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분할신설법인의 R&D 세액공제시 직전 4년 연평균발생액은 월할계산함
분할신설법인의 R&D 세액공제시 직전 4년 연평균발생액은 월할계산함
분할존속법인의 연구ㆍ인력개발비 세액공제액 산정시 직전 4년 연평균발생액은 분할신설법인에게 귀속될 연평균발생액을 차감하여 구하는 것이고, 이 때 분할신설법인의 연평균발생액은 매출액기준 등에 따라 배분된 금액에 분할 이후 사업월수를 곱하여(월할계산) 산정하는 것이 타당함.
1. 쟁점사항
분할법인의 연구ㆍ인력개발비 세액공제액을 산정할 때 직전 4년간 연평균 일반연구개발비에서 차감되는 분할신설법인의 귀속금액 계산시 분할 이후 개월 수로 환산하여야 하는지 여부
[당사자 및 조세심판원의 쟁점별 의견 비교]
| 쟁 점 | 납세자 | 과세관청 | 조세심판원 |
|---|---|---|---|
| 문리적 해석 | 분할신설법인 귀속금액을 분할일 이후 개월 수로 환산하는 규정 없음. | 분할신설법인에게 귀속될 금액을 계산(월할계산)한 후 총 발생액에서 분할신설법인에게 귀속될 금액을 차감하도록 기재부가 유권해석함 | 직전 4년 연평균발생액 계산식의 개월 수 환산 규정을 분할신설법인에게도 적용할 수 있음. |
| 합병시 선 결정례 | 동일 규정이 적용되는 합병 사례에서 조세심판원은 직전 4년 합계액을 계산할 때 개월 수로 환산하지 않고 단순합산하도록 결정 | 분할의 경우 분할일까지 발생한 비용은 분할존속법인에 귀속되며, 합병의 경우 합병일까지 발생한 비용은 피합병법인에 귀속되어 다름 | 언급 없음. |
| 합리적 해석 | 분할법인의 직전 4년 합계액은 분할신설법인에 귀속되는 금액을 차감하여 계산함. | 월할계산하지 않으면 분할법인이 공제받을 수 있는 금액이 분할 전에 비하여 과다하게 공제됨. | 분할신설법인의 개월 수에 해당하는 직전 4년 합계액만 분할신설법인의 귀속액으로 하는 것이 합리적임. |
2. 사실관계
- ⑴
청구법인은 2011.11.1. 주식회사 ○○○로부터 인적분할하여 설립된 법인으로, 2016.1.4. 주식회사 ○○○{1964.4.3. 설립되어 식품 및 의약사업 등을 영위하다가 2012.4.1. 의약 사업부문 및 관련 연구소가 주식회사 ○○○(이하 “○○○”이라 한다)로 물적분할되었고, 이하 “○○○”라 한다}를 흡수합병하였다.
한편, ○○○는 2012사업연도 법인세 신고시 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제10조에 따른 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제(이하 “세액공제”라 한다)를 같은 법 제10조 제1항 제3호 가목 규정(이하 “증가분 방식”이라 한다)을 적용하여 ○○○원으로 산정하였다. - ⑵ 청구법인은 ○○○의 2012사업연도 세액공제가 ○○○원이 아니라 ○○○원 등이라고 보아 기납부한 2012사업연도 법인세 ○○○원을 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2017.5.23. 청구법인이 조세특례제한법 시행령(이하 “조특법 시행령”이라 한다) 제9조 제4항 및 제5항에 따라 계산할 때 분할사업연도의 과세연도 개월 수를 감안하지 아니하여 부적정하게 세액공제를 계산하였다고 보아 이를 재계산하여 2012사업연도 법인세 ○○○원만을 환급하고 나머지 청구법인의 경정청구에 대하여는 거부하였다.
- ⑶ 청구법인은 이에 불복하여 2017.8.18. 심판청구를 제기하였다.
