• [사례] 종교단체의 북카페 부분의 과세대상 판단

북카페의 주된 이용자가 신도라고는 하나 일반인도 이용이 가능하며, 이러한 영업활동이 위 종교행위 등에 이용되고 있다고 보기는 어려워 주로 친목을 위한 장소로 사용되고 있다고 봄이 타당한 점, 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업을 영위하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적 또는 실비로 공급하는 용역은 수익사업에 해당되지 아니한 것으로 볼 수 있지만, 이 건 북카페가 이러한 목적을 위하여 일시적으로 운영되고 있다거나 이곳에서 판매하는 음료 등의 가격이 일반 커피전문점에 비해 극히 낮다거나 실비수준에 불과하다고 보기는 어려운 점, 2011년도의 경우 영업초기 시설투자비를 제외한 북카페의 운영수익이 7백만원에 달하고 있고, 수익이 교회의 운영관리비에 미치지 못하거나 관리비에 충당된다고 하더라도 종교활동 이외의 다른 행위를 통해 충당된다고 하여 이를 수익사업이 아니라고 보기는 어려운 점 등에 비추어 북카페는 수익사업에 사용되고 있다고 보아야 하겠고, 설령 수익사업에 해당되지 아니한다고 인정한다 하더라도 종교용이 아닌 다른 용도로 사용되고 있다고 보아야 할 것이며(조심2011지322, 2011.12.1.), 인근 중학교에 장학금 또는 학교발전기금을 수여 또는 기탁하고 있다거나 사회복지단체에 일정액을 기부하였다고 하여 달리 볼 수는 없다 할 것이다(조심2012지244, 2012.9.18).

「지방세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11138호로 개정되기 전의 것)] 제50조 【종교 및 제사 단체에 대한 면제】 ① 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각․증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.

제2조 【정의】

① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “고유업무”란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다.

2. “수익사업”이란「법인세법」제3조 제3항에 따른 수익사업을 말한다. 다만,「고등교육법」제4조에 따라 설립된 의과대학 등의 부속병원이 경영하는 의료업과 사회복지사업법」에 따라 설립된 사회복지법인이 경영하는 의료업은 수익사업으로 보지 아니한다.

3~ 7(생략)

② 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 특별한 규정이 없으면「지방세기본법」과「지방세법」에서 정하는 바에 따른다.

[법인세법(법률 제8831호, 2007.12.31. 개정, 시행 2008.1.1.)]

제3조 【과세소득의 범위】 ② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도․소매 및 소비자용품수리업, 부동산․임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것

▶법률 제9267호(2008.12.26. 개정)로 제2항에서 제3항으로 항 변경

[법인세법 시행령(대통령령 제21063호, 2008.10.7. 개정)]

제2조 【수익사업의 범위】 ①「법인세법」(이하 “법”이라 한다) 제3조 제2항 제1호(2009.2.4. 대통령령 제21302호로 “제3조 제3항 제1호”로 개정)에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 “한국표준산업분류”라 한다)에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다.

7. 주무관청에 등록된 종교단체가 공급하는 용역 중「부가가치세법」제12조 제1항 제16호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업

[부가가치세법(2008.12.26. 법률 제9268호로 개정되기 전의 것)]

제12조 【면세】 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

16. 종교․자선․학술․구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것

③ 제1항의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

[부가가치세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21304호로 개정되기 전의 것)] 제37조 【종교․자선․학술․구호단체 등이 공급하는 재화 등의 범위】 법 제12조 제1항 제16호에서 “대통령령이 정하는 것”이란 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서「상속세 및 증여세법 시행령」제12조 각호의 1에 규정하는 사업 또는 기획재정부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역

③ 제1항의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

[상속세 및 증여세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21292호로 개정되기 전의 것)]

제12조 【공익법인 등의 범위】 법 제16조 제1항에서 “공익법인 등”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하는 자를 말한다.

1. 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업

종교용에 직접 사용하는 것은 취득한 부동산의 용도가 종교용에 제공되는 것을 의미하는 것인가?

비영리사업자가 당해 부동산을 ‘그 사업에 사용’한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, ‘그 사업에 사용’의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단되어야 하는 것이다(대법원 2001두878, 2002.10.11. 판결 등 참조, 대법원 2004다58901, 2005.12.23. 판결 등 참조). (대법원 2007두20027, 2009.6.11. 판결)

따라서 종교단체가 당해 부동산을 그 사업에 사용한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 종교용 자체에 직접사용되는 것을 의미하기 때문에 종교단체가 취득하는 부동산이라 하더라도 취득세 등의 비과세 또는 면제는 종교의식․예배․종교교육․선교 등 종교목적으로 직접 사용하는 부동산에 한정되어야 한다(행정자치부 심사결정 제2007-247호, 2007.4.30.).

