원고는, 2004년 10월 토지 및 지상 건물(이하 ‘이 사건 부동산’)을 경매로 취득하고, 2012년 2월 양도하였다. 원고는 2012년 4월 양도소득세를 신고하면서 리모델링 공사비(이하 리모델링 공사를 ‘이 사건 공사’라고 하고, 리모델링 공사비를 ‘이 사건 공사비’라 한다) 및 전기승압공사비를 필요경비로 신고하였다.
피고(세무서장)는 2012년 10월 원고에 대해 세무조사(이하 ‘1차 세무조사’)를 실시하였고, 원고는 1차 세무조사 과정에서 리모델링 공사비에 대한 ① 공사계약서 및 공사내역서, ② 이 사건 부동산 양수법인 대표로부터 받은 확인서(양수 시점 당시 이 사건 부동산이 리모델링 되어 있었다는 취지), ③ 지출내역 관련 금융거래내역을 제출하였으며, 피고는 필요경비 중 리모델링 공사비는 인정하고 전기승압공사비는 부인하여 세무조사를 종결하였다.
그 후 국세청은 피고에 대한 업무감사를 실시하여, 이 사건 공사와 관련하여 리모델링 시공업체가 세금계산서를 발급하지도 않았고, 원고가 제시한 리모델링 공사비 지급내역도 수취자 미확인 등으로 신빙성이 없다는 이유로 원고에 대한 양도소득세를 재경정하도록 시정지시를 하였다.
피고는 위 시정지시에 따라 2014년 7월 이 사건 부동산을 방문(이하 ‘2차 세무조사’)하여, 이 사건 부동산 양수법인 대표로부터 확인서가 위조되었고 실제로도 리모델링 공사가 이루어지지 않았다는 취지의 진술서 및 관련장부(유형자산감가상각비명세서)를 제출받은 후, 필요경비에서 이 사건 공사비를 부인하여 양도소득세를 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’)을 하였다.

피고는 1심 과정에서, 이미 1차 세무조사를 통하여 확인된 과세자료만으로도 충분히 이 사건 처분이 가능하였으므로, 이 사건 처분은 2차 세무조사에 ‘기초하여’ 이루어진 것이 아니기 때문에 위법하지 않다고 주장하였다.
서울행정법원은 이러한 피고 주장에 대해, ⑴ 피고 주장대로 1차 세무조사를 통하여 확인된 과세자료만으로도 충분히 이 사건 처분이 가능하였다면, 피고는 단지 국세청의 감사지적사항을 이행하기 위하여 필요성도 없는 세무조사를 하였다는 것인데, 이는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로서, 국세기본법 제81조의4 제2항의 취지에 비추어 허용될 수 없는 점, ⑵ 또한 이 사건 처분은 2차 세무조사에서 얻어진 자료, 즉 원고가 1차 세무조사에서 제출한 이 사건 부동산 양수법인 대표 명의인의 확인서의 진위, 이 사건 공사의 실재 여부 등에 대하여 이 사건 부동산 양수법인 대표, 이 사건 부동산 양수법인 직원에게 질문하여 얻은 진술서 등을 토대로 이루어진 것이라고 보여 2차 세무조사와 이 사건 처분 사이에 인과관계가 없다고도 볼 수도 없다고 판단하였다. (원고 승)

