지난해 조세특례제한법은 경제구조를 안정화하고 양질의 일자리를 창출하는 등 경제활력의 제고를 위한 방향으로 개편하였으며, 이를 위해 신성장동력ㆍ원천기술의 연구개발에 대한 세제지원을 확대하는 한편, 신성장기술의 사업화를 위한 시설투자에 대한 세액공제를 신설하였고, 내국법인의 벤처기업 등 출자에 대한 세액공제 등을 신설하였다.

또한 서민ㆍ중산층의 세부담 경감을 통한 민생안정을 도모하기 위하여 신용카드 등 사용금액에 대한 소득공제의 적용기한을 연장하면서 소득공제 한도를 급여수준에 따라 차등하여 적용하고, 공평과세를 위하여 기업소득 환류세제 등 가계소득 증대세제를 개선하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하는 방향으로 개정되었다.

• 청년 창업중소기업에 대하여 창업중소기업 등 세액감면율을 최초 3년간 현행 50퍼센트에서 75퍼센트로 상향조정하였다.
• 중소기업 특별세액감면 업종에 일정 요건을 충족하는 의원급 의료기관을 추가하고, 10년 이상 경영한 성실중소기업에 대하여 중소기업 특별세액감면율을 10퍼센트 상향조정하였다.
• 내국법인의 상생협력을 위한 출연에 대한 세액공제율을 7%에서 10%로 인상하고 세액공제의 적용기한을 2016년 12월 31일까지에서 2019년 12월 31일까지로 3년 연장하는 한편, 기금사용에 대한 자율성을 증대하기 위하여 세액이 공제되는 대ㆍ중소기업협력재단 출연의 목적에 관한 제한요건을 폐지하여 협력중소기업 지원을 확대하였다.
• 중견기업 또는 대기업의 신성장동력ㆍ원천기술 연구개발비에 대한 세액공제율을 해당 과세연도의 수입금액에서 신성장동력ㆍ원천기술 연구개발비가 차지하는 비율에 따라 현행 20퍼센트에서 최대 30퍼센트까지 가능하도록 상향조정하였다.
• 대기업에 대한 연구ㆍ인력개발비에 대한 증가분 공제율을 현행 40퍼센트에서 30퍼센트로 하향조정하고, 당기분 공제율을 현행 2~3퍼센트에서 1~3퍼센트로 하향조정하였다.
• 지역특구 입주기업을 지원하고 해당 기업에 대한 세제지원제도의 고용창출 유인을 강화하기 위하여 지역특구 입주기업 중 서비스업을 영위하는 기업에 대해서는 상시 근로자의 수에 2천만원을 곱한 금액과 투자누계액 전액 중 적은 금액이 종전의 세액감면한도를 초과하는 경우 해당 금액을 한도로 세액을 감면할 수 있도록 하였다.
• 기술혁신형 중소기업과의 합병을 지원하기 위하여 기술혁신형 합병에 대한 세액공제시 합병대가의 총합계액 중 주식 또는 출자지분의 가액을 20퍼센트 미만에서 50퍼센트 미만으로 완화하였다.
• 창업기획자가 벤처기업 등에 출자한 주식 또는 출자지분의 양도차익과 해당 출자로 인한 배당소득에 대한 법인세를 면제하였다.
• 내국법인이 직접 또는 창업ㆍ벤처전문 경영참여형 사모집합투자기구 등을 통하여 벤처기업 등에 출자하는 경우 출자액의 5퍼센트를 해당 사업연도의 법인세에서 세액공제 하도록 하였다.
• 창업기획자에 출자하여 취득한 주식 등의 양도차익에 대한 소득세를 면제하였다.
• 거주자가 창업ㆍ벤처전문 경영참여형 사모집합투자기구에 투자를 하는 경우 투자한 금액의 10퍼센트에 상당하는 금액을 종합소득금액에서 공제하도록 하였다.