또한 종교단체의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단되어야 할 것인 바, 종교단체의 경우 사업목적은 대부분 종교의식․예배․종교교육․선교 등을 주된 사업 목적으로 하고 있으며 부동산의 취득목적도 그와 관련된 사업이어야 하고 사용방법이나 실태도 객관적으로 보아 종교의식 등에 사용되는 것이어야 한다. 그러므로 종교용에 직접 사용한다는 의미는 종교단체가 당해 취득부동산을 종교단체가 직접 사용권을 행사하여야 하는 것이기 때문에 제3자로 하여금 임대사용하게 하거나 제3자가 고유목적인 종교용에 사용한다고 하더라도 종교단체의 입장에서 보면 직접사용이 되지 아니할 뿐만 아니라 임대한 당해 부동산을 임대하는 결과를 초래하게 되는 것이다. 따라서 고유목적에 직접사용하는 것은 제3자로 하여금 고유목적사업에 제공하게 하는 것과는 달리 보아야 한다.

종교단체 등이 운영하는 사업 중 수익사업이 있는 경우 그 수익사업의 범위를 순수익이 발생하여야 수익사업으로 보는 것인가?

지방세특례제한법 제2조 제1항 제2호의 규정에서 “수익사업”이란「법인세법」제3조 제3항에 따른 수익사업을 말하며 다만,「고등교육법」제4조에 따라 설립된 의과대학 등의 부속병원이 경영하는 의료업과「사회복지사업법」에 따라 설립된 사회복지법인이 경영하는 의료업은 수익사업으로 보지 아니한다라고 규정하고 있다. 따라서 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 제조업, 건설업, 도․소매 및 소비자용품수리업, 부동산․임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업 또는 수입(“수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 하며 이 경우 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말하나 주무관청에 등록된 종교단체가 공급하는 용역 중「부가가치세법」제12조 제1항 제16호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업을 제외한다.

이는 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역에 대하여는 수익사업으로 보지 아니한다.

그러므로 총수익에서 총비용을 공제한 순이익의 발생 여부를 기준으로 수익사업을 영위하였는지 여부를 판단하는 것이 아니라 기본적으로 한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 사업을 말하기 때문에 순이익 발생과는 근본적으로 수익사업 여부를 판단하는 기준이 될 수가 없는 것이다.

다만, 종교단체가 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 재화나 용역을 공급하는 경우(예 : 종교단체가 일시적으로 자선바자회를 개최하여 물품을 거래하는 행위 등) 또는 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역(예 : 종교단체에서 무상급식 등을 하는 행위 등)에 대하여는 수익사업으로 보지 아니한다.

종교단체 등이 수익사업을 영위한 경우라도 그 수익금으로 종교용, 자선사업 등에 전액 사용한 경우라면 그 수익사업을 고유목적 사업으로 사용한 것으로 의제되는 것인가? 수익사업의 판단은 지방세법상에서는「법인세법」제3조 제3항에 따른 수익사업인지 여부를 기준으로 판단하기 때문에 종교단체 등이 사업을 영위하여 발생하는 수입을 기준으로 판단하는 것이지 그 수입을 어떻게 지출하였는지 여부를 기준으로 판단하는 것이 아닌 것이다.

따라서 종교단체가 수익사업을 영위하는지 여부는 당해 사업 자체가 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수익사업에 해당되면 되는 것이지 반드시 순이익이 발생하여야 수익사업이라고 볼 수 없는 것이다. 다만, 종교단체가 실비로 재화나 용역을 공급하는 경우라면 순이익이 발생되지 아니하기 때문에 수익사업이라고 볼 수는 없는 것이나, 수익금을 전액 종교용, 자선사업용으로 사용된다고 하여 종교용으로 사용되는 것으로 볼 수는 없는 것이다.

종교단체의 주된 사업목적으로 사용되어야 하는 것이지 부수되는 사업목적으로 사용되어도 고유목적으로 볼 수가 있는 것인가?

종교단체가 영위하는 사업이 종교의식, 선교할동 등이 주된 사업이 되는 북카페 운영은 부수사업에 해당된다고 볼 수 있다. 북카페의 주된 이용자가 신도라고는 하나 일반인도 이용이 가능하며, 이러한 영업활동이 위 종교행위 등에 이용되고 있다고 보기는 어렵고 주로 친목을 위한 장소로 사용되고 있다고 봄이 타당하다.

또한 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업을 영위하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적 또는 실비로 공급하는 용역은 수익사업에 해당되지 아니한 것으로 볼 수 있지만, 종교단체 시설 내에 북카페는 종교 목적을 위하여 일시적으로 운영될 수가 없고 상시 운영되는 것이며 이곳에서 판매하는 음료 등의 가격이 시중에서 판매하는 일반 커피전문점에 비해 극히 낮다거나 실비수준에 불과하다고 보기는 어려운 점이 있다면 위 수익이 교회의 운영관리비에 미치지 못하거나 관리비에 충당된다고 하더라도 종교활동 이외의 다른 행위를 통해 충당된다고 하여 이를 수익사업이 아니라고 보기는 어렵기 때문에 실비로 운영되는 북카페가 아닌 경우에는 수익사업에 사용되고 있다고 보아야 하겠고, 설령 수익사업에 해당되지 아니한다고 인정한다 하더라도 종교용이 아닌 다른 용도로 사용되고 있다고 보아야 할 것이다.

