원천징수세액에 대한 경정청구는 원천징수의무자 또는 원천징수대상자 모두 할 수 있으며, 경정청구자에 따른 구비서류는 다음과 같다.

국세는 국세부과의 제척기간은 권리관계를 조속히 확정시키려는 것이므로 국세징수권소멸시효와는 달리 진행기간의 중단이나 정지가 없으므로 국세부과의 제척기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다.

국세부과 제척기간이 경과하면 정부의 부과권은 소멸되어 과세표준이나 세액을 변경하는 어떤 결정(경정)도 할 수 없다.
예를 들면 원천징수된 근로소득세를 납부한 후에 해당 근로소득금액이 반환되는 경우에도 「국세기본법」제45조의2【경정 등의 청구】이 정하는 경정청구는 국세부과제척기간 이내에 청구하여야 한다.

국세부과제척기간 적용과 관련하여 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 다음의 「국제조세조정에 관한 법률」제25조에서 정하는 바에 따른다.

• 체약상대국과 상호합의절차가 시작된 경우에 상호합의절차의 종료일의 다음날부터 1년의 기간과 「국세기본법」제26조의2 제1항에서 규정하는 기간(국세부과 제척기간) 중 나중에 도래하는 기간의 만료일 후에는 국세를 부과할 수 없다.

‘가., 나. 및 다.’에 불구하고 다음에 해당하는 경우 각각 해당 기간까지는 해당 결정･판결, 상호합의, 경정청구 또는 조정권고에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.


참고로, 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 내국법인이 국외원천소득에 대하여 외국정부로부터 외국납부세액의 변동을 부과제척기간이 지난 이후에 결정통지를 받은 경우 해당 내국법인은 「국세기본법」제45조의2 제2항 및 「국세기본법 시행령」제25조의2에 따라 외국정부로부터 국외원천소득에 대한 법인세 결정통지를 받은 날로부터 2월 이내에 경정청구를 할 수 있다라는 예규(국제세원관리담당관실-504, 2010.11.10.)가 있다.

민법상 부당이득 반환의 이자 계산의 시기를 반영하여 경정청구의 내용과 관계없이 기산일을 경정청구일로 일원화하였다.(2015.2.3. 이후 청구하는 분부터 적용)
다만, 이 경우 경정청구일이 국세납부일보다 빠른 경우에는 국세납부일로 한다.