• 벤처기업의 우수한 인재 영입을 촉진하기 위하여 소득세를 과세하지 아니하는 벤처기업 임직원의 적격주식매수선택권의 행사가액을 1년간 1억원에서 3년간 5억원으로 상향조정하였다.
• 창업초기 중소기업에 대한 산업재산권 현물출자를 지원하기 위하여 산업재산권 현물출자 이익에 대한 과세특례의 대상기업을 현재 벤처기업만 대상으로 하던 것을 창업 후 3년 이내 중소기업으로서 일정요건을 갖춘 기업으로 확대하였다.
• 외국인 근로자에 대한 과세특례는 종전에는 2016년 12월 31일까지만 적용하였으나, 앞으로는 2018년 12월 31일 이전에 국내에서 최초로 근로를 제공하기 시작하는 경우까지 해당 과세특례를 적용하도록 하는 한편, 해당 과세특례를 적용받는 외국인 근로자의 근로소득에 대한 세율을 17퍼센트에서 19퍼센트로 상향 조정하였다.
• 건축물 등 시설의 내진보강을 지원하기 위하여 안전설비 투자 등에 대한 세액공제의 대상에 내진보강 설비를 추가하였다.
• 기업의 에너지절약시설에 대한 투자를 촉진하기 위하여 에너지절약시설 투자에 대한 세액공제의 적용기한을 2016년 12월 31일에서 2018년 12월 31일까지로 2년 연장하였다.
• 기업의 환경보전시설에 대한 투자를 촉진하기 위하여 환경보전시설투자에 대한 세액공제의 적용기한을 2016년 12월 31일까지에서 2018년 12월 31일까지로 2년 연장하였다.
• 유망한 산업인 바이오의약 분야를 지원하기 위하여 의약품 품질관리 개선시설 투자에 대한 세액공제의 적용기한을 2016년 12월 31일까지에서 2019년 12월 31일까지로 3년 연장하되, 공제율을 대기업 1퍼센트, 중견기업 3퍼센트, 중소기업 6퍼센트로 하였다.
• 기업의 연구개발을 통하여 개발한 기술의 사업화를 촉진하기 위하여 신성장기술을 사업화하기 위한 시설에 2018년 12월 31일까지 투자하는 경우 해당 투자금액의 5퍼센트에 상당하는 금액 등을 소득세 또는 법인세에서 공제하였다.
• 영상산업을 지원하기 위하여 2019년 12월 31일까지 방송프로그램 등의 제작비용의 3퍼센트에 상당하는 금액 등을 소득세 또는 법인세에서 공제하였다.
• 중소기업의 고용 창출을 지원하기 위하여 중소기업의 고용창출투자세액공제에 대한 추가공제금액을 계산하는 경우 고용 증가인원 1인당 한도금액을 근로자의 종류에 따라 1천만원부터 2천만원까지의 금액으로 하던 것을 각각 5백만원씩 상향조정하였다.
• 종전에는 중소기업에서 퇴직한 날부터 3년 이상, 5년 미만의 기간이 지난 경우 등의 요건을 충족하는 경력단절 여성이 해당 중소기업으로 재고용되는 경우 세액공제를 하였으나, 앞으로는 재고용되는 경력단절 여성이 해당 중소기업을 퇴직한 날부터 3년 이상, 10년 미만의 기간이 지난 경우 등으로 그 요건을 완화하였다.
• 근로자 임금의 증가율이 높은 중소기업에 더 많은 혜택이 돌아갈 수 있도록 상시 근로자의 평균임금 증가율이 전체 중소기업의 임금증가율을 고려한 비율보다 높을 것 등의 요건을 갖춘 중소기업은 근로소득증대세제 적용시 전체 중소기업의 평균임금증가분을 초과하는 임금증가분의 10퍼센트에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세에서 공제하는 방법을 선택할 수 있도록 하였다.
