그런데, 수도권과밀억제권역 안의 공장시설을 전부 철거 또는 폐쇄하고 구공장을 매각하려고 하였으나, 매각이 어려워서 다른 사람에게 임대하였는데, 임차인이 구공장에서 제조업을 영위하는 경우에도 감면을 받을 수 있는가?

종전에 국세청은 이전일로부터 1년 이내에 구공장에 남아 있는 공장시설의 전부를 철거 또는 폐쇄하여 당초의 사업을 할 수 없는 상태에서 공장용이 아닌 다른 용도로 임대하는 경우에는 감면을 받을 수 있으나, 공장 용도로 임대하는 경우에는 감면을 받을 수 없다고 해석하였다(서면법규과-1044, 2013.09.27.).

반면에, 조세심판원은 구공장의 주요 기계ㆍ설비 등을 해체ㆍ철거하여 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하여 더 이상 그 시설로 조업이 불가능한 상태인 경우에는 임차인이 그 공장건물에서 제조업을 하는 경우에도 감면을 받을 수 있다고 2016년에 결정한 후, 또 2017년에도 동일한 결정을 하였다(조심2015중4129, 2016.07.06.), (조심2017중1001, 2017.06.12.).

조세심판원에서 국세청의 예규와 상반된 결정을 반복함에 따라 기획재정부에서는 조세심판례를 반영한 새로운 예규를 발표하였다. 국세청은 2017년 6월 세법해석사례 정비시 기획재정부의 예규와 상충되는 종전의 예규를 삭제하였다. 종전의 국세청의 예규는 조세특례제한법 시행령 제60조 제1항 제1호의 감면요건을 잘못 해석한 것이므로 종전의 예규에 따라 감면을 받지 못한 법인은 경정청구를 할 수 있을 것이다.

수도권과밀억제권역 안에서 2년 이상 계속 조업한 실적이 있는 공장을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하여 사업을 개시하였고, 이전 후 1년 이내에 수도권과밀억제권역 밖에서 사업을 개시한 점에 대하여 다툼이 없으므로 청구법인이 구공장을 철거, 폐쇄하여 그 공장시설에 의한 조업이 불가능하게 되었는지 여부를 살펴보면, 청구법인의 구공장에서 신공장으로 기계ㆍ설비 등의 운수관련서비스를 수행한 ○○○의 견적서 등에 의하면 인쇄기를 포함한 주요기계ㆍ설비를 해체ㆍ철거하여 수도권 외의 신공장으로 이전함으로써 구공장에서는 더 이상 공장시설에 따른 인쇄ㆍ제조업의 조업이 불가능하게 된 것으로 보이는 점, 청구법인으로부터 구공장을 임차한 ○○○㈜는 청구법인과 업태 및 종목이 전혀 다른 실험분석장비ㆍ기기 제조업 및 무역 서비스업을 영위하는 것으로 나타나는 점, 토지와 건물의 임대인인 청구법인이 임대물건인 구공장을 임대함에 있어 위험물 보관ㆍ저장 등에 의한 안전에 문제가 없는 한 임대물건의 사용용도까지 지정할 수 없는 점, 이 건 관련 법령에서 세액감면을 받기 위해 규정하고 있는 철거, 폐쇄될 것을 요구하는 ‘공장시설’이란 일반적으로 영업을 목적으로 물품의 제조, 가공, 수선 등의 목적에 사용할 수 있도록 한 공장의 생산시설과 설비를 의미하는 것으로 공장건물 자체까지 포함되는 것은 아니라고 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인이 구공장을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전한 것은 조세특례제한법 제63조에 따른 세액감면 대상이라 할 것이므로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다[(조심2015중4129, 2016.07.06.) 같은 뜻임)].

상품화 개발을 수행하는 과정에서 생산한 시제품을 고객사에서 검사를 하여 검사에 합격하면 제품 양산계약을 체결하여 제품을 납품하게 되고, 검사에 불합격하면 다시 시제품을 제작하게 된다. 시제품이 검사에서 합격되어 고객사로부터 보상금을 받은 경우 그 보상금을 세액공제대상인 연구개발비에서 차감해야 하는가?

종전에 국세청은 연구개발과정에서 법인이 실질적으로 부담한 금액만 세액공제대상이라고 해석하고 있으므로 시제품으로 인하여 받은 보상금은 연구개발비에서 차감하는 것으로 보았다. 그러나 최근 기획재정부는 납품업체가 자체연구개발에 따른 특허권 등을 소유ㆍ사용하면서 납품조건을 충족시키는 개발품(시제품)만을 공급하고 받은 대가는 연구개발비에서 차감하지 아니한다는 새로운 예규를 발표하였다(조세특례제도과-177, 2017.02.09.).