서울고등법원은, ‘과세관청이 중복하여 실시한 위법한 세무조사로 얻은 과세자료를 판단의 근거로 삼지 않고 부과처분을 하거나, 위법한 세무조사에 의한 과세자료를 배제하고서도 납세자에 대한 부과처분과 동일한 부과처분이 가능한 경우에는 납세자에 대한 부과처분은 위법한 세무조사에 기초하여 이루어진 것이 아니어서 허용된다고 할 것이다’라는 법리를 설시한 후,
피고는 이 사건 처분을 하면서 이 사건 양수법인의 대표와 그 직원의 진술, 제출받은 장부를 근거로 원고가 이 사건 공사를 하지 않았다고 판단한 것이 아니라, 이미 확보한 과세자료로 확인되는 사실관계에 현장에서도 이 사건 공사가 있었다는 점이 확인되지 않는다는 점을 보태어 이 사건 공사비를 부인한 후 이 사건 처분을 한 것이어서 이 사건 조사로 얻은 과세자료를 판단의 근거로 삼았다고 보이지 않고, 피고가 이 사건 조사에 의하여 얻은 과세자료인 이 사건 양수법인의 대표와 그 직원의 진술서(을6호증), 유형자산감가상각비명세서(을7호증)를 제외하더라도 이 사건 공사비를 필요경비로 인정하지 않은 이 사건 처분을 하는 것이 가능하였다고 봄이 상당하므로,
이 사건 처분은 위법하지 않다고 판단하였다. (원고 패)

대법원은 ‘세무조사는 기본적으로 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서만 행하여져야 하고, 더욱이 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 재조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지할 필요가 있고, 같은 취지에서 국세기본법은 재조사가 예외적으로 허용되는 경우를 엄격히 제한하고 있는 바, 그와 같이 한정적으로 열거된 요건을 갖추지 못한 경우 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 재조사는 원칙적으로 금지되고, 나아가 이러한 중복세무조사금지의 원칙을 위반한 때에는 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수 밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재한다고 보아야 한다’는 세무조사와 관련한 기본 법리를 설시한 후,
‘이러한 관련 규정들의 문언과 체계, 재조사를 엄격하게 제한하는 입법취지, 그 위반의 효과 등을 종합하여 보면, 구 국세기본법 제81조의4 제2항에 따라 금지되는 재조사에 기하여 과세처분을 하는 것은 단순히 당초 과세처분의 오류를 경정하는 경우에 불과하다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 자체로 위법하고, 이는 과세관청이 그러한 재조사로 얻은 과세자료를 과세처분의 근거로 삼지 않았다거나 이를 배제하고서도 동일한 과세처분이 가능한 경우라고 하여 달리 볼 것은 아니다’라는 쟁점 부분과 관련한 명확한 법리를 설시하였다.
위 법리에 따라 대법원은 ‘이 사건 재조사는 구 국세기본법 제81조의4 제2항 각 호에서 정한 재조사가 예외적으로 허용되는 경우에 해당한다고 볼 수 없어 같은 항에 따라 금지되는 것이었으므로, 이 사건 재조사에 기한 이 사건 처분은 이 사건 재조사로 얻은 과세자료를 근거로 삼았는지 또는 이를 배제하고서도 가능한지를 따질 것도 없이 위법하다’라고 하여 이 사건 처분은 위법한 중복세무조사에 근거하여 위법하다고 판단하였다. (원고 승)

세무조사란 조사공무원이 세법에 근거하여 납세자에 대해 행사하는 질문ㆍ검사권을 말한다. 세무조사에 대한 정의나 세무조사 통제 관련 부분은 국세기본법에 규정되어 있고, 구체적인 질문ㆍ검사권은 개별 세법에 규정되어 있다. 조사공무원이 질문ㆍ검사권을 행사하면 납세자는 공무원의 과세자료 수집을 위한 질문에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적 의무를 부담하게 된다.
세법은 납세자의 신고 또는 과세당국의 부과에 의해 과세표준 및 세액을 확정하는데, 세법은 과세관청이 납세자의 신고 내역을 검증하거나(신고납세방식) 과세표준 및 세액을 확정(부과과세방식)하기 위해 과세관청에게 세무조사를 할 수 있는 권한을 부여하였다. 그런데 과세관청 소속 세무공무원은 세무조사를 하는 과정에서 납세자의 권익을 침해할 소지가 있으므로, 세법(국세기본법)은 과세관청의 세무조사를 통제하는 규정을 두고 있다. 세무공무원의 세무조사는 남용의 소지가 많으므로, 납세자의 권익을 보호하기 위해서는 부과처분 과정에서 절차적 적법성 또한 지켜져야 한다.