• 경력단절 여성의 재취업을 지원하기 위해 경력단절 여성이 동일한 중소기업에 재취업한 경우 재취업일로부터 3년간 소득세의 70%를 감면하도록 하였다.
• 일자리 나누기에 참여한 고용유지중소기업의 경우 해당 과세연도 상시근로자의 시간당 임금이 증가한 경우에는 직전 과세연도 상시 근로자 1인당 시간당 임금에 105퍼센트를 곱한 금액을 초과하여 증가한 금액에 해당 과세연도의 근로시간을 곱한 금액의 50퍼센트를 추가로 소득공제하였다.
• 무역조정지원기업이 전환사업의 사업장 건물 및 그 부속토지를 증여하거나 해당 자산에 대한 상속이 이루어지는 경우 과세이연받은 세액을 양도소득세로 납부하도록 하고, 그 납부기한을 각각 증여일이 속하는 달의 말일부터 3개월, 상속개시일이 속하는 달의 말일부터 6개월 이내로 하였다.
• 주식의 포괄적 교환시에 모회사 주식을 지급할 수 있도록 하는 삼각주식교환을 도입하는 등의 내용으로 「상법」이 개정됨에 따라, 완전자회사의 주주가 교환대가 중 완전모회사의 모회사 주식을 100분의80 이상 받는 경우에도 주식양도차익에 대한 과세를 이연받을 수 있도록 하였다.
• 내국법인이 재무구조개선계획 등에 의하여 채무를 출자로 전환받음에 따라 채권자로부터 채무의 일부를 면제받는 경우, 채무를 면제한 금융기관 등은 사업연도의 소득금액을 계산할 때 면제한 채무에 상당하는 금액을 손금에 산입하도록 하였다.
• 벤처기업에 대한 재투자를 촉진하기 위하여 벤처기업의 지분을 양도한 후 다른 벤처기업에 재투자하는 경우, 종전에는 양도에 따라 매각대상기업의 주주 등이 최대주주가 아니게 된 경우에만 과세를 이연받을 수 있었으나, 앞으로는 해당 주주 등이 양도 이후 최대주주인 경우에도 과세를 이연받을 수 있도록 하였다.
• 특정 업종을 경영하는 내국법인 간에 합병함으로써 발생한 중복자산을 양도하는 경우, 종전에는 새로운 사업용 고정자산을 취득하는 경우에만 해당 양도차익에 대하여 과세특례를 적용받을 수 있었으나, 앞으로는 새로운 사업용 고정자산을 취득하지 아니하는 경우에도 해당 양도차익에 대하여 과세특례를 적용하도록 하였다.
• 수도권과밀억제권역 밖으로 시설을 전부 이전하여 세액감면을 받은 기업이 중소기업이 아닌 기업과 합병하는 등의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 해당 중소기업에 대한 세액을 감면하지 않도록 하였다.
• 농지나 초지를 영농조합법인에 현물출자하는 경우, 해당 농지 등이 주거지역 등에 편입되거나 환지처분 전에 농지 또는 초지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 것으로 볼 수 있는 소득에 대해서만 양도소득세의 100퍼센트에 상당하는 세액을 감면하도록 하였다.
• 당기순이익을 기초로 하여 법인세를 과세하도록 하는 과세특례제도의 대상에 「수산업협동조합법」에 따른 조합공동사업법인을 추가하였다.
• 기부장려금단체로부터 기부장려금 신청명세를 제출받은 납세지 관할 세무서장은 기부장려금 신청명세 제출기한이 경과한 후 4개월 이내에 기부장려금을 결정하도록 하였다.
• 종전에는 기부자가 기부금 세액공제와 기부장려금을 중복하여 신청한 경우에는 기부자가 기부금 세액공제를 신청한 것으로 보았으나, 앞으로는 기부장려금을 신청한 기부자가 기부장려금 신청명세 제출기한이 지난 후에 기부금 세액공제를 중복하여 신청한 경우에는 기부장려금을 신청한 것으로 보도록 하였다.
