현행 세법에서는 수도권의 경제력집중과 인구집중 및 이에 따른 환경문제와 국토의 균형발전을 기하기 위해 수도권에 진입하는 법인에 대하여는 조세부담을 무겁게 하고 있고, 반대로 수도권 밖으로 이전하거나 처음부터 수도권 밖에서 창업하는 경우에는 조세부담을 가볍게 하는 정책을 세제상에 구현시키고 있다. 수도권이란 수도권정비계획법상에 서울특별시와 인천광역시 및 경기도를 말하며, 이러한 수도권은 다시 3개의 권역으로 나뉘어 지는바 과밀억제권역, 성장관리권역, 자연보전권역이 그것이다.

조세특례제한법에서는 법인의 본사 또는 공장을 과밀억제권역 밖의 지역이나 수도권 밖으로 이전하는 경우 두 가지로 구분하여 법인세의 조세특례를 적용하도록 규정하고 있는데, 양 규정 간에 내용이 비슷한 것이 많아 해석하거나 적용하는데 다소 헛갈릴 수 있다. 이하에서는 이러한 양 규정의 차이점 및 유사점을 비교하여 설명함으로써 관련 기업의 세무의사결정에 도움을 주고자 한다.

먼저 조세특례제한법상 양 조항을 발췌하여 소개하면 다음과 같다.

「조세특례제한법」제63조【수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면】

① 수도권과밀억제권역에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하는 중소기업(내국인만 해당한다)이 대통령령으로 정하는 바에 따라 수도권과밀억제권역 밖으로 그 공장시설을 전부 이전(본점이나 주사무소가 수도권과밀억제권역에 있는 경우에는 해당 본점이나 주사무소도 함께 이전하는 경우만 해당한다)하여 2014년 12월 31일까지 사업을 개시한 경우에는 이전 후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 6년(성장관리권역, 자연보전권역, 수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 3년(성장관리권역, 자연보전권역, 수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. (2011.12.31. 개정)

② 제1항에 따라 감면을 적용받은 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. (2010.1.1. 개정)

1. 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 그 사업을 폐업하거나 법인이 해산한 경우. 다만, 합병ㆍ분할 또는 분할합병으로 인한 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 공장을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하여 사업을 개시한 경우에 해당하지 아니하는 경우

3. 제1항에 따라 감면을 받는 기간에 수도권과밀억제권역에 제1항에 따라 이전한 공장에서 생산하는 제품과 같은 제품을 생산하는 공장을 설치하거나 본사를 설치한 경우

③ 제1항에 따라 감면받은 소득세액 또는 법인세액을 제2항에 따라 납부하는 경우에는 제33조의 2 제4항의 이자 상당 가산액에 관한 규정을 준용한다. (2010.1.1. 개정)

④ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액감면신청을 하여야 한다. (2010.1.1. 개정)

⑤ 제1항을 적용받으려는 중소기업은 대통령령으로 정하는 분류를 기준으로 이전 전의 공장에서 영위하던 업종과 이전 후의 공장에서 영위하는 업종이 같아야 한다. (2011.12.31. 신설)

조세특례제한법시행령 제60조【수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면】

① 법 제63조 제1항의 규정에 의하여 세액을 감면받을 수 있는 경우는 수도권과밀억제권역 안에 소재하는 공장시설의 소유자가 그 공장시설을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하기 위하여 조업을 중단한 날부터 소급하여 2년 이상 계속 조업한 실적이 있는 공장을 수도권과밀억제권역 외의 지역으로 이전하여 사업을 개시한 경우로서 다음 각 호의 1에 해당하는 경우로 한다. (2010.6.28. 개정)

1. 당해 공장을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전한 후 이전일부터 1년 이내에 수도권과밀억제권역 안에 소재하는 구공장을 다른 사람에게 양도하거나 구공장에 남아 있는 공장시설의 전부를 철거 또는 폐쇄하여 당해 공장시설에 의한 조업이 불가능한 상태에 있을 것 (2010.2.18. 개정)

