부가가치세는 매년 1월부터 6월까지를 제1기 과세기간으로 하고 7월부터 12월까지를 제2기 과세기간으로 구분하여 각 과세기간 종료일로부터 25일 내에 관할세무서장에게 신고ㆍ납부하여야 한다. 각 과세기간 중 앞의 3개월은 예정신고기간으로 구분하여 예정신고ㆍ납부하도록 하고 있다. 다만, 개인사업자는 일반적으로 관할세무서장이 직전 과세기간 납부세액의 1/2을 예정고지하나, 조기환급을 받으려는 사업자와 영업실적 부진으로 일정기준에 미달하는 사업자는 예정신고를 할 수 있다. 이 경우 금년도 4월 25일까지 관할세무서장에게 부가가치세 예정신고ㆍ납부를 하여야 한다.

법인사업자는 예정신고기간의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 신고ㆍ납부하여야 하며, 개인사업자는 예정신고 대신 예정고지세액을 납부하여야 한다. 다만, 예정고지대상 개인사업자 중 휴업 또는 사업부진 등으로 인하여 각 예정신고기간의 공급가액 또는 납부세액이 직전 과세기간의 공급가액 또는 납부세액의 1/3에 미달하거나 재무구조개선계획을 이행 중인 사업자, 조기환급대상인 사업 설비를 신설ㆍ취득ㆍ확장ㆍ증축하는 등 고정자산을 매입하거나 수출 등 영세율 적용 대상 사업자는 예정신고를 할 수 있다.

조기환급의 경우에는 관할세무서장은 환급세액을 예정ㆍ확정신고기한이 지난 후 15일 이내에 사업자에게 환급하여야 한다(부령 107 ). 조기환급대상 사업자가 매월 또는 매 2월을 조기환급기간으로 하여 조기환급을 받으려는 경우에는 조기환급기간이 끝난 날부터 25일 이내에 조기환급기간에 대한 과세표준과 환급세액을 관할세무서장에게 신고하여야 하고, 관할세무서장은 조기환급신고기한이 지난 후 15일 이내에 환급하여야 한다(부령 107 ④).

소형 상가 또는 주택은 건축주가 사업자등록이 없는 개인인 경우가 많고, 계약의 형태는 건축주가 시공사에 일임하여 건축하고 있으며, 주택의 경우에는 건축주가 부가가치세 매입세액공제를 받지 못하는 면세 매출이 대부분으로 시공사 건설업체는 세금계산서를 발급하지 아니하여 매출 누락하는 경우가 많다. 국세청에서는 관할구청 등을 통해 국토교통부에서 수집한 자료를 활용하여 건설업자의 매출 신고 검증자료로 활용하고 있다.
 
또한, 국세청은 산업재해보상보험 의무가입대상인 연면적이 100㎡를 초과하는 건축물의 건축이나 총 공사금액이 2천만원 이상인 공사자료를 근로복지공단으로부터 수집하여 건설업자의 부가가치세 신고내용과 비교분석을 통해 수입금액 누락여부를 검증하고 있다.

「관광진흥법 시행령」에 따른 일반여행업자가 외국인 관광객에게 관광알선용역을 공급하고 그 대가를 외국환은행에서 원화로 받거나 외화 현금으로 받은 것 중 관광알선수수료명세표와 외화매입증명서에 의하여 외국인 관광객과의 거래임이 확인되는 경우에는 영세율을 적용한다(부령 33 ② 7호). 외국환 입금자료는 국세청 빅데이터에 구축되어 있으므로 과세관청과 이견이 없으나 신고검증에서 자주 문제가 되는 것은 「관광진흥법」에 따른 일반여행업자가 관광상품을 기획하여 자기의 계산과 책임 하에 관광용역을 제공하면서 여행객으로부터 여행객이 부담하여야 할 비용의 종류별 금액과 여행알선수수료를 구분하지 아니하고 대가를 받는 경우 용역의 공급으로 부가가치세가 과세된다는 것이다. 이 때 부가가치세 공급가액은 여행상품 판매가액(부가가치세 제외)이 되는 것이며, 해당 공급가액에 대응하여 거래징수된 매입세액은 자기의 매출세액에서 공제한다(법규부가2014－433, 2014.09.19.).

