원고는 2005년부터 2006년까지 A회사의 대표이사로 재직하였다. 원고의 주소지는 중부지방국세청 관할이었으나, A회사의 등기부상 본점 소재지는 중부지방국세청 관할이 아닌 충북 괴산군이었다.

중부지방국세청장은 세무조사를 통해 A회사의 2006사업연도 가공매입금액을 확인하였다. 이에 중부지방국세청장은 가공매입금액을 원고에게 상여로 소득처분하고, A회사에게 소득금액변동통지(이하 ‘제1차 소득금액변동통지’)를 하였다.

그런데 A회사는 원고에 대한 근로소득세를 원천징수하여 납부하지 아니한 채 폐업하였고, 이에 중부지방국세청장은 2007.7.3. 다시 원고에게 소득금액변동통지를 하였다(이하 ‘제2차 소득금액변동통지’). 그럼에도 불구하고 원고가 종합소득세를 신고･납부하지 아니하자, 피고는 2009.11.3. 원고에게 2006년귀속 종합소득세를 결정･고