2. 수도권과밀억제권역 안에 소재하는 공장을 양도 또는 폐쇄한 날(공장의 대지ㆍ건물을 임차하여 자기공장시설을 갖추고 있는 경우에는 공장이전을 위하여 조업을 중단한 날을 말한다. 이하 이 호에서 같다)부터 1년 이내에 수도권과밀억제권역 밖에서 사업을 개시할 것. 다만, 신공장을 신설하는 경우에는 구공장을 양도 또는 폐쇄한 날부터 3년 이내에 사업을 개시할 것 (2010.2.18. 개정)

②~③ (생략)

④ 법 제63조 제2항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 공장을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하여 사업을 개시한 경우"란 제1항에서 정하는 바에 따라 공장을 이전하여 사업을 개시한 경우를 말한다. (2010.2.18. 개정)

⑤ 법 제63조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서 및 감면세액계산서를 납세지관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑥ (생략)

「조세특례제한법」제63조의 2【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】

① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 "지방이전법인"이라 한다)은 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부동산업, 건설업 및 소비성서비스업을 경영하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다. (2011.12.31. 단서개정)

1. 수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 둔 법인일 것

2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권 밖(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 2014년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나, 수도권 밖에 2017년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2014년 12월 31일까지 보유하고 2014년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 이전계획서를 제출하는 경우만 해당한다) (2011.12.31. 개정)

② 지방이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 6년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 3년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. (2010.1.1. 개정)

1. 공장을 이전한 경우에는 그 공장에서 발생하는 소득

2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 또는 다목 중 작은 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득

가. 해당 과세연도의 과세표준에서 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익 및 대통령령으로 정하는 소득을 뺀 금액 (2010.12.27. 개정)

나. 해당 과세연도의 이전(移轉) 본사 근무 인원이 이전 후에 근로를 제공함에 따라 발생한 급여 총액이 법인 전체 인원이 근로를 제공함에 따라 발생한 연간 급여 총액에서 차지하는 비율 (2011.12.31. 개정)

다. 해당 과세연도의 이전 본사 근무인원이 법인전체 근무인원에서 차지하는 비율

3. 공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득. 다만, 해당 과세연도의 소득금액을 한도로 한다.

③ 제2항 제2호를 적용할 때 이전 본사 근무인원이란 수도권 밖으로 이전한 본사(이하 이 조에서 "이전본사"라 한다)에서 본사 업무에 종사하는 상시 근무인원의 연평균 인원(매월 말 현재의 인원을 합하고 이를 해당 개월 수로 나누어 계산한 인원을 말하며, 이전일부터 소급하여 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 이후 수도권 외의 지역에서 본사업무에 종사하는 근무인원이 이전본사로 이전한 근무인원은 제외한다)에서 이전일부터 소급하여 3년이 되는 날이 속하는 과세연도에 이전본사에서 본사 업무에 종사하던 상시 근무인원의 연평균 인원을 빼고 계산한 인원을 말하며, 법인전체 근무인원이란 법인 전체의 상시 근무인원의 연평균 인원을 말한다. (2010.1.1. 개정)

④ 제2항 제2호를 적용할 때 법인세 감면기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 되면 해당 과세연도부터 제2항에 따라 법인세를 감면받을 수 없다. (2010.1.1. 개정)

1. 삭 제(2008.12.26.)

2. 대통령령으로 정하는 임원(이하 이 조에서 "임원"이라 한다) 중 이전본사 근무 임원 수가 수도권의 본사 근무 임원과 이전본사 근무 임원의 합계 인원에서 차지하는 비율이 100분의 50에 미달하게 되는 경우 (2010.1.1. 개정)

⑤~⑥ (생략)

⑦ 제2항에 따라 법인세를 감면받은 지방이전법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 법인세로 납부하여야 한다. (2010.1.1. 개정)

1. 공장 또는 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 그 사업을 폐업하거나 법인이 해산한 경우. 다만, 합병ㆍ분할 또는 분할합병으로 인한 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 공장 또는 본사를 수도권 밖으로 이전하여 사업을 개시하지 아니한 경우 (2010.1.1. 개정)

3. 수도권에 본사 또는 제1항에 따라 이전한 공장에서 생산하는 제품과 같은 제품을 생산하는 공장을 설치한 경우 (2010.1.1. 개정)

4. 삭 제(2001.12.29.)