기획재정부는 조세특례제한법 시행령 제9조에서 국가 등으로부터 지급받은 연구개발출연금만 차감하도록 하고 있고 시제품의 납품으로 받은 보상금을 차감하는 규정이 없는 점, 종전의 국세청 해석에서는 시제품 대가를 별도로 받는 계약을 체결한 경우와 시제품 대가를 별도로 받지 않고 양산된 제품가격에 반영한 계약을 체결한 경우에 세액공제액이 달라지는 문제점을 고려하여 새로운 예규를 발표한 것으로 보인다. 국세청은 2017년 2월 세법해석사례 정비시 기획재정부의 새로운 유권해석과 상충되는 국세청의 유권해석을 2개를 삭제하였다.

종전에 국세청은 상법상 주식회사가 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따라 농업회사법인으로 전환한 경우 당해 법인의 사업은 법인설립등기 등에 상관없이 전환 전 사업이 계속되는 것이므로 “전환 전 법인에게 해당사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도” 또는 “전환 전 법인의 사업개시일로부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도”를 말한다고 보아야 할 것이라고 해석(법인세과-368, 2012.06.08.)하였고, 조세심판원도 동일한 취지로 결정한 바 있다(조심2013부771, 2013.06.20.).

그러나 최근 기획재정부는 조세특례제한법 제6조 제1항에 따라 세액감면을 적용받지 않은 상법에 따른 주식회사가 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 농업회사법인으로 전환하여 조세특례제한법 제68조 제1항에 따라 식량작물재배업에서 발생하는 소득 외의 소득에 대해 법인세를 감면받는 경우, 감면기간의 기산은 농업회사법인으로 전환 후 최초로 소득이 발생한 사업연도를 기준으로 적용한다는 새로운 해석을 내놓았다(법인세제과-6, 2017.01.04.).

새로운 해석은 상법상 일반주식회사가 창업중소기업에 대한 감면을 받지 못한 상태에서 농업회사법인로 전환된 경우에 적용되는 점에 유의해야 한다. 일반주식회사가 조세특례제한법 제6조에 따른 창업중소기업에 대한 세액감면을 받은 후 농업회사로 전환된 후 작물재배업 외의 소득에 대하여 또 다시 창업중소기업에 대한 감면을 받는 것은 허용되지 않는다고 보아야 할 것이다. 새로운 기획재정부의 예규가 나옴에 따라 국세청은 2017년 2월 세법해석사례 정비시 새로운 예규와 상충되는 예규 3건을 삭제하였다.

종전에 국세청은 연구전담요원은 급여비율을 계산할 때는 법인전체근무인원에 포함하나, 종업원수비율을 계산할 때는 법인전체근무인원에 포함하지 않는다고 해석하였다(법규법인2014-165, 2014.07.17.). 이러한 해석은 2015.2.3. 조세특례제한법 시행령 개정 전에 상시 사용하는 종업원수로 중소기업을 판정할 때 기업부설연구소 및 연구개발전담부서의 연구전담요원을 종업원수에서 포함하지 않았던 것에 근거한 것으로 보인다.^*1) 중소기업 판정시 연구전담요원을 종업원수에서 제외한 것은 연구전담요원을 채용함으로써 종업원수가 증가하여 중소기업에서 벗어나는 문제를 해소하기 위한 것이다. 이러한 중소기업규정의 입법취지는 법인을 지방으로 이전하여 소속 임직원을 지방으로 근무하게 함으로써 국토의 균형적 발전을 도모하기 위한 지방이전에 대한 감면 규정의 취지와 다르다.

지방이전에 대한 감면세액을 계산할 때 연구전담요원을 종업업수에 포함하지 않는 종전의 해석이 문제가 있음을 파악한 국세청에서 연구전담요원을 법인전체인원수 계산시 제외하는지 여부를 기획재정부에 질의하였고, 기획재정부는 이전한 법인의 감면세액을 계산할 때 연구전담요원을 법인전체인원수에 포함한다고 회신(조세특례제도과-699, 2017.09.12.)하였다. 국세청은 2017년 9월 세법해석 상시 정비시 기획재정부의 해석과 상충되는 종전의 국세청의 예규를 삭제하였다.

