원고는 크게 다음과 같은 두 가지 관점에서 이 사건 처분이 위법하다고 주장하였다. 먼저, 원고는 ‘피고들은 이 사건 계좌에 입금된 전체 금액을 신고누락 매출액으로 추정하였으나, 원고가 실제로 의료수입대금으로 받은 금액은 그 중 일부에 불과하다’고 주장하였다. 또한 원고는, ‘조세심판원이 내린 재조사결정에 따라 과세표준이 증가된 경우 심판청구를 한 당초 처분보다 더 불리한 처분에 해당하기 때문에 불이익변경금지원칙에 위반된다’고 주장하였다. 이에 따른 이 사건의 쟁점은, 이 사건 계좌에 입금된 금액을 매출누락액으로 전제한 이 사건 처분이 과세요건 사실에 관한 충분한 입증이 이루어진 것인지, 나아가 이 사건 처분 중 조세심판원의 재조사결정에 따라 증액경정된 2012년귀속 종합소득세 부분이 불이익변경금지원칙에 반하는지 여부이다. 먼저 첫 번째 쟁점은 사실판단의 문제에 가깝고, 관련된 대법원의 판례가 이미 확립되어 있으며, 이 사건에서도 원심 및 대법원의 판단이 일치하였다. 즉, 이 사건 계좌에 입금된 금액은 경험의 법칙에 비추어 원고의 매출누락액으로 추정할 수 있고, 원고는 그와 같은 경험의 법칙의 적용을 배제할 만한 특별한 사정을 입증하지 못하였다. 결국 이 사건은 두 번째 쟁점인 불이익변경금지원칙에 관한 원심과 대법원의 판단을 중점적으로 살펴볼 필요가 있다.

불이익변경금지는 심판결정의 주문 내용이 심판청구 대상인 과세처분보다 청구인에게 불이익한 경우에 적용되고, 과세관청이 심판결정의 이유에서 밝혀진 내용에 근거하여 탈루 또는 오류가 있는 과세표준이나 세액을 경정결정하는 경우에는 적용되지 아니한다. 이 사건에서 보건대, 원고는 이 사건 처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 하면서 추계결정을 하여 달라는 주장을 하였고, 조세심판원이 소득금액을 추계하여 과세표준 및 세액을 경정하라는 취지의 결정을 한 사실, 이에 따라 피고 북인천세무서장이 2012년귀속 종합소득세를 추가 과세한 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면, 피고 북인천세무서장의 추가과세가 심판결정의 주문 내용에 비추어 원고에게 불이익한 경우에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이 부분 처분에 불이익변경금지의 위법이 있다고 할 수 없다.

국세기본법(이하 ‘법’) 제65조 제1항, 제81조는 심판청구에 대한 결정의 유형으로 각하결정, 기각결정, 처분의 취소ㆍ경정 또는 필요한 처분의 결정을 각 규정하고 있고, 법 제79조 제2항은 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정을 할 때 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못한다고 규정하고 있다. 심판청구에 대한 결정의 한 유형으로 실무상 행해지고 있는 재조사결정은 재결정의 결정에서 지적된 사항에 관해서 처분청의 재조사결과를 기다려 그에 따른 후속 처분의 내용을 심판청구 등에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사가 내포된 변형결정에 해당하고, 처분청의 후속 처분에 따라 그 내용이 보완됨으로써 결정으로서 효력이 발생하므로(대법원 2007두12514, 2010.6.25. 전원합의체 판결 참조), 재조사결정의 취지에 따른 후속 처분이 심판청구를 한 당초 처분보다 청구인에게 불리하면 법 제79조 제2항의 불이익변경금지원칙에 위배되어 후속 처분 중 당초 처분의 세액을 초과하는 부분은 위법하게 된다. 기록에 의하면, ① 피고 북인천세무서장은 원고의 종합소득세 신고내역에서 매출누락된 수입금액을 추가하여 2008년 내지 2012년귀속 종합소득세 부과처분을 한 사실, ② 원고는 위 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 원고의 주장을 일부 받아들여 2015.2.6. ‘소득금액을 추계하여 과세표준 및 세액을 경정하라’는 결정을 한 사실, ③ 이에 피고 북인천세무서장은 소득금액을 추계하여 2008년 내지 2011년 종합소득세 는 2015.2.12. 감액경정처분을 하였으나, 2012년귀속 종합소득세는 2015.2.13. 당초 경정ㆍ고지한 세액에서 약 940만원을 추가로 부과하는 증액경정처분을 한 사실, ④ 원고는 위 증액경정처분에 대하여 재차 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2015.2.6.자 심판결정은 재조사결정에 해당하므로, 그에 따른 후속 처분은 심판청구의 대상이 되지 않는다는 이유로 원고의 심판청구를 각하한 사실 등을 알 수 있다. 이와 같은 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 조세심판원의 2015.2.6.자 심판결정은 과세표준과 세액을 산정하기 위한 구체적인 경정기준을 제시하지 아니한 채 소득금액을 추계조사하여 과세표준과 세액을 경정할 것을 명하고 있으므로 재조사결정에 해당하는데, 그에 따른 후속 처분 중 2012년귀속 종합소득세 부분은 당초처분보다 불이익하므로, 2012년귀속 종합소득세 부과처분 중 위와 같이 증액된 부분은 위법하다고 할 것이다. 그런데도 원심은 이와 달리 피고 북인천세무서장의 추가 과세가 원고에게 불이익한 경우에 해당하지 않는다는 이유로 이 부분 처분이 적법하다고 판단하였으니, 이러한 원심의 판단에는 불이익변경금지원칙에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다.