5. 본사를 이전한 경우로서 수도권에 대통령령으로 정하는 기준 이상의 사무소를 둔 경우 (2010.1.1. 개정)

6. 본사를 이전한 경우로서 제4항 제2호에 해당하는 경우 (2010.1.1. 개정)

⑧ 제2항에 따라 감면받은 법인세액을 제7항에 따라 납부하는 경우에는 제33조의 2 제4항의 이자 상당 가산액에 관한 규정을 준용한다. (2010.1.1. 개정)

⑨(생략)

⑩ 제1항ㆍ제2항ㆍ제5항 또는 제6항을 적용받으려는 지방이전법인은 대통령령으로 정하는 분류를 기준으로 이전 전의 공장에서 영위하던 업종과 이전 후의 공장에서 영위하는 업종이 같아야 한다. (2011.12.31. 신설)

조세특례제한법시행령 제60조의 2【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】

①~③ (생략)

④ 법 제63조의 2 제1항 제2호에 따라 공장시설의 전부 또는 본사를 이전하는 법인은 다음 각 호의 어느 하나의 요건을 갖추어야 한다. 이 경우 법 제63조의 2 제5항의 규정을 적용함에 있어서는 수도권과밀억제권역 안의 공장 또는 본사를 양도하는 경우에 한한다.

1. 수도권 밖으로 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권과밀억제권역 안의 공장을 양도하거나 수도권과밀억제권역 안에 남아 있는 공장시설의 전부를 철거 또는 폐쇄하여 당해 공장시설에 의한 조업이 불가능한 상태일 것 (2010.2.18. 개정)

2. 수도권과밀억제권역 안의 공장을 양도 또는 폐쇄한 날(공장의 대지 또는 건물을 임차하여 자기공장시설을 갖추고 있는 경우에는 공장이전을 위하여 조업을 중단한 날을 말한다)부터 2014년 12월 31일까지 수도권 밖에서 사업을 개시하거나 공장을 신축하여 이전하는 경우에는 2014년 12월 31일까지 부지를 취득(부지를 보유하고 있는 경우를 포함한다)하고 2017년 12월 31일까지 사업을 개시할 것 (2012.2.2. 개정)

3. 수도권 밖으로 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권과밀억제권역 안의 본사를 양도하거나 본사 외의 용도(제11항이 정하는 기준 미만의 사무소로 사용하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)로 전환할 것 (2010.2.18. 개정)

4. 수도권과밀억제권역 안의 본사를 양도하거나 본사 외의 용도로 전환한 날부터 2014년 12월 31일까지 수도권 밖에서 사업을 개시하거나 본사를 신축하여 이전하는 경우에는 2014년 12월 31일까지 부지를 취득(부지를 보유하고 있는 경우를 포함한다)하고 2017년 12월 31일까지 사업을 개시할 것 (2012.2.2. 개정)

⑤~⑧ (생략)

⑨ 법 제63조의 2 제7항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 공장 또는 본사를 수도권 밖으로 이전하여 사업을 개시하지 아니한 경우"란 제4항 각호의 요건을 갖추지 아니한 때를 말한다. (2010.2.18. 개정)

⑩~⑪ (생략)

⑫ 법 제63조의 2 제7항의 규정에 의하여 납부하여야 하는 세액은 다음 각 호의 구분에 의하여 계산한다. (2003.12.30. 개정)

1. 법 제63조의 2 제7항 제1호에 해당하는 경우: 사업폐지일 또는 법인해산일부터 소급하여 3년 이내에 감면된 세액

2. 법 제63조의 2 제7항 제2호에 해당하는 경우: 제4항 각호의 요건을 갖추지 못하게 된 날부터 소급하여 5년 이내에 감면된 세액

3. 법 제63조의 2 제7항 제3호에 해당하는 경우: 본사설치일 또는 공장설치일부터 소급하여 5년 이내에 감면된 세액. 이 경우 이전한 공장이 2 이상이고 동 공장에서 서로 다른 제품을 생산하는 경우에는 수도권 안의 공장에서 생산하는 제품과 동일한 제품을 생산하는 공장의 이전으로 인하여 감면받은 분에 한한다.