이러한 해석에 따라 톤세제도를 적용하는 해운기업은 해운소득에는 미환류소득에 대한 법인세를 적용하지 않고, 비해운소득에만 미환류소득에 대한 법인세를 적용하게 되었다. 톤세제도를 적용하는 해운기업이 해운사업에 사용할 선박 등에 투자를 한 경우 그 투자액을 비해운사업의 미환류소득을 계산할 때 투자액으로 차감할지 여부가 문제가 된다. 이에 대하여 종전에 기획재정부는 비해운소득도 해운사업의 선박 등의 투자에 사용되는 점을 고려하여 선박 등의 투자액을 해운소득과 비해운소득의 비율로 안분계산한다고 해석(법인세제과-674, 2016.07.08.)하였다. 반면에, 국세청은 기획재정부의 해석이 있음에도 이와 상반되게 해운사업의 선박 등의 투자액은 비해운소득의 투자액으로 보지 않는다고 해석(서면법령법인-3716, 2016.12.30.)하였다.

국세청과 기획재정부의 해석의 차이로 인하여 실무상 혼란이 있는 점을 고려하여 국세청은 2017년 4월 국세청의 세법해석 상시 정비를 통하여 국세청의 유권해석을 삭제하고, 기획재정부의 유권해석을 유지하는 것으로 결정하였다.

이에 대하여 기획재정부는 해운업을 영위하는 내국법인이 2015년귀속 사업연도의 비해운소득에 대하여 법인세법 제56조 제2항 제2호의 방법[투자제외방법]으로 미환류소득에 대한 법인세를 신고한 경우, 선박 등 해운사업의 자산에 투자하는 금액에 대하여 조세특례제한법 제104조의10 제1항 제1호의 해운소득과 비해운소득을 합한 전체 각 사업연도의 소득 중 비해운소득이 차지하는 비율에 해당하는 금액만큼 법인세법 제56조 제2항 제1호 가목에 따른 투자로 차감하기 위하여 국세기본법 제45조의2에 따른 경정청구를 통해 법인세법 제56조 제2항 제1호의 방법[투자포함방법]으로 변경할 수 있다고 해석하였다(조세법령운용과-765, 2017.07.13.)^*2).

합병등기일 현재 합병법인의 이월결손금이 있거나 적격합병으로 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금이 있는 경우 합병법인은 이월결손금을 사업별로 구분하여 공제하기 위해서 합병 후 발생된 소득을 승계받은 사업의 소득과 그 밖의 사업의 소득으로 구분경리를 하여야 한다. 그러나 중소기업간의 합병을 한 경우에는 인력도 부족하고 회계처리능력이 미약해서 구분경리를 하기 어렵다. 또한 동일한 사업을 영위하는 법인간에 합병을 한 경우에는 기존사업의 자산과 승계받은 사업의 자산이 동일하여 현장에서 구분하기 어려워 구분경리하기 곤란한 문제가 있다. 이러한 점을 고려하여 중소기업간 합병이거나 동일사업(동일사업인지 여부는 한국표준산업분류에 따른 세분류로 판정하는 것이 원칙임)을 하는 법인간에 합병을 하는 경우에는 구분경리하지 않을 수 있도록 특례규정을 두고 있다. 그러나 구분경리를 하지 아니하더라도 승계받은 사업과 그 밖의 사업으로 소득을 구분하여 이월결손금을 각각 공제해야 하므로 소득금액을 합병등기일 현재 합병법인과 피합병법인의 사업용 고정자산가액 비율로 안분계산하여 사업별 소득금액을 구분한다(법법 45 ① 단서, 법령 81).

문제는 동일한 사업연도에 2회 이상 적격합병을 하고 구분경리하지 않은 경우에 기존사업의 소득, 1차 합병으로 승계받은 사업의 소득, 2차 합병으로 승계받은 사업의 소득을 어떻게 구분해야 하는지가 문제가 된다.

예를 들어, A법인이 2017.1.1.에 B법인을 적격합병하고, 또 2017.10.1.에 C법인을 적격합병하였고 A법인, B법인과 C법인은 모두 한국표준산업분류상 세분류가 동일한 법인이고, 합병 후 구분경리를 하지 않았다고 하자.

종전에 국세청은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액은 매 합병시점의 합병법인과 피합병법인의 사업용 고정자산가액을 기준으로 안분비율을 순차적으로 적용하여 계산한다고 해석하였다(사전법령법인-234, 2015.11.30.). 그러나 B법인과는 1.1.에 합병을 하였고, C법인과는 10.1.에 합병을 하였으므로 소득의 발생기간이 달라서 합병당시 고정자산비율을 어떤 소득에 적용할지가 명확하지 않았다.

기획재정부에서는 1차 합병시 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액은 ‘합병법인의 각 사업연도 소득’에서 ‘2차 합병시 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액’을 차감한 후의 소득금액을 기준으로 안분계산 하는 것이라고 해석하여 기존 국세청의 예석을 변경하였다. 국세청에서는 기획재정부의 새로운 예규가 나옴에 따라 2017년 6월 세법해석사례 정비시 기존의 예규(사전법령법인-234, 2015.11.30.)를 삭제하였다.