조세심판원의 재조사결정은 해당 결정에서 지적된 사항에 관한 처분청의 재조사결과에 따른 후속 처분을 통해 그 내용이 보완됨으로써 비로소 결정으로서의 효력이 발생한다. 달리 말해 후속 처분이 뒤따르지 않는 한 재조사결정만으로는 조세심판원의 ‘결정’으로서의 효력이 부여되지 않는 것이다. 구체적으로, 대상판결이 원용하고 있는 대법원 2007두12514, 2010.6.25. 전원합의체 판결에 따르면 처분청의 후속 처분은 조세심판원 결정의 일부분을 구성하므로, 재조사결정에 따른 처분청의 재조사는 재결청의 심리 과정에서 재조사의 필요성이 인정되는 범위 내로 제한되며, 처분청이 재조사결정을 근거로 새로운 과세요건 사실을 조사하거나 당초 처분액수를 증액하는 후속 처분을 하는 것은 원칙적으로 허용되지 않는다. 이에 따라 재조사결정에 따른 행정소송의 제소기간은 재조사결정의 통지를 받은 때가 아니라, 후속 처분의 통지를 받은 때로부터 기산된다. 한편, 과세관청은 납세자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우 부과제척기간 내에서는 언제든지 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정ㆍ경정할 수 있다(예를 들어 소득세법 제80조 등). 이러한 과세관청의 ‘고유한 경정권’１)에 근거한 과세처분은 조세심판원의 재조사결정에 따른 후속 처분과 구별된다. 예컨대, 조세심판원의 재조사결정이 있더라도 처분청이 해당 결정에서 지적된 사항과 전혀 관련이 없는 새로운 사실관계에 대하여 과세처분을 하는 것은 ‘후속 처분’으로 볼 수 없으므로, 불이익변경금지원칙이 적용되지 않 을 것이다２). 이 경우 납세자로서는 새로운 과세처분에 대하여 심판 청구 등 별도의 불복 절차에 나아갈 수 있다. 대상판결의 사안에서, 피고 북인천세무서장의 증액경정처분은 ‘고유한 경정권’에 근거한 것이 아니라 조세심판원의 추계조사를 통한 경정을 명한 결정에 따른 후속 처분이라는 점 자체는 원ㆍ피고 사이에 다툼이 없었던 것으로 보인다. 그럼에도 원심은 ‘과세관청은 심사결정의 이유에서 밝혀진 내용에 근거하여 탈루 또는 오류가 있는 과세표준이나 세액을 경정ㆍ결정할 수 있으므로, 다시 결정한 과세표준이 당초 과세표준보다 많다고 하더라도 이를 불이익변경금지 원칙에 위배된다고 볼 수는 없다’고 판단하였는데, 이는 ‘조세심판원의 재조사결정에 따른 후속 처분’과‘과세관청의 고유한 경정권에 근거한 처분’을 실질적으로 동일하게 보는 오류를 범하였기 때문인 것으로 이해된다.
１) 서울고등법원 2013누6123, 2013. 9. 26. 판결도 후속 처분은 피고의 고유한 경정권에 근거한 것이 아니라 이 사건 재조사 결정에 따른 처분에 해당한다고 볼 것임과 아 울러이 사건 증액 부분은 원칙적으로 국세기본법 제79조 제2항에서 정한 불이익변 경금지원칙에 위배되어 무효라고 할 것이다고 판시한 바 있다.
２) 물론, 처분청이 조세심판원의 재조사결정 취지와 관련이 없고, 동일한 과세연도 및 세목에 관한 새로운 과세요건 사실을 재조사할 경우 위법한 ‘중복세무조사’에 해당할 수도 있을 것이나, 이는 별론으로 한다.

