종합소득공제제도는 기본적으로 인적공제와 특별공제로 구분될 수 있다. 이 경우 인적공제제도는 다시 기본공제와 추가공제로 구분되며, 특별공제의 경우에는 근로소득자들에게 적용되는 실액공제와 표준공제 등으로 구분될 수 있다. 이와 같이 종합소득공제를 인적공제와 특별공제로 구분하는 이유는 기본적으로 서로의 목적에 있어서 약간의 차이가 있기 때문이다. 즉 인적공제는 개인들이 인간다운 생활을 영위하기 위한 최저생계비에 대하여는 과세하지 않기 위한 장치이며, 의료비 공제나 교육비 공제 등 특별공제의 경우에는 그 금액만큼 실질적으로 소득금액이 줄어들어 담세력이 감소하였기 때문에 소득금액에서 공제하여 주는 제도이다. 다만, 특별공제의 경우에는 근로소득자만 실액공제를 인정하고, 근로소득자 이외의 자들의 경우에는 표준공제를 인정한다.

그런데, 2013년 말 소득세법의 개정으로 인적공제 중에서 추가공제인 다자녀추가공제를 자녀세액공제로 변경하였으며, 연금저축과 특별공제의 내용 중에서 보장성보험료․교육비․의료비 및 기부금 등의 경우에는 종전의 소득공제제도에서 세액공제제도로 전환하였다. 이와 같이 소득공제제도를 세액공제제도로 전환한 이유는 세수의 확보와 소득수준에 따른 적정한 세부담을 실현하기 위함이라고 한다.

이하에서는 종전에 소득공제제도에서 세액공제제도로 전환된 내용을 중심으로 하여 그 개편의 타당성 여부에 대하여 살펴보고자 한다.