원고는 매년 12.31.을 기준으로 결산하는 제조업종의 주식회사로서 2009.3.26. 중소기업 특별세액감면세액을 공제하여 2008년귀속 법인세를 신고ㆍ납부하였다.

감사원은 2011.7.1. 원고 발행주식의 30% 이상을 보유하고 있는 일본국 법인인 A회사의 2008년도 자산총액이 5,000억원 이상이므로, 원고가 조세특례제한법(이하 ‘조특법’)상 중소기업에 해당하지 않음에도 불구하고, 피고가 원고의 중소기업 특별세액감면신청을 부당하게 받아들였다며 피고에게 감면된 세액의 추가 징수를 요구하였다.

이에 따라 피고는, 원고의 발행주식 중 49%를 보유하고 있는 A회사가 2008.3.31. 현재 자산총액이 약 5,400억원에 해당하므로 원고가 조세특례제한법상 중소기업에 해당하지 않는다는 이유로, 2011.8.12. 원고가 중소기업에 해당함을 전제로 하는 중소기업 특별세액감면액 약 1억 9,600만원의 공제를 부인하고, 여기에 가산세를 더하여 원고에 대한 2008년도 수시분 법인세(이하 ‘이 사건 처분’)를 부과하였다.

원고는 이 사건 처분이 다음과 같은 이유에서 위법하다고 주장하였다. 즉, ① 이 사건 처분의 근거가 된 「중소기업기본법 시행령」제3조(대통령령 제19189호, 2005.12.27.로 개정된 것, 이하 ‘개정된 구 중기법 시행령’) 제1호 나목의 “법인”, 제2호의 “기업” 및 [별표2] 제1호의 “기업”은 국내 법인만을 의미하고, A회사와 같은 외국법인은 포함되지 않는다.

② 설령 그렇지 않다고 하더라도 개정된 구 「중소기업기기본법 시행령」제3조 제2호의 [별표2] 제1호에 관하여 외국법인의 자산총액을 원화로 환산할 경우에는 직전 사업연도 말일의 종가환율 또는 직전 사업연도의 평균환율을 적용하여 환산한 금액 중 적은 것을 적용해야 하는데, 직전 사업연도 말일 현재의 종가 환율로만 환산하여야 한다고 해석하는 것은 법적 근거가 없는 것으로 조세법률주의에 반하고, 법률상 허용되지 않는 유추해석 및 확장해석에 해당하며, 법적 안정성이나 예측가능성을 침해한다.

③ 또한 A회사의 자산 총액이 5,000억원을 초과하여 원고가 중소기업에 해당하지 않게 되었다고 하더라도, 이는 개정된 구 중기법 시행령의 시행으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우라고 할 것이므로, 부칙 제2항의 경과조치규정에 따라 그 시행일로부터 3년이 되는 2008.12.27.까지 원고를 중소기업으로 보아야 한다.

④ 마지막으로 구 「조세특례제한법 시행령」제2조(대통령령 제21196호, 2008.12.31.로 개정되기 전의 것) 제5항에 따라 중소기업에 해당하지 않게 된 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 볼 수 있으므로, 원고는 중소기업 특별세액감면 대상이 될 수 있어 이 사건 처분은 위법하다.

결국 이 사건은 원고가 조세특례제한법상 중소기업으로 취급되어 중소기업에 대한 조세 감면의 혜택을 부여받을 수 있는 것인지 여부가 쟁점이 되었다.

이에 대하여 원심은 다음과 같이 판단하였다. ① 구 중기법 시행령(대통령령 제19189호, 2005.12.27. 로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 구 중기법 시행령’)에서 투자법인의 범위를 ‘증권거래법 제2조의 규정에 의한 주권상장법인 또는 협회등록법인’으로 한정하던 문구가 개정을 거쳐 삭제됨으로써 투자법인의 범위에 대한 제한을 폐지하고, 투자법인이 내국법인인 경우뿐만 아니라 외국법인인 경우까지 중소기업 적용배제의 범위를 확대한 것으로 보이는 점, 2012.1.1.부터 시행된 중기법 시행령은 명시적으로 외국법인을 포함하는 규정을 삽입하였고, 이는 확인적 규정으로 볼 수 있는 점 등을 고려하면 개정된 구 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1호 나목, 제2호 및 [별표2] 제1호의 “법인”에는 외국법인도 포함되는 것으로 해석해야 한다.