법 제79조 제2항에서 말하는 ‘청구인에게 불리한 결정인지 여부’는 심판청구를 한 처분과 재조사결정에 따른 후속 처분을 비교하여 판단한다. 이 경우 비교의 기준은 청구인에게 부과된 전체 세액이 아니라 원칙적으로 소송물, 즉 개개의 과세단위 별로 불이익하게 변경되었는지 여부를 판단하여야 한다(대법원 2003두278, 2004.12.9. 판결 등 참조). 따라서 여러 과세연도에 대한 전체 세액을 합산하였을 때에는 후속 처분이 당초 처분보다 줄어들었더라도, 과세기간 별로 과세단위가 구분되는 종합소득세 및 부가가치세 등의 기간과세 방식의 세목은 각각의 과세기간의 세액을 기준으로 불이익한지 여부를 따져보아야 한다. 대상판결의 사안에서도 처분청은 원고에 대한 2008 ~ 2011년귀속 종합소득세 부분은 약 2억 1,000만원을 감액하고, 2012년귀속 종합소득세 부분은 약 900만원을 증액하였으므로, 전체적으로는 부과처분액이 감액된 것이 사실이다. 그러나 대상판결은 각 과세기간을 기준으로 불이익한지 여부를 살펴보아야 한다는 전제 하에 후속 처분에서 2012년귀속 종합소득세 부분 중 당초 부과처분액을 초과하는 부분은 위법하다고 판단하였다.

대상판결의 사안은 조세심판원의 재조사결정에 따른 처분청의 재조사 범위에 관하여는 특별히 쟁점이 되지 않았다. 그러나 앞서 살펴본 전원합의체 판결에서 설시한 바와 같이, 재조사결정에 따른 후속 처분은 당초 처분액수를 증액한 것뿐만 아니라, 재조사결정을 근거로 새로운 과세요건 사실을 조사하는 것도 허용되지 않는다. 즉, 국세기본법 제81조의4 제2항 제4호는 조세심판원의 재조사 결정에 따른 재조사를 중복세무조사금지의 예외로서 허용하고 있더라도, 처분청의 재조사 범위는 조세심판원의 결정에서 지적된 사항에 한정되어야 한다. 예컨대, ‘당초 처분에서 손금불산입 항목으로 보지 아니하던 인건비를 손금불산입 항목에 포함시켜 후속 처분의 과세표준과 세액을 산정한 사안’에서 법원은, 피고가 후속 처분 당시 조세심판원의 재조사결정과 무관하게 새로운 조사로서의 실질을 갖춘 조사에 기초하여 인건비를 손금불산입 항목에 추가하였다고 볼 만한 객관적인 자료가 없으므로, 후속 처분 중 인건비를 손금불산입 항목에 추가한 부분은 재결청의 심리 과정에서 재조사의 필요성이 인정된 범위를 벗어나는 재조사에 근거한 것으로서 국세기본법 제79조 제2항에서 정한 불이익변경금지의 원칙에 위배되어 무효라고 판시한 바 있다(대법원 2014두45291, 2015.3.12. 판결의 하급심인 인천지방법원 2013구합1120, 2014.2.13. 판결).

국세기본법 기본통칙 79-01(불이익변경이 아닌 경우)은 소득금액 추계조사결정에 불복한데 대하여 이를 인용하는 재결에 따라 당초 처분을 취소하고 실지조사를 한 경우 다시 결정한 과세표준이 추계결정 과세표준보다 많다 하더라도 이는 불이익변경금지의 원칙에 반하는 것으로 보지 아니한다고 규정하고 있다. 이에 실무상 과세관청은 조세심판원의 재조사결정에 따른 후속 처분시 각 과세연도별 당초 처분의 부과처분액을 고려하지 아니하고 증액경정을 하는 경우가 많다. 그러나 위 규정은 조세심판원의 재조사결정이 아닌 인용결정으로 당초 처분이 취소되어 그 효력이 소멸한 이후 과세관청이 별도의 새로운 과세처분을 하는 경우 이는 불이익변경금지원칙에 위배되지 않는다는 취지로 이해하는 것이 타당하다. 따라서 조세심판원의 재조사결정이후의 후속 처분은, 재조사결정과 무관하게 새로운 조사로서의 실질을 갖춘 조사에 기초하여 과세관청의 고유한 경정권에 따라 이루어진 것이 아닌 이상 당초 처분보다 불이익하게 증액되었다면 위법하다고 보아야 할 것이다. 물론 서울고등법원 등 하급심 법원은 이 사건과 같이 ‘조세심판원의 재조사결정에 따른 후속 처분이 전체적으로는 당초 처분보다 감액되었으나, 일부 과세연도에 한하여 증액된 사안’에서 여러 차례 대상판결과 동일한 판단을 내린 바 있다. 이 사건은 대법원이 과거 전원합의체 판결의 연장선상에서, 재결청의 재조사결정에 따른 후속 처분은 증액된 사유를 특별히 고려하지 않더라도, 당초 처분보다 증액된 부분은 청구인에게 불이익하여 위법하다는 점을 분명하게 확인하였다는 점에 큰 의의가 있다. 대상판결을 통해 조세심판원 등의 재조사결정 이후 당초 처분을 증액경정 하는 과세관청의 잘못된 관행이 바로 잡히길 기대해 본다.