세무조사는 과세권 행사를 위한 자료수집절차의 일종이므로 형사절차에서 증거수집절차와 유사하다. 즉, 과세관청의 부과처분이 절차적 정당성을 구비하지 못하였다면 실체적 정당성을 갖추었다고 하더라도 과세권 행사를 용인하기는 곤란하다. 따라서 위법한 세무조사에 근거한 과세처분의 효력에 대해서는 형사법의 위법수집증거배제법칙을 참조할 만하다.
위법수집증거배제법칙이란 위법한 절차에 의하여 수집된 증거의 증거능력을 부정하는 법칙을 말한다. 형사소송법도 ‘적법한 절차에 따르지 아니하고 수집한 증거는 증거로 할 수 없다’(형사소송법 제308조의2)라고 규정하고 있고, 법원 역시 ‘헌법과 형사소송법이 정한 절차에 따르지 아니하고 수집한 증거는 기본적 인권 보장을 위해 마련된 적법한 절차에 따르지 않은 것으로 원칙적으로 유죄 인정의 증거로 삼을 수 없다’고 판시하였다[(대법원2007도3061, 2007.11.15.) 전원합의체 판결].
다만 위법수집증거배제법칙이란 적법한 절차에 따르지 않은 방식으로 확보된 해당 증거를 유죄 인정의 증거로 삼을 수 없다는 것을 의미할 뿐이고, 증거수집절차가 적법한 절차에 따르지 않았다 하더라도 해당 피고인이 반드시 무죄라는 의미는 아니다. 적법한 절차에 따르지 않은 방식으로 확보된 증거 이외에 유죄로 인정할 만한 다른 증거가 있는 경우에는 해당 피고인에 대한 유죄 선고가 가능하다.

위법수집증거배제법칙을 위법한 세무조사에 적용한다면, 위법한 세무조사에 의해 수집된 과세자료에 근거한 과세처분만이 위법하고, 위법한 세무조사와는 별개로 수집된 과세자료를 근거로 한 과세처분은 위법하지 않다는 주장이 가능하다. 위법한 세무조사에 근거한 과세처분만 위법하고, 위법한 세무조사가 아닌 다른 방식으로 확보한 자료를 근거로 한 과세처분은 적법하다는 논리이다. 형사법의 위법수집증거 논의도 결국 절차적 정당성을 갖추지 못한 자료는 유죄의 증거로 삼을 수 없다는 것과 유사하다.
이러한 논리를 뒷받침할 수 있는 주장은 다음과 같다.

• ① 기본적으로 세무조사 과정에서의 절차상 하자가 있다 하더라도 곧바로 과세처분이 위법하다고 볼 수 없고, 위 절차상 하자의 정도, 위 하자와 과세처분과의 인과관계를 먼저 검토하여야 한다. 실제로 법원도 일부 세무조사절차에 위법이 있었다 하더라도 중대한 것이 아닌 한 과세처분의 취소사유가 되지 않는다고 판단한 사례들이 있다[(서울고법2007누34707, 2008.12.19.) 판결, (부산지법2009구합2437, 2010.09.10.) 판결 등].
• ② 판례에 의하면 세무조사 결정은 그 자체로 처분이므로[(대법원2009두23617, 2011.03.10.), (대법원2009두23624, 2011.03.10.) 판결], 납세자는 과세관청의 세무조사 결정 그 자체를 다투어야 하고, 세무조사 결정처분과 이후 과세처분은 별개의 독립된 처분에 해당하므로, 세무조사결정이 위법하다고 하더라도 특별한 사정이 없는 한 원칙적으로 그 하자를 이유로 과세처분의 효력을 다툴 수는 없다.
• ③ 설령 선행 세무조사 결정처분의 하자(중복세무조사)가 후행 과세처분에 승계된다 하더라도, 선행처분(세무조사 결정)과 후행처분(과세처분)간 인과관계가 인정되어야 후행 과세처분이 위법하게 된다. 그런데 위법한 중복세무조사가 과세처분의 원인행위로 볼 수 없는 경우에는 인과관계를 인정할 수 없다. 대법원 역시 “세무조사권의 한계를 일탈ㆍ남용한 중복조사에 기초하여 이루어진 과세처분은 위법하다”고 판시한 바[(대법원2004두12070, 2006.06.02.) 판결], 이를 반대 해석하면 위법한 중복조사에 기초하지 않은 과세처분은 적법하다.

