이번 호부터는 근로소득 원천징수(연말정산)과 관련하여 실무자들이 오해하거나 놓치기 쉬운 “근로소득에 대한 수입시기”를 근로소득 유형별로 살펴보고, 이에 대한 원천징수(연말정산) 방법도 함께 사례를 통해 살펴보기로 한다.

사례1：근로소득 수입시기 적용사례 1. 자료
(상황 1) 2016.3.10. 주주총회에서 종업원에게 2015년 해당 성과급을 지급하기로 결의하다.
(상황 2) 2016.3.31. 2015년도귀속분 법인세 신고시 대표이사에게 인정상여가 발생하다.

2. 상황별 근로소득 수입시기 및 원천징수(연말정산)
⑴ 상황 1
① 수입시기
잉여금처분에 의한 상여는 해당 법인의 잉여금처분 결의일이다. 따라서, 2016년귀속 근로소득에 해당한다.
② 원천징수
해당 성과급을 지급할 때 원천징수한다. 다만, 잉여금처분에 의한 상여이므로 2016.6.10.[처분결정일로부터 3개월이 되는 날]까지 미지급한 경우에는 ‘원천징수시기특례’에 해당하므로 2016.6.10.에 지급한 것으로 보아 원천징수함에 유의한다.
③ 연말정산
2016년귀속 근로소득이므로, 해당 종업원에게 2017년 2월 근로소득을 지급할 때(중도 퇴직하는 경우에는 퇴직한 달의 근로소득을 지급할 때) 연말정산한다.

⑵ 상황2
① 수입시기
인정상여의 수입시기는 해당 사업연도 중의 근로를 제공한 날이므로 2015년귀속 근로소득에 해당한다.
② 원천징수(연말정산)
해당 대표이사의 2015년귀속 근로소득에 대한 연말정산시(2016년 2월)에 그 인정상여를 2015년 근로소득에 포함하여 연말정산한 경우에는 별도의 원천징수가 필요 없으나, 포함하지 않고 연말정산한 경우에는 그 인정상여를 포함하여 연말정산을 재정산한 후 재정산으로 인해 증가한 원천징수세액을 신고･납부하여야 한다.

사례 2：해당 과세기간의 상여금을 다음 과세기간에 지급하는 경우 1. 자료
급여규정에 따른 임직원의 2015년귀속 연말상여금을 회사 자금사정으로 2016년 4월에 지급하기로 약정하였으며, 약정대로 2016년 4월에 2015년귀속 연말상여금을 지급하다.

2. 원천징수(연말정산)
주어진 사례의 연말상여금에 대한 수입시기는 2015년이며, 원천징수시기특례 규정에 따라 2016.2.29.에 지급된 것으로 보아 다음과 같이 원천징수한다.
⑴ 원천징수
2016.2.29.에 해당 상여금에 대하여 간이세액표에 의한 원천징수세액을 징수한다.

⑵ 연말정산
2016년 2월 연말정산시 해당 상여금을 2015년 근로소득에 포함하여 연말정산한다. 만약 연말정산시 해당 상여금을 포함하지 않고 연말정산한 경우에는 2016년 4월 해당 상여금 지급시에 연말정산을 다시 하여 추가징수세액을 징수하고 연말정산내역에 대해 수정신고한다. 이때 원천징수불이행 등의 가산세가 발생될 수 있에 유의한다.

사례 3：성과급 1. 자료
⑴ 성과급 대상기간은 2015.1.1.∼2015.12.31.이며, 지급약정일은 2016.3.10.이다.
⑵ 성과급 지급조건은 세전이익이 목표금액 초과시 초과금액의 일정비율을 성과급으로 근로자에게 배분하는 것이며, 개인별 지급액은 인사고과 등에 따른 비계량적 요소를 평가하여 2016년 2월 중 결정된다.
⑶ 성과급 대상 근로자에는 2015년 중 퇴직한 근로자도 포함되며, 2016.3.10.에 지급되었다.