• [사례] 종교용 부동산의 직접 사용 범위

「지방세법」제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호와「지방세법」제186조 제1호, 같은 법 시행령 제79조 제1항 제1호, 제94조 제1항 및 제136조 제2항에서 종교 기타 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득ㆍ등기하는 부동산 또는 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 그 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세 및 재산세를 비과세한다고 규정하고 있는 바, 종교 기타 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자의 부동산 취득ㆍ등기는 특단의 사정이 없는 한 “그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득ㆍ등기”로 보아야 하므로, 위 규정에서 이러한 비영리사업자가 당해 부동산을 “그 사업에 사용”한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, “그 사업에 사용”의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단되어야 하며, 특히 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 “그 사업에 사용”한다 함은 종교의식, 종교교육, 선교활동 등에 사용하거나 종교활동을 위해 반드시 있어야만 하는 필요불가결한 중추적인 지위에 있는 사람의 주거용으로 사용하는 등 종교목적으로 직접 사용하는 경우를 의미한다고 보아야 할 것이다(조심 2008지1001, 2009.9.28.).
　

• [사례] 종교용 부동산의 범위

지방세법 제127조에서는 종교단체가 종교목적으로 취득하여 등기하는 부동산이라고 하더라도 수익사업에 사용하는 경우와 등록일부터 3년 이내에 종교용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 등록세를 부과한다고 규정하고 있는 바, 동 규정에서의 직접사용의 의미는 종교활동을 하는 비영리사업자가 종교의식, 종교교육, 선교활동 등에 직접 사용되고 있는지 여부를 구체적이고 객관적으로 판단하여야 할 것으로서, 종교단체가 취득하여 등기하는 부동산이라 하더라도 등록세 등의 비과세 대상이 되는 것은 종교의식, 예배, 축전, 종교교육, 선교 등 종교목적으로 직접 사용하는 부동산에 한하는 것이라 하겠다(행정자치부 심사결정 제2007-603호, 2007.10.29.).
　

• [사례] 종교단체의 북카페 운영관련 비과세 판단

가. 지방세법 제107조 본문 및 동조 제1호, 제127조 제1항 제1호, 제186조, 같은 법 시행령 제78조의 2 및 제79조 제1항 제1호의 규정에 의거 종교를 목적으로 하는 단체가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 대하여는 취득세ㆍ등록세ㆍ재산세를 부과하지 아니하나, 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 취득세ㆍ등록세ㆍ재산세를 부과한다고 규정하고 있음. 나. 종교를 목적으로 하는 단체(교회)가 교인들에게 음료수 및 음식물을 유상으로 제공하는 식당 및 카페로 교회건물의 일부를 사용하고 있는 경우라면, 당해 식당 및 카페는 교회의 수익사업에 해당한다 할 것이다(행정자치부 질의회신 지방세정팀-754, 2008.2.26.). - 종교단체인 교회의 식당 및 카페에서 음료수 및 음식물을 교인들에게 유상으로 제공하고 그 이익금을 선교사업, 불우이웃돕기, 장학금 등 종교의 목적사업에 사용하고 있는 경우 당해 식당 및 카페로 사용하는 부분에 대한 취득세 등 추징 여부
　

• [사례] 실비운영 북카페에 대한 취득세 등 비과세 판단

휴게음식점 영업신고와 사업자등록을 하고 약 5개월간 커피와 다과를 판매하였지만, 위 영업기간 동안 판매수입 2,689,200원, 판매비용 2,424,130원으로 판매이익금이 265,070원에 불과한데 그 대부분을 선교헌금으로 입금한 점, 판매비용은 모두 재료비로서 인건비 지출없이 교회신도인 자원봉사자들이 커피 등을 실비로 판매한 점 등을 보면 청구인이 이 사건 부동산을 수익사업에 사용하였다고 보기는 어렵다고 할 것이다. 또한, 이 사건 부동산의 외부 간판이 “올림픽 대영교회”로 되어 있어 일반인들은 영업사실을 알기 어렵고, 내부의 상호명이 “OLYMPIC BOOK CROSSING”(BOOK CROSSING은 미국에서 시작되어 국내에 도입된 책 돌려 읽기 운동)으로 되어 있는 바, 통상 교회는 2층에 예배당만 있고 별도의 휴게장소가 없었던 점 등에 비추어 볼 때 이 사건 부동산은 주로 신도들에게 커피 및 다과를 실비로 제공하고 도서를 대여하는 휴게장소로 사용되는 교회의 부속시설일 뿐, 수익사업에 사용하였다고 볼 수 없다 할 것이다(감사원 심사결정 2008년 감심 제114호, 2008.4.18.).