• 박물관ㆍ미술관 등의 이전을 지원하기 위하여 3년 이상 운영한 박물관ㆍ미술관, 도서관, 과학관이 2019년 12월 31일까지 건물 및 토지를 양도하는 경우 양도소득세를 3년 거치 3년 분할납부할 수 있도록 과세특례를 신설하였다.
• 사회적 취약계층 및 장애인 지원을 위하여 사회적 기업 및 장애인 표준사업장에 대한 법인세 등의 감면의 적용기한을 2016년 12월 31일에서 2019년 12월 31일까지로 3년 연장하였다.
• 소기업ㆍ소상공인 공제부금 가입자의 소득수준별 형평성 제고를 위하여 사업소득금액 4천만원 이하 자의 공제한도를 현행 300만원에서 500만원으로 확대하고, 사업소득금액 1억원 초과 자의 공제한도를 현행 300만원에서 200만원으로 축소하였다.
• 소기업ㆍ소상공인 공제부금 가입 후 5년 이내에 해지하는 경우 부과되는 중도해지가산세를 폐지하였다.
• 민간의 임대주택 투자를 유도하기 위하여 임대주택펀드 등의 배당소득에 대한 분리과세 적용기한을 2016년 12월 31일까지에서 2018년 12월 31일까지로 2년 연장하였다.
• 세금우대저축자료 취급기관이 세금우대저축자료 집중기관에 통보하여야 하는 세금우대저축자료의 범위에 연금계좌의 납입금액ㆍ인출금액 등을 추가하였다.
• 기업의 자금조달을 지원하고 비우량채권에 대한 투자기피 현상을 완화하기 위하여 고위험고수익투자신탁의 이자소득 또는 배당소득에 대한 분리과세 적용기한을 2016년 12월 31일까지에서 2017년 12월 31일까지로 1년 연장하였다.
• 중소기업 근로자의 복지증진을 위하여 중소기업이 근로자복지 증진 시설에 투자하는 경우 그 투자액의 10퍼센트를 소득세 또는 법인세에서 공제하였다.
• 임대주택시장 활성화에 대한 지원을 위하여 소형주택 임대사업자에 대한 세액감면의 적용기한을 2016년 12월 31일까지에서 2019년 12월 31일까지로 3년 연장하였다.
• 공모부동산투자회사의 활성화를 지원하기 위하여 내국법인이 공모부동산투자회사에 현물출자함으로써 발생하는 양도차익에 상당하는 금액을 손금에 산입하여 해당 현물출자로 취득한 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있도록 하였다.
• 종전에는 대지면적이 660제곱미터 이내이고 주택의 면적이 대통령령으로 정하는 기준 이내일 경우에만 농어촌주택 등의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용하였으나, 앞으로는 주택의 면적 요건을 폐지하여 대지면적이 660제곱미터 이내인 경우 농어촌주택 등의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용하도록 하였다.
• 종전에는 근로장려금 및 자녀장려금의 신청자격 중 주택에 관한 요건이 무주택이거나 일시적 2주택을 포함한 1세대1주택이었으나, 앞으로는 주택에 관한 요건을 적용하지 않도록 하였다.
• 근로장려금 산정액의 최고 금액을, 단독가구는 70만원에서 77만원으로, 홑벌이가구는 170만원에서 185만원으로, 맞벌이가구는 210만원에서 230만원으로 각각 상향조정하였다.
• 근로장려금 산정액이 1만5천원 이상, 3만원 미만인 경우 산정액을 3만원으로 하고, 근로장려금 및 자녀장려금이 감액되어 3만원 미만인 경우 3만원으로 결정하여 지급하도록 하였다.
• 종전에는 근로장려금과 부녀자 추가공제를 중복하여 적용할 수 없었으나, 앞으로는 근로장려금과 부녀자 추가공제를 중복하여 적용할 수 있도록 하였다.