3. 심리 및 판단
조특법 시행령 제9조 제5항에 따라 분할신설법인에 배분된 직전 4년 평균 연구ㆍ인력개발비는 1년을 온전히 사업했을 경우를 상정하여 계산된 금액이고, 분할된 경우에 분할신설법인의 당해 사업연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비는 분할 이후 사업연도에서 발생한 것이므로 이에 차감되는 분할신설법인의 직전 4년 평균 연구ㆍ인력개발비도 분할 이후의 사업연도 개월 수에 상당하는 분만 산정하는 것이 논리상 타당한 점, 따라서 분할법인의 직전 4년 평균 연구ㆍ인력개발비를 산정함에 있어 분할신설법인인 ○○○의 2012사업연도 개월 수(9개월)에 해당하는 직전 4년 평균 연구ㆍ인력개발비에 상당하는 금액만 분할신설법인 귀속금액으로 산정하여 이를 직전 4년 평균 연구ㆍ인력개발비에서 차감하는 것이 합리적인 점,
조특법 시행령 제9조 제5항에서 분할신설법인의 경우 제4항의 계산식 중 ‘해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 합계액’에 관하여 규정하고 있고, 같은 조 제4항의 계산식 후단에는 ‘해당 과세연도의 개월 수/12’를 곱하도록 별도로 규정하고 있으므로 분할신설법인의 직전 4년 평균 연구ㆍ인력개발비 산정과 관련하여 제4항의 계산식 후단 부분이 분할 이후의 개월 수로 안분하는 규정이라는 해석이 가능해 보이는 점 등에 비추어,
처분청이 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비 평균 발생액을 계산함에 있어 분할 이후 개월 수로 환산하여야 한다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 관련규정
- 구 조세특례제한법 시행령(대통령령 제22583호, 2010.12.30.로 개정된 것)
- 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】
(해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 합계액/4)×(해당 과세연도의 개월 수/12)
⑤ 제4항의 계산식 중 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 합계액을 계산할 때 합병법인, 분할신설법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자를 받은 법인(이하 이 항에서 “합병법인 등”이라 한다)의 경우에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자(이하 이 항에서 “합병 등”이라 한다)를 하기 전에 피합병법인, 분할법인, 사업양도인 또는 현물출자자(이하 이 항에서 “피합병법인 등”이라 한다)로부터 발생한 일반연구ㆍ인력개발비는 합병법인 등에서 발생한 것으로 본다. 다만, 피합병법인 등이 운영하던 사업의 일부를 승계한 경우에는 피합병법인 등에서 합병등을 하기 전에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 피합병법인 등에서 발생한 일반연구ㆍ인력개발비로 본다.
5. 검토
1) 연평균 발생액의 계산
연구ㆍ인력개발비 세액공제에서 연평균 발생액의 산정은 다음의 두 가지 경우에 필요하다.
첫째로, 증가분 방식에 의한 공제세액 계산시 사용된다. 다만 2015년 이후부터는 직전연도 발생비용을 기준으로 증가분을 산정하므로 더 이상 적용되지 않는다.
둘째로, 당기분 방식이 강제되는 사유 중의 하나인 직전연도 R&D 비용이 직전 4년 평균 R&D 비용보다 적은 경우에 해당하는지를 판정하기 위함이다.
최신예판해설의 대상인 조심 2017서4327, 2018.6.29.(이하 “쟁점 심판례”)의 경우 2012년 사업연도를 대상으로 하므로 종전 규정에 따라 연평균 발생액을 기준으로 증가분을 산정하였다. 이에 연평균 발생액 계산식을 정리하고, 분할시 직전 4년 연평균 발생액을 계산하는 방법 등을 살펴보기로 한다.
⑴ 산식
연평균 발생액은 다음의 산식에 따라 계산한다(조특령 9 ⑤).
* 과세연도 수가 4 이상인 경우 4로 한다.
⑵ 사업의 일부 승계시 계산 방법
피합병법인, 분할법인, 사업양도인, 현물출자자(이하 “피합병법인 등”)가 운영하던 사업의 일부를 승계한 경우로서 합병, 분할, 분할합병, 사업양수도, 현물출자(이하 “합병 등”)를 하기 전에 합병법인, 분할신설법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인, 현물출자법인(이하 “합병법인 등”)의 해당 승계사업에서 발생한 일반 R&D 비용을 구분하기 어려운 경우에는 합병법인 등은 아래의 산식처럼 안분하여 직전 4년간 발생한 R&D 비용 합계액을 계산한다(조특령 9 ⑥ 단서).
직전 4년간 발생한 R&D 비용 합계액＝피합병법인 등에게서 발생한 R&D 비용×Max (①, ②)
분할존속법인은 분할신설법인이 적용한 매출액 비율(또는 자산가액비율)을 제외한 후의 매출액 비율을 적용하여 계산한다(법인-589, 2011.08.19.).
- ① 각 사업연도의 (승계사업의 매출액 / 피합병법인의 총매출액)
- ② 각 사업연도 말 (승계사업의 자산가액 / 피합병법인의 총자산가액)
쟁점 심판례의 경우 분할존속법인의 직전 4년 발생액 합계를 구하기 위해서는 먼저 분할신설법인의 직전 4년 발생액 합계를 계산하여 분할법인의 직전 4년 발생액 총합계액에서 차감한다.
⑶ 합병법인 등의 R&D 비용의 전액 의제
연평균 발생액 산식상의 직전 4년간 발생한 R&D 비용 합계액을 계산할 때, 합병 등의 경우 피합병법인 등에게서 발생한 R&D 비용은 합병법인 등에게서 발생한 것으로 본다(조특령 9 ⑥). 즉, 피합병법인 등의 R&D 비용은 합병법인 등의 R&D 비용으로 간주한다.