일부 하급심 법원은 위와 같은 과세관청의 주장을 받아들인 바 있다. 본건의 항소심(2심)인 서울고등법원은 과세관청이 중복하여 실시한 위법한 세무조사로 얻은 과세자료를 판단의 근거로 삼지 않고 부과처분을 하거나, 위법한 세무조사에 의한 과세자료를 배제하고서도 납세자에 대한 부과처분과 동일한 부과처분이 가능한 경우에는 납세자에 대한 부과처분은 위법한 세무조사에 기초하여 이루어진 것이 아니어서 허용된다고 할 것이라고 판시하였다.
그밖에도 (인천지법2014구합31425, 2015.09.10.) 판결, (서울고법2017누317, 2017.08.21.) 판결 역시 동일하게 판단하였다.

대법원은, 앞서 소개한 하급심 판결의 취지와는 달리, 위법한 중복세무조사가 이루어진 경우에는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성을 심각하게 침해하고 세무조사권의 남용으로 이어질 수 있으므로, 위법한 중복세무조사에 대해서는 그로 인한 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제하여야 한다는 입장 하에서, 해당 과세처분은 재조사로 얻은 과세자료를 근거로 하였는지를 따질 필요도 없이 위법하다고 판단하였다.
이러한 대법원의 판결은, 위법한 중복세무조사를 통제하여 과세관청의 세무조사권 남용 행위를 억제하겠다는 취지로 보이나, 아래와 같은 점은 아쉬움이 남는다.
첫째, 사안의 구체적 타당성 측면에서 살펴보면, 본건 대법원 판결의 사실관계를 볼 때 과연 납세자인 원고가 위법한 중복세무조사라는 이유로 구제되어야 하는지 의문이다. 원고는 1차 세무조사 때 양수회사 대표의 확인서를 위조하여 제출하였고, 금융거래내역 일부를 삭제하여 제출하기까지 하였는데, 과세관청은 1차 세무조사 과정에서 이러한 원고의 기망에 속아 이 사건 공사비를 필요경비로 인정해 주었다. 위와 같은 사실이 2차 세무조사 때 발각되어 과세관청은 필요경비에서 이 사건 공사비를 부인하여 이 사건 과세를 하였던 것이다. 2심 법원(서울고등법원)은 이러한 사안의 구체적 타당성을 고려하여, 피고가 1차 세무조사에서 확보한 과세자료를 근거로 이 사건 처분을 한 것이므로 이 사건 처분은 위법하지 않다고 판단하였다.
둘째, 위 대법원 판결은 조세절차에 형사절차보다 더 엄격한 기준을 적용하라는 취지이다. 그런데 형사는 재산권뿐만 아니라 신체의 자유(징역형)까지 그 대상으로 하는데 비해, 조세는 개인의 재산권을 그 대상(조세 부과)으로 다루게 된다는 점을 고려한다면(침해되는 기본권을 고려한다면), 오히려 조세절차에서는 형사절차보다 더 완화된 기준을 적용할 수 있을 것이다. 그렇다면 형사절차에서 설령 수사과정에 위법이 있었다고 하더라도 이를 통해 수집된 증거의 증거능력을 배제할 뿐이고 무죄판결이나 공소기각판결을 하지 않는다는 점을 고려한다면, 위 대법원 판결은 조세절차에서 너무 납세자의 편에 치우친 판결이 아닌가 우려된다.
위법한 중복세무조사에 의한 과세처분이 무조건 위법하다고 판단하기보다, 위법한 중복세무조사와 과세처분간의 인과관계 여부에 따라 과세처분의 위법성을 판단하는 것이 사안의 개별･구체적 타당성을 고려한 결론이 아닐까 생각된다.