그러나 예외적으로 부가가치세가 면제되는 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물ㆍ임산물 등의 원재료를 구입, 이를 제조ㆍ가공하여 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업자에 대하여는 원재료를 구입할 때 직접 부담한 부가가치세는 없지만, 한도액 내에서 그 구입가액의 일정율에 해당하는 금액을 매입세액으로 의제하여 매출세액에서 공제받을 수 있도록 하고 있는데, 이를 ‘의제매입세액 공제제도’라 한다.

법인사업자의 경우 해당 과세기간에 공급하는 면세 농산물 등과 관련된 사업에 대한 과세표준의 30퍼센트(2018년 12월 31일 까지 35%)에 해당하는 금액에 공제율을 곱한 금액으로 하고, 개인사업자 중 음식업자의 경우에 2018년 12월 31일까지 과세표준이 1억 원 이하인 경우 60%, 1억 원 초과 2억 원 이하인 경우 55%, 2억 원 초과인 경우 45%에 해당하는 금액에 공제율을 곱한 금액으로 한다.
(개인사업자 중 기타업종은 과세표준 2억 원 이하 50%, 2억 원 초과 40%)

의제매입세액을 공제 받기 위해서는 공급받은 사실을 증명하는 서류를 제출하여야 하므로 면세사업자로부터 원재료를 구입하여야 하고, 계산서나 신용카드영수증(또는 직불카드영수증)을 받아야 한다. 제조업(간이과세 음식업 포함)의 경우에는 농어민으로부터 직접 구입하는 경우에도 의제매입세액을 공제 받을 수 있으나, 의제매입세액공제신고서를 제출해야 한다.

따라서, 의제매입세액공제 대상이 되는 사업을 영위하는 사업자라면 의제매입세액공제제도를 적극 활용하는 것도 절세의 한 방법이다.

재고매입세액을 공제하여 주는 이유는, 일반과세자로 바뀌면 재고품을 판매하는 경우에도 10%의 세율이 적용되나, 재고품을 매입한 당시에는 간이과세자였기 때문에 매입세액을 전액 공제 받지 못하고 일부(매입세액에 업종별 부가가치율을 곱한 금액)만 공제 받았기 때문에 그 차액을 매출세액에서 추가로 공제해 주기 위해서이다.

대손세액 공제제도는 거래상대방으로부터 부가가치세를 징수하지 못했음에도 부가가치세를 납부하였을 때 이에 대한 세부담을 완화시켜 주기 위한 제도이므로, 부가가치세를 신고ㆍ납부하지 아니한 부분에 대하여는 대손세액 공제를 받을 수 없다

대손세액 공제는 재화나 용역을 공급한 날부터 5년이 경과된 날이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 대손이 확정된 것에 한하여 공제해 준다. 따라서 위 기한을 경과하여 대손이 확정된 것에 대하여는 세액 공제를 받을 수 없다.