내국법인(이하 “교환대상법인”이라 한다)의 법인세법 시행령 제43조 제7항 및 제8항에 따른 지배주주･출자자 및 그 특수관계인(이하 “지배주주 등”이라 한다)이 2018.12.31. 이전에 대통령령으로 정하는 사업재편계획(이하 “사업재편계획”이라 한다)에 따라 그 소유 주식 또는 출자지분(이하 “주식 등”이라 한다) 전부를 양도하고 교환대상법인의 대통령령으로 정하는 특수관계인이 아닌 다른 내국법인(이하 “교환양수법인”이라 한다)의 주식 등을다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 그 소유비율에 따라 양수하는 경우에는 과세이연을 받을 수 있다(조특법 121의30 ① 전단, 조특령 116의33 ①).
이 경우 주식 등의 양도･양수에 있어 교환대상법인의 주식 등을 양도한 지배주주 등간의 해당 법인 주식 등의 보유비율에 따라 교환양수법인의 주식 등이 배분되어야 한다(조특령 116의33 ④).

위 ‘⑴’의 규정에 의한 주식 등을 양도함에 따라 발생한 양도차익(교환양수법인 및 교환양수법인의 지배주주 등에 발생하는 양도차익을 포함)에 상당하는 금액에 대한 법인세에 대해서는 다음 각 호의 방법에 따라 양수한 주식 등을 처분(상속･증여를 포함)할 때까지 과세를 이연받을 수 있다(조특법 121의30 ① 후단, 조특령 116의 33 ⑤ 1호).

위 ‘⑴의 ②’에 따른 교환대상법인의 양도･양수에 있어서 나타난 해당 법인의 자산부족액을 익금에 산입하여 이를 법인세법 제67조에 따라 처분하는 경우 교환대상 법인은 소득세법에도 불구하고 그 처분금액에 대한 소득세를 원천징수하지 아니한다(조특법 121의30 ②).
이 경우 자산부족액은 교환대상법인과 교환양수법인의 기업교환계약에 자산의 실사에 대한 내용이 포함되어 있는 경우로서 주식 등을 양도･양수한 날 현재의 자산부족액을 해당 법인이 금융위원회의 설치 등에 관한 법률 제19조에 따라 설립된 증권선물위원회에 요청하여 지명을 받은 회계법인으로부터 확인받아 수정하여 회계처리한 것에 한정한다(조특령 116의33 ⑥).

기업간 주식교환에 대한 과세특례에 대하여는 최저한세의 규정이 적용되지 아니한다(조특법 132).

기업간 주식교환에 대한 과세특례에 대하여는 농어촌특별세가 과세된다.

위 ‘1)의 ⑴ ②’에 따라 주식 등을 양도한 교환대상법인의 주주 등이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우에는 해당 사유가 발생한 사업연도에 납부하지 아니한 세액을 납부하거나 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한 금액을 익금에 산입하여야 한다(조특법 121의30 ③ 전단).

위 ‘⑴’의 규정에 따라 익금산입하는 경우 다음에 따라 계산한 이자상당가산액을 가산하여 양도소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며, 해당 세액은 법인세법 제64조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다(조특법 121의30 ③ 후단, 조특령 116의33 ⑧ 2호).
과세이연금액을 익금에 산입하지 아니한 사업연도에 과세이연금액을 익금에 산입하지 아니함에 따라 발생한 법인세액의 차액에 아래 ‘①’에 따른 기간과 아래 ‘②’에 따른 율을 곱하여 계산한 금액

내국법인이 법인세법 제47조에 따른 물적분할 또는 같은 법 제47조의2에 따른 현물출자로 취득한 주식 등의 전부를 위 ‘1)’에 따라 다른 법인의 주식 등과 교환하는 경우에 현물출자 또는 물적분할 당시 자산의 양도차익에 상당하는 금액으로서 손금에 산입하여 과세를 이연받은 금액은 다음에 따라 다시 과세를 이연받을 수 있다(조특법 121의30 ④).
이 경우 과세를 이연받을 수 있는 금액은 위 ‘1)’에 따라 양수한 교환양수법인의 주식 등의 가액에 상당하는 금액의 범위에서 현물출자 또는 물적분할 당시 과세를 이연받은 금액으로 하되, 그 금액은 교환양수법인의 주식 등의 압축기장충당금으로 계상하고 위 ‘1)의 ⑵ 과세이연금액과 방법의 ②’를 준용하여 익금에 산입한다(조특령 116의33 ⑩･⑤ 1호).

사업재편계획을 승인받은 내국법인(이하 “사업재편계획 승인내국법인”이라 한다)은 사업재편계획승인권자의 확인을 받아 기획재정부령으로 정하는 사업재편계획서 및 사업재편계획이행보고서를 다음 각 호의 구분에 따른 기한까지 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다(조특법 121의30 ⑤, 조특령 116의33 ⑪).

위 ‘1)과 2) 및 4)’의 과세이연을 적용받으려는 주주 등은 위 ‘1)과 2) 및 4)’에 따라 주식 등을 양도･양수한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기업교환계약서, 기획재정부령으로 정하는 주식 등 양도･양수명세서, 과세이연신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다(조특법 121의30 ⑥, 조특령 116의33 ⑫).