최근 많은 업체들이 인터넷 온라인으로 상거래를 하고 있으며 통신판매업자가 이러한 인터넷 오픈마켓 등을 통하여 소비자에게 판매하는 경우 과세자료제출법에 따라 국세청에서 자료를 수집하여 부가가치세 신고내용 검증 및 미등록 사업자의 매출누락 등으로 인한 과세자료로 활용하고 있다. 별도 사업장이 있음에도 사이버몰에서 개인자격으로 통신판매한 자료를 추출하여 별도 사업장 매출금액과 합산하여 과소신고 여부를 검증하고 있으며, 별도사업장이 없는 통신판매업자가 일정금액 이상 판매한 경우에는 미등록사업자로 보아 사업을 총괄하는 장소, 일반적으로 주소지 관할세무서에서 부가가치세 신고안내 및 직권 사업자등록을 하여 무신고 납부세액을 부과한다.

「개별소비세법」 제1조 제2항 제3호에 따른 자동차(운수업, 자동차 판매업, 자동차 임대업, 운전학원업, 「경비업법」 제2조 제1호 라목에 따른 출동차량은 제외)의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액은 공제하지 아니한다(부법 39 ① 5호). 즉, 개별소비세가 과세되는 승용차와 관련된 매입세액은 불공제하나, 개별소비세가 과세되지 않는 승용차와 관련된 매입세액은 공제한다(부가가치세과－627, 2012.5.31.). 일반적으로 8인승 이하의 승용차는 비영업용 소형승용차로 분류되어 부가가치세 매입세액공제가 되지 아니하나, 8인승 이하의 승용차라 하더라도 경차 또는 화물차로 분류되는 벤차량 등은 매입세액공제를 받을 수 있다. 최근에는 전자세금계산서 발급 등으로 비영업용 소형승용차 구입관련 매입세액을 공제받지 못할 세액에 기재하여야 함에도 기재하지 않아 신고자료 검증시 매입세액 불공제 및 신고ㆍ납부불성실가산세가 부과되는 사례가 많이 발생하고 있다.

종전에는 개인사업자 모두에 대하여 신용카드매출전표 등 발행세액공제가 가능하였으나 2016.1.1. 이후 공급분부터는 직전연도의 사업장별 기준 과세공급가액 합계액이 10억원 이하인 개인사업자만 가능하다(부법 46 ①). 여기에서 공급가액 합계액이 10억원을 초과하는지 여부를 판단할 때 공급가액 합계액에 면세공급가액을 포함하는지가 불명확하였으나, 2016.7.20. 기획재정부는 면세공급가액을 제외한 금액을 말한다고 해석하였다(부가가치세과－361, 2016.7.20.). 공제한도는 연간 500만원으로 납부세액에서 공제한다(부법 46 ①). 따라서 납부세액이 없는 경우에는 환급되지 않고 차기로 이월되지도 않는다. 사업자의 과세유형이 간이과세자에서 일반과세자로 전환된 경우 신용카드 등 발행세액공제의 연간 한도액을 계산함에 있어서 간이과세자로서 동일 연도에 세액공제를 받은 금액은 납부세액에서 실제로 공제된 금액으로 한다(서삼 46015－10411, 2003.3.12.). 직전연도 공급가액 합계액이 10억원을 초과하는 개인사업자가 신용카드 등 사용에 따른 세액공제를 받아 관할세무서장으로부터 신고 사후검증을 통해 부과되는 사례가 자주 있으므로 주의하여야 한다.
 

종전에는 위탁자가 수탁자에게 재산을 신탁한 후 수탁자의 명의로 신탁재산을 매각한 경우 그 신탁재산에 대한 실질적 통제권이 이전되지 않은 경우에는 위탁자를 부가가치세의 납세의무자로 보았다(부가가치세과－1015, 2012.10.5.). 2018.1.1.부터는 위탁자로부터 수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우, 신탁의 종료로 인하여 수탁자로부터 위탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우, 수탁자가 변경되어 새로운 수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우에는 재화의 공급으로 보지 아니하며(부법 10 ⑨ 4호), 신탁재산을 수탁자의 명의로 매매할 때에는 위탁자가 직접 재화를 공급하는 것으로 보되, 위탁자에 대한 채무이행을 담보하기 위해 신탁계약을 체결한 경우로서 수탁자가 그 채무이행을 위하여 신탁재산을 처분하는 경우에는 수탁자가 재화를 공급하는 것으로 보도록 하였다(부법 10 ⑧).
 

