가업승계 지원제도 이외에 중소기업의 기업구조조정을 지원하기 위한 제도로는 중소기업 간의 통합 등 조직변경 시점에 양도차익을 과세하지 아니하고 이월하여 과세하는 특례가 있다. 그리고 사업전환 시점에 전환사업의 소득을 세액감면하는 특례와 주식교환 시점에 과세하지 아니하고 신주 처분 시점에 과세이연하는 특례로 사업조정을 지원하고 있다.

2015년 가계소득 증대세제 3대 패키지의 일환으로 근로소득 증대세제를 도입한 이후, 비정규직의 정규직 전환을 촉진하기 위한 정규직 전환 근로자 추가공제, 청년 고용 절벽을 해소하기 위한 청년고용 증대세제를 2016년 신설하였다.

종래 중소기업 정액한도를 2,400만원으로 적용하는 특례를 소득세법 및 법인세법에서 규정하였으나, 2017년 개정세법에서 조특법으로 이관하였다.
조세특례제한법에 따른 중소기업의 접대비 정액한도는 2천400만원에 해당 사업연도의 월수를 곱하고 이를 12로 나누어 산출한 금액으로 계산한다(조특법 136 ①).
중소기업 정액한도 특례는 최저한세 적용 대상임에 주의하여야 한다(조특법 132 ① 2호). 2017년 개정세법에서 조세특례제한법으로 이관되면서 최저한세 적용대상으로 새로이 추가되었다.
다만 최저한세 적용 대상 금액은 법인세법 및 소득세법상 중소기업 한도 금액인 1,800만원과 조세특례제한법 상 금액인 2,400만원의 차액인 600만원 이내에서 실제로 손금산입 특례를 적용받은 금액임에 유의하여야 한다.

유가증권시장 상장법인 및 코스닥시장 상장법인의 경우, 보유주식의 액면합계가 3억원 미만이고 시가가 100억원 미만인 주주는 소액주주로 보아, 해당 소액주주가 소유하는 주식 등은 주식등변동상황명세서 제출대상에서 제외한다(법법 119).
다만 코스닥시장 상장 전에 주식을 취득한 경우에는 해당 주식의 액면금액의 합계액이 500만원 이하인 주주와 중소기업의 주식을 코스닥시장을 통하여 양도한 주주를 소액주주로 한다.

상속세 납부세액이 2천만원을 초과하는 경우에는 납세의무자의 신청을 받아 연부연납을 허가할 수 있다. 이때 가업상속재산이 있는 경우와 없는 경우의 연부연납 기간에 차이가 있다(상증세법 71 ②).

직전 연도 수출 비중이 30% 이상이거나 수출액 100억원 이상인 중소기업 또는 직전 연도 수출 비중이 50% 이상인 중견기업이 물품을 제조ㆍ가공하기 위해 자기의 과세사업에 사용하기 위한 재화(매입세액 불공제 대상 재화 제외)의 수입에 대한 부가가치세의 납부를 유예할 수 있다(부법 50의2). 다만 제조업을 주된 사업으로 경영하는 기업에 한정한다.
납부유예기간은 1년으로 한다. 예정신고, 확정신고 또는 조기환급신고를 할 때 공제하는 매입세액과 납부가 유예된 세액을 정산하여 납부한다.

주식 양도시 양도소득에 적용되는 세율은 주주별, 발행기업별, 보유기간별로 차이가 있다(소법 104 ① 11호). 중소기업이란 중소기업기본법에 의한 중소기업을 말한다.
최근 세법 개정으로 인하여 대주주의 범위에 큰 변동이 있으므로 이를 상세히 살펴보기로 한다. 상장법인과 비상장법인을 구분하여 대주주의 범위를 각각 정한다(소령 167의 8 ①).

1) 주권상장법인 대주주
다음의 지분율 기준 또는 시가총액 기준 중 어느 하나에 해당하는 자를 대주주로 한다.

(1-1) 지분율 기준 주식 또는 출자지분(신주인수권과 증권예탁증권을 포함함)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인 및 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 다음의 기타주주가 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 소유한 주식 등의 합계액이 해당 법인의 주식 등의 합계액에서 차지하는 비율이 1% 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주를 대주주로 한다. 이 경우 직전 사업연도 종료일 현재에는 1%에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 1% 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다. 다만 코스닥시장 상장법인의 주식 등은 2%, 코넥스시장 상장법인의 주식 등은 4%로 한다(소령 157 ④ㆍ⑤).

• ① 주주 1인 및 그와 특수관계에 있는 자의 소유주식 비율의 합계가 해당 법인의 주주 1인 등 중에서 최대인 경우에는 다음의 어느 하나에 해당하는 자를 기타주주로 한다.
  • ㉮ ⓐ 6촌 이내의 혈족, ⓑ 4촌 이내의 인척, ⓒ 배우자(사실혼 포함), ⓓ 친생자로서 다른 사람에게 친양자 입양된 자 및 그 배우자ㆍ직계비속
  • ㉯ 본인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인(1차적 지배법인)과, 본인이 직접 또는 그와 친족관계, 경제적 연관관계 또는 위의 관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인(2차적 지배법인)
• ② 주주 1인 등의 소유주식 비율의 합계가 해당 법인의 주주 1인 등 중에서 최대가 아닌 경우에는 다음의 어느 하나에 해당하는 자를 기타주주로 한다.
  • ㉮ 직계존비속
  • ㉯ ⓒ 배우자(사실혼 포함), ⓓ 친생자로서 다른 사람에게 친양자 입양된 자 및 그 배우자ㆍ직계비속
  • ㉰ 위 ①의 ㉯에 해당하는 1차적 지배법인과 2차적 지배법인

(1-2) 시가총액 기준 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타 주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식 등의 시가총액이 다음의 구분에 따른 금액 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타 주주를 대주주로 한다. 코스닥시장 상장법인의 주식 등도 양도시기별로 그 기준금액을 아래의 표에서 정리하였으며, 코넥스시장 상장법인의 주식 등의 경우에는 10억원을 기준으로 한다(소령 157 ④ 2호ㆍ⑤).


2) 주권비상장법인 대주주
주권비상장법인의 주주로서 위의 유가증권시장 상장법인의 지분율 기준 또는 시가총액 기준의 어느 하나에 해당하는 주주를 대주주로 한다. 다만 대주주 여부를 판단할 때 소유주식의 비율은 4% 이상으로 하고, 시가총액은 장외매매 거래되는 벤처기업의 주식등에 한정하여 40억원 이상으로 한다.
2017년 소득세법 개정에서 비상장법인의 대주주 지분율 기준을 1%에서 4%로 상향하였다.