乙은 1998년 1월 12일 A사의 발행 주식 160,000주를 취득하여 원고에게 90,000주를 명의신탁하였고, 1998년 1월 21일 A사의 유상증자로 취득한 주식 800,000주 중 360,000주를 원고에게 명의신탁하였으며(이하 위 각 명의신탁을 통틀어 ‘이 사건 명의신탁’, 위 각 명의신탁된 주식을 통틀어 ‘이 사건 주식’), 이후 원고는 1999년 7월 15일 乙로부터 명의신탁받은 이 사건 주식을 乙의 동생 甲 등 9명에게 이전하였는데, 원고는 이 사건 주식 이전과 관련하여 자신의 명의로 되어 있던 이 사건 주식을 甲외 8인에게 양도하였다며 양도소득세 신고를 하였다.

과세관청은 2001년 7월 18일부터 2001년 9월 18일까지 A사의 주식변동에 대한 세무조사(이하 ‘이 사건 주식변동조사’)를 실시하여 원고에 대한 명의신탁 사실을 확인하면서, 1998년 1월 12일자 주식매매 및 1998년 1월 21일자 유상증자의 거래당사자인 원고 등과 1999년 7월 15일자로 원고로부터 이 사건 주식 중 일부를 이전받은 甲 등을 상대로 거래의 목적과 경위 등에 관한 문답서를 작성하거나, 주식 매매계약서, 주식거래대금의 출처 등에 관한 자료를 수집하였다. 이후 과세관청은 2001년 9월경 이 사건 주식변동조사를 마무리하면서 대금지급 관련 자료와 원고 등에 대한 문답서를 토대로 ‘이 사건 주식을 양수하거나 인수한 명의상 주주는 원고이나, 실제로 주식을 취득한 자는 乙이다’라는 취지로 조사종결보고서를 작성하였다. 다만 1999년 7월 15일자로 이 사건 주식을 이전받은 甲 등에 대해서만 증여 또는 명의신탁에 따른 증여세가 과세되었고, 당시 원고에게는 과세처분이 이루어지지 아니하였다.

이후 과세당국은 2010년 10월 14일부터 2010년 11월 2일까지 이 사건 주식변동조사의 보고서 등을 근거로 원고에 대하여 증여세 조사를 실시하고(이하 ‘이 사건 증여세 조사’), 2011년 2월 1일 이 사건 명의신탁에 대하여 구 상속세 및 증여세법 제43조 제1항을 적용하여 원고에게 증여세를 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

이 사건에서는 이 사건 주식변동조사가 형식적으로는 A사에 대한 세무조사의 일부로서 이루어졌더라도 실질적으로는 원고에 대한 관계에서 중복세무조사에 해당하는지 여부가 문제되었다. 만약 이 사건 주식변동조사가 원고에 대한 세무조사라면 이 사건 증여세조사는 원칙적으로 금지되는 중복세무조사에 해당하고, 위법한 중복세무조사에 근거하여 이루어진 이 사건 처분 역시 위법하다고 볼 수 있기 때문이다.

대상판결은 세무공무원이 납세자 등을 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문검사권을 행사하여 과세요건사실을 조사ㆍ확인하고 일정한 기간 과세에 필요한 직접ㆍ간접의 자료를 검사ㆍ조사하고 수집하는 일련의 행위를 한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 ‘세무조사’로 보아야 한다는 법리를 다시 한 번 확인하면서, 비록 이 사건 주식변동조사 당시 원고에게는 과세처분이 이루어지지 아니하였지만, 1998년 1월 12일자 주식매매 및 1998년 1월 21일자 유상증자의 자금출처 등에 관한 조사가 이루어졌고, 원고로부터 이 사건 주식을 이전받은 甲 등에 대하여 증여 또는 명의신탁에 따른 증여세가 과세된 사실을 보더라도, 이 사건 주식변동조사는 주식 이전에 관한 증여세 조사의 일환으로 A사의 주주인 원고의 증여세 탈루 여부를 확인하는 세무조사에 해당한다고 판시하였다.