공급시기 전에 미리 세금계산서를 발급한 경우에는 사실과 다른 세금계산서로 보아 공급자에게는 가산세를 적용하고, 매입자에게는 매입세액을 불공제한다(서면3팀－187, 2008.1.23.). 종전에는 ① 대가의 전부 또는 일부를 받고, 그 받은 대가에 대하여 세금계산서를 발급하는 경우 ② 세금계산서 미리 발급하고 7일 이내에 대가를 받는 경우 ③ 계약서ㆍ약정서 등에 대금 청구시기와 지급시기를 적고 세금계산서 발급일부터 30일 이내에 대가를 받는 경우에 선발급 세금계산서를 적법한 것으로 보았다. 2018.1.1. 이후 공급분부터는 공급시기 전에 세금계산서를 선발급하고 세금계산서 발급일이 속하는 과세기간 내에 세금계산서에 적힌 대금을 지급받은 것이 확인되는 경우에는 적법한 세금계산서로 보되, 공급받는 자가 조기환급을 받은 경우에는 세금계산서 발급일부터 30일 이내에 대가를 받는 경우에만 적법한 세금계산서로 보도록 하였다(부법 17 ③).

사업자가 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 부동산임대용역을 공급하고 그 대가를 선불 또는 후불로 받는 경우에는 해당 금액을 계약기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세기간의 합계액을 과세표준으로 한다(부령 65 ⑤). 다만, 개월 수의 계산에 관하여는 해당 용역 제공기간의 개시일이 속하는 달이 1개월 미만이면 1개월로 하고, 해당 용역 제공기간의 종료일이 속하는 달이 1개월 미만이면 산입하지 아니한다(부령 61 ① 6호). 사업자가 부동산임대용역을 공급하고 ‘전세금ㆍ임대보증금’을 받는 경우에는 간주임대료^*로 과세한다(부령 65 ①). 간주임대료는 임차인이 해당 부동산을 사용하거나 사용하기로 한 때를 기준으로 하여 계산한다(부통 29－65－1). 정기예금이자율은 예정신고기간 또는 과세기간 말 현재 1년 만기 정기예금이자율(1.8%)을 말한다. 해당 기간 중에 이자율이 변동된 경우에도 예정신고기간ㆍ과세기간 말의 이자율에 의한다(부칙 47). 2018.3.19. 정기예금이자율이 종전 1.6%에서 1.8%로 상승하였고 부가가치세법 시행규칙 시행일(2018.3.19.)이 속하는 과세기간에 대하여 과세표준을 신고하는 분부터 적용한다. 따라서 2018.3.18. 이전에 임차인이 퇴거하거나 폐업한 경우에는 그 보증금에 대한 과세기간은 1.1.∼3.18.까지이므로 부동산임대업자는 종전 정기예금이자율(1.6%)을 적용하여 간주임대료를 신고하여야 한다.

사업자가 세금계산서를 발급하는 경우 법인 및 대부분의 개인사업자가 이용의 편의성이나 분실우려가 없는 전자세금계산서를 선호하고 있다. 이에 따라 본세와 직접 관련성이 적은 납세협력의무 위반과 관련된 세금계산서합계표 제출불성실가산세에 대하여 2017.1.1. 이후 공급분부터는 종전에 공급가액의 1%(0.5%)에서 0.5%(0.3%)로 경감하였다. 반면에 세금계산서 발급의 중요성이 강조되어 2018. 1.1. 이후 공급분부터 세금계산서 등 가공발급ㆍ수취 및 자료상의 가공발급ㆍ수취 가산세는 공급가액의 2%에서 3%, 세금계산서 등 과다발급ㆍ수취 가산세는 공급가액의 1%에서 2%로 상향 조정되었다. 또한, 세금계산서 관련 가산세와 세금계산서합계표 관련 가산세가 중복되는 경우에는 종전에는 세금계산서합계표 관련 가산세가 우선 적용되었으나, 2017.1.1. 이후 재화 또는 용역의 공급분부터는 세금계산서 관련 가산세가 우선 적용되게 되었다.

국세청에서는 다양한 과세자료를 수집하여 부가가치세뿐만 아니라 소득세ㆍ법인세 등에 대하여 납세자가 각종 신고를 원활하게 할 수 있도록 신고도움자료를 제공하고 있다. 이와 관련하여 납세자가 부가가치세 등을 신고한 경우 국세청은 과소신고 등 혐의가 있는 납세자의 신고내용 적정 여부에 대한 사후검증을 통하여 수정신고 권장 및 조사대상으로 선정 등 성실납세를 위한 세정환경 조성에 기본방향을 두고 있다.