연평균 발생액 산정시에는 분할신설법인에게는 과거 R&D 비용이 있을 수 없고, 사업결합의 경우에 사업의 계속성이 있기 때문에 피합병법인 등의 비용을 합병법인 등에게 승계토록 한 것이다.
분할일이 1월 1일이어서 해당 사업연도 동안 분할신설법인이 온전히 사업하였다면 위 규정에 따라 직전 4년 발생액 합계를 전부 분할신설법인의 비용으로 간주할 수 있다. 그러나 분할이 기중에 일어나는 경우에 직전 4년 발생액을 분할 후의 개월 수로 월할계산하여야 하는지가 문제된다. 왜냐하면 분할이 발생한 사업연도의 비용 중 분할일 전에 발생한 비용은 분할존속법인에게 귀속되고 분할일 이후에 발생한 비용만을 분할신설법인에게 귀속시키므로, 직전 4년 발생액도 월할계산하는 것이 일응 논리적이라 할 수 있기 때문이다.
다음에서는 기중 분할(합병)할 경우 분할신설법인(피합병법인)의 직전 4년 발생액 합계를 월할계산하여야 하는지 여부에 대한 과세관청과 조세심판원의 해석을 살펴보기로 한다.
2) 유관기관의 해석 사례
⑴ 과세관청의 해석
과세관청은 종래 분할에 대해서는 직전 4년 발생액 합계를 월할계산하도록 하였으나, 합병에 대해서는 월할계산하지 않고 단순합산하도록 하고 있다.
사례 임대업과 제조업 등을 영위하는 법인이 대부분의 연구ㆍ인력개발비가 발생하는 사업(제조업 등)을 분할신설법인에 승계한 경우(조세특례제도과-724, 2017.09.25.).
분할존속법인의 직전 4년 발생액 합계를 계산하기 위해서는 분할신설법인의 직전 4년 발생액 합계를 월할계산한 후, 월할계산한 금액을 총금액에서 차감하도록 해석하고 있다. 쟁점 심판례와 동일한 해석이다.
분할존속법인의 연구ㆍ인력개발비 세액공제 계산시 ‘4년간의 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액’ 계산방법
- 제1안：4년간 R&D비용 합계액 전부
- 제2안：4년간 R&D비용 합계액에서 분할신설법인의 귀속액(월할계산 후) 차감
- 제3안：4년간 R&D비용 합계액에서 분할신설법인 귀속액(월할계산 전) 차감
- 제2안：4년간 R&D비용 합계액에서 분할신설법인의 귀속액(월할계산 후) 차감
- 제3안：4년간 R&D비용 합계액에서 분할신설법인 귀속액(월할계산 전) 차감
회신 제2안이 타당함.
사례 다른 내국법인을 합병한 내국법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 일반연구ㆍ인력개발비 세액공제액을 계산하는 경우 해당 내국법인의 조세특례제한법 제10조 제2항에 따른 4년간의 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 하는 것임(서면법규과-594, 2013.05.27.).
반면에 합병의 경우 합병법인의 직전 4년 발생액 합계를 구할 때에는 피합병법인의 직전 4년 발생액 합계를 월할계산하지 않고 단순합산하도록 하고 있다.
(합병법인과 피합병법인의 해당 과세연도 개시일로부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 합계액/합병법인의 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생한 과세연도의 수(그 수가 4 이상인 경우 4로 한다))×(합병법인의 해당 과세연도 개월수/12월)
피합병법인의 합병일이 속하는 사업연도(이하 “합병 사업연도”) 중 합병 전 R&D 발생액은 피합병법인의 의제사업연도의 공제대상이 되며, 동 금액은 합병법인의 합병 사업연도 또는 그 이후 사업연도의 R&D 비용에 포함되지 않는다. 동 금액을 합병법인의 R&D 세액공제의 대상으로 하면 피합병법인의 의제사업연도에서 공제받았던 비용을 다시 이중으로 공제하기 때문이다.
그럼에도 불구하고 직전 4년 비용은 합병일 이후의 개월 수에 한정하지 않고 온전한 연도 전체 비용을 포함하므로 직전 4년 비용을 과다계상하여 합병법인에게 불합리하다. 합병법인의 합병 연도에 포함되는 피합병법인의 R&D 비용은 합병일 이후 발생분에 한정되기 때문이다.
⑵ 조세심판원의 해석
조세심판원은 합병과 관련하여서는 다음과 같이 월할계산하지 않고 단순합산하도록 결정하였다. 과세관청과 동일한 입장이다.