조사사무처리규정은 법인에 대한 통합조사를 실시함에 있어 조사대상 과세기간에 주식변동사항이 있는 경우 법인 통합조사와 동시에 실시한다고 규정하고 있어(「조사사무처리규정」 제50조 제2항), 법인에 대한 통합조사가 실시되는 경우 대부분 주식변동조사도 함께 실시된다. 이와 같이 주식변동조사가 법인에 대한 조사와 함께 실시되는 부분조사에 해당하기 때문에 주식변동조사를 법인에 대한 세무조사의 일부로 오해하기 쉽다. 하지만 조사사무처리규정상 주식변동조사의 정의에서 볼 수 있듯이, 주식변동조사는 주식변동 과정에서 관련 주주 및 해당 법인의 탈루 여부를 확인하는 세무조사로서, 실무상으로도 주주에 대한 세무조사와 별반 차이 없이 실시되고 있다.

대상판결은 주식변동조사도 조사의 내용 등 실질에 따라 주주에 대한 세무조사가 될 수 있다는 점을 밝힌 판결로서 중요한 선례적 가치를 지니고 있다. 특히, 주주에 대한 세무조사도 실시되었음에도 형식적으로 법인에 대한 세무조사라는 이유만으로 제한 없이 주주에 대하여 세무조사를 실시하였던 일부 실무 관행이 개선될 수 있는 계기가 되었다. 다만, 주식변동조사 이후, 주식변동조사에 기하여 주주에 대해 과세가 이루어졌다면 이와 같은 과세 사실은 해당 주주에 대하여 세무조사가 이루어졌다는 사실을 뒷받침하는 명백한 증거에 해당하므로 동 주식변동조사를 해당 주주에 대한 세무조사로 보는 데에 큰 문제는 없을 것이다. 그러나 문제는 대상판결의 사실관계에서와 같이, 주식변동조사 이후 주주에 대하여 과세처분이 이루어지지 않은 경우이다. 이 경우 납세자인 주주로서는 자신에 대하여 세무조사가 실시되었다는 사실을 증명하기 매우 어렵다. 애초에 세무조사 통지서상 대상자는 법인이고, 세무조사 종결 후 세무조사결과통지도 법인을 대상으로 하여 교부되기 때문이다. 주주로서는 조사종결보고서 등 과세관청 내부 자료에 의존할 수밖에 없으나, 납세자인 주주가 이러한 내부 자료를 확보하기 어려운 문제가 있다. 결국 소송 과정에서 실제로 이러이러한 조사를 받았으니, 과세관청의 내부 문서에는 근거가 있을 것이라고 주장한 다음 과세관청으로 하여금 제출을 요구하는 방법 이외에는 없을 것이다. 대상판결 역시 이 사건 주식변동조사 당시 원고에 대하여 작성되었던 문답서가 증거가 되었는데, 문답서는 과세관청 내부의 문서라는 점에서 소송과정에서 확보하였을 가능성이 매우 크다.
또한, 대상판결은 이 사건 증여세조사가 이 사건 주식변동조사와의 관계에서 중복세무조사에 해당하는지 여부에 관하여 판단하였을 뿐, 이 사건에 중복세무조사가 허용되는 예외사유가 존재하는지 여부는 판단 대상이 아니었으므로 과세관청으로서는 파기환송심에서 중복세무조사에 해당하더라도, 이 사건의 경우 중복세무조사가 허용되는 예외사유가 존재한다고 주장할 가능성이 있다. 나아가, 입법자는 2017.12.19. 법률 제15220호로 국세기본법을 개정하면서 필요한 부분에 한정된 ‘부분조사’의 경우에는 2회까지 허용하도록 하는 규정을 신설하였다(「국세기본법」 제81조의11 제3항). 대법원은 부분조사의 경우에도 정식 세무조사와 마찬가지로 중복하여 조사를 실시할 수 없다는 입장이었으나(대법원 2014두12062, 2015.2.26. 선고), 국세기본법에서 예외를 인정하도록 입법한 것이다. 대상판결의 사실관계에서 납세자인 원고에 대하여 실시된 세무조사는 원고의 이 사건 주식에 대한 명의신탁에 한정된 것으로서, 원고에 대한 관계에서는 부분조사로 볼 여지도 있다. 따라서, 국세기본법 개정 이후에도 유사한 사실관계에서 대상판결과 같이 중복세무조사로 볼 지는 장담할 수 없게 되었다.