• 근로장려금 또는 자녀장려금을 경정하는 경우에 신청자에게 귀책사유가 없으면 신청자가 초과하여 환급받은 세액에 대한 가산세를 면제하도록 하였다.
• 국책은행의 원활한 자본확충을 지원하기 위하여 자본확충목적회사가 자금을 조달ㆍ투자함으로써 발생하는 손실을 보전하기 위하여 2021년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 손실보전준비금을 손금으로 계상한 경우에는 손실보전준비금을 손금에 산입하기 이전의 소득금액과 투자금액에서 손실보전준비금 잔액을 뺀 금액 중 적은 금액을 한도로 손실보전준비금을 손금에 산입하도록 하였다.
• 해운업계의 구조조정에 대한 지원을 위하여, 법인세 과세표준 계산 특례를 적용받고 있는 해운기업은 5년간 계속 특례방식을 적용하도록 하고 있으나, 2017년 12월 31일이 속하는 사업연도까지 과세표준 계산 특례의 적용을 포기할 수 있도록 허용하였다.
• 직업교육 및 연구개발 활동을 지속적으로 지원하기 위하여 맞춤형 교육비용 등에 대한 세액공제 적용기한을 2016년 12월 31일까지에서 2019년 12월 31일까지로 3년 연장하였다.
• 국내 일자리 창출을 위하여 해외진출기업에 대한 세제지원 대상을 중소기업에서 중견기업까지로 확대하고, 종전에는 국내 사업장이 있는 경우에는 세액감면을 받을 수 없었으나, 앞으로는 일정 요건을 갖춘 국외사업장의 부분 축소인 경우에는 국내사업장이 있는 경우에도 세액감면을 받을 수 있도록 하였다.
• 석유시장 유통개선을 지원하기 위하여 석유제품 전자상거래 세액공제의 적용기한을 2016년 12월 31일에서 2019년 12월 31일까지로 3년 연장하고, 석유제품을 공급하는 자 외에 석유제품을 공급받는 자도 세액감면을 받을 수 있도록 하고, 석유제품을 공급받는 자의 감면률을 0.2퍼센트로 정하며, 석유제품을 공급하는 자의 감면률을 0.3퍼센트에서 0.1퍼센트로 축소하도록 하였다.
• 고배당기업 주식의 배당소득에 대한 과세특례를 적용하는 경우 종전에는 배당소득에 대하여 25퍼센트의 세율을 적용하여 분리과세를 할 수 있었으나, 앞으로는 종합과세기준금액을 초과하는 배당소득의 5퍼센트에 해당하는 금액을 종합소득산출세액에서 공제하도록 하였다.
• 육아비용 절감을 위하여 대한 부가가치세가 면제되는 분유의 범위에 액상형 분유를 포함하였다.
• 금 관련 제품 및 스크랩 등이 혼합된 물품을 공급하거나 공급받으려는 사업자가 금거래계좌와 스크랩 등 거래계좌를 모두 사용하지 아니하고 하나의 전용계좌만 사용하더라도 가산세를 징수하지 아니하도록 하였다.
• 2018 평창 동계올림픽대회 및 동계패럴림픽대회의 성공적인 운영을 지원하기 위하여 해당 대회의 운영과 관련된 외국법인이 2018년 12월 31일까지 대회의 운영과 관련하여 공급받은 특정 재화 또는 용역에 대해서는 부가가치세를 환급할 수 있도록 하였다.
• 외국인환자 유치를 지원하기 위하여 외국인관광객 미용성형 의료용역에 대한 부가가치세 환급 특례의 적용기한을 2017년 3월 31일까지에서 2017년 12월 31일까지로 9개월 연장하였다.
• 재활용폐자원 및 중고자동차에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례의 적용기한을 2016년 12월 31일까지에서 2018년 12월 31일까지로 2년 연장하였다.