4. 법 제63조의 2 제7항 제5호에 해당하는 경우: 제11항에서 규정하는 기준 이상의 사무소를 둔 날부터 소급하여 5년 이내에 감면된 세액

5. 법 제63조의 2 제7항 제6호에 해당하는 경우: 동호에 규정된 비율에 미달하게 되는 날부터 소급하여 5년 이내에 감면된 세액 (2005.2.19. 신설)

⑬ 법 제63조의 2 제2항의 규정에 의하여 법인세의 감면을 받고자 하는 법인은 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서 및 감면세액계산서를 납세지관할세무서장에게 제출하여야 한다. (2003.12.30. 개정; 2008.2.29. 직제개정)

⑭~⑯ (생략)

제63조의 경우 과밀억제권역 내에서 2년 이상 공장시설을 갖추고 사업을 영위하여야 하지만, 63조의2의 경우 과밀억제권역 내에서 3년 이상 공장시설을 갖추고 사업을 영위하거나 공장시설이 없는 업종의 경우에도 본사를 과밀억제권역 내에서 3년 이상 둔 경우에도 감면을 해 준다. 그러므로 63조의 경우에는 제조업 등 공장시설을 갖춘 경우에만 적용되는 감면규정이며, 제63조의2는 반드시 공장시설이 없어도 감면받을 수 있다.

제63조의 경우 과밀억제권역 밖으로 공장(본사가 있는 경우에는 반드시 본사도 공장과 함께 이전해야 함)을 이전하는 경우 감면되므로 수도권 중 성장관리권역(화성시,오산시,평택시 등)이나 자연보전권역(광주시,여주시,이천시 등)으로 이전해도 감면받을 수 있으나, 제63조의 2의 경우에는 수도권(서울, 인천광역시, 경기도를 말함) 밖으로 공장이나 본사를 이전해야 감면받을 수 있다.

제63조의 경우 공장시설을 갖춘 사업자로서 중소기업만을 감면대상이 되지만, 63조의2의 경우에는 공장시설이 없는 경우에도 감면받을 수 있고 중소기업 외에 일반법인(대기업 등)도 감면받을 수 있어 감면대상 사업의 범위가 넓다. 다만, 제63조의 2의 경우 부동산임대업, 부동산중개업, 부동산매매업, 건설업[한국표준산업분류에 따른 주거용 건물 개발 및 공급업(구입한 주거용 건물을 재판매하는 경우는 제외한다)], 소비성서비스업을 영위하는 경우에는 감면을 적용하지 않는다.

위에서 중소기업이란 제조업, 건설업, 도소매업, 음식점업, 연구개발업 등 업종에 해당하고 일정요건을 모두 갖춘 기업을 말하는데, 다만 종업원수가 1000명 이상, 자기자본이 1000억원 이상, 매출액이 1000억원 이상 또는 자산총액이 5000억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 않는다.

제63조의 경우에는 공장과 본사 모두 이전해야 감면이 가능(본사가 과밀억제권역 밖에 있는 경우에는 공장만 이전해도 감면 가능)하지만, 제63조의 2의 경우에는 본사나 공장 중 모두 이전해도 감면받고 그 중 하나만 이전해도 감면받을 수 있다. 다만, 감면소득의 범위가 달라지므로 감면혜택을 많이 받으려면 공장과 본사 모두 이전해야 한다.

