과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액이나 그 신고한 과세표준 및 세액에 대해 조사결정을 받은 경우로서 그 증가된 과세표준 및 세액이 각 세법에 따라 적정하게 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하였거나 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액과 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여 과세관청에 경정 등의 청구를 통해 환급을 요구할 수 있다.

따라서, 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자 및 기한후신고를 한 경우에는 경정 등의 청구를 할 수 없다.

그러나 그 경정 등의 청구에 대하여 과세관청이 필요한 처분을 하지 아니하거나 또는 그 경정 등의 청구에 대한 과세관청의 처분에 만족하지 않는 경우에는 그에 대하여 불복청구를 할 수 있게 된다.

즉, 경정청구로 인해 감액된 1천만원에 관련된 납부불성실가산세와 가산금은 없어져야 되는지 여부와 관련하여 사업자가 부가가치세 예정 또는 확정신고 후 납부하여야 할 세액을 납부하지 아니하여 무납부세액과 함께 납부불성실가산세를 과세관청에서 결정고지한 후 사업자가 미신고된 매입세액을 경정청구하여 당초 납부하여야 할 세액이 차감되는 경우 차감되는 부분에 대하여 당초 결정된 납부불성실가산세도 차감된다(서면3팀-18, 2008.01.03.).

원고의 어머니인 소외 2, 동생인 소외 3, 소외 3의 남편인 소외 4, 재단법인 ○○○장학회는 2009년 8월 소외 5와 소외 6에게 ○○회사가 발행한 주식 합계 1,150,167주를 대금 6,038백만원에 양도하기로 하면서, 잔금 2,318백만원은 2010년 7월까지 지급받기로 하였다.

그 무렵 원고 등 양도인들과 소외 1등 양수인들은 위 각 주식양도계약에 부수하여, 양도인들이 양수인들로부터 주식양도계약에 따른 잔금을 지급받아, ○○회사로부터 화학제품을 생산ㆍ판매하는 주된 사업부분을 80억원에 다시 매수하기로 하는 특별약정을 체결하였다.

다만 주된 사업부분 매각대금은 추후 회계법인 평가금액으로 변경할 수 있고, 이 경우 각 주식양도계약에 따른 잔금 역시 자동 수정되는 것으로 하였다.

원고는 2009년 11월 이 사건 주식양도계약에서 약정한 당초의 매매대금 12,892백만원을 기초로 양도소득세와 증권거래세를 신고ㆍ납부하였다.

원고 등 양도인들과 소외 1 등 양수인들은, 매매대금 등에 관한 분쟁이 발생하여 잔금지급이 제때 이루어지지 않던 중, 2010년 12월 양도인들이 ○○회사부터 다시 매수하기로 했던 사업부분을 줄여 사업부분 매각대금을 51억원으로 변경하고, 각 주식양도계약에 따른 잔금의 합계 역시 51억원으로 변경하기로 하는 이 사건 정산합의를 하였다.

이에 따라 이 사건 주식의 매매대금은 당초의 12,892백만원에서 10,918백만원으로 감액되었다.

원고는 2011.9.23. 과세관청에게 이 사건 정산합의 등에 따라 이 사건 주식의 양도가액을 10,918백만원으로 감액하였다며 구 국세기본법 제45조의2 제1항에 따라 경정청구를 하였으나, 과세관청은 정산합의가 별도의 사후액정에 불과하여 경정청구 사유에 해당하지 아니한다고 판단하여 이를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.

양도소득금액의 계산을 위한 양도가액은 양도재산의 객관적인 가액을 가리키는 것이 아니고, 구체적인 경우에 현실의 수입금액을 가리키는 것이다.

따라서 주식을 매매계약에 의하여 양도한 경우 당초 약정된 매매대금을 어떤 사정으로 일부 감액하기로 하였다면, 양도재산인 주식의 양도로 발생하는 양도소득의 총수입금액, 즉 정당한 양도가액은 당초의 약정대금이 아니라 감액된 대금으로 보아야 한다[(대법원2010두7970, 2010.10.14.) 판결 등 참조].

그런데 구 국세기본법(법률 제11604호, 2013.1.1.로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항 제1호에 의하면, 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때에는 3년 내에 신고한 과세표준 및 세액의 경정 등을 청구할 수 있다(대법원2015두36003, 2018.06.15.).

국세기본법 제45조의2에 따른 경정청구에 의하여 납부할 세액을 감소시키는 경정을 함으로써 납부할 세액에 미달하게 납부한 세액이 없게 되는 경우에는 같은 법 제47조의4에 따른 가산세를 적용하지 아니하며 최근 결정된 판례에 따르면, 주식을 매매계약에 의하여 양도한 경우 당초 약정된 매매대금을 어떤 사정으로 일부 감액하기로 하였다면, 양도재산인 주식의 양도로 발생하는 양도소득의 총수입금액, 즉 정당한 양도가액은 당초의 약정대금이 아니라 감액된 대금으로 보아, 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때에는 과세표준 및 세액의 경정 등을 청구할 수 있다.

아울러, 급여와 퇴직금 채권이 확정적으로 발생하였다고 하더라도 그 후 이를 면제하는 내용의 이 사건 회생계획이 인가됨으로 인하여 회수불능이 되어 장래 그 소득이 실현될 가능성이 전혀 없음이 객관적으로 명백하고, 이로써 원고의 이 사건 급여와 퇴직금에 관한 소득세 원천징수의무도 그 전제를 잃게 되어 원천납세의무자도 후발적 경정청구를 할 수 있는 것으로 보고 있다.