• 연료전지자동차 보급을 지원하기 위하여 2017년 1월 1일부터 2019년 12월 31일까지 제조장 또는 보세구역에서 반출되는 연료전지자동차에 대한 개별소비세를 400만원을 한도로 하여 감면하도록 하였다.
• 2006년 12월 31일 이전에 신규등록된 자동차로서 경유를 사용하는 것을 2016년 6월 30일 현재 소유한 자가 노후경유차를 폐차하고 말소등록일 전후 2개월 이내에 승용자동차(신조차)를 본인명의로 신규등록하는 경우, 개별소비세액의 100분의70을 감면하도록 하였다.
• 경형자동차 연료에 대한 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 및 개별소비세 환급 특례의 적용기한을 2016년 12월 31일까지에서 2018년 12월 31일까지로 2년 연장하였다.
• 창업ㆍ벤처전문 경영참여형 사모집합투자기구가 벤처기업 등에 직접 출자함으로써 취득한 주권 등을 양도하는 경우에는 증권거래세를 면제하고, 차익거래시장 및 주식시장의 활성화를 위하여 우정사업본부의 파생상품의 가격과 기초자산인 주식의 가격 차이를 이용한 차익거래에 따른 주식의 양도에 대하여 증권거래세를 면제하도록 하였다.
• 국내 일자리 창출을 위하여 해외진출기업의 국내복귀에 대한 관세감면 대상을 중소기업에서 중견기업까지로 확대하고, 감면받는 관세 합계액의 한도를 2배로 상향조정하였다.
• 외국인투자에 대한 감면 대상이 되는 사업을 기존의 산업지원서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업에서 신성장동력ㆍ원천기술을 수반하는 사업으로 하였다.
• 농협은행이 농업협동조합중앙회 또는 농협금융지주회사 등에 공급하는 전산용역과 농업협동조합중앙회가 그 자회사 등에 공급하는 전산용역에 대한 부가가치세를 면제하도록 하였다.
• 내국법인이 2018년 12월 31일까지 사업재편계획에 따라 합병하는 경우, 자산 양도차익 등에 대한 법인세가 과세이연되기 위하여 합병법인이 합병대가 중 지급하여야 하는 주식의 비율을 80퍼센트 이상에서 70퍼센트 이상으로 완화하였다.
• 금사업자 또는 스크랩 등 사업자가 금거래계좌 또는 스크랩 등 거래계좌를 사용하여 결제하거나 결제받은 금액의 증가에 대한 세액공제의 적용기한을 2016년 12월 31일까지에서 2018년 12월 31일까지로 2년 연장하였다.
• 신용카드 등 사용금액에 대한 소득공제의 적용기한을 2016년 12월 31일까지에서 2018년 12월 31일까지로 2년 연장하고, 중고자동차를 신용카드 등으로 구입하는 경우 일정금액을 신용카드 등 사용금액에 포함하도록 하였다.
• 총급여액이 1억2천만원을 초과하는 근로소득자에 대한 공제한도를 300만원에서 200만원으로 축소하고, 총급여액 7천만원을 초과 1억2천만원 이하인 근로소득자에 대한 공제한도를 2018년 1월 1일부터 300만원에서 250만원으로 축소하였다.
• 중소기업 지원을 위하여 중소기업에 대한 접대비 손금인정의 기본한도 우대를 「소득세법」 및 「법인세법」에서 「조세특례제한법」으로 이관하여 정하는 한편, 해당 한도특례의 적용기한을 2016년 12월 31일까지에서 2018년 12월 31일까지로 2년 연장하였다.
• 국내 에너지 자원 개발을 지원하기 위하여 해저광물의 탐사 및 채취에 사용할 목적으로 수입하는 기계ㆍ장비 등에 대한 관세 및 부가가치세 면제 적용기한을 2016년 12월 31일까지에서 2019년 12월 31일까지로 3년 연장하였다.

구체적인 개정사항은 다음과 같으나, 소득세법, 법인세법 등 개별세법과 관련된 조세특례 사항은 제외하였다.