상시근로자와 이외 상시근로자에 해당하는 공제세액을 각각 계산하여 합산합니다.
청년등 상시근로자 고용증가 인원에 대하여 사용자가 부담하는 사회보험료 상당금액에 대한 공제세액은 다음 산식에 따라 계산합니다. ㉮ 증가한 청년 등 상시근로자 수
증가한 청년 등 상시근로자 수는 해당 과세연도에 직전 과세연도 대비 증가한 청년 등 상시근로자 수입니다. 단, 해당 과세연도에 직전 과세연도 대비 증가한 상시근로자 수를 한도로 함에 유의하길 바랍니다. 예컨대, 당해 연도 퇴사자가 30명이고 청년 상시근로자가 50명 증가하여 전체 상시근로자 수의 증가가 20명인 경우, 20명을 증가한 청년 등 상시근로자 수로 적용합니다.

㉯ 사용자의 청년 등 증가 1인당 사회보험료 부담금액 해당연도 청년 등 상시근로자에게 지급하는 총급여액을 청년 상시근로자 수로 나눈 후, 사회보험료율을 곱하여 계산합니다. 총급여액은 근로를 제공함으로써 받는 봉급 등의 급여, 잉여금처분에 의한 상여, 인정상여 등이 포함되며 비과세소득은 제외합니다.
청년 등 외 상시근로자 고용증가 인원에 대하여 사용자가 부담하는 사회보험료 상당금액의 공제세액도 청년 등 상시근로자 고용증가인원에 대한 사회보험료 상당금액과 유사한 방식으로 계산합니다. 다만 50%(신성장서비스업은 75%)를 공제율로 적용합니다.

제30조의 4 중소기업 사회보험료 세액공제와 법 제26조 고용창출투자세액공제는 중복지원이 불가능합니다. 다만 본 세액공제와 법 제7조 중소기업에 대한 특별세액감면과는 중복적용이 가능합니다. 2017년까지는 중기특별세액감면과 중복지원을 배제하였으나, 2018년 개정세법부터 허용되었음에 유의하길 바랍니다.
사후관리 규정이 없다는 점에서 세액공제 후 고용인원이 감소하여도 추징당하지 않습니다. 또한 농어촌특별세도 과세되지 않으므로 최저한세를 적용할 때 다른 조세특례에 우선하여 적용함이 바람직합니다.