의료법인인 원고는 1995.1.경 서울 노원구에 분사무소 인 A병원을 설치하였다.
원고는 위 병원에 투자를 한 금액에 관하여 2005 내지 2007 사업연도에는 임시투자세액을 공제하지 않고 법인세를 신고ㆍ납부하였다가 피고에게 경정청구를 하여 임시투자세액 상당액을 환급받았고, 2008사업연도에는 임시투자세액을 공제하여 법인세를 신고ㆍ납부하였다.
그 후 피고는, 위 병원에 대한 투자가 1990.1.1. 이후 수도권 과밀억제권역에서 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시한 경우에 해당한다는 이유로 임시투자세액의 공제를 배제하여(즉, 기존의 경정청구 인용 결정의 입장과 반대의 전제에서) 2011.3.경 및 201