사례 : 기업부설연구소를 설치하지 못한 경우 별개 처분 여부(대법원2011두27551, 2013.11.28.) 감면규정의 문언 내용과 체계, 기업의 과학기술연구를 장려하여 고도의 기술혁신을 이룩하려는 이 사건 법률 조항의 입법 취지를 실현하기 위해서는 기업부설연구소의 설치가 필수적인 점 등에 비추어 보면, 이 사건 시행령 조항은 이 사건 법률 조항 본문에 따라 취득세 등이 면제되기 위한 사후적 요건으로서의 기업부설연구소 설치와 그 인적ㆍ물적시설 기준 등을 정한 것으로 봄이 타당하므로, 기업부설연구소용에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하였다고 하더라도 이 사건 시행령 조항에서 정한 기업부설연구소를 설치하지 못한 경우에는 처음부터 이 사건 법률 조항 본문에 따른 취득세 등의 면제대상에서 제외되어 원칙대로 과세되는 것이고, 이때의 부과처분은 면제된 취득세 등을 새로운 부과처분의 형태로 추징하는 이 사건 법률 조항 단서에 의한 추징처분과는 그 요건을 달리하는 별개의 처분이라고 할 것이다. 같은 취지에서 원심이, 이 사건 법률 조항 본문에 따라 취득세 등이 면제되기 위해서는 이 사건 시행령 조항에서 정한 기업부설연구소의 설치요건까지 갖추어야 한다는 취지로 판단한 것은 정당하고, 거기에 상고이유의 주장과 같은 이 사건 법률 조항 본문에서 정한 취득세 등의 면제요건에 관한 법리오해 등의 위법이 없다. 한편 원심은 이 사건 토지에 기업부설연구소를 설치하지 못한 데에 정당한 사유가 있다는 원고들의 주장에 대하여는 채택 증거에 의하여 인정되는 그 판시와 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 토지에 대한 매매계약의 합의해제는 원고들의 경영 및 자금 사정에 기인한 것일 뿐 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 원고들이 정상적인 노력을 다하였음에도 부득이하게 발생한 것으로 볼 수 없다는 이유로 이를 배척하였다. 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당한 것으로 수긍이 가고, 거기에 상고이유의 주장과 같은 판결 결과에 영향을 미친 법리오해의 위법이 없음.

사례 : 벤처기업집적시설을 조성하지 못한 정당한 사유(대법원2007두1545, 2007.03.16.)^* 벤처기업집적시설의 취득에 대하여 취득세 등을 면제하였다가 뒤에 이를 추징하는 경우에 당해 부동산의 취득이 취득세 등의 면제대상인지 여부는 그 취득이 이루어질 당시의 법령을 기준으로 판단하여야 할 것이나, 추징사유의 존부는 추징사유에의 해당 여부가 문제되는 사실이 발생할 당시, 즉 이 사건에 있어서는 이 사건 부동산의 매각일인 2003.4.3. 또는 취득일로부터 3년이 경과한 2003.5.1. 당시 시행되는 지방세법을 기준으로 판단하여야 할 것이다[(대법원91누10725, 1992.06.09.) 판결 등 참조]. 관련 법률인 구 지방세법 제276조 제4항은 “벤처기업집적시설의 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 등을 감면하되 취득일부터 3년 내에 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하지 아니하는 경우에는 감면된 취득세 등을 추징한다”고 규정하고 있었는데, 개정 지방세법 제276조 제3항 단서는 “취득일부터 3년 내에 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하지 아니하는 경우 또는 취득일부터 5년 내에 벤처기업집적시설의 지정이 취소된 경우에는 감면된 취득세 등을 추징한다”고 규정함으로써, 구 지방세법 제276조 제4항 단서에 비하여 납세의무자에게 불리하게 개정되었다. 한편, 개정 지방세법 부칙 제1조는 “개정 지방세법 제276조 제3항 단서의 규정을 2001.1.1.부터 시행한다”고 규정하면서, 같은 부칙 제10조는 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 예에 의한다”고 규정하고 있다. 따라서 감면된 취득세 등의 추징에 관하여 원고에게 불리하게 지방세법이 개정된 이 사건에서는 위의 법리에 따라 구 지방세법 제276조 제4항 단서가 적용되어야 할 것이고, 이와 다른 전제에 선 피고의 위 주장은 이유없다.