② 개정된 구 중기법 시행령은 투자법인의 자산총액이 5,000억원 이상인지 여부를 직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 금액으로 판단하도록 규정하고 있고, 당해 대차대조표 작성 기준일인 직전 사업연도의 말일 현재의 종가환율을 적용하는 것이 문리 해석상 당연해 보이는 점, 이후 중기법 시행령이 기준환율에 관하여 “직전 사업연도 말일 현재의 종가환율 또는 직전 사업연도의 평균환율을 적용하여 환산한 금액 중 적은 것으로 한다”는 취지로 개정되었다고 하더라도, 이를 이 사건에 원용하여 해석할 수는 없는 점 등을 고려하면, 외국법인의 자산총액은 직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 금액을 해당일의 종가 환율로 환산한 금액을 기준으로 판단해야 한다.

③ 개정 전 구 「중소기업기본법 시행령」제3조 제2호 [별표2], 구 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1호 나목에 의하는 경우에는 A회사가 상장법인이 아니어서 그 자산총액이 5,000억원 이상이 되더라도 제3조 제1호 나목의 법인에 해당하지 아니하여 원고가 중소기업에 해당하였을 것이나, 상장법인의 제한이 없어진 개정된 구 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1호 나목의 시행으로 인하여 원고가 중소기업에 해당하지 아니하게 되었으므로, 개정된 구 중기법 시행령 부칙 제2항에 의하여 그 시행일인 2005.12.27.부터 3년이 되는 2008.12.26.까지 원고를 중소기업으로 보아야 한다. 결국 원고가 중기법상 중소기업에 해당하지 아니하여 조세특례제한법상의 특별세액 감면대상인 중소기업이 아님을 전제로 하여 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

④ 한편, 구 「조세특례제한법 시행령」제2조(대통령령 제21307호, 2009.2.4.로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제5항이 적용되기 위해서는 위 시행령의 시행일인 2008.2.22. 이후 최초로 중기법 시행령 [별표1]과 [별표2]가 개정된 경우에 해당하여야 하는데, 원고가 주장하는 중기법 시행령 [별표2]의 개정은 2005.12.27.에 이루어진 것이 명백하고 2008.2.22. 이후에 위 [별표2]의 개정으로 원고가 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 되었다고는 볼 수 없으므로, 구 「조세특례제한법 시행령」제2조 제5항이 원고에게 적용된다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

구「조세특례제한법」제2장(법률 제9272호, 2008.12.26.로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’) 제1절 등, 구「조세특례제한법 시행령」제2조 제1항 제3호, 개정된 구「중소기업기본법 시행령」제3조 제1호 나목, 제2호 [별표2], 부칙 제2항, 개정 전 구「중소기업기본법 시행령」제3조 제1호 나목의 내용과 취지, 개정된 구「중소기업기본법 시행령」제3조 등이 중소기업을 육성하기 위한 시책의 대상이 되는 중소기업의 업종별 기준을 규정하고 있을 뿐 업종 자체에는 제한을 두지 아니한 반면, 구 조세특례제한법과 구 조세특례제한법 시행령은 중소기업기본법령의 일부 규정에 의하여 중소기업의 요건을 정하면서도 조세정책적 고려에서 조세특례의 적용대상을 특정한 업종의 중소기업으로 제한하는 등 중소기업의 요건과 범위에 관하여 중소기업기본법령과 달리 규정하고 있는 점, 또한 구 조세특례제한법과 구 조세특례제한법 시행령은 중소기업의 규모 확대나 법령의 변경으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우 일정기간 중소기업으로 유예하는 규정을 별도로 두고 있고, 유예사유, 유예기간과 기산일 등도 중소기업기본법령과 다르게 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 구 조세특례제한법에 규정된 중소기업 조세특례의 적용대상인 중소기업의 해당 여부나 유예 여부는 구 조세특례제한법과 구 조세특례제한법 시행령에 따라 판단하여야 하고, 중소기업기본법령에 의하여 판단할 수 없다. 따라서 원고가 구 중기법 시행령 부칙 제2조에 의하여 구 조세특례제한법에 규정된 중소기업 조세특례의 적용대상인 중소기업으로 유예될 수 없다.