제63조의 경우 2014.12.31일까지 이전하여 사업을 개시하는 경우 감면받을 수 있는데 반해, 제63조의 2의 경우 2014.12.31일까지 이전하거나 2017.12.31까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시(공장 또는 본사 부지를 2014.12.31까지 보유하고 2015.3.31 법인세 신고기한까지 이전계획서를 제출하는 경우만 해당함)해도 감면받을 수 있다.

제63조의 경우 공장을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전한 후 1년 이내에 구 공장을 양도하거나 철거‧폐쇄하여야 감면받을 수 있고, 1년 후 양도 또는 폐쇄하는 경우 당해 양도 또는 폐쇄일부터 1년(신공장 신설은 3년) 이내에 과밀억제권역 밖에서 사업을 개시하여야 한다. 그러나 제63조의 2의 경우에는 공장을 수도권 밖으로 이전한 후 2년 이내에 구 공장을 양도하거나 철거‧폐쇄하여야 감면받을 수 있고, 수도권 안의 구 공장을 양도 또는 폐쇄한 날부터 2014.12.31까지(신축은 2014.12.31까지 부지를 취득하고 2017.12.31까지) 사업을 개시하여야 하므로 기간이 약간 상이하다.

이외에 사후관리는 두 조항이 대동소이한데, 제63조의 2의 경우 공장시설이 없는 법인의 경우 본사를 지방으로 이전해도 감면대상이 되므로 본사이전에 따른 감면요건이 추가된다.

조세특례제한법에서는 여러 가지 조세특례를 규정하고 있는데, 경우에 따라 두 가지 이상의 특례를 중복적용 받을 수 있다. 그러므로 과다한 조세감면을 적용하는 것은 조세수입측면에서 바람직하지 않을 수 있어 중복적용을 배제하는 규정을 두고 있는데 제63조와 제63조의 2는 중복적용이 불가하다. 따라서 둘 다 해당되는 법인의 경우 유리한 쪽으로 선택할 수 밖에 없다.

중복지원배제와 아울러 최저한세라고 하여 아무리 많은 조세특례를 적용받더라도 최소한의 법인세(중소기업의 경우 7%)를 납부해야 하는데, 최저한세의 적용을 받지 않는 예외도 인정된다. 제63조와 제63조의 2는 최저한세의 적용을 받지 않으므로 이전 후 7년간은 법인세를 전액 면제받기 때문에 납부세액이 없게 된다. 만약 최저한세의 적용을 받는다면 아무리 100% 면제를 적용해도 최저한세 때문에 과세표준의 7%를 법인세로 납부하여야 한다.

세액공제의 경우 결손이거나 최저한세 적용으로 해당연도에 세액공제를 적용받지 못하는 경우 이후 5년 내에 이월하여 공제받을 수 있지만, 63조와 63조의2처럼 세액감면의 경우에는 이월공제를 적용받을 수 없다.

본래 세액감면을 적용받는 경우에는 감면세액의 20%를 농어촌특별세를 납부하여야 하는데, 63조와 63조의2는 농특세가 비과세된다.

두 조항 모두 이전하기 전과 이전 후의 영위업종이 동일해야 감면받을 수 있다. 이 때 업종은 한국표준산업분류상의 세분류를 기준으로 판단하여야 하므로, 세분류상 동일 범위 내의 업종으로 영위(移轉 前과 後)하여야 한다.

두 조항 모두 이전한 사업연도를 포함하여 7년 간 법인세 100%를 면제 받고 다음 3년간 법인세 50%를 감면 받습니다. 그러나 수도권 외 소재 광역시 및 아산시, 익산시, 전주시, 제주시, 천안시, 진천군, 음성군 등 특정지역은 5년간 100%와 다음 2년간은 50%를 감면받는다.

공장이나 본사를 이전한 후 3년 이내에 폐업 또는 해산하거나 수도권 밖의 지역에 이전하여 사업을 개시하지 않는 등 법정사유에 해당하는 경우에는 이자상당가산액을 추가납부하여야 하는데, 가산율은 두 조항 모두 1일 1만분의3이다.