2. 수입시기
비계량적인 요소도 포함하여 성과급이 결정되므로 2016년귀속 근로소득에 해당된다. 이는 재직 중 성과에 따라 퇴직 후 지급받는 경우도 포함되므로, 2015년 중 퇴직한 근로자의 경우도 2016년귀속 근로소득에 해당된다.

3. 원천징수
해당 성과급을 지급한 2016.3.10.에 원천징수한다.

4. 연말정산
⑴ 2016년 계속근로자
해당 성과급은 2016년귀속 근로소득이므로, 성과급을 지급한 임직원에게 2017년 2월 근로소득을 지급할 때 2016년 중 지급받은 다른 근로소득과 합산하여 연말정산한다.
⑵ 성과급 지급(2016.3.10.) 이후 중도 퇴직하는 근로자
성과급 지급(2016.3.10.) 이후 중도 퇴직하는 경우에는 퇴직한 달의 근로소득을 지급할 때 퇴직한 달까지 지급받은 다른 근로소득과 합산하여 연말정산한다.
⑶ 성과급 지급 지급 전(2016.1.1.부터 2016.3.10. 사이에) 중도퇴사한 근로자
퇴직한 달의 근로소득을 지급할 때 실시하였던 중도퇴사 연말정산 대상 근로소득과 해당 성과급을 합산한 근로소득에 대하여 성과급 지급시에 중도퇴사 연말정산을 실시한다.
⑷ 2015년 중 퇴직한 근로자
2015년 중 퇴직한 근로자는 해당 성과급을 지급할 때 2016년에 대한 중도퇴사 연말정산을 실시한다.

※ 주 석
1) 소득세를 원천징수할 시기는 원천징수대상이 되는 소득금액 또는 수입금액을 실제로 지급하는 때 또는 원천징수시기특례(지급시기의제)이다(소통 127－0…5) ; (서면1팀-1173, 2007.08.24 ).
2) 외국인인 내국법인의 임원이 급여에 대한 소득세를 법인이 부담하기로 하는 근로계약을 체결하고 해당 연도의 급여를 수령하였으나 이후 연도에 해외 본국에서 소득세부담금이 확정됨에 따라 해당 임원의 근로소득세 추가부담금을 법인이 추가로 부담하게 되는 경우 근로소득으로 보는 소득세상당액의 수입시기는 근로를 제공하는 날로 한다(국제세원관리담당관실-264, 2009.05.27).
3) 법인의 임원이 장부상 인건비로 계상된 미지급 성과급을 자발적인 의사에 따라 포기하는 경우에는 해당 임원이 성과급을 포기 시에 성과급을 수령한 것으로 보아 법인이 포기금액에 대해서 근로소득세를 원천징수한다(원천세과-543, 2013.11.13).
4) 이때 협약조건에 따라 보상기간 중 퇴직하는 근로자에 대한 기간 미경과 보상금을 법인이 환수하는 경우 해당 환수하는 금액은 그 근로자가 퇴직하는 날이 속하는 연도의 근로소득에서 차감한다.
5) 즉 근로의 제공과 관련하여 해당 법인으로부터 일정기간 근무조건부로 주식을 받는 경우에는 그 조건이 각각 성취된 날에 급여를 지급받은 것으로 본다(소득46011-2574, 1999.07.06). 다만, 외국인투자기업의 임직원이 해외 관계회사로부터 일정기간 양도가 제한된 권리제한부 조건부주식을 부여받는 경우 해당 주식부여로 인한 근로소득의 수입시기는 그 조건이 충족되어 조건부주식을 부여받는 날로 하되, 해당 임직원이 약정된 근로제공기간이 경과되기 전에 퇴사함에 따라 주식을 반납하는 경우에는 반납한 주식을 당초 주식을 부여받은 연도의 근로소득에서 차감하여 근로소득세를 재정산한다(서면2팀-928, 2006.05.24) ; (서면1팀-1341, 2005.11.04).