감면대상에 해당되는 경우에는 적용한다(조특법 18, 30 외).
다만, 중소기업 취업자에 대한 세액감면 적용시 2016.1.1. 이후 취업하는 자에 대한 감면율이 70%로 변경되었고, 감면세액에 대한 한도(연 150만원)도 신설되었음에 유의하기 바란다.

소득공제 적용에 따라 계산된 종합소득세 산출세액을 근거로 근로소득세액공제를 적용한다(소법 59).

기본공제된 자녀(입양자 및 위탁아동)의 수에 따라 자녀세액공제, 6세 이하 자녀세액공제, 출생･입양 자녀세액공제를 적용한다(소법 59의2).

연금저축을 중도해지하는 경우 해당 연도 저축납입액에 대해서는 소득공제를 적용받을 수 없으므로(서일－103, 2005.1.24.), 중도퇴사자에 대해서는 연금계좌세액공제 적용시 유의한다.
즉, 연금저축을 제외한 퇴직연금 등의 연금계좌납입액에 대해서는 공제를 적용할 수 있다.

근로제공기간 중 중도퇴사자(본인)가 계약자이고 피보험자가 본인의 기본공제대상자인 보장성보험료를 지출한 것만 공제대상이므로(소법 59의4 ①), 가급적 본인(기본공제가 확실한 본인 이외의 자 포함)에 대한 보장성보험료만 연 100만원 한도로 인정하여 세액공제를 적용한다.

근로제공기간 중 중도퇴사자(본인)가 본인의 기본공제대상자(소득요건 및 나이요건 배제)를 위해 지출한 의료비만 공제대상이므로(소법 59의4 ②), 중도퇴사자가 신청하는 의료비에 대해 공제대상 여부를 판단하여 세액공제를 적용한다.

근로제공기간 중 중도퇴사자(본인)가 본인의 기본공제대상자(나이요건 배제, 직계존속 제외)를 위해 지출한 교육비만 공제대상이므로(소법 59의4 ③), 가급적 본인(소득요건 충족 여부가 확실한 본인이외의 자 포함)의 교육비에 대해 공제대상 여부를 판단하여 세액공제를 적용한다.

퇴직일까지 중도퇴사자(본인)와 본인의 기본공제대상자가 지출한 기부금(정치자금과 우리사주조합기부금은 본인이 지출한 것에 한함)이 공제대상이므로(소법 59의4 ④, 조특법 76･88의4), 가급적 본인(기본공제가 확실한 본인 이외의 자 포함)이 2016년에 지출한 기부금에 대한 ｢기부금영수증｣과 2014년 이후 지출한 공제대상 기부금이었으나 2016년으로 이월된 기부금에 대하여 2015년 ｢기부금명세서｣를 제출하는 경우에만 해당 금액에 대해 세액공제를 적용한다.

다음의 특별소득공제, 특별세액공제 및 후술하는 월세액 세액공제를 신청하지 않은 경우에만 130,000원의 표준세액공제를 적용한다(소법 59의4 ⑨).

공제대상에 해당되는 경우 적용한다(소법 150 ③, 구 조세감면규제법 92의4, 소법 57).

과세기간 종료일(2016.12.31.) 현재 무주택 법소정 세대의 세대주(세대주가 주택자금 관련 소득공제를 적용받지 않는 경우에는 세대원)로서 2016년 총급여액이 7,000만원 이하(종합소득금액 6,000만원 이하)인 근로자만 적용받을 수 있다(조특법 95의2).
즉, 월세액 공제 여부는 2016.12.31.이 되어야 확정될 수 있으므로, 중도퇴사자에 대해서는 월세액 세액공제를 적용하지 않는다.

다음의 소득공제, 세액감면 및 세액공제만을 적용하여 연말정산한다(소법 122 ; 국일 46017－92, 1997.2.6. ; 서이－688, 2008.4.15. ; 2010.12.24. 국세청 보도자료 참고2).