사례 조세특례제한법 시행령 제9조 제4항에서 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 합계액을 계산할 때 합병 후의 피합병법인 사업부문의 사업연도 월수로 환산하거나 피합병법인에서 승계한 사업부문과 기존 합병법인의 사업부문에 대한 4년 평균액을 각각 계산하여 합산한다는 규정이 없는 점, 청구법인과 동일한 상황에서 합병법인의 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 4년간 연평균발생액 계산방법을 합병법인과 피합병법인의 과거 4년간 연구ㆍ인력개발비를 단순합산하는 것으로 규정하고 있는 점 등에 비추어 피합병법인이 운영하던 사업에서 발생한 합병법인의 연구ㆍ인력개발비 세액공제액을 계산할 때 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비 평균 발생액을 합병일 이후 개월 수로 환산하여야 한다는 청구주장을 받아들이기는 어렵다 할 것이다(조심2014전3113, 2015.01.15.).
분할을 대상으로 한 쟁점 심판례의 경우 납세자가 월할계산하라는 명문의 규정이 없다는 점을 근거로 월할계산을 부정하고 있으나, 합병을 대상으로 한 위의 심판례에서는 조세심판원이 동일한 근거로 월할계산을 부정하고 있다.
3) 쟁점 심판례의 검토
⑴ 문리적 해석
쟁점 심판례에서는 조특법 시행령 제9조 제4항(현재 제5항)의 계산식 후단에는 ‘해당 과세연도의 개월 수/12’를 곱하도록 별도로 규정하고 있으므로, 분할신설법인의 직전 4년 평균 연구ㆍ인력개발비 산정과 관련하여 제4항의 계산식 후단 부분을 분할 이후의 개월 수로 안분하는 규정으로 해석하고 있다.
그러나 계산식 후단의 월할계산 규정은 연구개발비 세액공제를 받으려는 기업, 쟁점 심판례의 경우는 분할존속법인의 연평균 발생액을 계산할 때 분할존속법인의 사업연도가 1년 미만인 경우 등에 있어 연환산하도록 하는 규정이다. 산식의 하나의 계산요소에 불과한 분할신설법인의 직전 4년 발생 합계액을 계산할 때 산식상의 다른 계산요소인 월할계산 규정을 적용할 수 없다고 판단된다. 즉, 산식에서 월할계산하는 대상은 분할존속법인이지 분할신설법인은 아니라고 본다.
분할신설법인의 직전 4년 발생액을 월할계산하려면 제4항(현재 제5항)의 계산식 후단이 아니라 제5항(현재 제6항)에 월할계산하는 근거규정을 두는 것이 바람직하다고 판단된다.
⑵ 합리적 해석
분할신설법인은 분할일 이후의 R&D 비용만 공제 대상으로 하므로, 직전 4년 발생액 합계도 역시 같은 기준으로 측정하는 것이 합리적이다. 예를 들어, 분할일이 12월 1일이어서 1개월의 R&D 비용만 공제대상이라면, 비교 대상인 직전 4년 발생액 합계도 온년의 수치가 아니라 1/12만 대응하는 것이 논리적이다.
⑶ 소결
분할신설법인의 직전 4년 발생액 합계를 월할계산하는 것이 합리적이지만 문리적 해석으로는 단순합산하는 것이 옳다. 조특법 해석의 가장 중요한 원칙인 엄격해석의 원칙에 비추어 보건대 문리적 해석에 따라 월할계산하지 않고 단순합산함이 타당하다. 다만 문리적 해석과 합리적 해석이 각각 나름의 근거를 갖고 있는 경우에는 입법으로 해결하여야 한다고 본다.
더욱이 과세관청과 재결청은 직전 4년 발생액 합계 계산에 월할계산을 적용하여야 하는지에 대해 합병과 분할을 달리 보고 있다. 양자를 달리 보는 이유에 대해 설시하고 있지 않으나 필자는 다음과 같이 추정해 본다.
합병의 경우에는 피합병법인은 더 이상 사업을 계속하지 않으므로 직전 4년 발생액 합계가 피합병법인보다 합병법인에게 더 많이 귀속되면 합병법인의 장래의 R&D 증가분 발생액이 감소한다. 즉, 합병법인의 직전 4년 발생액 합계를 단순합산하면 합병법인의 직전 4년 발생액 합계가 증가하는 대신 피합병법인의 직전 4년 발생액 합계는 감소한다.
반면에 분할의 경우에는 분할존속법인 뿐 아니라 분할신설법인이 사업을 계속하므로 누구에게 귀속되든 장래의 R&D 증가분 발생액에는 영향이 없다.
종합해 보자면 분할시에는 합리적 기준에 따라 직전 4년 발생액 합계를 분배하고 있지만, 합병 시에는 합병법인에게 전액 귀속하여 세부담을 증가시킨다.
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