(1) 손금산입 내용

중소기업기본법에 의한 중소기업자가「중소기업기술혁신촉진법」제18조, 「산업기술촉진법」제19조 및「정보통신산업진흥법」제44조 제1항에 따라 2015.12.31.까지 지급받는 중소기업정보화 지원사업을 위한 출연금 등을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 설비에 투자하는 경우에는 그 투자금액은「법인세법」제36조의 규정(국고보조금의 손금산입규정)을 준용하여 일시상각충당금으로 손금에 산입할 수 있다(「조세특례제한법」제5조의2, 「조세특례제한법 시행령」제4조의 2 ①ㆍ②).

• ① 구매ㆍ설계ㆍ건설ㆍ생산ㆍ재고ㆍ인력 및 경영정보 등 기업의 인적ㆍ물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그밖의 유형ㆍ무형의 설비로서 감가상각기간이 2년 이상인 설비(이하 “전사적 기업자원 관리설비”라 한다)
  
  ② 전자적 형태로 수요예측ㆍ수주ㆍ용역제공ㆍ상품판매ㆍ배송ㆍ대금결제ㆍ고객관리 등을 하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그밖의 유형ㆍ무형의 설비로서 감가상각기간이 2년 이상인 설비(이하 “전자상거래설비”라 한다)
  
  ③ 위 ‘①’과 ‘②’ 외에 기업의 정보화에 사용되는 설비 중 컴퓨터 또는 각종 제어장치를 이용하여 경영 및 유통관리를 전산화하는 소프트웨어 등의 설비로서 다음의 어느 하나에 해당하는 것(감가상각기간이 2년 이상인 것에 한한다)을 말한다. 
  
     가. 생산설비를 전자화하고 생산공정을 정보화하기 위한 시스템
     나. 제품생산정보ㆍ재고정보 등의 상호교환, 공동설계, 공동구매 등을 위한 기업간 정보공유시스템
     다. 인사, 급여, 회계, 원가관리, 재고, 재무, 판매, 영업, 자재조달, 물류 등 2 이상의 단위업무를 통합지원하는 소프트웨어
     라. 그밖에 기업의 정보화에 사용되는 설비로서 기획재정부령이 정하는 설비
   

(2) 명세서의 제출

위 ‘⑴’의 규정에 의하여 지급받은 출연금 등을 손금산입하고자 하는 내국법인은 법인세과세표준신고와 함께 정보화지원사업출연금 등 손금산입조정명세서[조특칙 별지 제1호의2 서식]를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다( 「조세특례제한법 시행령」제4조의 2 ③).

(2) 최저한세의 적용

연구개발 관련 출연금 등의 익금불산입에 대하여는 최저한세규정이 적용된다(「조세특례제한법」제132조 ① 2호).

(3) 연구개발출연금 등의 익금산입(분할환입)

익금에 산입하지 아니한 연구개발출연금 등은 다음 각 호의 방법에 따라 익금에 산입하여야 한다(「조세특례제한법」제10조의 2 ②).
 

• ① 연구개발출연금 등을 해당 연구개발비로 지출하는 경우
  
  해당 지출액에 상당하는 금액을 해당 지출일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.
   
• ② 연구개발출연금 등으로 해당 연구개발에 사용되는 자산을 취득하는 경우
  
  다음과 같은 방법으로 익금에 산입한다( 「조세특례제한법 시행령」제9조의 2 ③).
  
  가. 연구개발출연금 등으로「법인세법 시행령」제24조에 따른 감가상각자산을 취득한 경우
  해당 사업연도의 소득금액 계산의 경우「법인세법 시행령」제25조에 따라 손금에 산입하는 감가상각비에 상당하는 금액을 익금에 산입한다.
  
  이를 산식으로 표시하면 다음과 같다.
   

이 경우 해당 자산을 처분하는 경우에는「조세특례제한법」제10조의2 제1항에 따라 익금에 산입하지 아니한 금액 중 이미 익금에 산입하고 남은 잔액을 그 처분한 날이 속하는 사업연도에 전액 익금에 산입한다.

나. 감가상각자산 외의 자산의 경우

해당 자산을 처분한 날이 속하는 사업연도의 소득금액 계산의 경우「조세특례제한법」제10조의 2 제1항에 따라 익금에 산입하지 아니한 금액 전액을 익금에 산입한다.

(4) 연구개발출연금 등의 일시환입

① 일시환입

가. 일시환입 사유

연구개발출연금 등에 상당하는 금액을 익금에 산입하지 아니한 내국법인이 그 연구개발출연금 등을 해당 연구개발 목적 외의 용도로 사용하거나 해당 연구개발에 사용하기 전에 폐업하거나 해산하는 경우 그 사용하지 아니한 금액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 연도의 소득금액을 계산할 때 이를 익금에 산입한다(「조세특례제한법」제10조의 2 ③ 본문).

나. 합병 또는 분할시 일시환입의 예외

연구개발출연금 등 상당액을 익금에 산입하지 아니한 내국법인이 합병하거나 분할하는 경우로써 합병법인 등이 그 금액을 승계한 경우는 제외하며, 그 금액은 합병법인 등이 연구개발출연금 등 상당액을 익금에 산입하지 아니한 것으로 본다(「조세특례제한법」제10조의 2 ③ 단서).

② 이자상당가산액의 납부

연구개발출연금 등을 익금불산입한 내국법인이 위에서 설명한 일시환입사유에 해당되어 익금산입한 금액에 대하여는「조세특례제한법」제33조 제3항 후단을 준용하여 계산한 이자상당액을 법인세에 가산하여 납부하여야 하는바(「조세특례제한법」제10조의 2 ④), 이를 산식으로 표시하면 다음과 같다.