경정청구란 당초 신고한 과세표준과 세액의 오류 또는 누락으로 세액을 과다 납부하였거나, 환급세액을 과소 신고한 경우에 과세관청에 경정하여 줄 것을 청구하는 제도를 말한다. 이는 납세의무자가 당초의 오류 또는 후발적 사유로 인하여 과세표준 및 세액이 과대하게된 경우에 납세의무자에게 권리구제를 받을 수 있도록 하는 제도이다.

부가가치세신고서를 당초 법정 신고기한 내에 제출한 사업자는 법정신고기한이 지난 후 5년(2015.1.1. 이후 종전의 3년에서 5년으로 연장) 이내, 후발적 경정청구의 사유가 발생한 사업자는 그 사유 발생일로부터 3월(2016.1.1. 이후 종전의 2월에서 3월로 연장) 이내에 경정청구를 할 수 있다.

과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자로서 그 신고내용이 다음에 해당하는 자는 최초 신고 및 수정신고한 과세표준과세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할세무서장에게 청구할 수 있다. 일반적인 경정청구는 당초에 과세표준 신고를 하지 않은 경우에는 경정청구할 수 없다.

• ① 과세표준신고서에 기재된 과세표준과 세액이 세법에 의하여 신고해야 할 과세표준과 세액을 초과한 경우
• ② 과세표준신고서에 기재된 과세표준과 환급세액이 세법에 의하여 신고해야 할 환급세 액에 미달한 경우

통상적인 경정청구는 법정신고기한 경과 후 5년 이내에 하여야 한다. 다만 후발적 사유로 인한 경정청구의 경우에는 당해 후발적 사유가 발생한 것을 안 날부터 3월 이내에 하여야 한다.

• ① 일반적인 방법 : 국세기본법에 의한 방법으로 국세기본법상 「과세표준 및 세액의 결정 (경정)청구서」를 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
• ② 부가가치세 경정의 청구는 국세기본법 시행규칙 서식인 [별지 제16호의2 서식]의 과세표준 및 세액의 결정(경정) 청구서에 최초의 과세표준 및 세액신고서 사본과 경정청구 사유를 객관적으로 증명할 수 있는 서류를 첨부하여 하여야 한다.
  경정청구시 제출하는 부가가치세 과세표준신고서나 매출ㆍ매입처별 세금계산서합계표는 수정신고와 같은 방법으로 당초 신고내용을 붉은 글씨로 상단에 기재하고, 경정내용을 검정글씨로 하단에 병기하여 제출하는 방법을 적용한다.

신고납부하는 조세에 대한 수정신고와는 달리 경정청구만으로 세액이 확정되는 효과는 없다. 경정청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월 이내에 결정 또는 경정 여부를 통지하여야 한다. 세무서장이 결정 또는 경정처분통지를 하는 경우에는 세액이 확정된다.
그러나 세무서장이 결정 또는 경정을 하지 아니하겠다는 통지를 하거나 통지기한 내에 통지를 하지 아니하는 경우에는 거부처분 또는 부작위에 해당하여 불복청구를 제기할 수 있다. 따라서 부가가치세 경정청구를 접수한 후 2개월간 과세관청에서 아무런 통지를 하지 않는 경우에는 이의신청ㆍ심사청구ㆍ심판청구 등의 불복을 진행할 수 있다.

사업장 관할세무서장은 각 과세기간별로 당해 과세기간에 대한 환급세액을 그 확정신고기한 경과 후 30일 내에 사업자에게 환급하여야 한다. 따라서 과세기간 단위로 환급하므로 예정신고기간의 환급세액은 환급되지 않으며, 추후 확정신고시 납부할 세액에서 차감 정산하게 된다. 이 경우 ‘30일 내에 환급하여야 한다’라 함은 국세환급금을 사업자에게 지급하는 것을 말한다. 일반적인 환급에 있어서는 과세기간단위로 환급하므로 예정신고기간에 대한 환급세액은 이를 환급하지 않고, 확정신고를 할 때 「예정신고 미환급 세액」으로 납부할 세액에서 공제(차감)하는 방법으로 정산하게 된다.

실무적으로 부가가치세를 환급받는 것이 어렵게 느껴지므로, 납세자들은 부가가치세 환급에 상당히 부담을 느끼고 있다. 그러나 부가가치세 환급대상이 되는 과세기간에 정확하게 환급 신고를 하여 환급받도록 하는 것이 타당하다. 환급 또는 조기환급받는 것이 부담스러워서 매입세금계산서 작성일자를 거래일자보다 뒤로 늦추는 경우에 가산세의 불이익이 발생하고, 과세기간을 경과시키면 매입세액을 공제받지 못하는 결과가 발생할 수도 있다.
[주] : 환급받을 세액이 2천만원 이상인 경우에는 계좌개설신고서(국세기본법 시행규칙 별지 제22호 서식)를 제출하여야 한다.